4月份，一次大规模的病毒事件爆发，这次的主角是一个能够同时感染文件和引导区的复合病毒“蒸馏酒”（Tequila），同年9月，采用了同样的原理，一个名叫“变形虫”（Amoeba）的病毒开始流行。
1991年夏天，“目录二代”（DIRII）病毒开始流行，和其他一些病毒不一样的是，“目录二代”病毒不存在于某个文件或者引导扇区中，他把自己分成小块，然后放在磁盘上的多个扇区中，运行的时候再进行组装和执行。
1991年11月：中国瑞星公司成立，并推出瑞星防病毒卡。
1992
在这一年，非IBM PC兼容机或者非DOS兼容的病毒基本上被遗忘了，网络上的漏洞得到了修补，错误被改正，大量的蠕虫病毒不再能够快速的复制和传播。运行在微软DOS操作系统下的文件型、引导型以及文件／引导复合型病毒，随着DOS的广泛流行，变成电脑病毒故事里面的主角。电脑病毒的数量以几何级数增长，几乎每天都会发生新的病毒感染事件，人们开发出各种各样的杀毒软件，大量书籍和杂志中出现关于电脑病毒的内容。
1992年早期，第一个多台病毒生成器“MtE”开发出来，病毒爱好者利用这个生成器生成了很多新的多态病毒，“Mte”也是随后很多多态病毒生成器的原型系统。
原型系统：计算机科学中常见的一个术语，一般指首先实现了某种功能或者验证了某种概念的系统，原型系统一般比较简陋，功能比较单一而且不很完善，但是原型系统往往开创了一系列新的、完善系统的先例。
1992年3月：“米开朗基罗”（Michelangelo）病毒和随之而来由反病毒软件厂商造成的歇斯底里是这个月的标志。从某种意义上，这是第一个对病毒进行炒作并且获得成功的案例，反病毒软件厂商学会夸大病毒造成的威胁，不去实际告诉用户如何保护自己的数据，而是想方设法让他们把目光集中到自己的产品上，这一切的原因只有一个——利润。一家美国公司声称3月6号，超过5百万台电脑上的数据将会被破坏，而实际上真正遭遇“米开朗基罗”病毒的电脑只有大概10，000台。成功的炒作得到的效果就是很多家反病毒厂商的利润都增长了好几倍。
1992年7月：第一个病毒构造工具集（virus construction sets），“病毒创建库”（Virus Create Library）开发成功，这是一个非常著名的病毒制造工具，实际上，直到1999年，国内还有一些个人和组织利用这一工具制造病毒。这个工具的成功同时还刺激了新的、更加强大和完善的病毒制造工具不断的被开发出来。
1992年晚期：第一个视窗病毒开发成功，实际上，大量DOS环境下的病毒在视窗环境下仍然能够成功的运行，称这个病毒是第一个视窗病毒是因为该病毒首次对视窗操作系统独特的可执行文件格式进行感染，这个病毒的出现宣告了病毒发展历史上新的一页的到来。
这一年，“目录2”病毒开始大规模进入中国，
中国，南京信源自动化技术有限公司成立，推出DOS环境下的内存驻留反病毒软件“硬盘卫士”（HD GUARD）和DOS杀毒软件VRV（Virus RemoVer）。
1993
在这一年里，病毒制造者除了制造大量普通的病毒、使用多态生成器／病毒构造机构造一系列的病毒以外，他们开始进行更加严重的破坏活动，使用一些新的方法感染文件并且将病毒注入系统。这一年中比较典型的病毒有：
“保护模式是简单的”（PMBS），工作在英特尔80386芯片保护模式下的病毒。
〃陌生〃（Strange） ， 一个自我隐藏技术的杰作，通过对硬件中断0Dh和76H的模拟实现隐藏自身。
“影子卫士”（Shadowgard）和“红宝石”（Carbuncle）极大地拓展了共生病毒的概念。（共生病毒，一种病毒如果可以表现为不同的形态则称为共生病毒，例如同时感染引导区和文件，或者同时感染Office 文档和普通的可执行文件）
“埃米”（Emmie）、“梅提里卡”（Metallica）、“炸弹人”（Bomber）、“乌拉圭”（Uruguay）和“咬嚼者”（Cruncher）病毒相继出现，它们使用了一些非常新颖的技术进行感染，这样，杀毒软件很难在被感染文件中找到病毒代码。
1993年春天，微软发行了自己的反病毒软件——微软反病毒软件（MSAV），这是微软购买了“中心点”公司的CPAV之后发布的微软版CPAV。但这是一次不成功的尝试，微软很快就认识到作为一个通用软件厂商，如此深入的进入一个非常专业的领域是非常不明智的，比尔。盖茨很快就放弃了这一产品。
1993年6月，中国，公安部正式决定将KILL的所有有形和无形资产、开发人员移交公安部所属的中国金辰安全技术实业公司进行商品化销售。此时，KILL的版本号为V68，产品形式分为5寸磁盘和3寸磁盘两种。
在这一年，瑞星的防病毒卡占据了80％以上的反病毒市场，达到了防病毒卡销售的顶峰。
1994
病毒通过光盘进行传播在这一年变得非常普遍，在随后的几年，直到因特网的广泛使用之前，光盘迅速成为最主要的病毒传播渠道。大量的光盘在制造的时候，由于使用的母盘中包括了病毒，所以压制出来的光盘也包括了病毒，由于光盘中的内容是不能被改写的，所以这些病毒无法清除，唯一的解决方法只能是将这些感染了病毒的光盘销毁。
在1994年早期，英国发现了两种极其复杂的多态病毒：“SMEG。病原体”和“SMEG。Queeg”（直到今天，仍然有大量的反病毒软件不能完全检测他们的所有变体！），由于病毒的作者将感染的文件放到了电子公告板上，所以这两种病毒在公众媒体造成了很大的恐慌。
另外一次恐慌是一个并不存在的病毒“好时光”（GoodTimes）造成的（注意不是我们在后面将要描述的“欢乐时光”），谣传说这种病毒可以通过电子邮件进行传染。这种不存在病毒的恐慌和欺骗后来称之为“好时光欺骗”。稍后在DOS下面真的出现了很普通的一个病毒里面包括了文本信息“好时光”，但是一般认为这个DOS病毒是响应“好时光欺骗”专门制造出来的，和那种谣传接收电子邮件就会被感染的病毒没有任何关系。
电脑病毒所引发的法律问题也变得非常普遍，各国都开始尝试将病毒制造者定罪。1994年夏天，“SMEG”病毒的作者被捕，差不多同时，英国也逮捕了一个病毒制造者团伙，这个团伙自称为“真正残酷的病毒协会”，在挪威也有一些病毒的作者被捕。这些病毒的作者之所以被捕其实很简单，他们继承了早期病毒制造者的好传统，在病毒中包括了自己的联系信息，或者在通过电子公告板首次发布的时候，很得意的宣布了作者的详细创意和联系方法，因此警方可以很方便的找到他们，在后来的病毒制作和发布中，病毒制造者就谨慎了许多，警方很难轻易的找到一个病毒的真正作者。
本年度也有一些值得一提的病毒：
1994年1月：“移动者”（Shifter）病毒，首次感染对象模块文件（OBJ文件），“幻影1”（Phantom1），第一个首次在莫斯科流行的多态病毒。
对象模块文件：和高级语言开发工具密切相关，当在DOS环境或者视窗环境下开发程序的时候，C或者其他语言的编译器会生成多个OBJ中间文件，然后将所有的这些OBJ中间文件组合成一个可执行的文件。
1994年3月：“源代码病毒”（SrcVir）：首次感染C语言和帕斯卡（PASCAL）语言源代码的病毒。
1994年6月：“一半”（OneHalf）病毒出现，在俄罗斯和中国最流行的病毒之一。
1994年9月：“3APA3A”，一种新的引导型病毒出现，使用了一种非常特殊的方法进入DOS操作系统并进行感染，当时所有的杀毒软件对于这种新病毒都无能为力。
1994年春天，最早的杀毒软件厂商的领导者之一，“中心点”公司结束了自己的运做，被“赛门铁克”公司收购，“赛门铁克”公司在这段时间内收购了大量的杀毒软件厂商，包括“皮特。诺顿计算”（Peter Norton puting）、“第五代系统”（ Fifth Generation Systems）等公司。
1994年2月，国务院发布了《中华人民共和国计算机信息系统安全保护条例》将计算机信息系统安全（包括防病毒软件）划归公安部管理。
1994年7月，王江民推出了〃超级巡警〃——KV100杀毒软件，并首次提出了广谱病毒码的概念，首次在《软件报》上公布《反病毒公告》，开创了用印刷的形式让用户进行手工升级的先河，虽然对这种升级方式的有效性仍然存在很多争论，但是KV100依靠这种方式极大地提高了知名度，为后来KV300的成功打下了良好的基础。
1995
DOS病毒技术的发展在这一年中基本上陷于停滞，我所说的停顿是指技术本身的停顿，也就是说没有什么新的感染或者隐藏等病毒相关技术的出现，但是病毒的数量和传播并没有停顿，在这一年中仍然出现了很多非常复杂的病毒例如“死亡坠落”（Night Fall）、“胡桃钳子”（Nutcracker）等，以及一些很有趣的病毒例如“两性体”（bisexual）、“RNMS”等。这一年中，DOS批处理病毒 〃视窗启动〃（WinStart）和“死硬2”（DieHard2）病毒在世界范围内广泛的流传。
1995年1月：微软的视窗95演示盘被病毒“表格”（Form）感染，微软将演示盘发送给测试者，其中一个可能是过于勤劳的测试者对这些磁盘进行了病毒检测，结果很吃惊的发现了病毒。这是微软第一次在发行的光盘中包含了病毒，当然这远远不是最后一次。
1995年春天：两家著名的杀毒软件公司“雷霆字节反病毒”（ThunderBYTE Anti…virus）和“诺曼第数据防护”（Norman Data Defense）公司宣布将联合进行反病毒系统的开发。
1995年秋天：病毒和反病毒发展历史的一个转折点，第一个能够保存在WORD文件中，运行在微软字处理软件里的病毒“概念”（Concept）病毒开始在世界范围内流行，这一病毒的出现宣告了一种新形态的病毒的出现——宏病毒。在很长一段时间里，这一病毒在所有的病毒感染统计中一直占据最重要的位置。
1996
1996年1月，第一个视窗95病毒出现——“博扎”（Win95。Boza）
1996年3月：第一个开始大规模流行的视窗版本3病毒，“触角”（Tentacle）病毒首次被发现，这一病毒首次出现在法国一家医院和一些研究机构的网络中。在这一病毒出现之前，虽然有很多的视窗病毒被制造出来，但是这些制造出来的病毒都只在病毒收集者之间、电子公告板或者一些专门的杂志上出现，“触角”病毒实际上是第一个真正流行起来的视窗病毒。
1996年6月：第一个真正OS/2操作系统下的病毒，“AEP”病毒出现，在此之前的OS/2病毒只能使用病毒文件替换原来的文件，或者以伴随病毒的形式出现，这一病毒首次可以将自己附着在OS/2可执行文件的后面，实现了病毒的真正定义——感染。
1996年7月：第一个微软电子数据表病毒“拉若克斯”（Laroux）病毒出现，这一病毒首次发现是在两家石油公司，一家在阿拉斯加，另外一家在南非，所以我们猜想是一个石油勘探软件的程序员制作了这个病毒。和先前的字处理程序病毒一样，这一病毒利用了在电子数据表格软件中可以变成的某种宏语言。任何微软的电子数据表或者字处理文档中都可以包括这种语言所编写的程序，当然也可以包括这种语言所编写的病毒。随着微软操作系统的日益复杂，各种宏语言慢慢变成统一的BASIC语言（VBA ：专门为应用软件设计的可视化BASIC语言），功能也变得越来越强大，使用这种语言编写的病毒功能也随之越来越强大。
BASIC语言：BASIC是初学者通用符号指令代码（Beginner's All…purpose symbolic instruction Code）的缩写，是国际上广泛使用的一种计算机高级语言。BASIC简单、易学，目前仍是计算机入门的主要学习语言之一。BASIC语言自其问世经历了以下四个阶段：第一阶段：（1964年～70年代初）1964年BASIC语言问世。第二阶段：（1975年～80年代中） 微机上固化的BASIC，ROM BASIC，第三阶段：（80年代中～90年代初）结构化BASIC语言，以True BASIC为代表，第四阶段：（1991年以来）以可视化的BASIC为代表，在因特网时代这一古老的语言又焕发了新的青春。
1996年12月：视窗95下的第一个内存驻留病毒，“打孔机”（Punch）病毒出现，该病毒驻留在视窗95的内存中，以一个Vxd驱动程序的形式存在，拦截所有的文件操作并进行传染，这种原理在随后的CIH病毒中得到应用和发展并且造成了极大地破坏。由于程序设计中的明显缺陷，“打孔机”病毒不能在正常的视窗95环境进行感染中，所以这种革命性的病毒并没有真正流行起来。
实际上1996年是新一轮病毒进化的开始，在这一年中，随着微软新的操作系统视窗95、视窗NT和微软办公软件（Office）的流行，病毒制造者不得不面对一个新的环境，他们在这一年中开始使用一些新的感染和隐藏方法，制造出在新的环境下可以自我复制和传播的病毒，随后，病毒制造者的技术水平日益提高，他们对新的操作系统环境（视窗95和视窗NT）和应用系统环境（Office，包括字处理和电子数据表格软件等）的掌握也越来越深，他们开始在病毒中增加多态、反跟踪等技术手段，在新的技术层次上重复了早期在DOS操作系统环境下病毒的进化过程，和DOS环境下漫长的进化相比，在新的环境下病毒的进化过程要快得多。
1997
1997年2月：第一个Linux环境下的病毒“上天的赐福”（Bliss）出现，Linux在此之前还是一个没有被病毒感染过的乐土。
1997年2月到3月：随着微软办公软件从版本6升级到版本97，宏病毒也升级到版本97。最早针对微软办公软件97的宏病毒都是直接从较早期版本转换过来的，但是病毒制造者对新技术的跟踪速度是惊人的，他们很快就�