于行政院下设国防部。根据《国防部组织概要》，国防部承国民政府主席命令综理军令事宜，并承行政院院长命令综理军政事宜。国防部设部长1 人、次长3 人、参谋总长1 人、参谋次长3 人，下设6 厅8 局，各厅分管人事、情报、计划、作战、补给、编训事宜，各局分管新闻、民事、保安、预算、史料、监察、兵役、测量事宜，另设陆军、海军、空军、后方勤务4 个总司令部。军事委员会撤销后，军事委员会委员长行营改称国民政府主席行辕，军事参议院改称战略顾问委员会，划归国民政府直辖。
第四节司法机构和司法制度司法机构南京国民政府的最高司法机关是司法院。1928 年10 月8 日公布的《国民政府组织法》规定：司法院设院长、副院长各1 人，院长因故不能执行职务时，由副院长代理；司法院掌理司法审判、司法行政、官吏惩戒、行政审判等项职权；关于特赦、减刑及恢复公民权等事项，由司法院院长提请国民政府核准后施行。10 月10 日，王宠惠就任司法院院长。除秘书处、参事处以外，司法院原拟设司法行政署、司法审判署、行政审判署、官吏惩戒委员会。11 月7 日，国民党中央政治会议决定，将司法行政署改为司法行政部，司法审判署改为最高法院，行政审判署改为行政法院，官吏惩戒委员会改为公务员惩戒委员会。16 日，司法院正式成立。1931 年12 月26 日，国民党四届一中全会决定，将司法行政部改隶行政院，并修改《国民政府组织法》，规定：司法院设最高法院、行政法院、公务员惩戒委员会，司法院院长兼任最高法院院长，副院长兼任公务员惩戒委员会委员长。1934 年10 月4 日，国民党中央政治会议又决定，司法行政部重归司法院。11 月，原隶司法行政部的法官训练所改归司法院直辖。1935 年12 月，司法院增设法规委员会。这样，到抗日战争全面爆发前，司法院的直属机构主要有2 院1 部2 个委员会。
司法院直属机构成立时间有早有晚，内部组织各不相同。最高法院成立于1928 年11 月17 日，是国民政府终审审判机关，负责对民事、刑事案件的终审审判。最高法院设院长1 人，由司法院院长提请国民政府任命，院长综理全院事务，但不得指挥审判；下设民事庭4 个、刑事庭4 个，每庭置推事5 人，其中1 人为庭长。各庭审判时以庭长为审判长，采取合议制，推事参加审判和评议。1933 年7 月，国民党中央政治会议决定，扩大最高法院组织，将民事庭增为5 个，刑事庭增为7 个。此外，最高法院配设检察署，置检察长1 人，检察官7 至9 人。司法行政部成立于1928 年11 月19 日，掌管全国司法行政事务，并对地方最高级行政长官执行本部主管事务进行指导和监督。司法行政部设部长、政务次长、常务次长各1 人，均由司法院院长提请国民政府任免。部长综理部务，并监督所属职员和各机关，次长辅助部长处理部务。下设总务、民事、刑事、监狱4 司，置秘书、参事、司长若干人。按照《司法行政部组织法》，该部就主管事务认为各地方最高级行政长官的命令或处分违背法令或逾越权限时，可请司法院院长提经国务会议议决后予以停止或撤销。公务员惩戒委员会分为中央和地方两种：中央公务员惩戒委员会成立于1931 年6 月9 日，掌管全国荐任职以上公务员和中央各官署委任职公务员的惩戒事宜。设委员长1 人、委员11 至17 人，其中6 至9人简任，余由现任最高法院院长及推事中简派。地方公务员惩戒委员会分设于各省和直辖市，掌理各该省委任职公务员的惩戒事宜。其委员长由省高等法院或市地方法院院长兼任，委员从庭长和推事中选派。委员长综理会务，但不得干涉惩戒事项；审议惩戒议案时，在中央应有7 名以上委员、在地方应有5 名以上委员出席。到抗日战争全面爆发前，共有23 个省市设立了地方公务员惩戒委员会。行政法院成立于1933 年6 月23 日，掌管全国行政诉讼的审判事宜。所谓行政审判，是指对由于中央或地方官署的违法或不当处分而损害其权利而提起的诉愿进行审判。行政法院设院长1 人，由司法院院长提请国民政府任命。院长综理全院事务，并兼任评事；下设2 个审判庭，每庭置评事5 人，其中1 人为庭长。进行审判时，以庭长为审判长，采取合议制，评事参加审判和评议；按照规定，每庭的评事中，必须有2 人曾担任过法官。
司法制度南京国民政府的各级司法机关均由审判和检察两个部分组成。在国民政府所在地设最高法院，在各省或特别区域设高等法院，在县或市设地方法院；区域狭小的县市，合数县市设地方法院；区域辽阔的省、特别区域及县市，设高等法院分院和地方法院分院。国民政府最初实行四级三审制。即以地方法院简易庭、县法院、兼理司法的县政府承审员为第一级，地方法院为第二级，高等法院为第三级，最高法院为第四级；同一案件只能经过三级审判，如果以地方法院简易庭、县法院、兼理司法的县政府承审员为初审，则地方法院为二审、高等法院为终审，如果以地方法院为初审，则高等法院为二审、最高法院为终审。1932 年12 月28 日，国民政府颁布《法院组织法》，改四级三审制为三级三审制。即以地方法院为第一级，高等法院为第二级，最高法院为第三级；凡不服地方法院一审判决的案件，可上诉于高等法院，不服高等法院二审判决的案件，可上诉于最高法院。最高法院设置检察署，高等法院和地方法院设置检察官。检察官独立行使职权，其职责为：实施侦察，提起公诉，实行公诉，协助自诉，担当自诉，指挥刑事裁判的执行。各级法院在执行职务时，均受司法行政机关的监督。司法院院长监督最高法院院长及最高法院，司法行政部部长监督高等法院及以下各级法院和分院，检察长监督全国检察官，高等法院首席检察官监督该省或该特别区域内所有检察官。
对民事、刑事案件和“反革命案件”的审判对于民事、刑事案件和“反革命案件”的审判，主要依据《民法》、《刑法》、《暂行反革命治罪法》、《危害民国紧急治罪法》。《民法》包括总则、债、物权、亲属、继承等5 编，共1225 条。各编公布和实施的时间不同，最晚的第五编于1930 年12 月26 日公布，1931 年5 月5 日施行。民法保护地主阶级和资产阶级的各项经济利益，宣布私有财产、私有土地不受侵占和侵害，赋予地主和资本家自由雇佣及解雇工人的权力，保护债权人的利益及高利贷制度。民法公开维护半封建的婚姻家庭制度，规定男女青年在满20 岁以前订婚、结婚、离婚，都须得到法定代理人的同意；在家庭中，妻以夫的姓冠于本姓前面，以夫的住所为住所，联合财产由夫管理；子女从父姓，父母得于必要范围内惩戒其子女。《刑法》于1928 年3 月10 日公布，同年9 月1 日施行，共30 章387 条。刑法设置了7 种刑，罗列了34 种罪。刑分为主刑和从刑，主刑包括死刑、无期徒刑、有期徒刑、拘役及罚金，从刑包括褫夺公民权和没收财物。有期徒刑的期限，一般为2 个月以上、15 年以下，遇有加重时可加到20 年。罪主要有内乱罪、外患罪、妨害国交罪、渎职罪、妨害公务罪、妨害选举罪、妨害秩序罪、妨害风化罪、妨害婚姻及家庭罪、鸦片罪、赌博罪、杀人罪、伤害罪、堕胎罪、遗弃罪、盗窃罪、侵占罪、恐吓罪、赃物罪等。为了镇压人民革命民主运动，南京国民政府在刑法规定的34 种罪名以外，还设立了“反革命罪”。《暂行反革命治罪法》于1928 年3 月9 日公布，同日施行，共13 条。其中规定：凡意愿颠覆国民党及破坏三民主义而起暴动者，宣传与三民主义不相容之主义及不利于国民革命之主张者，以“反革命”为目的组织团体和集会者，均为“反革命”，分别处以死刑、无期徒刑或1 年以上有期徒刑。1931 年1 月31 日，国民政府公布《危害民国紧急治罪法》，于3 月1 日施行，同时废止《暂行反革命治罪法》。该法进一步加重了“反革命罪”的刑罚，规定对以“危害民国”为目的“扰乱治安”、“煽惑军人”、“煽惑他人”、“破坏交通”者，分别处以死刑、无期徒刑或10 年以上有期徒刑；对以“危害民国”为目的而组织团体或集会或宣传与三民主义不相容之主义者，处以5 年以上15 年以下有期徒刑。
对公务员的惩戒对于公务员的惩戒，分为四个层次进行。南京国民政府规定，所有公务员违法、渎职或失职案件，均交惩戒机关处理。如果被弹劾人员是国民政府委员、五院正副院长、各部部长、各委员会委员长，则送国民党中央监察委员会处理；如果被弹劾人员是国民政府及五院所属各部次长、各委员会副委员长，则送国民政府政务官惩戒委员会处理；全国荐任以上及中央各官署委任以上人员被弹劾，交由中央公务员惩戒委员会处理；各省及特别市委任人员被弹劾，交由地方公务员惩戒委员会处理。惩戒处分共有免职、降级、减俸、记过、申诫五种，其中降级、减俸、记过不适用于选任的政务官及立法委员、监察委员，降级不适用于特派的政务官。1933 年6 月8 日，国民政府颁布的《公务员惩戒法》规定：如果惩戒机关发现被惩戒人员有刑事犯罪嫌疑，应立即将其移送法院审理；在法院进行刑事侦察或审判期间，惩戒机关不得开始惩戒程序；在法院宣布不予起诉、免予起诉或无罪释放后，惩戒机关仍应进行惩戒处分。据统计，从1932 年9 月到1937 年2 月，中央公务员惩戒委员会共发布惩戒议决书446 件，涉及各类官吏690 人，其中仅贪污受贿、违法犯罪的县长和代理县长就多达169 人，却只有13 人被移送法院审理。①第五节考试机构和文官制度考试机构南京国民政府的最高考试机关是考试院。考试指官吏的选拔，它是人事行政的一个职能，但不是人事行政的全部内容。人事行政还包括官吏的甄别、登记、任免、考绩、升降、调转、抚恤、退休、奖惩、俸给等，统称为铨叙。考试院的职权实际上包括考选和铨叙两项。1928 年10 月8 日公布的《国民政府组织法》规定：考试院设院长、副院长各1 人，院长因故不能执行职务时，由副院长代理；考试院掌理考选铨叙事宜，所有公务员均须经考试院考选铨叙方得任用。1930 年3 月6 日，考试院正式成立，第一任院长是戴季陶。考试院下设考选委员会、铨叙部和秘书处、参事处。考选委员会、铨叙部与考试院同时成立。考选委员会设委员长、副委员长各1 人，委员5 至7 人，由考试院院长提请国民政府任命，另由考试院聘任专门委员20 至40 人。委员长一般由考试院院长兼任，综理本会事务，监督所属职员，并负责执行考选委员会的决议事项。举行考试时，由委员长和3 至5 名委员及专门委员合组典试委员会主持考试，另由国民政府简派监察院监察委员若干人为监试委员监督考试。铨叙部掌理全国文官、司法官、外交官及其他公务员、考取人员的铨叙事宜。铨叙部设部长、政务次长、常务次长各1 人，由考试院院长提请国民政府任命。下设秘书处、登记司、甄核司、育才司及铨叙审查委员会。1935 年9 月18 日，国民政府发布关于各省市设立铨叙分机关的命令，规定：各省及行政院直辖各市设置铨叙委员会，隶属于铨叙部，办理该省市委任职公务员的铨叙事宜；各省市铨叙委员会由国民政府简派委员3 至5 人组成，以1 人为委员长，由该省市简任职人员兼充；各省市铨叙委员会主任秘书由铨叙部荐任职人员充任，其他职员抽调该省市公务员兼任。
考试及铨叙制度考选各类公职人员是考试院的基本职能。国民政府于1933 年2 月23 日公布的《修正考试法》规定：凡是候选人员、任命人员及依法应领取证书的专门职业或技术人员，均应经过考试取得资格。公职人员考试分为三种类型：公职候选人；任命人员，指政务官以外的公务员；专门职业或技术人员，包括律师、会计师、农工矿业技师、医师、药师、兽医、助产士、护士及其他依法应领取证书的人员。对公职候选人的考试，分为甲、乙两种。经过甲种考试合格者成为省或县参议员候选人，经过乙种考试合格者成为乡（镇）长或保长候选人。对任命人员、专门职业或技术人员的考试，分为普通考试、高等考试、特种考试三种。没有中等以上学校毕业学历而参加普通考试、没有高等专科以上学校毕业学历而参加高等考试的人员，在参加考试前，还须经过检定考试。高等考试、普通考试均考三场：第一试考基本科目，高等考试考6 门，即国文、党义、中国历史、中国地理、宪法和与该项工作有关的基本知识；普通考试考4 门，即将中国历史和中国地理合并，并取消与该项工作有关的基本知识考试。第二试考专门科目，高等考试设必考科目五六门，选考科目一二门，应考人员须参加7 个科目考试；普通考试应考人员须参加5 个科目考试。第三试为口试，就应考人员第二试必考科目的相关内容及其经验进行口试。在三场考试中，前一场考试不及格者不能参加下一场考试，如有一场或两场考试及格，在下次举行同样考试时可免试及格内容一次。1935 年8 月，国民政府颁布《高等、普通卫生行政人员，建设、统计、会计、审计人员考试条例》，将专门技术人员考试的第一试改为专门科目7门，第二试基本科目减为党义、中国史地和宪法3 门，口试并入第二试，突出了专业知识内容。特种考试是对特殊职业人员进行的资格认定考试，包括县长考试、邮务佐考试、信差考试、驾驶员考试等，其中最重要的是县长考试。县长考试高于高等考试。1935 年9 月7 日，国民政府颁布《县长考试条例》，规定有下列