�1月7日，他写了《祝新华二周年》，阐明《新华日报》的宗旨：“本报志愿在争取民族生存独立的伟大的战斗中作一个鼓励前进的号角。为完成这个神圣的使命，本报愿为一切受残暴的寇贼蹂躏的同胞之苦难的呼吁者描述者，本报愿为后方民众支持抗战参加抗战之鼓励者倡导者。”
1941年是抗日战争最困难的时期。毛泽东在《抗日时期的经济问题与财政问题》（见毛选合订本893页）中写道：“最大一次困难是在1940年和1941年，国民党的两次反共摩擦，都在这一时期。我们曾经弄到几乎没有衣穿，没有油吃，没有纸，没有菜，战士没有鞋袜，工作人员在冬天没有被盖。”1941年1月，国民党在皖南围歼新四军军部与华中局领导机关，又不准共产党在重庆的《新华日报》发表真实消息，周恩来只能题写“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急”十六个毛笔大字在报上表示抗议。而某些抗日根据地又有违反党的政策与中央指示的言论，舆论导向混乱。王明甚至提出我党与日本侵略军妥协，先打国民党反动军，再打日本，颇像蒋介石“攘外必先安内”的主张。为此，秦邦宪提出延安需要有一份日报与一个强有力的通讯社，经中央同意，停办中央的机关刊物《解放》，陆续停办中直机关的工人、青年、妇女等刊物，集中人力物力出版党报。中央决定让政治局委员秦邦宪担任报社社长，兼新华社社长、中央出版局局长。
1941年5月15日，毛泽东为中央书记处起草的《关于出版〈解放日报〉和改进新华社工作的通知》发出，说“5月16日起，将延安《新中华报》与《今日新闻》合并，出版《解放日报》”。《新中华报》与《今日新闻》14日停刊，《解放日报》仓促上马，15日试刊，16日党中央的日报破天荒正式出刊。创刊号头题登载博古写的《苏援华态度坚定不变》。《发刊词》由毛泽东执笔，说“本报之使命为何？芽团结全国人民战胜日本帝国主义，一语足以尽之”，“这是中国共产党的路线，也就是本报的使命”，再次宣告党的抗日民族统一战线的总路线，并阐明党报与党的关系。5月18日，该报刊登毛泽东执笔的最长的著名的论述世界大事的社论《请看今日之域中竟是谁家天下》。
6月23日头题报道德国法西斯大举进犯苏联，博古撰写社论《德国法西斯进攻苏联》，文中指出：“这种自掘坟墓的疯狂举动将永远埋葬掉法西斯制度。”２５日发表博古根据毛泽东为党内起草的《关于反法西斯的国际统一战线的决定》撰写的社论《反法西斯的国际统一战线》，最早向世界提出建立国际反法西斯统一战线的号召。
两报合并时只有三十几位编辑、记者与校对，最多的时候发展到五十余人。新华社的业务人员更少。博古率领的是一支二十岁出头的在战争中学战争的新闻新兵。博古说：“在党的领导下，已经有了很好的人民政府与人民军队，还必须有很好的新闻队伍？选”为训练新闻新兵，博古经常给编辑部讲述社论，讲新闻要真实、准确、生动，要符合党的政策。博古讲话逻辑性强，结构完整，语言简洁，有记者记录下来作为文章发表。
1941年9月16日报纸扩大版面，由四开二版改为对开四版，成为当时全国大型日报之一。当时爆发了苏德战争与太平洋战争，博古提出新的版面安排：一版欧洲，二版远东，三版国内，四版上半版是延安和边区，下半版是《文艺》和其他专刊，把原来常在头版发表的党的活动搬到三版，延安和边区的版面缩小了。1942年2月1日毛泽东作《整顿党的作风》与2月8日作《反对党八股》的演说，标志着延安整风运动普遍开展。这两个极为重要的报告，竟被发表在三版的右下方和左下角，引起了中央的注意。3月14日毛泽东致周恩来通报情况，也说“关于改进《解放日报》已在讨论，使之加强党性与反映群众”。《新中华报》与《今日新闻》都是三日刊的四开四版小报，《今日新闻》是刊登其他通讯社消息的参考消息性质的仅限“内部发行”的小报，两报合并时未明确其他通讯社的消息怎么刊登，《解放日报》有时照发英国与美国通讯社的消息。3月16日中央宣传部发出《关于改造党报的通知》，指出“把报纸办好，是党的一个中心工作”，并尖锐地提出“如果报纸只是以极大篇幅为国内通讯社登载消息，那么这样的报纸就是党性不强”。
1942年3月17日，博古召开全社干部大会，检查十个月的报纸，列举事实，说明“没有完成战斗的党的机关报的责任完全在我”。总编辑杨松肺病发作入医院治疗，文艺栏发表王实味的《野百合花》，博古太忙没有看，他也承担责任，对报纸发生的错误与问题都包在自己身上。博古任劳任怨，勇于自我批评，总结经验教训不作任何解释，终于抓住了“以我为主”的党报宣传的擎天柱，提出把版面改为一版是要闻，二版是国内，三版是国际，四版是副刊与专刊。另外创办仅供内部参阅的《参考消息》（四开四版，1942年12月1日创刊，这是最早创办的《参考消息》）。1942年3月30日毛泽东与博古召开改版座谈会，博古首先做自我批评，毛泽东最后指示：“利用《解放日报》应当是各机关的经常业务之一，经过报纸把一个部门的经验传播出去，就可推动其他部门的改造。我们今天整顿三风，必须要好好利用报纸。”
新的版面于4月1日见报，头题发表边区参议会减轻群众公粮公草负担的决议，社论《致读者》是博古执笔的，说：“最近中央号召全党反主观主义、反宗派主义、反党八股，进行思想革命与改造全党工作的时候，党报没有能尽到其应尽的责任”，并说“要贯彻党的路线，反映群众情况，加强思想斗争，帮助全党工作的改进”。从此，报纸开始了反映人民大众的新时代新天地。报纸对农业劳动模范吴满有、工业劳动模范赵占魁、三五九旅在南泥湾屯田及各行各业的模范人物都做了充分的报道。这种版面安排为中国解放区甚至为建国后的报纸版面的安排树立了榜样。
《解放日报》前后共有三位总编辑，我在他们领导下都工作过，关于他们来去的时间，有关书刊与资料的记载，有的有错，有的含糊。近年更有《解放日报》改版，“陆定一和报社同志一起做了大量工作”等不实的论述，因此我有必要说说三位总编辑来去的时间。《解放日报》创办时总编辑为杨松，副总编辑是余光生。1942年元月中旬杨松肺结核病复发，离职休养，11月23日去世。1942年8月8日中央政治局决定陆定一任总编辑，列席政治局会议，在博古处看文件。陆定一原任八路军野战政治部副主任（４月份提升的）、中央总学委《学习》专刊（在《解放日报》第4版刊登）编委，具体负责发稿、编辑与看清样，以上工作均未免职，到报社以后，他的副官、警卫员与夫人，仍称他陆主任。他仍编辑《学习》专刊，8月21日才第一次参加编委会，传达了中央政治局指出《解放日报》改版后有很大进步，但仍未成为真正的中央机关报的意见。1945年陆在党的第七次代表大会上当选中央委员，约７月末或８月初调中央宣传部任部长。1945年8月下旬余光生任总编辑，1946年2月余光生任总编辑、代理社长。《解放日报》改版只有余光生协助博古工作，陆定一是在改版四个多月以后才到报社来的。
1942年9月15日，毛泽东给中宣部代部长何凯丰的信说：“今天与博古谈了半天，报馆工作有进步，可以希望由不完全的党报变成完全的党报。”
1942年9月，报纸把整风报告的消息发错位置，但报纸从1941年开始就发表整风学习的专论、社论，整风文件都刊登在最显要位置，报纸是抓住“整风与生产”这两个环节进行宣传的。
1942年10月10日博古在新华社拿到被围在斯大林格勒的苏联红军突破德国法西斯一百五十万侵略军的包围的消息，立即送毛泽东参阅，毛泽东11日撰写题为《第二次世界大战的转折点》的评论送给博古：“请看看可否作社论用？”这是10月12日《解放日报》的社论，也是全世界最早指出二次大战转折点的评论。西方报刊，在三个月以后，苏联红军在斯大林格勒城外歼灭德国法西斯精锐部队鲍里斯兵团三十万大军，方说为世界大战的转折点。
1942年9月，中央决定《解放日报》同时又是西北局机关报以后，博古撰写社论《党与党报》，首次提出党报是“党的喉舌”。
1943年夏，国民党发动第三次反共高潮，调动二十万大军拟进攻延安，在准备军事反击的同时，中央决定先进行宣传反击战，7月8日头版用四号字全版发表朱德总司令致蒋介石、胡宗南等电，揭露国民党军调动情况，呼吁团结，反对内战。报纸接连十多天报道延安三万余军民集会反对内战，报道各根据地反对内战、准备反击的活动。毛泽东接连写了《中央“七·七”宣言在重庆被扣》、《质问国民党》、《中国政治黑暗、抗战不力，英美盟邦大不满意》的评论、社论与消息。博古写了专论《在毛泽东的旗帜下，为保卫中国共产党而战》与延安三万余军民集会的头题新闻。报纸迅速、猛烈、密集的宣传弹，打得国民党不知所措，匆忙宣称“误会”、“别误会”，下令撤退进攻部队。报纸起这么大的作用，在新闻史上是罕见的。党的领导人中，博古是第一个提“毛泽东旗帜”的。
1944年2月16日，博古执笔的社论《本报创刊一千期》说：“我们的重要经验，一言以蔽之，就是‘全党办报’四个字。”并说：“办报是全党一件大事，是人民大众的一件大事，是治国的本领之一。”从此，《解放日报》被认为是一份完全的党报了。
1944年10月11日博古又写了《党报记者要注意些什么问题》的社论，提出“党报的记者是党的耳目喉舌”，为此“要用党的立场党的观点去分析问题”，“不仅反映现实，还要指导现实”，“还要有记者的品质”等等，这些话在延安是黄莺第一声，现在重读也极耐人寻味。1945年12月23日，博古又写了社论《从五个W说起》，这是讲解新闻写作的五个要素的经典著作，讲述了新闻写作的基本知识。
博古重视副刊，他说副刊是党报的一部分，它和其他栏目一样要有党性，不同的是副刊的内容、形式和发表的位置。博古要求：“报纸上的评论、报道与一切文章，都要与中央息息相关呼吸相通，要做到思想上、政治上与中央一致。”“报纸不能闹独立性，一个字也不能闹独立性。”“自由主义不能在报纸存在，我们的副刊不能像国民党统治区的报纸副刊，内容与新闻版的态度不一致。”博古要求文艺稿件在反映抗日战争、反法西斯战争与延安生活方面，发挥宣传与鼓动作用，不能办成可有可无的“报屁股”、“甜点心”或“消遣品”。《解放日报》无论是《文艺》栏或以文艺为主的综合副刊，文艺稿件一个月发十五万字，都是全国最大的文艺阵地，发表的著名文艺家稿件最多，培养的新作家最多。丁玲主编《文艺》十个月，发表了韦君宜、孔厥、叶克、邢立斌、朱寨、洪流、陈涌、黄钢、贺敬之等三十几位全国闻名的新人的作品，以及林默涵、王匡、许立群、田家英、曾彦修等人写的杂文。
《解放日报》还发表许多外国作家的译文，如爱伦堡、阿·托尔斯泰、肖洛霍夫等苏联作家与英、美作家反法西斯的报告文学，还介绍高尔基的作品与国外评论高尔基与托尔斯泰的作品。该报对外国现代与古典文艺作品也有许多译文发表。此外，对延安每年公演的几个或几十个外国戏剧，《解放日报》都作评论或报道。
博古善于爱护、培养与提拔干部，吴文焘调《解放日报》第一版约作两个月编辑，于11月调去新华社，不久让他做副社长。吴文焘大学毕业，工作能力强，他是在抗战以后才参加工作，他愿做工作不愿担任领导职务，博古告诉他这是工作需要，要勇于负责。吴文焘说：我们收到各分社的报道要及时提出要求与改进意见，整理出来以后，下款署“总社博古”，这是正常的，因为一般发文都是一把手正式签署。可是博古提出“要改为‘博吴’二字。博古尊重吴文焘，他告诉吴文焘说：“那里面主要是你们的劳动，由两个人署名，也表示要共同负责的意思。”1943年初，中央办公厅杨尚昆主任说《解放日报》发表过十几篇对敌后生产建设有指导意义的文章，新华社没有广播，应当早日补发出去。吴文焘写了一篇检讨，请博古阅后转中办。博古看后写了“这个责任应由我负，博古”，告吴文焘“我马上发了”。博古对工作差错首先归于自己，这是报社、新华社的同仁非常感动的。
吴文焘还牢记1943年7月15日，在杨家岭中央礼堂召开的“抢救大会”上，康生激动地说：“拿你们解放日报社、新华社说，看对你们客气不客气？”意思是说，从报社和新华社只抓走了少数几个人，问题还多得很呢？选这自然对社长博古是个很大的压力。报社抓走了李锐、黄操良、杨永直、缪海棱四个编辑、记者，康生还说是“客气”。抓李锐，博古提了不同意见，不被接受。博古在“抢救运动”以后，做过检讨，在会上向大家赔礼道歉，但他在政治上是相信与爱护干部的。他对“抢救”提过不同意见，动作迟缓，没有主动“抢救”过谁。
在博古领导下，党的新闻出版大军学马列、勤读书、钻研业务的好风尚在他以身作则的带动下逐步形成。报社与新华社的干部，在建国后都在中央与省、市、区担任宣传与新闻战线的领导工作，穆青、吴冷西、李锐、郁文、赵守一、林默涵、刘祖春、缪海棱、王揖、杨永直、高扬文、周立波、陈学昭、白朗、黄操良、吴文焘、陈适五、陈企霞、冯牧等都是报社与新华社的编辑与记者，报社、新华社是延安出干部最多