又徙归顺的百姓三千余家于江、汉之间。自率大军还师。
桓温既掌内外大权，其诸弟皆身居要职，桓氏势力一时甚盛。其二弟桓云任江州刺史、加都督司豫二州军事、领镇蛮护军、西阳太守、假节。桓云在职，“招集众力，志在足兵，多所枉滥，众皆嗟怨。时温执权，有司不敢① 《晋书》卷一一四《王猛传》。
弹劾”①。其三弟桓豁任建威将军、督沔中七郡军事、新野义成二郡太守，后又因功进位右将军。其四弟桓秘，虽素与桓温不睦，但也任职辅国将军、宣城内史，并一度监梁益二州征讨军事、假节，后官至中领军。其五弟桓冲数从桓温征伐有功，多次升迁，先后镇守襄阳、江陵等要冲，升平四年（360）桓云死，接任江州刺史、领镇蛮护军、西阳谯二郡太守，振威将军。此外，其子侄也多有任要职者。升平四年，晋廷加封桓温为南郡公，桓冲为丰城县公，桓温之次子桓济为临贺郡公。
北伐姚襄之前，桓温曾多次上疏，请求还都洛阳，朝廷不许。收复洛阳后，桓温于哀帝隆和元年（362）再次上疏，请迁都洛阳，并请将永嘉之乱后流亡至江南者，全部北徙，以充实河南之地。晋廷君臣但求自保江南，无意恢复失地，皆不同意迁都，但惧于桓温权势，无人敢言。扬州刺史王述认为桓温“欲以虚声威朝廷耳，非事实也，但从之，自无所至”①。于是朝廷诏答桓温说，“诸所处分，委之高算”，有关迁都事宜请桓温筹划办理。后迁都之事果然作罢。朝廷改授桓温都督并、司、冀州，罢交、广二州都督，桓温表辞不受。
哀帝兴宁元年（363）五月，桓温加侍中、大司马、都督中外诸军事、假黄钺。东晋内外军政大权集于桓温一身。桓温乃上疏陈便宜七事：“其一，朋党雷同，和议沸腾，宜抑杜浮竞，莫使能植。其二，户口凋寡，不当汉之一郡，宜并官省职，令久于其事。其三，机务不可停废，常行文案宜为限日。其四，宜明长幼之体，奖忠公之吏。其五，褒贬赏罚，宜允其实。其六，宜述遵前典，敦明学业。其七，宜选建史官，以成《晋书》”有司皆奏行之。从桓温所陈七事看，大部分是针对当时朝廷上的问题而发，如果真能照此实行，对于东晋的弊政当能有所改革。
兴宁二年，桓温当政时期，东晋实行了“庚戌土断”。由于桓温法令严明，这是东晋最有成果的一次土断。
东晋过江以来，对于北来的流民采取优待政策，“以其旧壤之名，侨立郡县，往往散居，无有土著”②。这些“无有土著”之人不入于国家的正常编户，因此也不负担国家的赋役。从成帝咸和年间，东晋政府为了增加劳动人手和赋役来源，也为了防止国家的正常编户冒充北方流民逃避赋役，开始实行土断。在“庚戌土断”之前，先后实行过二次土断。兴宁二年三月初一庚戌这天，朝廷颁布法令，“大阅户人，严法禁，谓之庚戌制”③。桓温当政，执法雷厉风行，彭城王司马玄“违禁藏匿民五户，桓温表玄犯禁，收付廷尉”①，由于桓温一反东晋过去优容世族贵戚的作法，执法有力，这次土断取得很大成果，大批人口成为国家的编户，流民减少，时会稽一郡即“亡户归口三万余口”②。后来刘裕当政时评论此次土断说：“大司马桓温，以民无定本，伤治为深，庚戌土断，以一其业，于时财阜国丰，实由于此”③。桓温当政期① 《晋书》卷七四《桓云传》。
① 《晋书》卷七五《王述传》。
② 《隋书·食货志》。
③ 《晋书》卷八《哀帝纪》。
① 《晋书》卷三七《彭城穆王权传》。
② 《晋书》卷七六《王彪之传》。
③ 《宋书》卷二《武帝纪中》。
间，较之东晋其他时期，在政治上似乎稍有振作。
北伐前燕，兵败枋头兴宁二年三月，前燕将李洪侵许昌，大败晋军于悬瓠（今河南汝南县）。桓温使西中郎将袁真、江夏相刘岵通水运，自己率舟师进至合肥，准备北伐。五月，晋廷又以桓温为扬州牧、录尚书事，遣侍中颜旄宣旨，召桓温入朝参政。桓温以中原尚未恢复为由推托。朝廷不许，再次征桓温入朝。桓温军至赭圻（时属宣城郡，今安徽宣城附近），晋廷又诏尚书车灌止之，桓温遂城赭圻而居之，辞录尚书事不受，遥领扬州牧。当年，桓温移镇姑孰，转以其弟桓豁监荆、扬、雍州军事、领护南蛮校尉、荆州刺史、假节，右将军号如故，镇守荆州。其时桓温权倾天下，威势镇主，既镇姑孰，遥控朝政，四方州牧皆遣上佐纲纪致敬④。不久，哀帝死，桓温北伐之举暂时搁置。
海西公太和三年（368），晋廷加桓温殊礼，位在诸侯王之上。
太和四年，桓温在土断之后“财阜国丰”的基础上，第三次出兵北伐，这次的进攻目标是前燕。
这年三月，桓温请与徐、兖二州刺史郗愔、江州刺史桓冲、豫州刺史袁真等讨伐前燕。时郗愔所领徐州，其民多劲悍，为精兵所聚之地。桓温常说：“京口（徐州治所，今江苏镇江市）酒可饮、兵可用”①，很不愿意让郗愔居于京口。这时，郗愔听从其子郗超之计，写信给桓温，自称老病，不堪军旅，请桓温统率自己所领之兵，并乞闲职自养。桓温见信大喜，即刻转郗愔为会稽太守，自己并郗愔之兵，又自领平北将军、徐兖二州刺史，实力大增。四月，桓温率桓冲、袁真等步骑五万从姑孰出发北伐。朝中百官皆来送行，“都邑尽倾”。大军行经金城（东晋侨置琅玡郡治，在今江苏句容县北），见己昔为琅玡太守时所植柳树皆已长大，感慨万分，说：“木犹如此，人何以堪！”攀枝执条，泣然流涕。大军继续北进，过淮、泗，踏上北土。桓温与将佐僚属登上楼船眺望中原，慨然说：“遂使神州陆沉，百年丘墟，王夷甫（王衍）诸人不得不任其责！”②时正大旱，水道不通，参军郗超劝阻桓温说：“道远，汴水又浅，恐漕运难通”③。桓温不从。六月，桓温大军进至金乡（今山东金乡），桓温命冠军将军毛虎生凿巨野（巨野泽，在今山东巨野北）三百里，引汶水（今大汶水）会于清水（古济水自巨野泽以下又称清水）。这条航道后称“桓公渎”①。于是桓温率大军乘船自清水进入黄河，舳舻连绵数百里。这时，郗超又建议说：“清水入河，难以通运。若寇不战，运道又绝，因敌为资，复无所得，此危道也。不若尽举见众直趋邺城，彼畏公威名，必望风逃溃，北归辽、碣。若能出战，则事可立决。若欲城邺而守之，则当④ 《晋书》卷七六《王彪之传》。
① 《晋书》卷六七《郗鉴传附郗超传》。
② 《晋书·桓温传》记金城泣柳及北眺中原之事皆在穆帝永和十二年，《资治通鉴》不载金城泣柳事，但亦将北眺中原之事记于永和十二年，皆误。刘盼遂、程炎震先生考辨此事当为海西公太和四年伐前燕时事，其说甚是。见余嘉锡先生《世说新语笺疏》（中华书局版）第115 页《言语篇》刘盼遂曰及第834 页《轻诋篇》程炎震云。
③ 《资治通鉴》卷一○二晋海西公太和四年。
① 见《水经·济水注》。
此盛夏，难为功力，百姓布野，尽为官有，易水以南必交臂请命矣。。欲务持重，则莫若顿兵河济，控引漕运，俟资储充备，至来夏乃进兵；虽如赊迟，然期于成功而已”②。但桓温又未采纳，既不肯直趋邺城，决胜负于一役，又不肯顿兵河、济，以待来年。于是桓温使建威将军檀玄攻湖陆（在今山东西南部）。檀玄很快攻下湖陆，擒获燕之宁东将军慕容忠。前燕主慕容 以下邳王慕容厉为征讨大都督，率步骑二万于黄墟（今河南民权北）迎战晋军，结果大败于晋军，慕容厉单骑逃回。接着，桓温前锋邓遐、朱序又大破燕将傅颜于林渚（今河南郑州市东北）。七月，桓温大军进至枋头（今河南浚县）。晋军顺利进军，燕主慕容 君臣惶恐不安，准备逃往和龙（今辽宁朝阳市）。这时，前燕名臣慕容垂劝阻说：“不然，臣请击之，若战不捷，走未晚也。”③于是慕容 以慕容垂为使持节、南讨大都督，率众五万抵御晋军，又使其散骑侍郎乐嵩去向前秦求救。
桓温进军之初，曾使袁真进攻谯、梁之地，并开石门（即汴口，在今河南荥阳境）引黄河水入汴渠（今河南荥阳西南之索河），沟通淮、泗水以通水运。袁真虽然平定谯、梁之地，但石门却没能打开，这时，桓公渎因为干旱水位下降，已不能通运。而慕容垂又派燕范阳王慕容德，兰台侍御史刘当率骑兵一万五千驻屯石门，桓温水军的退路及粮食供应都成了问题。
桓温进至枋头，离燕都邺城只有二百里路，但他顿兵枋头，不敢直趋邺城。这时，晋军的形势已很不妙，水运不通，粮草不继，退军已经是必然的了。此后，桓温几次与燕军交战都未取胜，又听说前秦军将至，乃命令烧掉船只，弃掉辎重从陆路退军。晋军为怕燕军在上流放毒，一路上凿井而饮。晋军既退，前燕诸将皆欲追之，慕容垂说：“不可，温初退惶恐，必严设警备，简精锐为后拒，击之未必得志，不如缓之。彼幸吾未至，必昼夜疾趋，俟其士众力尽气衰，然后击之，无不克矣。①”于是慕容垂亲率骑兵八千跟踪于后，又使慕容德率精骑四千埋伏于襄邑（今河南睢县西）东涧中。桓温见燕军未来追赶，果然放心，命令晋军兼程而进。慕容垂命令部下急速追赶，在襄邑追上晋军。慕容垂与慕容德前后夹击，大败桓温，晋军被杀者达三万人之多。此后，前秦救兵苟池又于路邀击桓温，晋军又死伤万余人。十月，桓温收拾散卒，驻军于山阳（今山东金乡县西北）。桓温的第三次北伐遂以惨败告终。
桓温三次北伐，除第二次有些成果外，皆无功而返，而第三次更以惨败告终。这有主客观二方面的原因。
从桓温主观上来说，其北伐不是真正想收复中原，而是志在立威，欲以功名镇江东，伺机取晋室而代之。因此，桓温在作战中务求持重，在大好形势下常常观望不进，贻误战机。另外，桓温确实很熟悉兵法，也善于用兵。比如他伐蜀途中，曾于鱼腹（今四川奉节东）平沙上见诸葛亮用石垒就的八阵图，其“垒石为八行，行相去二丈”，其军中文武皆不识此阵，但桓温一见就说：“此常山蛇势也，”可见他对兵法阵势是很精通的。又如他入关伐秦，镇守陇西的前凉将王擢赶紧“驰使于（张）祚，言温善用兵，势在难测”② 《资治通鉴》卷一○二晋海西公太和四年。
③ 《晋书》卷一一一《慕容 载记》。
① 《资治通鉴》卷一○二晋海西公太和四年。
①，引起前凉一阵恐慌。但桓温还不是一个出类拨萃的军事家，用兵贵在多谋善断，相机而动。桓温于此却略逊一筹，他多次在大好形势下观望不进，虽与他志在立威，无意真正北伐有关，但也反映出他用兵不善于捕捉战机，缺乏灵活性。所以前燕申胤说他：“骄而恃众，怯于应变”②。又如他在第三次北伐撤军时，谋略上也输了慕容垂一筹。
从客观上来说，东晋君臣无意恢复失地，志在割江自保，又桓温权势日增，朝廷对其深怀戒心，因此其北伐得不到真正的支持。当桓温大军进展顺利之时，申胤就曾预料说：“以温今日声势，似能有为，然在吾观之，必无成功。何则？晋室衰微，温专制其国，晋之朝臣未必皆与之同心。故温之得志，众所不愿也，必将乖阻以败其事。”③这是正确的分析。
尽管如此，桓温的三次北伐还是有一定的积极意义。它支持了北方各族人民反抗剥削压迫的斗争，打击了少数族统治者的残暴统治，这是符合当时中原人民愿望的。
桓温既遭惨败，深以为耻，回至山阳，乃归罪于袁真，奏免袁真为庶人。袁真上表辩冤，并奏桓温罪状，朝廷不加理睬。袁真遂据寿春（今安徽寿县西南）投降前燕。桓温使毛虎生领淮北太守，镇戍历阳（今安徽和县），防备袁真。然后桓温发徐、兖二州百姓修筑广陵城，徙镇广陵（今江苏扬州市）。太和五年，袁真病死，其将朱辅立其子袁瑾继任其职。八月，桓温率兵二万从广陵出发，进攻袁瑾，袁瑾固守寿春，桓温遂围而攻之。太和六年正月，桓温军攻下寿春，生擒袁瑾、朱辅。寿春又入晋手。
废立专权，野心未遂桓温北伐本意是欲先立功河朔，然后还受九锡，渐窃朝柄。既有枋头之败，威望顿减。参军郗超乃劝桓温说：“明公既居重任，天下之责将归于公矣。若不能行废立之事，为伊、霍之举者，不足镇压四海，震服宇内，岂可不深思哉！”桓温素有野心，他曾卧对亲信说：“为尔寂寂，将为文、景所笑”，接着又抚枕而起说：“既不能流芳百世，不足复遗臭万载邪！”其部下见桓温出此不臣之言，莫敢答对。又桓温对于叛逆王敦甚为倾慕，经过王敦墓，连声说：“可人，可人”，称赞王敦能行非常之举①。这时与郗超一拍即合，遂定废立之事。
由于海西公司马奕（366—371 在位）平素谨慎，没有过错，桓温与郗超商量，乃诬海西公有痿疾，是太监之身，并说海西公使嬖人相龙、计好、朱灵宝等与美人私通，生下二子，将要冒充皇子建储为王，改变皇家血统，倾移皇基。太和六年十一月，桓温率军从广陵返回姑孰，半路止军于白石（今安徽当涂西），带兵入朝，威逼褚太后废海西公帝位，立会稽王司马昱为帝，并草拟好诏令呈之于太后。褚太后在逼迫之下，只得同意。桓温集百官于朝堂，依《汉书·霍光传》所记废立故事，宣太后令，废海西公，立司马昱为帝，桓温命督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收海西公皇帝玺绶，又亲率百官至会稽① 《晋书》卷八六《张祚传》。
② 《资治通鉴》卷一○二晋海西公太和四年。
③ 《资治通鉴》卷一○二晋海西公太和四年。
① 见《世说新语笺疏》（中华书局版）第467 页《赏誉�