世亲在这里认为可从第二句一切种子识讲起：一切种子识就是阿赖耶识，它在相续的识流中，具有能生的功能，像种子一样，所以称为种子识。这是重在种识一的方面而言，认为阿赖耶识即种子，是虚妄分别种子，他解释阿赖耶识的摄藏义时说：“于中转故，名为摄藏。”
这里的摄藏是共转的意思，即是说本识与杂染诸法是共生共灭的，在此共转中，一切杂染法由种子识而生起，也由之而存在，所以叫摄藏。简单一点说，即阿赖耶识与诸杂染品法共生共灭，杂染品法相对于阿赖耶来说是赖耶的果性，而赖耶是杂染法的因性，正是具有这种共转的功能，所以名为阿赖耶识。
无性释却不如此认为，他说“能摄藏诸法者，谓是所熏”，认为能摄藏种子的功能性叫阿赖耶识，这是侧重在种识的不一来讲，他说种子不是本识，能持这一切种子的才是本识。他解释阿赖耶识的摄藏义，认为“与一切种子俱生俱灭，阿赖耶识与诸转识互为缘故，辗转摄藏，是故说名阿赖耶识”。他认为阿赖耶识与杂染诸法是互为因果的。此二释论，依印顺导师说世亲更为接近无著本义，他在《摄大乘论讲记》中曰：
事实上，无著世亲的本义，是侧重种即识的。这如水中泛起的波浪一样：水是静的，一味的，波是动的，差别的，所以不能说它是一；离水就没有波，波的本质就是水，即水即波，即波即水，故不能说它是异。所以，水与波，是非一非异的。若将波与水严格的划开，说它是不一的，那未免太机械化了。种子与本识的关系，亦复如是。这种子识，有很大的功用，能够摄藏诸法。摄藏，异译作“依住”，就是依止与住处。一切法依这藏识生起，依这藏识存在，所以名为摄藏。一切种子识，能作诸法的摄藏，给一切法作所依处，所以叫它阿赖耶识。96
如果依印顺导师的说法，世亲的解释更符合无著本意的话，则应该以种即是识解说此颂，本识与杂染诸法之间只有一重能所，本识是因性，杂染法是果性。唯识学中阿赖耶识的主要功能，是作为流转与还灭的立足处，因为有了阿赖耶识才可说明万法的现行，以及现行后留下余势力，一切种子识，是一切法的根本，一切法的所依。万有诸法依阿赖耶识而生起，同时，万法所余势力因阿赖耶识得以保存，如此称为阿赖耶识。
2、《解深密经》
《解深密经》是唯识学上一部非常重要的经典，关于此经中的阿赖耶识思想，我在第一部分已有介绍，此不复述。摄论引用此经“阿陀那识甚深细，一切种子如瀑流，我于凡愚不开演，恐彼分别执为我”一颂来作为阿赖耶识存在的教证。此颂出现在《解深密经？心意相品》的末尾，《心意识相品》在介绍完心意识思想后，用此颂作为总结句，义在重颂前义。
关于此颂的解释，本论的两部重要释论大致一样，因《摄大乘论无性释》的解释比较明白易懂，所以今引此释论来解释此颂。释论曰：
言甚深者，指世聪睿者所有觉慧难穷底故，言甚细者，诸声闻等难了知故。是故不为诸声闻等开示此识。彼不为求微细一切智智故。一切种子如瀑流者，刹那刹那辗转相续不断，如水瀑流。我于凡愚不开演者，怀我见者不为开示。恐彼分别计执为我。何容彼类分别计执，穷生死际行相一类无改易故。97
这意思是说阿陀那识非常深细，它的行相一类相续，如水流，前水不是后水，但水流不断。由于凡夫二乘不求一切智智，其智慧比较浅薄，见此阿陀那识相续不断之行相，很容易就执为我，如此则堕于恶趣，障于圣道，故佛世尊不为他们开演阿陀那识的甚深教法。
我们不禁要问，此识既名阿赖耶识，又为什么名之为阿陀那识呢？依于《摄大乘论》，缘由有二：一者，由此识能执受一切有色根故；二者，由此识为一切自体所依取故。如论言：陶静何缘此识亦复说名阿陀那识？执受一切有色根故，一切自体取所依故。所以者何？有色诸根，由此执受，无有失坏，尽寿随转。又于相续正结生时，取彼生故，执受自体。是故此识亦复说名阿陀那识。98
此识能执受一切有色诸根的意思是：阿陀那识能执持五色根不令坏烂而产生苦乐等感受。我们一个活蹦乱跳喜怒哀乐无常的人为什么跟死尸完全两样呢？这是阿陀那识执受的作用。活着的人，因为阿陀那识的执受，眼等五色根才会不失不坏，直至寿终正寝。没有阿陀那识的执受，一个活着的人立即死去，眼等五色根会逐步坏烂。执取自体所依的意思是：一个生命体最初形成，是离不开识和父精母血这三大因素的，这识便是执持识，即指阿陀那识。当父母结合时，也是众生投生的关键时刻，这阿陀那识在一刹那间便执取父精母血为自体，在母胎里慢慢生长，由名色至六入，乃至出生为婴儿。由此二种功能作用阿赖耶识又名阿陀那识，故《解深密经》中此颂能证明阿赖耶识存在。
3、心意识三证阿赖耶识有体
关于心意识的教法，大小乘皆共有之，但对此的解释，大小乘却是不同的。小乘的看法：《俱舍论》卷四说：
集起故名心，思量故名意，了别故名识。复有释言：净不净界种种差别故名为心，即此为他作所依止故名为意，作能依止故名为识。故心意识三名所诠，义虽有异，而体是一。99
意思是说心、意、识三者为六识之异名，其体实为同一。心有种种差别之义，故称为心；心有起识所依止之义故名为意；心有依托于意而起之义，故名为识。
大乘唯识家的说法：大乘唯识家对心意识的解释有通有别，通则心、意、识可以互相解释。别则其体各别，“心”为第八阿赖耶识，“意”指第七末那识，“识”指前六识。盖因阿赖耶识之集起义胜，故名为心；末那识之思量义胜，故称为意；前六识之了别义胜，故称为识。为什么大乘唯识家要说心意识是不同的呢？佛在经上说“心意识三”的教法，唯识学者认为心意识各各有其自体。首先此中的意及识二体性是有别的，因为此中意乃指无间灭意和染污意。无间灭意，乃大小乘所共许的。而对于染污意，小乘不许其有，故本论以若无染污意便有六种过失来使染污意成立。这六种过失即：如果没有染污意，则有不共无明不得有、五同法不得有、训释词不得有、无想定和灭尽定差别无有、无想天一期生中应无染污、无我执恒行的六大过失。若立染污意，则无其过。所以必须立染污意。此染污意离六识外别有其体，而识即前六识。意和识既各有体，如是此心，亦应别有其体。
此应别有体之心是指什么呢？本论说是阿赖耶识，如论言：“心体第三，若离阿赖耶识，无别可得。”100此心是指阿赖耶识，因为心的意义是积集，即由色、心、心所、善、染、无记种种现法熏习种子之所积集，如论言：“何因缘故亦说名心？由种种法熏习种子所积集故。”101而阿赖耶识的功能也是能积集杂染诸法，故心即是阿赖耶识。因此，由此心的存在能证明阿赖耶识的存在。
4、声闻教中的阿赖耶识
论主在引用大乘经典证明阿赖耶识的存在后，又在声闻经教中找出了阿赖耶识的异名安立。这种以声闻经教中存在着阿赖耶识的异门安立，来反驳声闻不承认阿赖耶识是最为有力的。因为你们既不承认阿赖耶识存在，为什么在你们的经典中有出现阿赖耶识的异门安立呢？本论所找出声闻乘异名安立阿赖耶识的有：声闻乘《如来出现四功德经》中的四阿赖耶、大众部的根本识、化地部的穷生死蕴。如论曰：
复次，声闻乘中亦以异门密意，已说阿赖耶识，如彼《增一阿笈摩》说：世间众生，爱阿赖耶，乐阿赖耶，欣阿赖耶，喜阿赖耶。为断如是阿赖耶故，说正法时，恭敬摄耳，住求解心，法随法行。如来出世，如是甚奇希有正法出现世间。于声闻乘《如来出现四功德经》中，由此异门密意，已显阿赖耶识。于大众部阿笈摩中，亦以密意，说此名根本识，如树依根。化地部中，亦以异门密意，说此名穷生死蕴。有处有时见色心断，非阿赖耶识中，彼种有断。102
声闻乘《如来出现四功德增一阿笈摩》中有曰：“世间众生，爱阿赖耶，乐阿赖耶，欣阿赖耶，喜阿赖耶。”由于众生爱、乐、欣、喜阿赖耶，故不得解脱。在大乘唯识学者看来，这爱、乐、欣、喜四阿赖耶就是指阿赖耶识，但是小乘学者并不以为然，他们执五取蕴、贪俱乐受、或萨迦耶见名阿赖耶。无著论师认为此等诸师，愚阿赖耶，故作此执，故而一一加以破斥。如本论曰：
若五取蕴名阿赖耶，生恶趣中一向苦处，最可厌逆，众生一向不起爱乐，于中执藏不应道理，以彼常求速舍离故。若贪俱乐受名阿赖耶，第四静虑以上无有，具彼有情常有厌逆，于中执藏亦不应理。若萨迦耶见名阿赖耶，于此正法中信解无我者，恒常厌逆，于中执藏亦不应理。103
由上可见，应有大乘唯识家所说的阿赖耶，此阿赖耶识是被众生微细我执所执为自内我，它的行相非常微细，众生虽在恶趣，无论他多么厌逆恶趣的五取蕴，要求出离，但他们还是恒于藏识爱执随逐；第四静虑以上的有情，于贪俱乐受虽恒有厌逆的心，但于藏识还是那样爱执随逐；深信无我的学佛者，虽在厌逆我见，时时以无我观照，但于藏识还是爱执随逐。所以说声闻教中所说的四阿赖耶一定是唯识学上所说的阿赖耶识。
此外大众部的根本识、化地部的穷生死蕴，这些都被唯识学者认为是阿赖耶识的异门安立。从前面部派佛教中赖耶思想的分析中，可以知道这些存在的性质和功能是前六识所不能承担的，而唯识学上的阿赖耶识却具有，故得出结论说部派佛教中存在着赖耶思想。论主显然也注意到了这个问题，所以在论证阿赖耶识的存在时，说他们都是唯识学的异门密意说。陶静综上所述，无论是大乘经典还是部派佛教中，都提到了阿赖耶识这一存在的地方。这一存在的性质和功能是前六识所不具备的，唯有唯识学上的阿赖耶识才具有，所以我们可以肯定地说，唯识学上的阿赖耶识是圣言量，为佛陀所说。
（二）理论论证赖耶存在
本论在引用大小乘经典证明赖耶存在的同时，给赖耶下了定义，并界定了范围和作用。其中最重要的作用，就是一切染净诸法生起的因缘，也即是本品的品题——所知依，说明如果没有阿赖耶识，则一切染净诸法将没有所依处，也就不能生起。但是小乘学者却认为，不必要有一个阿赖耶识作为染净诸法的所依处，一切染净诸法生起的所依可以建立在转识或色心中，不必要再安立一个阿赖耶识。唯识宗为了破斥此种说法，再次从染净诸法离赖耶不成来论证赖耶的存在，对小乘的异执给予破斥，从理论上说明了一定要有阿赖耶识存在，杂染清净方可成立。“杂染”主要分为烦恼杂染、业杂染、生杂染三类；“清净”分为世间清净、出世间清净两类。本论从这五个方面论述了阿赖耶识必然存在。
1、烦恼杂染离赖耶不成
众生长沦生死，茫茫无有尽期，此生才尽，彼生便现。究其原因，皆因众生有贪、嗔、痴、慢、疑、见之六根本烦恼和随烦恼，这些烦恼在阿赖耶识中留下了习气，在时机成熟时，阿赖耶识中的习气再起现行，于是众生就如此循环不已。除了阿赖耶识以外，其他六识都不具有储存此等烦恼习气的功能。如论言：“云何烦恼杂染不成，以诸烦恼及随烦恼熏习所作彼种子体，于六识身不应理故。”104为什么说六识身不具备储存习气，也即是储存种子的功能呢？今以眼识为例来说明。论言：
若立眼识贪等烦恼及随烦恼俱生俱灭此由彼熏成种非余：即此眼识若已谢灭，余识所间，如是熏习，熏习所依皆不可得，从此先灭余识所间，现无有体眼识一彼贪等俱生，不应道理，以彼过去现无体故。如从过去现无体业，异熟果生，不应道理。又此眼识贪等俱生所有熏习亦不在成就：然此熏习不住贪中，由彼贪欲是能依故，不坚住故。亦不得住所余识中，以彼诸识所依别故，又无决定俱生灭故。亦复不得住自体中，由彼自体决定无有俱生灭故。是故眼识贪等烦恼及随烦恼之所熏习，不应道理；又复此识非识所熏。105
意思是说：假如我们主张眼识为所熏，所熏必须与能熏俱生俱灭，故此眼识便与烦恼以及随烦恼俱生俱灭；但此作为所熏处的眼识因为有其他转识的生起，便会灭去，不能一味相续。然而，熏习必是摄持在所熏的相续中，如果说所熏没有了，熏习当然也没有，如此贪等烦恼熏习及熏习所依的眼识都了不可得。如果说已经灭去的眼识，现在因眼识的生起又与贪等俱生，这不合理，因眼识早已过去，现在并无实体，就如从过去久远现无有体的业力，而能生新的异熟果，这自然是不合理的。故而说以眼识为所熏处，则贪等烦恼的熏习不成。不但是贪等烦恼熏习不成，与贪等俱生的眼识中所有的熏习因为没有依住处亦不成立，因眼识所有的熏习，无有所熏的依住处。首先，它不能住于贪中，因贪欲是能依的不自在心所，并且不能一类相续。其次，也不能住余识中，因为诸转识各自所依不同，余识亦不能相续，而且眼识与耳识等，又不可能俱生俱灭，既不能俱生俱灭，余转识当然不能作为眼识的所熏处。最后，眼识的熏习也不能住自体中，自体决定无有俱生俱灭，因为同时不能有二眼识俱起。
如上所说，眼识不受烦恼的熏习，不能成为烦恼的所熏处；与贪等烦恼俱生眼识之所有熏习也不得成。其他转识也和眼识一样，决不能作所熏处。本论在说明了眼等六转识不能作为烦恼熏习处，必须要有阿赖耶识执持烦恼种后，又用另外两种现象证明一定要有阿赖耶识执持染种子。
其一，如果没有阿赖耶识，则离欲后退烦恼杂染不成