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诚仁亲王骑在马上的时候，已经有切腹的思想准备。正因为亲王从信长处得到二条御所，被信长拥立的意识很强。事态至此，也不得不预作与信长同路的准备了。但是明智方面并不想危害亲王，于是请亲王离开，只是不能携带马和车驾。于是，御所内外暂时停战了。
亲王一行离开御所时的样子，正好被京中的儒医江村专斋看到，后来记录在他的《老人杂话》中：
“城介殿未动，阳光院殿（诚仁亲王的谥号）前往禁中。自乌丸（二条御所东面的南北向道路）方向的门而出，没有乘舆，由人背负而去。”
江村专斋是住在京都新在家（京都内的一个区域，在内里之南，与内里隔土御门大路近邻。这里住的都是法华宗的檀家－－即专门为法华宗寺院提供布施的俗家。）的町人，永禄八年（1565）生，宽文四年（1664）殁，幸运地活到了一百岁。本能寺政变那年，专斋十八岁。他年轻的时候通称“甚太郎”，名“宗具”（或作“宗贞”），后依照当时医者的惯例出家，号“专斋”。先后出仕过加藤清正和森忠政。《老人杂话》是专斋后来的谈话集，尽管传闻部分的记事多有误传和夸张，但他亲历的事件则记得颇详细，可信度很高。
亲王一行在新在家附近还遇到了连歌师里村绍巴，绍巴为亲王提供了一架荷舆。荷舆是没有升殿资格的下级公家（“地下”）的乘坐物，虽然很粗糙，但也强似没有。于是亲王就从从人的背上下来，坐在荷舆上继续赶路。这一过程被吉田兼和记入了《兼见别本》。
劝修寺晴丰和一个名叫河胜左近的熟人一起陪伴亲王前往内里。途中，又有权大纳言庭田重保和町人川端道喜赶来护佑。庭田可能是因为担心他在二条御所当值的儿子重通而找来的。川端道喜与专斋、绍巴一样都是住在新在家的町人，是经营糕饼粽子类的富商（知名产品是“元祖道喜饼”），与禁中的关系很密切。其后因为前来护驾这件事，他在六月九日被赏了银子一枚。（以上据《立入宗继文书》、《川端道喜文书》、《晴丰公记》）
●二条御所之战－－信忠的奋战与绝命
现在让我们把注意力再次回到二条御所。
在亲王等离开之后，二条御所内外立时成为了阿修罗地狱般的战场。信忠方在打开的大手门内布置了铁炮、弓箭队，向涌入的敌军猛烈射击，将其击退。也许是由于根本没有生还的希望，信忠方以奋战至最后的决心，殊死作战。战况之激烈，远远超乎明智方的预想。《惟任谋叛记》说信忠方在大门口坚守了“数刻”（一个时辰分作上中下三刻，一刻约合现在40分钟）之久。《莲成院日记》记道：
“其后（指亲王等退去后），开门自内打出，舍生忘死，在御门前血战，三次击退敌军。然以寡敌众，必难久持。真洛中洛外未有之大乱也。”
信忠方不仅在人数上绝对劣势，而且是仓促应战，很多人连甲胄都未备齐，因此防御力也与全副武装的明智军无法相比。虽然背水苦战，以一当十，但大门最终还是被明智方突破，信忠方退回到御殿上，信忠最后的奋战开始了。
《惟任谋叛记》：“信忠御兄弟身着腹卷（一种轻便型的护身甲），身边约百人着具足，信忠带头冲出，直向前斩倒十七、八人。”
“信忠御兄弟”指的是信忠和信长的第五子织田胜长。胜长幼名御坊丸，最初给迎娶信长叔母的美浓岩村城主远山景任做了养子，后来岩村城被武田胜赖帐下的秋山信友攻克，胜长被送往甲斐做人质。政变前半年的天正九年（1581）十一月，希望与信长和解的胜赖将其送还，信长在安土为其元服，取名源三郎胜长，并封给他尾张犬山城。（《信长公记》第十四卷）因尾张是信忠的分国，胜长就成为信忠属下的城主，在信忠进京时一同仕奉而来。不期又遭此大难，实在是非常不幸运的人。
《惟任谋叛记》又接着写道，此时明智军的侍大将明智孙十郎、松生三右卫门、加成清次等拥健卒数百人至，信忠看到后，自其队正中切入，往来拼杀，孙十郎、三右卫门、清次三人皆被其所斩。《惟任谋叛记》的描述或有夸张，但是擅长剑术又无退路的信忠确实凶狠，仿佛剑豪将军足利义辉再现一般。弗洛伊斯在《日本史》第五十六章中也写道：“嗣子战斗非常勇猛，身上多处被铳弹弓矢击伤。”
一方面是信忠方的顽抗，使明智军仅在御所内就折损了数百人，连指挥进攻的总大将，光秀五宿老之一的明智治右卫门也被信忠方的铁炮击成重伤；（《明智军记》第九卷）一方面是明智军的攻势如潮，一波受挫，马上换上第二波继续猛攻（可能也是因为御所内尤其是御殿内面积有限，大军团一时难以一拥而入的缘故）。战斗异常激烈。
攻破了大门的明智军，针对信忠方在御殿上的死战又采用了非常手段。
二条御所旁是太政大臣近卫前久的宅邸。原来的近卫邸从室町时代以来一直被称作“樱御所”，位置在土御门内里的西北角。是信长在天正五年（1577）二条御所竣工后，为表示与近卫家的亲密，特意让近卫家在近邻二条御所的位置营建新宅。因此前久的嫡子内大臣信基住在“樱御所”，前久本人住在二条新邸（因此前久被称作“下之大御所”）。
苦战中的明智军注意到了近卫邸的地势。《信长公记》：“敌军登上近卫殿御殿，自屋顶向下，以弓矢、铁炮射入，（信忠方）死伤甚重，渐近无人也。”闯入近卫邸的明智军爬上屋顶，居高临下向信忠方射击。这是信忠方无法反击的角度，士卒死伤殆尽。而《明智军记》中则说：“敌城（二条御所）之北乃近卫殿之下馆，有屋舍颇高大。”“使兵登之，以玉火矢、棒火数十挺望城中打入，本丸燃起大火。”玉火矢就是火药箭；棒火是一种燃烧弹，形如短而粗的箭，棒内装满火药，用大筒发射。按照《明智军记》，爬上近卫家屋顶的明智军，不仅狙击信忠方的武士，而且使用火器点燃了御殿的大火。
明智军的这一招很见效，御殿四方起火，信忠方再也无法应对，命运终结的时刻即将来临了。最后关头，在历史上默默无闻的人们留下了不少动人的逸话。
信忠的近侍下方弥三郎是自幼年时起就陪伴信忠，从小姓一直培养起来的。奋战到最后，他的左脚和腹部都受了重伤，肠子也流了出来，一边包扎着伤口来到信忠身边。这时信忠同样多处负伤，抚慰弥三郎道：“可谓勇锐。然而今生不及恩赏，且冀来世相会吧。”两人相视一笑，年龄相仿的两个年轻人之间的亲近感此时远远超越了主从关系。之后弥三郎又走出向明智军挑战，战死时二十九岁。（《士林溯洄》）
信忠吩咐担任介错（切腹的助手）的镰田新介（或谓为“五左卫门”），揭开走廊的地板，把自己的遗体藏匿于其下。说完就切腹自尽了。残存的家来们也都排坐着切腹为信忠殉死。新介在负责介错后，依照遗命将尸体藏好。因此信忠的尸体没有被明智军发现，而是与御殿一起在红莲烈焰中归为灰烬。信忠享年二十六岁。（《信长公记》第十五卷、《惟任谋叛记》）
但是新介并没有为信忠殉死，而是活着逃离了二条御所。十几年后丰臣秀吉侵略朝鲜时，他战死在“高丽的南门”。（《山鹿语类》第十五卷）《明智军记》说新介跳入一口一丈深的井内，在井下的大石头后藏身，一直躲到深夜之后，才偷偷的溜走，从而死里逃生。新介的这种举动是违反当时道德的，因此受到责难。相反，也有主动赶来尽节的。
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美浓住人松野平介一忠得知事变发生，立即前往助战，但是晚了一步，在途中就得知了信长父子的死讯，于是就前往位于三条坊门押小路的妙显寺（在妙觉寺西），准备追腹（即追随死去的主君而切腹）。光秀的宿老斋藤利三与平介相知，派人前去劝说他不要自尽，并且邀请他出仕明智家，为平介所拒绝。平介认为，自己接收了信长过分的恩赏，在最要紧的时刻却没有尽到力，再要投降敌人真是莫大的耻辱。平介本是医生，也通晓歌道，便作下辞世句“その時に消え殘る身の浮雲も終には同じ道の山風”和偈子一首“手握活人三尺剑，即今截断尽乾坤”，随后切腹自尽。（《信长公记》第十五卷）对于平介的死，《惟任谋叛记》中评价道：“寔当世无双之举也。”
无独有偶，一位名叫土方次郎兵卫的谱代众，宿在较远的上京柳原，没有来得及赶上战斗，于是也追腹而死。
在二条御所的战斗中，信忠方的死殁者除了信忠、胜长兄弟外，还有信忠的叔父津田又十郎（织田长利）和津田勘七、津田九郎二郎（元嘉）、津田小藤次等一门，村井父子三人（贞胜、贞成、专次），信长奉行众的菅屋长赖、福富平左卫门、野野村三十郎，马回众的团平八、斋藤新五郎、坂井越中、毛利新介等，或战死，或自尽。
《信长公记》中，除了信忠以外，总共提到了61个战死者的名字。这只是有名有姓的武士的数字，加上身份低微没有留下名字的，实际数量必定远大于此。《家忠日记增补追加》称“从士百五十余人皆死”，《明智军记》中称“共四百三十余人”，《多闻院日记》则说“其外小性（原文即此字）众五六百生害了”。《多闻院日记》中的数字似乎多了一些，从其行文看，可能是包含了在本能寺战死者的名字。
当然，在二条御所的战斗中，也有形形色色幸存下来的人物。其中最特别的，恐怕是黑奴弥助了。这是天正九年（1581）二月，耶稣会的东洋巡察师瓦利尼亚诺到日本时送给信长的。信长从来没有见过肤色这么黑的人，新奇之余，为其取名“弥助”（读音是yasuke，这在九州方言里是“假”的意思。据说信长起初一直怀疑黑人的肤色是染上去的，而成天让弥助泡在木桶里洗澡，起名或许源于此），收其为佣人。《信长公记》第十四卷中以惊奇的口气描述了弥助，说他看上去有二十六、七的年纪，全身浑黑如牛，极为强健，力气胜过十个人。也许是信长对待弥助远胜于西方殖民者对待一般黑奴，使弥助心存感激的缘故，弥助在信长死后，赶去信忠处助战，最后被生擒。明智的家臣向光秀询问如何处置这个特殊人物，据说回答是“黑奴只是动物，什么也不懂，而且也不是日本人，就免其一死吧”，结果弥助被送还给教会。此后他的命运如何，就不得而知了。（以上见《耶稣会日本年报·；上》）
从战乱中逃出命来的知名人物，有织田源五长益（有乐斋）和水野宗兵卫忠重。长益是信长之弟，也就是信忠的叔父，后来号“有乐斋”。《三河物语》：“小田的源五殿（长益）与山内修理（康丰），从狭间中脱逃。”山内康丰是山内一丰之弟。“狭间”是城壁上的枪眼，从这里面钻出去，自然是很不体面的。当时对长益的逃生评价颇不佳（而现在看来，徒死无益），《当代记》说长益“为时人所恶”。
水野宗兵卫忠重是尾张刈屋城主，德川家康生母於大的兄弟辈。当时尾张是信忠的分国，所以属于信忠帐下，进京当也是因为随同信忠的缘故。《家忠日记》（三河深沟城主松平家忠的日记）中六月七日条尚称“刈屋宗兵卫殿死于京中”，九日条中却又记其从京都归来，显然前条乃是当日信息有误。忠重归国后就出家入道，前往冈崎参见刚从京都穿越伊贺逃回的家康。家康可能因为羞于这位叔父抛弃主君而独活，没有见他。（《当代记》第二卷）
幸存者中还有权中纳言正亲町季秀。季秀是庭田重保的次子，属于信长的昵近公家众。他可能是因为关心兄长庭田重通的安危而赶去的，但是诚仁亲王等一行退出二条御所的时候，他却没有在行列中，结果被困在御所内。亲王等是从东面的乌丸口离开御所的，而季秀却是从西面的室町口进入御所的，因此或认为季秀进入御所时，实际上亲王等已经离开了。被困的季秀是怎么逃脱的呢？因为二条御所西侧近邻的是大量町屋（京都市民的住宅），明智军在这里的包围无法极其严密。季秀翻墙而出，跳在一家乐人家里，他整了整衣装，戴好乌帽子就往外走。遇到明智军士兵，就说“公家也”。结果只是受了两处伤而已。（《晴丰公记》、《老人杂话》）
这样，在本能寺和二条御所的战斗结束了。
政变的战斗究竟经历了多少时间呢？虽然没有明确的记载，但是依据各史料推断，应该可以看出大概。
《言经卿记》：“卯刻，明智日向守的叛军涌入前右府所在的本能寺。”
《川角太閤记》：“信长公二日卯刻御切腹。”
《言经卿记》：“下御所（诚仁亲王）于辰刻御渡往上御所。”
《信长公记》：“六月二日辰刻，信长公御父子、御一门历历战死。”
《日典书状》：“去月二日，仅一时半悉战死。”
《弗洛伊斯日本史》：“明智（中略）率领他的军队，在上午八、九点时直接出发。”
《弗洛伊斯日本史》：“仅仅两个小时之内，他就离开了现世的财宝和快乐，被推入万劫不复的地狱之中。”
据这些记载来推测，卯时（早六时许）起本能寺的战斗开始，不到半个小时，信长便自杀了；辰时（早八时左右）到辰时的下刻（早九时左右），二条御所的战斗也结束了。
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