小鹏只好打电话给戚本禹，把周总理的意见告诉他。果然，同样的话从戚本禹嘴中说出来，红卫兵就撤走了。以后，陈云的家又被抄了一次，红卫兵还强烈要求把他拉出去批斗。只是在毛泽东、周恩来的保护下，陈云才幸免于难。否则，身体很差的他是无法逃脱这场浩劫的。
1968年8月，根据毛泽东关于让老同志学习、了解“文化大革命”“大好形势”的指示，中央办公厅组织了一批老同志到中央警卫团支左的北京二七机车车辆厂、北京新华印刷厂等工厂去蹲点调查。陈云被安排到新华印刷厂。同时下去的还有陈毅、徐向前、聂荣臻等人。
1968年10月，中共八届扩大的十二中全会在北京召开，这又是对老干部的一场高层批斗会。会议一开始，就分组围攻所谓“二月逆流”的老同志，围攻所谓“一贯右倾”的朱德、陈云、邓子恢、王稼祥。这次对陈云猛烈开火的是谢富治。10月17日，在第一小组会上，谢富治说：“我们回想一下，陈云同志在七千人大会上，主席三次叫他发言，他说没调查没发言权，后来不到一个月做了个黑报告反主席、反大跃进、反总路线。”“按陈云同志的报告搞下去，不知成什么样子。刘、邓搞反革命修正主义，朱德同志、陈云同志也是搞修正主义的。‘二月逆流’这些人不死心，还要为他们服务。”谢富治最后总结说：“陈云同志多年不做工作，刘少奇突然抬出他搞经济小组，收拾‘残局’，就是搞修正主义。陈云同志搞些什么，多赚钱、卖花布、炒肉片、高价商品。陈云同志一贯反毛主席，休息也不干好事。这些事情都要清算。”
1969年4月，中国共产党员第九次全国代表大会在北京举行。林彪、江青集团的主要成员都进入了新的中央政治局，而1931年就担任临时中央政治局常委、1934年在中共六届五中全会上当选中央政治局委员会常委后一直位于中央领导核心的陈云，第一次离开了中央领导岗位，仅被保留了中央委员的名义。林彪却成了党中央副主席。
1969年10月，中苏即将举行两国边界谈判，根据毛泽东关于国际形势有可能急剧恶化，防止苏联利用谈判之机进行突然袭击，特别是核武器打击的估计，中共中央做出了紧急疏散在京中央领导人和老干部的指示，要求这些人在10月20日，即中苏谈判开始以前离开北京。于是，毛泽东前往武汉，林彪去苏州，朱德、陈毅、徐向前、聂荣臻等老帅被安置到京广线两侧的城市，以便打起来可以就地指挥作战。64岁的陈云被通知疏散到江西。同时疏散到江西的还有：邓小平、王震、何长工、萧克、陈再道等。可以看出，这些人大都属于被批判而未被完全打倒的对象。
起初，陈云被告之必须自己买火车票走，不再享受国家领导人应有的公务专厢。由于陈云有心脏病，路上又不安全，经过一再交涉，才同意他与同被疏散到江西的王震合坐一节公务车厢。10月18日，陈云登上火车，隆隆南下。谁知，这一去，竟在江西呆了两年半之久。而制造战备紧张空气的林彪等人几个月后就回到了北京，被他们阴谋打倒的刘少奇、陶铸，到了疏散地不久，即在迫害中含冤去世。
10月20日，陈云到达江西南昌，和王震告别。当天下午，不可一世的江西省革命委员会主任、省军区政委程世清就不打招呼地来到陈云所住的招待所。这个程世清，原是装甲兵政治部主任，因在“文革”初期揭发装甲兵司令许光达的“反党反社会主义罪行”而受到林彪的重用，特地调到江西来支左，于是成为江西第一号领导人。在江西，他大搞“清理阶级队伍”和个人崇拜等极左作法，弄得江西人人自危。
程世清见了陈云，根本不把这个前中共中央副主席、当时还未免职的国务院副总理放在眼里。他先是指责陈云过去在领导中央工作时没有把经济管好，发展速度太慢；然后就自我吹嘘说，要在江西掀起一个大跃进和工业革命，让江西这个工业基础较差的省份一年生产六、七万辆汽车，还要做到每年上缴国家100亿斤粮食，全国不再进口粮食。陈云心知这是完全不可能的，但是当时也不便提出反驳。实际上，江西生产汽车根本没有那么多钢板，全省的粮食产量每年只有197亿斤，如果交给国家100亿斤，全省都要饿肚皮。直到“文革”后的1979年，陈云讲起这件事，还感慨地说：“程世清这些人胆子大，他们说搞什么就搞什么。”
陈云到江西后，周恩来特地打来电话，嘱咐说陈云身体不好，住的地方要有暖气，他过去在北京蹲点是在工厂，这次可以还安排他到工厂。于是，陈云被安排到江西化工石油机械厂蹲点调查，住在离工厂两里路的南昌郊区青云浦干部休养所。青云浦，是院前的一个湖。说来也许是巧合，陈云出生在上海的青浦县，青云浦恰好由陈云的名字和出生地名组成，不知当时安排住处的江西省革委会是否考虑到了这有趣的一点。招待所是一个用围墙团团包围的院子，门口有武装军人站岗，门牌上写着“福州军区干休所”，江西省军区属于福州军区管辖。陈云住在条件最好的8号院，坐落在干休所最深处，由几间青灰瓦房组成。为了安排陈云，特地由副所长沈云贵带领战士连夜砌了一道3米高的围墙把这个院子与外界隔绝。房间里十分简单，连锅碗等日常用品都没有，要陈云自己出钱派人上街去买。但他的待遇已经比当时也在江西劳动的邓小平要好了。
1969年11月，陈云来到工厂，先参观了各车间、班组。这个工厂有1600多人，原先是属于劳改局的，当时划归江西省军区生产建设兵团第28团，主要生产化工炼油设备。陈云身穿灰色中山服，黑布鞋，外披一件绿军大衣，走进了厂里。他对工人和干部招呼说：我是到这里来接受工人阶级再教育的，要向工人阶级学习。他住的地方离工厂有两里路，为了早晨八点钟上班不迟到，他每天六点多就要起床，两年多都是如此。好在上级拨给了他一辆灰蓝色的华沙牌小轿车。
1970年4月24日，中国成功地发射了第一颗人造地球卫星，中央人民广播电台播放了由卫星发射回来的“东方红”乐曲声。陈云正好在厂里，他让司机把小轿车的收音机打开，工人们便围过来，倾听那美妙的节奏。有人问：“人造卫星为什么会放音乐？”陈云没有回答这个人问题，却若有所思地说：“其实这颗人造卫星早就应该上天了！”
1970年5月，陈云想了解江西的生产形势，就给省革命委员会主任程世清写了一封信，要求到下边的单位去看一看。其后，由江西省革命委员会办事组安排，陈云到江西洪都机械厂、南昌钢铁厂、氨厂、电缆厂、汽车厂等工厂，南昌菜市场、百货公司，南昌第19中学作了参观和调查。还到南昌以外的新余县、萍乡市、南昌县去看了看。在萍乡煤矿，65岁的陈云戴上了安全帽，坐电梯下到几百米的深处，看望了采煤第一线的煤矿工人。
除了下去调查，陈云在江西最多的时间是用在读书上。他从北京来江西时，带了三箱子的书，其中：《资本论》、《马克思恩格斯选集》、《列宁全集》、《斯大林文选》、《毛泽东选集》、《鲁迅全集》等。这些书，有些过去读过，这次重读；有些没有读过，这次补上了。
7月，陈云曾短期地回了一次北京。不久，国内形势突变，中共中央在江西庐山召开九届二中全会，原定是讨论修改宪法草案和第四个五年计划，但林彪集团却借机发起进攻，制造出一场新的风波。陈云因为还是中央委员，被通知前去参加。由于身体不好，他便住在山下的九江南湖宾馆，只是召开全体大会和华东组大会时才上山参加。也许因此，他有幸躲开了林彪与江青两个集团的争斗引起的株连。而有不少老同志，因为不了解真实情况，贸然表态，结果又遭到事后占了上风的江青集团的批判。毛泽东发表《我的一点意见》后，形势才开始明朗。9月3日，陈云在华东组大组会议上发言批判了陈伯达，指出陈伯达在历史上就是个伪君子，老虎屁股摸不得，一贯靠几本书吓人，和王明一样。回到厂里，工人们看到报上公布了九届二中全会公报，猜到陈云也去开了会，便请他讲一讲会议精神。陈云摇摇头说：“你们别问我，去问程世清。”这句话不仅是因为程世清是省革命委员会主任，应该由他来传达；而且也话中有话。程世清是林彪的党羽，在庐山上，他参加了林彪策划的阴谋，会议的内情，程世清当然比陈云清楚得多，确实应该问他。
庐山上的这场斗争一年之后终于有了分晓。1971年9月13日，林彪、叶群等人乘坐“三叉戟”仓皇出逃，葬身于外邦大漠。消息传到基层，已是半个月后的“十一”国庆节之后了。然而作为中央委员的陈云，竟然还是从基层党员干部那里听来的再传达。那天，马骏在厂里听到林彪叛国投敌的文件，急忙骑车赶到陈云住处去，告诉了他。陈云沉思片刻，说道：这个人竟然干出了这样没良心的事。一会儿，他又感慨地说：“林彪比我还小两岁呢！”解放战争时期，陈云和林彪曾在东北共同领导建立巩固的东北根据地的斗争，可以说，他对这个能打仗、沉默寡言的小个子是有很深印象的。历史发展到今天这一步，真是没有人能预料到。
10月5日起，江西省委召开省委扩大会议，批判揭发林彪的反革命活动。陈云作为在江西的中共委员，也参加了会议。他在会上作了发言，以自己在东北和林彪共事的所见所闻，批判林彪当年在辽沈战役时打锦州的犹豫态度，违背了毛泽东的全盘部署。至于林彪在“文革”中的武装政变活动，陈云在以后才看到印发的《五七一工程纪要》，并据此进行了批判。而林彪伙同“四人帮”在“文革”中的极左罪行，当时还根本不准触动。8年后的1979年，陈云已经重新进入中央政治局，面临着如何处理林彪、江青两个反革命集团的问题。他说：“我的看法是，处理‘四人帮’与处理林彪反革命集团要有区别。‘四人帮’这些人祸国殃民，‘文化大革命’10年，干尽坏事。而且在战争年代，他们也没有任何战功。林彪反革命集团则有些不同，他们主要是部队的，像黄、吴、李、邱他们，包括林彪，过去这些人都打过许多仗，也立过各种战功。他们现在犯了罪，应该处理，但与‘四人帮’应该有所区别。”显然，这一评价是全面的、实事求是的。
林彪事件后，毛泽东对自己的错误有所改正，主持中央工作的周恩来相机而动，向他提出了解放大批老干部的建议，得到逐步采纳。一部分长期疏散在外地的老干部的处境开始明显改善，1972年4月，陈云返回北京。
4月20日，一辆蓝色的伏尔加小轿车停在石油机械厂门前，陈云来向与他共事两年半的工人和干部话别。上午，陈云向工厂负责人谈了近两个小时的意见和建议，他重复了他过去的一贯看法：“工厂就是要搞生产，如果工厂只搞革命不搞生产，我们吃什么？国民经济怎么发展？国家怎么发展……”
4月22日下午，陈云登上了专门为他调来的软卧车厢，一位省革委会副主任陪同他回到北京。显然，陈云的地位和来时已大不相同。4月24日，陈云回到了北京。6天之后，他在国务院的安排下，参加了中山公园举行的庆祝“五一国际劳动节”游园活动。但是，他的名字还没有出现在报纸上。6月，应周恩来的要求，陈云参加了国务院业务组的工作。当时，这是一种过渡性的安排。
回到北京后，陈云曾给党中央和毛泽东写过一封信，希望能安排他一些力所能及的工作，每年春季和秋季到下面去做些调查。7月22日，毛泽东批示：我看都可以同意。7月31日，长期不能公开参加国家政治活动的陈云和王震、苏振华、杨勇等老干部出席了国防部庆祝建军45周年的盛大招待会，陈云的名字又以副总理的身份出现在报纸上。
从1973年到1974年，陈云协助周恩来进行了外贸工作的领导和研究。两年多里，陈云以他特有的领导艺术和丰富的经济工作经验，提出了一系列带有真知灼见的战略性意见，为我国70年代对外经济工作的新开拓，起到了重要的指导作用。
1960年代末期和1970年代初期，世界格局发生了很大变化。一方面，西方资本主义国家面临着一场大规模的经济危机，商品积压，工人失业，市场萧条。另一方面，原来的社会主义阵营也四分五裂，1969年中苏两国发生珍宝岛武装流血冲突，苏联甚至威胁要用原子弹来对中国实施外科手术式的打击；在东欧，苏联武装入侵捷克斯洛伐克，引起了其他卫星国的极度不安，罗马尼亚、南斯拉夫纷纷向美国、西欧靠拢，抵制苏联。这样，原有的社会主义和资本主义两大阵营实际已不存在。代之而起的是发达国家和发展中国家之间日益增多的经济贸易往来。
在江西两年半之久，并未使陈云成为桃花源中人，他敏锐地看到了世界形势这一变化，同时思索着自身的应变策略。1973年6月7日，他在家中约见刚刚出任中国人民银行行长的陈希愈、副行长乔培新及负责外汇资金的李裕民等人。陈云说：“我是一天打渔一天晒网。”他把工作指作“打渔”，把休息指作“晒网”。陈云既不喜欢打牌、打麻将，也不喜欢跳舞之类的娱乐，平日休息，主要是听评弹录音。陈云问李裕民“你多大年纪了？”李回答43岁。陈云说：“听了很高兴，30多岁到40多岁，正是干工作的时候。”又问起在延安一起搞过财经工作的乔培新的年纪，然后感慨地说：“你也这么大年纪了，也算老年了！你还可以活20年，我不行了，不过和资本主义打交道是大势已定。”这最后一句话是指当时的国际形势。陈云说：“过去我们的对外贸易是百分之七十五面向苏联和东欧国家，百分之二十五面向资本主义国家。现在改变为百分之七十五对资本主�