根据黄兴的提议，同盟会同意接收《二十世纪之支那》为自己的机关报。可是，就在双方准备交接的时候，刚刚印就的《二十世纪之支那》第二期因刊载《日本政客之经营中国谈》一文，揭露了日本侵略中国的隐情，被日本政府硬栽上“妨害公安”的罪名强行没收。宋教仁向日本有关当局再三交涉，终归无效。同盟会决定改名《民报》，另行出版，仍由宋教仁担任庶务，兼撰述员，主持社内的日常事务。
同盟会成立以后，中国留日学生的革命活动迅速展开。这不仅使处于风雨飘摇中的清廷十分恐惧，而且也使对中国包藏祸心的日本侵略者大为不安。日本政府在清廷的要求下，于十月初六日（11 月2 日）颁布了《取缔清朝留日学生规则》，规定取缔中国留日学生的政治活动，剥夺言论自由，禁止集会和结社，检查书信来往，强迫他们遵守清朝法令，妄图以此压制中国留学生的革命活动。中国广大留日学生义愤填膺，纷纷自动停课退学，不少① 陈旭麓主编：《宋教仁集》下册，中华书局1981 年版，第502 页。
人登上轮船回国，对日本政府表示强烈抗议。由于孙中山和黄兴都不在日本，同盟会本部对此无法取得一致意见。胡汉民和汪精卫等主张继续忍辱求学，宋教仁则坚持进行斗争。他和胡瑛等人发起组织联合会，对继续留日斗争的学生统一领导，对归国的学生进行安排，直到他认为“此次风潮。。现已无可如何，于情于理于势皆不可久持”时①，才于光绪三十一年十二月十九日（1906 年1 月13 日）决定将联合会解散，二十二日全部复课。
宋教仁认为，革命既要从事破坏，更要进行建设，这些都离不开大批人才和高深的知识，所以，他立足于现在，放眼于未来，辞去了《民报》的职务，改名宋炼，于光绪三十二年三月初八日（1906 年2 月1 日）进入早稻田大学留学生部预科，准备系统地学习政法知识。但在听课温课之余，他仍然坚持翻译和写作。在此期间，他先后翻译了英、美、德、俄、澳、比等国的官制和政治制度概要，还翻译了日本宪法和各国的警察制度。这不仅提高了他的外文水平，而且增进了他对资本主义各国政治状况的了解，为他后来规划中国政治改革的蓝图打下了一定的基础。
时势的急剧变化，使宋教仁的攻读计划未能完全实现。
光绪三十二年底（1907 年初），黄兴离日归国，准备发动武装起义，委他代理庶务总干事，协助孙中山处理同盟会东京本部的日常工作。光绪三十三年正月（1907 年2 月），黄兴返回东京，同宋教仁协商如何组织东北的“马侠”，与革命党人在南方发动的起义遥相呼应问题。在宋教仁看来，这些所谓“马侠”都是被迫走上“梁山”的，只要晓以大义。完全有可能变成一支革命力量。因此，他决心亲赴东北，去完成这一使命。正月中旬（2 月下旬），黄兴和孙中山在讨论国旗图案时意见不一致，孙中山坚持用陆皓东设计的青天白日旗，黄兴则主张采用象征“平均地权”的井字旗。孙中山固执己见，黄兴怒而宣布要退出同盟会。宋教仁同情黄兴，认为这次事件之所以发生，决不是偶然的，实因孙中山“素日不能开诚布公，虚心坦怀以待人，作事近于专制跋扈，有令人难堪处”①。正月下旬（3 月初），日本政府接受清廷的要求，劝令孙中山离开日本，并赠款5000 元；同情中国革命的日本股票商铃木久五郎又赠款1 万元。孙中山拨出2000 元给《民报》，其余的全部带走作为发动起义的经费。担任《民报》主编的章太炎对孙此举不满，大起风波，宋教仁颇袒章太炎。
二月十三日（3 月26 日），宋教仁和白逾桓及曾在东北“马侠”中担任过头目的日本退职军曹古川清一起，乘船离开日本的门司港，二月十九日（4月1 日）到达安东（今丹东市）。他在给大孤山“马侠”首领李蓬春等人的信中说：“仆等向在南方经营大业，号招党徒，已不下数十万众，欲扶义兴师久矣，而山川隔绝，去京绝远，欲为割据之事则易，欲制清廷之死命则难，视公等所处之地，形势不及远矣。欲与公等通好，南北交攻，共图大举。。。若不嫌微末，而以提倡大义之事互相联合，则不独仆等之幸，亦中国四万万同胞之幸也。”①李蓬春等把他们邀到山上，表示赞成同盟会的宗旨。宋教仁便成立同盟会辽东支部，作为东北地区革命运动的领导机关。随后，他们准备响应广东的惠州起义，古川清向当地清朝官吏告密，白逾桓在碱厂招兵时① 宋教仁：《宋渔父日记》，《辛亥革命》第2 册，第210—211 页。
① 《宋教仁集》下册，第563 页。
① 《宋教仁集》下册，第718 页。
被捕，起义计划遭到破坏，宋教仁逃奔大连。他极力设法营救白逾桓脱险，毫无结果。他不甘心就此罢休，便潜入啸聚于吉林夹皮沟一带的韩登举处，继续活动。
宋教仁受到韩登举的热情款待，并且得知，日本军国主义成立长白山会，制造所谓“间岛问题”，妄图侵占我国延吉地区。他满怀爱国热情，在日本友人的帮助下，把自己打扮成日本人，化名贞村，打入长白山会内部，将这个会所伪造的关于延吉地区原属日本的保护国朝鲜的证据全部拍摄下来，带回日本，在东京帝国大学图书馆和其他图书馆翻阅了大量有关资料，写了《间岛问题》一书，用确凿无疑的历史事实证明，延吉地区从来就是中国的神圣领土，并且指出，保护这一地区不受侵犯，对于巩固中国的国防安全和开展东北地区的革命运动，都有极为重要的意义。
《间岛问题》写成之时，正是日本政府向清廷提出所谓“间岛问题”交涉之际。日本政府曾经设法用重金收买宋教仁的书稿，遭到宋教仁的坚决拒绝。清廷得到这个消息，立即由外务部尚书袁世凯出面，通过驻日公使杨枢将宋教仁的书稿索去，并且赠款千元，授予四品京堂的官职，要宋归国任职。宋教仁征得孙中山和黄兴的同意，想利用这个机会深入清廷内部从事革命活动，为部分同盟会员反对，才没有成行。但是，他的《间岛问题》的书稿帮助清廷在对日谈判中获得了胜利，维护了中国对延吉地区的领土主权，却使他得到很大安慰。他把清廷的千元赠款大部分给了清寒的中国留日学生，他对别人说：“吾著此书为中国一块土，非为个人赚几文钱也。”②宋教仁在“间岛问题”上得到清廷的奖赏，引起了革命队伍内部不少人的猜想和怀疑。有的人认为他在勾结清朝官吏，也有人推测他出卖了党。为了表明自己的心迹，他于光绪三十四年给清廷写了一封公开信，重申他在国内事务上同清廷不可调和的对立立场，要清廷取消他的留学生资格，撤掉他所享受的月费金。日本政府对他大为光火，把他看作是清廷的密探，对他进行多方刁难，他并不放在心上。而同盟会组织的逐渐涣散，所发动武装起义的接连失败，使他感到心灰意冷，一度变得异常忧郁和消沉。他寄情于烟酒，狂歌当哭，甚至不惜向日本使女借钱买得一醉。但是，即使是在这种情况之下，他也没有推卸自己所担负的革命责任。光绪三十四年九月（1908 年10月），日本政府以煽动暴乱的罪名将《民报》封闭，他运用各种合法手段进行挽救，都没有成功。宣统二年（1910），在谭人凤的劝说之下，他曾两次同化名潜入日本的孙中山商谈整顿党务问题，结果都是不欢而散。他看到在南方边远地区发动起义无法取胜，建议把革命的中心转移到长江流域，成立中部同盟会，作为直接领导机关，得到谭人凤等许多同盟会员的赞成。谭人凤出面召集在东京的十一省区同盟会分会会长开会，讨论革命诸事，宋教仁在会上提出了著名的革命三策：“上策为中央革命，联络北方军队，以东三省为后援，一举而占北京，然后号令全国，如葡、土已事，此策之最善者也；就沿江各省，同时并举，先立政府，然后北伐，此策次善者也；就瓯脱地，密布党羽，进居边要，然后徐图进取，其地则东三省或云南、广西，此策之又次者也。”①经过全面分析，他认为上策最难，下策已败，唯有中策最为适宜，并且提出：应该“分步作法，从长江结合，以次推行河北为严密之组织，② 同上书，第727—728 页。
① 徐血儿等编：《宋渔父》第1 集后编《宋渔父先生遗事》。
期以三年，养丰毛羽，然后实行”。只是由于到会者“咸主急进”，最后才由谭人凤拟出“以事权统一，责任分担，不限时期为原则”的进行方案①。① 《邹永成回忆录》，《近代史资料》总10 号。
第三节筹谋民国大业宣统二年十二月（1911 年1 月），宋教仁回到上海，应于右任的邀请，担任《民立报》主笔。于是，他那丰厚的学养和远见卓识，就化成一篇篇笔锋锐利的时论文章，通过《民立报》在社会上广泛流传。他指斥清廷对国际形势的蒙昧无知，而且“因循苟且，视国事若传舍”，从而把中国推到危险的境地。他认为，日俄战争以后，帝国主义各国在中国的“均势”局面决不会维持长久，日本正想独吞中国，俄国在觊觎中国的东北与新疆地区，英国企图继续控制长江流域，还窥伺西藏和云南，美国则运用其强大的经济力量，拼命向中国内地各省扩张势力，一旦这种“均势”遭到破坏，帝国主义各国就会大动干戈，“共逐中原之鹿”，“不出五年，日英同盟及其他各种协约条约则尽解散，不出十年，日本与美国则干戈相见于太平洋之间，而竞争之目的，则必为极东问题之支那，而为导火线者，又必为满洲问题，或监督支那财政问题”①。他主张通过外交途径暂时维持这种“均势”，以便乘此机会迅速改革国政，扩建国力，等到国势强盛以后，再同帝国主义侵略者进行较量。
揭露清廷立宪的骗局，是宋教仁时论文章的另一个主要内容。他指出，清廷的预备立宪，实际上是一种骗人伎俩，他们肆意侵犯资政院应有的权限，擅自成立皇族内阁，都从根本上违反了立宪的原则。他们颁布的《钦定宪法大纲》，纯粹是日本“钦定主义”的仿制品，其中所规定的“大清皇帝万世一系，永远尊戴”，同秦始皇的“朕为始皇，二世三世至于万世”一脉相传。所谓“臣民言论、著作、出版、集会、结社均准自由”，所谓“臣民非按法律不加逮捕监禁处罚”，以及“臣民之财产居住无故不加侵扰”等等，都是十足的空话。所以他得出结论说：“其所谓宪法大纲者，不过欺人之门面，赖人之口实，万不可信者也。”②他反对实行君主立宪，同时也反对在当时就实行社会主义政策，认为“凡一主义之推行，每视其客体事物之现状如何以为结果，其客体事物之现状与其主义相适者，则其结果良，其客体事物之现状与其主义不相适者，则其结果恶”①。
宣统三年三月（1911 年4 月）中旬，宋教仁在谭人凤的敦促之下，奔赴香港参加即将发动的广州起义（即黄花岗之役），代替陈炯明担任编制课课长。他草拟了文告、约法以及中央与地方的制度方案，准备在起义胜利之后颁布实施。二十九日（27 日）傍晚，他与何天炯等人乘晚班轮船离开香港，次日凌晨到达广州，不幸起义已经失败。他们无法上岸，只好原路返回香港。但是，宋教仁并没有因为广州起义的失败而灰心丧气，他还劝说其他革命党人鼓起勇气，继续斗争。他说：“此次虽失败，然得许多之经验，足以为他日之预备者。”因此，他回到上海以后，仍然担任《民立报》主笔，一方面在政治思想上向清朝封建统治者发动一次又一次的冲锋，一方面同往常一样，照旧从事革命的组织活动。闰六月初六日（7 月31 日），中部同盟会在湖州会馆召开正式成立大会，谭人凤撰写了《宣言》，宋教仁拟订了总会、① 居正：《辛亥札记》。
② 《宋教仁集》上册，第221 页。
① 《宋教仁集》上册，第215、254、255 页。
总务会和分会的各项章程，并且当选为总务会的干事，分掌文事部，负责处理参谋、立案、编辑与其他一切事务，成了中部同盟会的主要领导人。
根据宋教仁提出的方略，中部同盟会决定在武昌首先起义，然后组织各省立即响应。为了做好准备工作，他们派曾杰去湖南，与焦达峰组织湖南分会，令范鸿仙、郑赞永去安庆，筹建安徽分会。而作为重点区域的湖北，则由谭人凤亲自前往，要居正促使共进会与文学社迅速联合，成立湖北分会，属上海总机关直接领导，分别运动当地清军，主持当地起义诸事。除此以外，他们又让同盟会东京本部的吴玉章和张懋龙回到四川建立四川分会，和长江中下游各地遥相呼应。
随着四川保路运动的迅速发展，革命时机日渐成熟。宋教仁担心革命会受到帝国主义各国的干涉，特于八月初四日（9 月25 日）在《民立报》发表《葡国改革之大成功》一文，要革命党人吸取葡萄牙改革成功的经验，采取革命手段，应当“以务使现状不致大变动而容易恢复的宗旨。约而言之，有三：一革命之时宜神速而短（不可久事战事）；一革命之地宜集中而狭（宜于中央）；一革命之力宜借旧政府之所恃者（用政府军队），使为己用，而收事半功倍之效”②。同一天，联合后的共进会与文学社所派代表居正和杨玉如来到上海，向中部同盟会汇报了湖北近况及其起义计划，要求黄兴、宋教仁和谭人凤去武汉主持大计。因为黄兴远在香港，近日之内无法赶到，谭人凤生病住进医院，行动很不方便，宋教仁便立即准备西行，但就在这时，被关押在武昌狱中的胡瑛派人送来一封密信，说湖北形势极为险恶，不能在近期之内发难。宋教仁对居正和杨玉如的报告疑信参半，已经下定的决心又发生动摇。谭人凤坚信武昌发动在即，再三催促宋教仁赶快上路，并于