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至尊弥勒像完成后，继即铸造了一尊背高十六磔手量的救度母鎏金像，这尊像的左右两边，则用加持的药物塑造的蓝色度母及白度母像。这具有稀有加持的像造成后，像的胸间装有许多佛菩萨的舍利，喉间装有一尊高一磔手的天然出现的救度母泥像，此外像的上下各部如其量度装有许多延寿陀罗尼及咒轮等。这样稀有的像造成后，随即在当年的八月吉日，修完开光法事，修法时天空出现彩虹，天雨瑞花。特别是空间发出犍槌声响达下院，下院僧众都听著这样认为传召的声音，发生了这类许多稀有的瑞征。继此，大师想到为后世具足暇满诸人士有所观瞻缘念起见，而动念制造一幅释迦世尊缎像，于是迎请来受本尊加持的伯尔妥诸部落王默拉邓珠（义为药师成义）及其门人等开始制造，计像竖长十八托（平伸两手臂之量为一托），横宽十二托。这样稀有具足加持的妙像，完美地制成后，像的胸间书有大师亲撰的弘教愿文多种，开光时也发现许多稀有瑞相。这幅缎像共计用缎料九十五疋：计衣领部份像幅面用缎二十五疋，宝盖两疋，左右边幅用绸五疋，旗帜用绸一疋零五方，线股混合缎绸共四十九方，小牙络二托，下边沿用兰绸一疋。又从速制成一幅救度母缎像，计竖长八托，横宽六托，全用上料，具足加持光彩。开光时也现许多瑞相。这幅缎像的眉间毫相计用缀制珍珠一千二百七十五粒，及在大院中央，有一降雨时中，地神“勒色瓦”供献大师的水晶宝石一颗；并装有佛舍利、象身出生的舍利，青默．洛桑扎巴的灵骨、纳塘．捏真清波的灵骨，及许多舍利等。像右手上缀有珊瑚、青金石配合共一百二十五颗，左手上用珊瑚二百零三颗，项上用珊瑚九十颗，鼻端中用上品琥珀一颗及珍珠多粒。
大师复对扎什伦布修法僧院定下学规，亲住院中，不断地转大法轮。计在上午讲《释量论》及《俱舍》，此后配合求法者的愿望而说；下午讲《般若》及《毗奈耶》、《入中论》，或《菩提道次第》、《密续释论》等，也是配合求法者的愿望而说。其中《释量论》是依据“拉侠迦及达师大疏”，与及克主杰所作大疏来讲说，《俱舍》是依据“青默”及勒巴师二疏来解义，《般若》则依据《金鬘论》及达师大疏，《毗奈耶》则依据玛师大疏及广释，讲《入中论》时，则须诵大疏一遍，然后贯串其中要义作复讲，讲菩提道次第修心等法门时，也是先讲一遍，继须“复座”二次，修心法门则依达师绛秋伯所作详细笔录。
大师说法时，笑容满面，听者坐次不论远近，都能听著他那种缓慢而较他者宏亮的音调，对经论分津断理，似乎都使能得到分晓。不作对他者辱骂诽谤等的武斗说法，不谈沫四溅；虽是举出不同的宗见，而立出许多疑问时，总说应当对于理教方面细作研究，如果去体验实修，将有这样的进度，虽表示一下自宗见解，但说来使他者心服。在辩论问题的时候，从不夸张，获得胜论的语声，也十分安详，完全是已心平气和，炉火纯青。在辩论中立宗多种，总说请尽揭此中有何缺点，而使闻说诸人及僧众不至于随心说出一些辩语就算完事。总之，对于一人喜悦称赞时，使会众无不同时生乐解闷，对一人加以呵责时，其他诸众莫不畏惧，在表喜悦的态度时，真是满面笑容可掬。大师头如伞盖而圆满，鼻高耳长，额广口大，目视线呈三角状，身肉色略带青色，远视似乎背略驼，手极粗壮，大半常不戴帽。由于有什么衣服，便穿什么，不爱讲究，以此有时使人不识。供师呢绒绸缎衣服者，是不少的，但绸缎等物大师都用于三宝以作回向，师的衣装和威仪是没有内外贵贱区别的。凡是他人对师献来的承事供养财物，师立即用于三宝方面而作回向。供师财物无论大小，师总是表示我正需如此，十分欢喜，不使供者失意。哪怕只一次茶饮，大师也亲自去作召请人。坐垫只用通常的垫包，也就心满意足。对供钱财受用施主及长官不谀情面，对弟子门人不作爱此憎彼，任呼唤何人，都尊称阁下。本来具足无亲疏的大悲为怀，但师不表示大慈大悲的样子；本来师具离垢染的戒德，但不露调柔德人的态度；本来师已无边通达，但师不许自己是一善巧者，对理智无论达与非达，都十分重视。对寺院成与不成不作牵念；对僧人来去，不存喜不喜心；对施主和门人，不谀不媚。总之，师对世间八风，是作缘平等念，他远离一切幼稚行动，而对菩萨一切伟大诸行，无畏怯地都作实行，显见大师和“种尊者”的清净行传，是一般无二的。大师虽是在作建大寺，铸造佛像、经、塔等广大事业，然内修四座瑜伽，任于何时，也不松懈，如上所说大师讲说诸大经论，也从未间缺。师作出的事业都是幻化的事业。如大师想造千佛石像，商议到那一地方去采取石料时，一些人说：“到嘉清哲方面去采寻的好。”师说：“太远转运困难。”众人回禀说：“那么，附近是寻找不出的。”有一天大师带著侍者们说是到外面去寻找石料，到了寺的附近有一地方名喀隆的时候，侍者们禀师说：“那上边有乌鸦在飞翔。”师说：“那么，就到那边去吧！”攀登到一山头，师命令说：“就在这里掘开这岩石。”果然挖开岩石一看，大而且好的石板，多得来可以随意取用。所有僧众齐来搬运了一天，于是浮雕出了贤劫千佛像，及三十五佛像等，都造得相好庄严，这些雕像都满涂真金，奉安在外院楼阁下面，称作“贤劫佛殿”。这也是一桩幻化事业，后来许多人们去到喀隆寻找那样石板，除只能找著过去大师在那里开藏掘石所剩残片碎渣外，再也寻不出如那样的石料来。
总的说来，这位大师这一生中，在守持清净戒律的基础上，制定三事戒规作风中，而勤行闻说，建造佛像、佛殿等，供养三宝，以及著作论述等齐集起来，常行不断的一切事业，为过去藏地雪山丛中大德们所作的清净行传中，难以比量的。一切智大师根敦主为了弘昌教法起见，著作有《毗奈耶广释》、《律经根本大疏》、《别解脱戒大疏》、《释量论大疏》、《总义理智庄严论》、《中论及入中论疏》、《释迦世尊赞集一切经教颂》、《粉碎魔军赞》、《佛语赞》、《赞贾曹杰大师普贤赞》、《善鉴童子》、《一切智克主杰赞》、《江哲．朗喀伯瓦赞》、《京俄．索朗伦珠赞》、《京俄．仁清迫赞》、《绛央仁清绛称赞》、《大菩萨楚称．伯桑赞》、《至尊文殊赞》、《竭地罗迦林救度母赞》、《度母林宫赞》、《白度母成就法》、《白度母赞》、《蓝色不动金刚成就法》、《依密集开光仪轨》、《妙音佛母赞》、《杂色大鹏金刚赞》、《地藏菩萨赞》、《钩刀怙主明王赞》、《四面怙主明王赞》、《具誓法王护法赞》、《具誓护法禳除法广轨》、《红色密成具誓护法赞》、《扎母支护神赞》、《军刀天母护法赞》、《军刀天母供垛玛略轨》、《东方雪山悟道歌》、《迦摩罗修悟歌》、《在拉嘉哲所作悟道歌》、《宝积所出愿文》、《三宝七支赞》、《怙主护法授权颂》、《无量光佛赞及愿文等》、《在弘愿会期中所作简略愿文》、《造弥勒大像时所作略愿》、《狮面佛母禳退法》、《黄财神水供仪轨》、《与大司徒朗嘉扎巴问答书》等著述。此外由大师讲说，他人也作了一些笔录，特别是在大师前听讲了二十多部经论，温习多年，后来成为住持教法的大师达敦．绛秋伯所作的笔记，有关于《般若》、《释量》、《毗奈耶》、《俱舍》、《中论》、《入中论》等的笔记；此外，还有传徒“克珠章瓦”所编集的各种笔记，也是很多的。
大师正如《噶当幻化经卷》中所记别说：“为观世音所化现”那样，观世音菩萨为弘文殊宗喀巴教法，而如愿化身为一切智根敦主如日月光辉的名称，由救度母助成他建立扎什伦布大寺，以无垢完整的宗喀巴大师显密教法作说修两种的纲领，赡洲中所有难以数计的善巧有成的人士，饱餐大师著述嘉言，而成就其清净事业行传的，遍于一切方隅。大师这一生圆满完成他的应化众生事业直到享寿八十四岁时，是在甲午年（公元一四七四年，明成化十年）冬月初八日拂晓，结金刚跏趺，手作定印，三空次第合入后，而现证一切空胜义光明；一反在过去在病中消瘦形态，那时身相突然变成如月圆满，所有皱纹随即消失，而成为灿烂悦目的光辉身相。有些见其身光为黄红色的，有些见为白黄色的，有些见其身光如金色的。那时现证胜义光明，从转变成就死有法身中，而现起中有幻化身。根据这些来看大师确已证得殊胜悉地是无疑的。那么，传说后来大师将受生汉地，这又是怎样一回事呢？这正如大师所说：“由于是以幻化去受生，故不矛盾。”在示寂时间的天空，现证一切空光明情状，是如此这般，简直有如通知诸方世界那样，虚空界极其莹洁毫无纤尘微云，一切大地无风流动，就连些微凉风，也不见起，这种情状经四十五天之久。诸天人齐来散供瑞花，大半如君陀花那样白，如珍珠那样的光彩，如月那样的显亮，大如掌的，大如车轮，无量无数，一些蓝色，一些黄色，一些红色等如雨般的下降。大师肉身前面，现起五彩虹霓，光华灿烂经久不散。大半天空现起白虹如宝盖，如张幢幡；寺院的左右，各种彩虹有如悬彩布满各方，多日方散。勇士空行等众在晚间也齐鸣锣钹等诸般音乐，在白昼传来响亮的犍槌声，众都惊疑这不是一人所击，也察觉不出从何方哪地击起的声音，这样经多天方息。总之，如同释迦佛世尊在拘尸那城示寂时，诸天前来供养的情状，是一般无二的。继此，即由大师首要弟子持律大师为首，率同大半僧众约二千多人，在师灵前作祈祷供灵法事，并发广大宏愿，诸施主及受学僧俗人众，以及僧院职事等都来灵前，供内外无量诸供，一切殿堂楼房僧院都供满连如珠鬘般的明灯。作完这般福慧二资，满足所有心愿后，在未年新年刚到也就去迎请金刚阿阇黎桑波扎喜（义为贤吉祥），从藏来到，当即备幢幡仪杖迎登狮座，授权补处大师法王之位，并由持律大师散花供养，赞颂吉祥。由于根敦主大师对圣教作出了极大事业，以此传徒也难以数计，其中能广宏事业的住持教法大德有：持律师洛卓伯巴（义为智隐）、杜纳巴．伯敦桑波（义为功德贤）、班钦．桑波扎喜（义为贤吉祥）、班钦．隆日嘉措（义为教理海）、班钦．耶喜哲谟（义为智峰）、却觉伯桑（义为法德贤）、克珠．洛桑嘉措（义为宝贤海）、夏仲．恭迦邓勒（义为普喜善）、勒清．恭迦绛称（义为普喜幢）、绛央迦尾洛卓（义为曼殊喜智）、恭清．却拉峨色（义为方神光）等许多弟子。首要弟子为持律师洛卓伯巴。
附一、持律师洛卓伯巴略传
这位大师，是在庚辰年（公元一五八○年，明万历八年），降生在后藏上部曲阁区的约仲城中，师在孩童时期，对有情生起悲心的时候，就自然地流泪不止，这是由本性中现起的悲相。继后师到纳塘在大堪布．住巴协饶（成智）座前出家，命名叫桑珠扎巴伯敦（义为意成名称德），依大译师桑迦西（义为僧吉祥）听受许多《声明》论著。继后，由于他看见哲日山等处的许多修行胜地，发生现在我愿作一个大修行人的念头。那时，师的法友有一康区僧人劝他说：“暂时求学经论吧！然后才去修行那就很好，否则现在就修的话，那是鲁莽愚修。”以此继续学习还未学完的经教。这位大师说：“我那时如果住哲日山修行，或许将成为一个大修士，但是能否值遇这一甚深中观见，那是不能知道的。”继此，师与一些法友结伴同赴前藏的时候，在能见桑耶山的一条道上，他突然失去知觉而昏倒，同伴对他很好救护苏醒转来，他说：“我所见的是同一位大德结伴而行，到了说是桑耶佛殿的跟前，与那位大德一同进门去的时候，有一白色人说：‘你这人往哪里去，将我挡住不让进去。’就在这时，我在梦中，听到他人叫我的声音，以此恢复知觉苏醒过来。那白色人是那位大德的本尊，以此是他解除了我的灾难。”此后勤学《般若》，一直研习了三年的时间，对于教法，也就成为通达无碍。
继后想学《中论》，及《释量论》的时候，又是法友康区僧人劝他说：“你如果想学《中论》及《释量论》的话，当以‘甘丹寺’为最好。”以此因缘，他�