太平天国运动也是中国近代史上一次最伟大的农民运动。洪秀全率领的太平军只用了两年多的时间，就攻克了南方军事重镇江宁也就是南京，改名“天京”，立为“国都。”清政府感到无力组织军队，调集兵力围攻起义军，只好效仿东汉末年镇压黄巾起义一样，让各地地主阶级建立自己的武装，就是“团练。”这些武装都是由各地的官僚和地主联合组建，指挥权统属创建者。咸丰帝的这一无奈之举却改变了清朝晚期的权力结构，这可能是曾国藩所始料不及的。
正在家乡为母亲守孝的曾国藩接到咸丰帝的旨意，命令自己和湖南巡抚张亮基共同组建团练。曾国藩开始时看到太平天国势力越来越大，担心自己难成大业。便以守孝为名坚辞不出，上疏请求让自己守满孝期。后来在同乡郭嵩焘的劝告之下，才下定决心出山组织地主武装，从此开始了自己的“元凶”生涯。
曾国藩采取了明朝名将戚继光练兵的办法，招募朴实壮健的农民为士兵，而将官则选用同乡、同学、师生、亲友中的读书人，这些人都是儒家弟子，满脑子都是忠君卫道的思想。先是湘乡儒生罗泽南。受知县委托，招募乡人千名，加以训练，以防卫县城，号称“湘勇。”曾国藩与罗泽南同为儒教信徒，素相钦慕。于是就以湘勇为基干，曾国藩又亲自招募扩展，统一加以编练，由曾国藩统一指挥，组建了一只几千人的地主武装，号称“湘勇。”而后来湘军的称号是在曾国藩东征以后才开始正式使用的。
曾国藩组练的湘军有以下一些特点：－、士兵：不收游卒滑弁，不要城市壮丁，只择“乡民壮健朴实者”，为的就是容易训练制驭。二、军官：从同乡、同学、师生、亲友中聘任。都是孔孟的忠实信徒，以“忠君”、“卫道”相标榜。营官条件是：1。才堪治民，2。耐受辛苦，不怕牺牲，3。不急于名利，4。智勇深沉，文经武纬。三、招募方法：先聘营官，由营官自己招募士兵。每营士兵只服从营官一人，整个湘军只服从曾国藩一人。以封建宗法关系为维系湘军的纽带，建立起严格的封建隶属关系。中国近代军阀即由曾国藩创始。四、编制：360人为营后增为500人，营分四哨，哨分八队，每队正勇为10－12名，数营设一统领。水师，每营388人，分船长、炮手、篙手、舵手、桨手等。各有制规。五、教育：曾国藩为训练出一支有别于八旗绿营的劲旅，非常的重视教育，提出“教以忠义之气为主，而辅以训练之勤，相激相削切，而后可以言战。”平时灌注忠君卫道之说，战时强调齐心相顾，行止严格军纪。六、军饷：湘军粮饷来源，初由捐募，后仰给予税收，尤依仗于厘金清政府为筹措镇压太平天国的军饷，于咸丰三年1853年创行的额外商业税，原定税率值一百里抽出一份。百分之一为一厘，故称厘金。出省时奏准发给空白执照四千张捐虚衔执照，捐监生执照各一半。一来用于募捐筹饷，二来可用于拢络地方士绅。湘军的粮饷一般比绿营要高。曾国藩编练出一支号称“诸将一心，士兵一气”的湘军，在晚清时期可谓异军突起。就是这支湘军最后成为太平天国的凶恶敌人，晚清封建专制统治的支柱。
曾国藩觉得军队已经练好了，可以和太平军决一胜负了。就把湘军开出湖南，准备同太平军作战。湘军出省作战时，兵力一万人，水陆各五千，加上其他人等共一万七千余人。又力荐满族塔齐布为湘军大将，荐举多隆阿为湖北湘军将领，隶胡林翼部。旨在争取满洲贵族的信任。咸丰四年1854年二月，湘军出战。先发布檄文《讨粤匪檄》，攻击太平天国“荼毒生灵”，“举中国数千年礼义人伦诗书典则一旦扫地荡尽，我孔子孟子之所痛哭于九原，凡读书识字者，乌可袖手安坐，不思一为之所也。”湘军在宣传关于反对太平天国的拜上帝教和保卫孔孟儒教方面，产生了很大的影响。
湘军出师后与太平军在岳州首战，一触即溃。曾国藩亲自在靖港督水师与太平军对阵，也遭惨败，水师几乎全军覆没。曾国藩羞愤交加，投水寻死，被随从捞起。接着又用了近三个月时间重整旗鼓，修造战船，重新出动，攻陷岳州，初步扭转了战局。十月经激战攻取了武汉。朝廷加给曾国藩兵部侍郎衔。随后率部东下，破田家镇。咸丰五年1855年一月，进逼九江。些时曾国藩气焰嚣张起来，声称“肃清江面，直捣金陵。”
面对这一现状，太平天国派翼王石达开为统帅，率大军西援。在江西湖口，诱敌深入鄱阳湖，而后截堵湖口，焚击江上湘军大型战船，湘军水师丧失惨重，被烧毁船只百余艘，连曾国藩的座船也被夺走，又仅以身免。恼羞之下，又一次投水寻死，被官佐拉起。紧接着武汉也被太平军收复。曾国藩只好退守南昌，处于太平军包围之中，“呼救无人”，“魂梦屡惊。”
太平天国到咸丰六年上半年，除北伐战争失利外，西征取得了较大的胜利。在长江中下游控制了从武昌、九江、安庆到镇江等沿江城镇，安徽、江西、湖北东部，江苏部分地区，这一广大领域，都掌握在太平军手中。在天京外围，打垮了清军的江北大营和江南大营，从而达到了军事上的全盛时期。就在这时，太平天国领导集团内部爆发了内讧，为争权夺利而致自相残杀，杨秀清被杀害，韦昌辉、秦日纲被处决，二万多骨干精锐倒在血泊之中。史称天京事变。自此太平天国元气大伤。石达开被拥主持政务，又遭洪氏集团疑忌。石达开愤而出走，带走精兵十余万人，又进一步削弱了太平天国的力量。这就为曾国藩提供了绝好的反攻良机。
咸丰六年的年底，曾国藩指挥湘军乘太平天国内讧削弱之机，组织反攻，再次攻取了武汉，并得以固守，巩固了后方。咸丰八年1858年五月，占领九江。十一月，派遣李续宾攻安徽庐州今合肥，于庐州咽喉三河镇，被太平天国后起之秀陈玉成所歼灭。咸丰十年1860午八月，授两江总督，督办江南军务。同年十二月受困于祁门。咸丰十一年1861年九月，督其弟曾国荃率本部湘军与太平军后期主力陈玉成部决战于战略要地安庆，经过激烈争夺，最终攻陷了安庆，从而使天京失去屏障。十一月，奉命统辖苏、浙、皖、赣四省军务。同治元年1862年六月，陈玉成被敌人诱捕牺牲。
湘军攻占安庆之后，曾国藩即移营坐镇安庆指挥。并派兵三路向太平天国发起进攻：曾国荃率主力进围天京，左宗棠进攻浙江，李鸿章率淮军保上海进攻苏南。同治元年1862年十月，曾国荃驻雨花台，率湘军三万余人，正值疫疾流行，病者非常的多，抵抗了太平军李秀成、李世贤部二十万人的围攻。又实行曾国藩指示的“缩营自保”的战术，深沟高垒，坚守顽抗达四十六天。太平军终未能攻破湘军营垒，后因军粮不继而撤军。当然，这时的太平军队伍庞杂，士气不振，战斗力已大非昔日可比。同治元年1862年至同治三年1864年，左宗棠在英法侵略军协助下，攻下杭州、控制了浙江。同治二年1863年至同治三年1864年李鸿章在戈登的“常胜军”支援下，连克无锡、苏州、常州，控制了上海和苏南。同治三年六月三日，洪秀全在湘军围困中绝望而死。七月十九日湘军攻破天京。湘军进入天京后“见人即杀，见屋即烧”、“秦淮河尸首如麻”，“子女玉帛扫数悉入于湘军。”李秀成被俘获，在写完几万言的供词后，即被曾国藩所杀。不久幼天王和洪仁苍诮鞅徊渡保佣乖炀惹逋醭蜓固教旃姆炊乱档靡愿娉伞�
湘军与太平军作战长达十二年之久，由初期败绩转为相持，由相持转败为胜。在战略上，曾国藩采取了先取武汉三镇，以扼上游，解决后顾之忧，而后步入江西，取九江，攻安庆，围天京，以取决胜。并坚决固守这一战略，即在危急之时，也至死不舍。石达开攻江西，陈玉成攻安徽，李秀成攻江浙，绝不能牵动他的主力改变方向。甚至在发生了第二次鸦片战争、英法联军进攻北京，咸丰帝谕令湘军北援京师，他仍拒绝北上，坚持对外国侵略者采劝抚”即妥协的办法。他坚持这一战略部署的理由是“自古平江南之策，必踞上游之势，建瓴而下乃能成功。若仍从东路入手，内外主客，形势全失，必至仍蹈覆辙，终无了期。”战争正如曾国藩所部署的进程一样发展的非常的快。
当然曾国藩也并不是一帆风顺的，还曾经历过几次危机，险些丧命。如咸丰四年1854年靖港失师。咸丰五年1855年湖口惨败。他气急败坏，先后二次投水自杀。咸丰八年1858年派主将李续宾攻庐州，于三河镇被陈玉成击溃，全军覆没，李续宾自杀，他弟曾国华及官兵六千余人全被歼灭。曾国藩痛惜道：“三河之败，歼我湘人殆近六千，不特大局顿坏，而吾邑士气亦为不扬。”胡林翼也哀叹：“三河败溃之后，元气尽伤，四年纠合之精锐，覆于一旦，全军皆寒，不可复战。”咸丰十年1860年十二月李秀成奉命率部攻武汉，途经皖南，破羊栈岭。距曾国藩大营所在地祁门仅六十里。形势非常的危急，僚属纷纷建议移营，说祁门非殉节处。曾国藩恐怕动摇了军心，不敢移营。但已经手写遗书，帐悬佩刀，准备一死了之。恰巧有鲍超、张运兰闻讯，急率军来援。李秀成不敢决战，经浙江退入江西。又使曾国藩避免了一次厄运的发生。
曾国藩虽然忠心耿耿于清王朝，但朝廷和满洲贵族却对曾国藩戒心重重，非常的警惕曾国藩的实力。当咸丰四年，曾国藩率湘军攻陷武汉时，咸丰帝大为高兴，对群臣说：“想不到曾国藩一个书生，还能建此巨功大勋。”汉军机祁隽藻献谗道：“曾国藩一个在乡侍郎，只是一个独夫，一个独夫在乡里居然一呼而从者万人，恐不是国家的福份。”咸丰被他提醒，脸色突变。从此之后就不敢给曾国藩以实权。因而曾国藩率湘军，长期以来只用兵部侍郎的虚衔，根本就没有地方行政实权，以致州县官可以不听他，各省督抚也经常的调戏曾国藩。咸丰七年1857年，其父亲去世，立即趁机带了国华、国荃奔丧回籍，大有急流勇退之意。次年，太平军攻浙江，东南告急，这是清政府经济命脉所在。咸丰令曾国藩复出督军。到咸丰十年1860年八月，朝廷不得已始命曾国藩为署两江总督加兵部尚书衔，从此曾国藩才掌有地方行政实权。咸丰十二年1862年七月，咸丰帝死，同治帝继位。户部尚书肃顺曾提出：“满族没有一个人中用，国家大事非重用汉人不可。”那拉氏通过政变“垂帘听政”后，也清楚地看到这点，不得以而在满汉地主官僚中实行权力再分配，调整了与曾国藩集团的关系，授曾国藩以两江总督节制四省军政大权。
湘军攻下天京以后，“金银如海，百货充盈”的天京，被湘军卷洗一空。曾国荃抢得财宝非常的多。但曾国藩却奏称：“伪宫贼馆，一炬成灰，并无所谓赋库者，然克复老巢而全无货物，实出微臣意计之外，亦为从来罕见之事。”于是人们议论纷纷。有的认为曾国藩在李秀成口供以毕，立即斩首，是杀人灭口。左宗棠、沈葆桢也上奏弹劾曾国藩兄弟吞没财宝。朝廷本想查究，但曾国藩进南京后，害怕功高震主，树大招风，急办了三件大事：一、盖贡院，当年举行乡试，提拔江南士人。二、建造南京旗兵营房，请北京闲散旗兵南来驻防，发给全饷。三、裁撤湘军四万人。以尽量缓和各方矛盾。朝廷也只好不在追究，因而渡过了一场危机。而后曾国荃在家乡大建私宅，置肥田一百顷，不纳租税，名声非常的恶劣。
曾国藩也深知宦途隐患，便赶快的让出了一些权利。朝廷也立即给予嘉奖，著加恩赏太子太保衔，赐封一等侯爵，世袭罔替，并赏双眼花翎，以鼓励这个素谙理学，手握重兵而又耿耿忠君的实力派人物。曾国藩本着封建忠君卫道的思想，舍身卖命地为挽救清王朝而战，充当了镇压太平天国的刽子手，在千万人民的血泊中，建立起自己的功勋，成为晚清所谓的“中兴”名臣。
太平天国虽然被镇压，但是北方捻军势力却也飞速发展起来。捻军原是捻党转化而来的北方重要农民起义军。“捻”原是淮北方言，一捻即为一伙或一帮的意思。成员主要是贫苦农民、手工业工人以及游民。发源于康熙年间淮北一带，初为结捻贩运私盐，后发展为与官僚地主的压迫剥削进行反抗斗争，并且劫富济贫，人称捻子或捻党。小捻数十人，大捻数百人不等。在太平天国影响下，遂联合起来进行反清斗争。陈玉成于安庆失陷之后，便派出部将陈得才、赖文光等率军三万，北上与捻军联合以图后援，从而使捻军在组织、思想、战略战术上都得到有所提高。并且“易步为骑”，声东击西，取得步步胜利。清军“剿捻”统帅僧格林沁也被捻军处死。
朝廷本来想由满蒙贵族将领收拾捻军，以此恢复满蒙在军事上的威望。至此，满蒙将领实已无人可用。朝廷只好又请曾国藩出马。同治四年1865年五月，曾国藩率军出征，一反僧格林沁“穷追猛堵”的战术，采劝以有定之兵，制无定之寇，专事近剿，不事尾追”，“以静制动”的战术。在临谁、济宁、周家口、徐州等重点地方驻重兵，令地主乡绅修筑圩寨，实行坚壁清野。又东以运河，西及沙河、贾鲁河，南以淮河为防线，北自朱仙镇至开封和黄河南岸挖濠设防，以围困捻军。捻军使用运动战术，东突西击，于同治五年1866年九月冲出防线而去。曾国藩的“剿捻”计划没有得成。被迫承认“打捻无功。”清政府改换李鸿章为钦差大臣，负责“剿捻。”曾国藩只好回到两江上任总督。
中国洋务运动的开辟者——曾国藩
曾国藩还做了一些洋务事业：早在咸丰六年1856年，自从维护清朝封建统治的需求之后，立即向咸丰密折奏请：“制造轮船，为救时要策，请将江海关税酌留二成，一成为专造轮�