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为配合政府这一战略决策，11月2日，蔡元培带头与上海交通、同济、暨南等大学校长黎照寰、翁之龙、何炳松，以及中央研究院气象研究所的竺可桢等著名教育界、科学界人士，联名致电比利时九国公约会议，强烈呼吁采取有效措施，遏制日本对华侵略，严惩日本违反国际公法、肆意摧毁中华民族文教机关之暴行。但历史让人们看到的是，无论是蒋介石还是蔡元培，都只是一厢情愿，结果是公理未能战胜强权，希望全部落空。奉命中途返回上海再战的中国军队，于混乱中遭到日军精锐重创，两个星期的时日未到，中国军队开始大规模溃败。12日，上海沦陷。
就在上海沦陷之际，中央研究院总办事处已由总干事朱家骅和史语所所长傅斯年（字孟真）共同组织撤往重庆；蔡元培满怀悲愤与忧伤，乘一艘外国油轮独自一人从上海赶往香港，准备转赴重庆与傅斯年等人汇合。由于一路颠簸漂荡，年高体衰的蔡元培抵达香港后身体不支，被迫滞留在港岛疗养休整，暂居于跑马地崇正会馆。
翌年2月，蔡元培一家老小逃出沦陷的上海乘船抵港，全家迁往尖沙咀柯士甸道，蔡元培化名“周子余”隐居下来，平时谢绝一切应酬，但仍遥领中央研究院事务，并通过各种渠道密切关注着中研院的命运，同时为未来的生存与发展计谋筹划。据蒋梦麟回忆说：“蔡先生晚年表现了中国文人的一切优点，同时虚怀若谷，乐于接受西洋观念。他那从眼镜上面望出来的两只眼睛，机警而沉着；他的语调虽然平板，但是从容、清晰、流利而恳挚。他从来不疾言厉色对人，但是在气愤时，他的话也会变得非常快捷、严厉、扼要……像法官宣判一样的简单明了，也像绒布下面冒出来的匕首那样的尖锐。”正是具有这样一个人格，隐居香港的蔡元培精心策划组织，于1938年2月底在香港主持召开了中央研究院自上海、南京沦陷以来首次院务会议。浙江省主席兼中研院总干事朱家骅，以及所属的丁西林、李四光、竺可桢、傅斯年、陶孟和等10位所长如期赴约，共商御侮图存大计。面对众人显现的慷慨悲歌之气，蔡元部颇为欣慰，精神为之大振。此次会议确定了战时院务工作的许多重大策略与生存发展方针，对未来作了前瞻性筹划，与会同仁莫不深受鼓舞。
病逝港岛（2）
当淞沪抗战爆发、上海告急之时，极富远见的蔡元培就派人赶赴云南昆明与当地政府有关部门接洽，希望把中央研究院在上海的三个研究所搬到昆明继续工作。云南方面表示欢迎并乐意提供路费，但作为交换条件，中央研究院下属的工程所等相关机构，需帮助对方在昆明近郊安宁建立一所利用电炉制钢的现代化工厂，这一要求得到了蔡元培批准。1938年春，中央研究院工程所等机构，从日本人的铁蹄下悄然撤离沦陷的上海，只是限于当时的条件，炼钢电炉没能带出。撤出人员租用外国油轮从香港、河内一路辗转来到昆明。当时的云南只能用高炉和转炉生产生铁，中研院工程所到来后，开始在昆明东寺街石桥辅租用民房进行炼钢实验，后来为了躲避日机轰炸和市区的拥挤、喧闹，于滇缅公路昆明至缅甸方向22公里的桥头村，建立了一座100亩地大小的工厂，所需设备除自制外，还通过昆明安利公司从英国、美国购进。工厂建成后，于1941年6月炼出第一炉钢，8月轧出第一批钢。之后，昆明几乎所有最新兴起的大型建筑都使用此种钢材，名震一时的胜利堂、五华山光复楼等著名建筑，都是在这样的背景和条件下兴建起来的。不过，当这一切到来的时候，蔡元培已经看不到了。
1938年5月20日，蔡元培应宋庆龄邀请，同港督罗富国爵士等人一道，出席由“保卫中国同盟”及“香港国防医药筹赈会”于圣约翰大礼堂举行的美术展览会，并公开发表演说。……这是蔡元培在港期间唯一的一次公开演讲，其意本为向同胞和国际友人话别，离港前往昆明或重庆，奈何因身体衰弱不堪，未能成行，最终病逝港岛。
1940年早春，73岁的蔡元培步入了贫病交加的人生暮年，他的生命之火即将熄灭。而此时，偏又遭逢流亡昆明的爱女蔡威廉死于难产的致命一击。蔡威廉作为一位留法归国的杰出美术家，自和法国归来的林文铮结婚后，一直致力于杭州国立艺专的艺术教学工作，满腹才华和理想尚未来得及施展和实现，就于抗战流亡途中撒手人寰。蔡威廉一家在昆明生活得极其艰难，而她本人则死得更加悲惨，在咽下最后一口气之前还用手在墙上反复疾书“国难，家难……”其撕心裂肺之状，闻者无不为之动容。
白发人送走了黑发人，而白发人也将寻着女儿的背影飘然而去。1940年3月3日晨，蔡元培起床后刚走到浴室，忽然口吐鲜血跌倒在地，继之昏厥过去。两天后，医治无效，溘然长逝。
巨星殒落，举国震惊。全中国不分政治派别，各界人士均表深切哀悼。国民政府发布褒扬令，以“道德文章，夙孚时望”、“推行主义，启导新规，士气昌明，万流景仰”来烘托蔡元培高山仰止的人格光辉与民族气节。国民党在重庆举行公祭，由党总裁蒋介石亲自主持，接着举行追悼大会，以表达对死者的追念与哀思。远在延安窑洞里的中共领袖毛泽东闻讯，也向这位对自己当年进北京大学谋到图书管理员差事有知遇之恩的故校长发表了“孓民先生，学界泰斗，人世楷模”的唁电，同时发动延安各界举行追悼大会，发表悼念文章以示尊崇与纪念。一代名流许崇智、廖承志分别受国共两党委托，亲赴香港致祭，香港各界为之执绋者5000多人。蔡氏遗体于7日下午在香港湾仔摩利臣山道福禄寿殡仪馆入殓，10日举殡，港岛各学校及商号均下半旗致哀。蔡元培灵柩初移厝于东华义庄七号殡房，以待运回故乡浙江绍兴安葬。后因战事迭起，炮火连绵，未能成行，遂移葬香港华人永远坟场。从此，这位“五四元老”、“中国新文化运动之父”、“学界泰斗”，告别了他为之奋斗的事业，长眠于香江之岸。
蔡元培在民族危急的“大风雪”中走来，又在山河破碎的暴风骤雨中离去；在他到来和离去之后，世界已经不再是原来的世界，中国也不再是原来的中国，他所开创的经国之大业，自由之思想，科学、民主之理念，囊括、兼容之精神，将作为一座屹立在岚烟雾海中不灭的灯塔，指示着天下儒林士子读书治学，脱心志于俗谛之桎梏，将真理发扬光大。
群英会陪都（1）
群英会陪都
1940年3月，蔡元培在香港去世的消息传到昆明，抗战中由南京至长沙，再由长沙迁到昆明的中央研究院各所、中央博物院筹备处与西南联大同仁无不同声悲泣。傅斯年在昆明郊外龙头村旁边山中史语所租住的弥陀殿大殿前，专门组织召开追悼会，除史语所与中央博物院筹备处人员外，中国营造学社的梁思成、林徽因夫妇及学社同仁也前往参加。史语所所长傅斯年在讲述故校长、院长兼恩师蔡元培的生平、特别是上海沦陷前后一段经历时，泪如雨下，几度哽咽而不能语。
此时中国的抗战正陷入低潮，日军攻势凌厉，中国东部最丰腴的国土尽失，国际社会无一援手。国民政府几乎陷入外无救兵、内无粮草的绝境。蔡元培去世，令迁往昆明的中央研究院各研究所同仁心头蒙上了一层挥之不去的阴影。追悼会后，傅斯年与史语所考古组主任李济均流露出“树倒猢狲散”的悲情。当时在座的西南联大历史系教授兼秘书长郑天挺事后颇为感慨地语人：“孟真、济之皆目前国内一流的学者，尚且如此，真是国家学术机构之不幸。”
当然，作为幸存者，不会真的因蔡元培这棵大树的倒掉而四散湮灭，每一个具有血性的中华儿女都深知，在如此严峻的历史转折关头，只有一条路可供选择，这就是咬紧牙关挺过艰难的时局，积蓄力量，与中国军民一道实现战略反攻，赢得抗战的最后胜利。为使中央研究院各个系统不致因其缔造者蔡元培去世而在战火中瘫痪，院长继任人选很快被提上议事日程。这个时候，中央研究院还没有后来的院士制度；中央研究院成立之初，在蔡元培、杨杏佛、傅斯年等人的努力下，创立了一个评议会作为全国最高学术评审机构，这一机构除负责联络国内各研究机关，决定研究学术方针，促进国内外学术研究合作互助外，还握有推举院长候补人的权利。评议会以院长为议长，设秘书一人，负责日常事务。评议会的评议员以中央研究院各研究所所长以及重量级的研究员为当然人选，另有部分知名大学教授和教育、科学界杰出人士组成……这便是中国院士制度的雏形。
按既定章程，中央研究院院长产生实行“提名制”，即由该院评议会通过聘请的评议员以投票方式，选出三位候选人呈报国民政府，由政府最高决策者从三位被提名的候选人中圈定一人，有幸被圈定者，就是合法的中央研究院院长。
1940年3月中旬，评议会秘书、地质学家翁文灏在与中央研究院总干事任鸿隽，前总干事朱家骅，教育部长王世杰等人沟通后，呈报国民政府批准，召集散落在全国各地的评议员赴重庆开会，选举新一届院长。
在昆明的中央研究院各所所长与著名学者傅斯年、陶孟和、李济、竺可桢、李四光、丁西林，以及西南联大的蒋梦麟、周炳琳、陈寅恪等人接到通知，纷纷向国民政府陪都重庆云集而来，每个评议员都渴望自己看好的对象能够当选。鉴于复杂的政治人事关系，由谁来坐中央研究院第一把交椅，评议员们皆心中无数。即使是神通广大、霸气十足，具有国民政府参政员身份的史语所所长傅斯年，对此次选举前景究竟如何，也是雾中看花，不甚明了。有人主张既然蔡元培是由北大校长转为大学院和中研院院长，现任北大校长、西南联大常委蒋梦麟就应该名正言顺地继任，中央研究院社会科学研究所所长陶孟和对郑天挺试探性地说：“看来这次梦麟先生应当出来了。”郑天挺深知此事远没有如此简单，不置可否。
果然不出所料，到达重庆后，有相当一部分评议员并未把蒋梦麟放在眼里，反而“谈到此事，都说（胡适）先生一票不可少”。身为评议员的学界重量级大腕、中央研究院史语所历史组主任、西南联大历史和中文两系合聘教授陈寅恪公开放言：“本人不远千里来重庆，只为了投胡适先生一票。”按照众评议员的私下议论，时正担任驻美大使的胡适得了头彩，属于担任院长的最佳人选。只是，同中国所有地方的官场一样，由于各方面的明争暗斗，导致选举事项横生枝节，顿起波澜。
推选程序尚未开始，整个氛围已如浓雾弥漫的山城重庆，令初来乍到者晕头转向，拿捏不稳。大幕遮掩下的评议行动，首先是翁文灏、朱家骅、王世杰、任鸿隽等在民国政坛、儒林这道星河中最明亮、庞大的四只“海龟”暗中叫起劲儿来。且看四人的非凡经历：
群英会陪都（2）
翁文灏（1889…1971），字咏霓，浙江鄞县（今宁波）人。13岁乡试中秀才，后到上海读书，1908年赴欧洲留学，1912年获比利时鲁汶大学（Louvain）物理及地质学博士学位，同年回国任农商部地质研究所教师。1916年在北京与地质学家丁文江等人共同创建农商部地质调查所，任矿产股股长，1922年任该所代所长。1926…1937年任所长，期间曾兼任北京大学地质学系教授、清华大学地理系主任、清华大学代理校务（即校长）等职。至1940年选举中研院院长时，翁氏已创造了十几项其他学者难以企及的第一，如中国第一位地质学“海龟”博士（1912年），第一位代表中国出席国际地质学大会的代表（1922年），第一位系统、科学研究中国山脉的中国学者（1925年），第一位对中国地震事业作出过重大贡献的创始人，中国第一个油田（玉门）开发的组织者与领导者，第一个发起中美合作新生代研究室并参与主持周口店北京猿人遗址的科学考古发掘者等。1932年，翁文灏受蒋介石特邀到庐山牯岭讲学，蒋一见翁之相貌才学，钦慕不已，惊为旷世逸才、党国栋梁，先后任命翁为国防设计委员会秘书长、行政院秘书长等职。其后翁氏遇车祸重伤，蒋介石下令不惜任何代价予以抢救，使其得以死中重生。自此，翁氏以感恩戴德的心情追随蒋介石，为党国效劳。就在此次选举新院长之时，翁文灏已成为中国科学家在国际知名度最高的学者之一，同时身任国民政府经济部部长之要职（1948年6月，曾出任国民政府行政院长，后被中共列为国民党首要战犯之一）。
任鸿隽与陈衡哲王世杰（1891…1981），字雪艇，湖北崇阳人。曾留学英国和法国，先后获伦敦大学经济学博士学位、巴黎大学法学博土学位。1921年回国，历任北京大学教授、国民党政府法制局局长兼海牙国际仲裁所裁判官、武汉大学校长、国民政府教育部长等职。权倾学界，声震天下儒林（后任外交部长、总统府秘书长、国民党中央宣传部长等职）。
任鸿隽（1886…1961），字叔永，原籍浙江归安（今吴兴），其祖父为了躲避太平军战乱由浙入川，任鸿隽生于四川垫江。少年时代的任鸿隽勤奋好学，颇受教书老先生赏识，每次考试总是排名第一。1904年最后一次科举考试，以第三名资格成为末代秀才。随后，任鸿隽进入重庆府中学堂速成师范班就读，第二年毕业后带着120元积蓄，与两位同学顺江而下，赴上海求学。
在上海，任鸿隽进入成立不久的中国公学。这是在国际社会反华、辱华势力大行其道之时，由一批被迫回国的留日学生创办的一所学校，其中大多数是革命党人。任入校后立刻剪发易服以示革命，并与该校学生胡适、朱经农以及后来在李庄时期的同济�