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经验现象的存在对应于人的认识，可分为两大类，即自相与共相。自相，即经验界刹那显现的缘起自性；共相，即是指全体经验界事物可言诠的共性理则（如无常、空、无我等），或者是某类经验界事物的共同属性（如火是一切火的同共属性）。前者是人感觉现量所得，后者则是人的比量（知性的判断、推理等）所得。按唯识宗的说法，经验现象的缘起自性（自相），是阿赖耶识变现结果，又是依他待缘的相对性的存在，所以是虚幻不实的假有。作为指称经验现象事物的共性理则的共相，则是抽象的理则，是知性对经验事物的共性加以言诠的结果，并非实有。而作为同类事物的共同属性的共相，如火等，虽不是抽象的理则，但也是识变的缘起法，也是虚幻不实的假有。唯识宗所说超验的真如实在，显然不能说是经验现象界的事物自相，也不可说是共相。《成唯识论》释真如曰：“二空所显圆满成就诸法实性，名圆成实，显此体遍常非虚谬，简自共相虚空我等。”真如之所以不同于事物自相，是因为事物自相“局法体故，不通于余”，而真如则是遍在的超验实在，贯通宇宙一切森罗万象。真如之所以不同于事物共相，是因为第一种空、无我的抽象的共相理则，“虽遍诸法，体非实有”；而第二种作为识变的同类事物共同属性的共相，也是唯局同类，不通于余，不具有真如超验本体的遍在性。所以，唯识宗才说真如不同于事物共相。
从唯识宗对真如与自、共相的简别可得出这样的结论：真如既是实有，而且也遍在于宇宙一切法。作为一种遍在的绝对实在，真如是个具有本体性质的概念。我们对本体一词的规定是指现象世界的超越的存在基体。它的特点是：首先，本体具有超越性，它是超越于经验世界之上，是绝对真实的形上实在；其次，本体具有内在性，它并非脱离经验世界，而是内在于现象世界，是现象世界的存在真性。唯识宗的真如，就是这样一个本体的概念。首先，唯识宗也是认为真如具有超越性，它不生不灭，常寂无为；其次，真如并非在识变的世界之外的存在，而是内在于识变世界，是识变世界的本性，如《成唯识论》说：“此诸法胜义，亦即是真如，常如其性故，即唯识实性。”唯识宗所说的既超越又内在的真如本体，其实是一切现象事物存在的超越依据，是现象世界背后的真实存在，以作为现象世界存在之价值所依。显然，这是一个价值论意义上的本体概念。
唯识宗的真如本体接近于西方康德哲学所讲的本体概念。康德哲学中的本体，是指“noumenon”。它的基本含义是指现象世界超感触的基体，主要是指物自身（也包括睿智存在者、灵魂等）。在康德哲学中存在着两个世界的划分，即超越的本体世界与经验的现象世界。其中，现象世界是由人的理性运用先验范畴统合感觉材料而成的表相世界，并不是事物自身。而本体世界则是物自身的世界，物自身是超验的本体，人的理性能力只能运用于经验表相世界而不能认知本体。本体并不是在现象世界之外，而就在其中以作为现象世界存在的基体（基础）。这种基体是指存在的真实根据、超越的所依，是一个具有价值论意义上的本体概念，而不是指客观意义上的现实物质。唯识宗的真如本体概念同康德哲学物自身概念相似，也是指价值论意义上的本体、存在的真实根据的意思。
正如康德由成立物自身引入直观（创现）物自身的睿智存在者（上帝），并最终导人在实践领域对上帝的信仰一样，唯识宗成立真如本体，也是为了确立对宇宙绝对的宗教信仰与实践。在唯识宗那里，也存在着真如本体与唯识现象两个世界的划分，唯识的现象世界被认为是非真实的存在，而真如本体世界则被认为是真实的存在。人类生存于现象世界，然经验世界是变幻不定的，不能给予我们生存的永恒的价值与精神上的至乐。故人类必然要超越于经验世界，寻求超验的实在，来安顿人的精神生命。唯识宗的真如本体，即是这样的一种超验实在，它是一宗教信仰与实践的理论设定，不是人的知性认知对象。唯识宗认为，真如本体即不能用理性认知、语言概念来表达，它“名言道断，寻思路绝”，唯圣者自内所证。在唯识宗那里，真如本体起到了对世人宗教修行的目的性规范作用，它是众生修行解脱的终极目标。众生若以真如本体为所缘境，则可净化现实的生命，使识变的现实世界超升到本体世界，而获得解脱证得涅槃。
唯识宗所讲的真如本体不同于小乘及外道的绝对实在论。小乘及外道的绝对实在，就其超验性而言也可称本体。比如，小乘一切有部认为多元的法性自体是恒常的实在，是不变的超验实在，也即本体，而现象界则是由法体所起现的刹那无常的作用聚合而成。本体与现象之间虽然属于不同的存在层次，但二者并非没有联系。如小乘有部所说，恒常的法体在业力的影响下能起现无常的现象。可见，在小乘看来，本体虽是恒常但并非不动。本体之动，即成现象界无常的存在。而本体即动即静，在无常的现象中，本体又保持其不变的实有。这在唯识宗看来是一种错误的见解。唯识宗认为，本体作为超越的形上实在，必然是如如不动的恒常实在，任何现象界的无常变化都不会影响本体界的如如的寂止状态。如《成唯识论》说：“真谓真实，显非虚妄。如谓如常，表无变易。谓此真实于一切位常如其性，故曰真如，即是湛然不虚妄义。”本体既然是湛然不动的恒常实在，就不会在无明业力的影响下起现现象界的刹那无常的作用。在唯识宗看来，小乘所说恒常法体起现刹那无常作用，实际上是将常住本体当作了无常法的生因。《瑜伽师地论》说：“谓无常法是因，无有常法能为法因。……又虽无常法，为常法因。”这就是说，作为无常现象法的生因，只能是无常法，而不能是常法。常法是无为法，无常法是有为法。如果认为无为法能生起有为法，则无为法也就成了有为法。所以，小乘说常住法体能生起无常现象，是一种错误的观点。唯识宗对外道本体沦的批判也类似于此，如批判数论自性本体（原初物质）时就说：“且常住者，若能生果，应是无常。”总的说来，唯识宗认为，本体是恒常寂灭的超越实在，它是现象世界存在的本体根据，而不参与世间缘起法的生成。世间法生成根源是阿赖耶识，阿赖耶识摄藏一切法的种子，故能生一切法。而真如就内于这些识变的世界之中，是识变世界的真实本性，即唯识实性。它根本不同于小乘及外道所说能生宇宙万法的诸种本体（绝对实在）之说。
康德认为，物自身的本体世界是不可知的。但物身身又内在于经验世界，与经验世界发生着关系。是上帝创造了物自身，而人的经验直观、理性范畴把物身身统合成表相世界，如果没有物自身，经验的表相也无从产生。同样，唯识宗也认为，真如本体不可言表，它超乎人类的理解和语词，它对我们之所以有真正的意义，因为它与经验世界发生着关系，它内在于人识变的表相世界。如果没有真如，也不可能有表相世界的发生，（因为妄法必依真而有）。圣者自内所证则为真如，而众生由于业力的影响才将真如表相为识变的存在。这就是说，识变的表相只是真如的一种表现形式。真如与识变的表相之间不一不异。识变的表相世界是意义的世界，人由于自身的善恶、染净业力的影响而将真如表相为不同意义的经验世界，或是善或是恶，或是染或是净。然而真如则始终不变其本性，善恶、染净只是外在的表现形式，从真如本性来看，善与恶，染与净，是同一的，互相包融的。善与恶，染与净，是相对的，而真如本性则是绝对的，是超越世间善恶、染净的至善、至净。人们若能在表相世界中体证到真如本体，也就获得了解脱，证得佛教所说的涅槃。；涅槃是超越的人生境界，是至善、至净的宇宙本性显现状态。
唯识宗将宇宙一切法的真如性称作本来自性清净涅槃。这是因为，一切现象界的事物都是真如本性的表现形式，都具有真如实性，从这个意义上来说，一切现象界的事物本来就具有涅槃真性，人们证涅槃只不过证一切事物的本性而已。《成唯识论》卷十曰：“本来自性清净涅槃，为一切法相真如理，虽有客染，而本性清净，具无数量微妙功德，无生无灭湛若虚空，一切有情平等共有，与一切法不一不异。离一切相一切分别，寻思路绝，名言道断。唯真圣者自内所证，其性本寂故名涅槃。”这就是说，一切现象界的事物，无论是染是净，其本性都是绝对的至善至净，这可称作本性清净。一切事物的清净本性，只有圣者才能自内体证。圣者证到这个清净本性，也就证得涅槃。这个清净本性是证涅槃的基础，或者说是涅槃体性。一切诸法无论染净，都具有清净的本性。我们可以把一切法具有清净本性，称作诸法本来自性清净涅槃。但是，真如是指诸法（一切事物）的真实本性，涅槃则是指圣人所证超越之境，这两个概念之间是有细微差别的。我们之所以把一切法具真如本性称作本来自性清净涅槃，是就一切法与圣人所证涅槃境界之间的关系来说的。我们知道，一切法真如本性，乃是圣人证涅槃的先决条件，一切法在圣人涅槃境界中都保持着自身的存在，圣人是不断一切法证其本性而得涅槃。由于一切法真如本性与圣人涅槃境界有着不可分割的联系，我们才称一切法本来自性清净即涅槃（本来具有涅槃性）。窥基曾释真如即涅槃曰：“一切法相真如理，此出体也。即七真如中实相真如理。彼云二空所显，约诠所辨。涅槃依得显，故以相即。”即是说，真如是诸法真实本性，本来不可理解不可言词，人们只能近似地以人、法二空理（性）这样的言词概念来表达真如。其实，概念只能指向真性而不能证得真性，所以当用人、法二空性概念来表达真如性时，只是约诠所辨，并非实是所指。同样，以涅槃来指称真如性时，其实是就涅槃是证真如性而得的意义上来指称真如性，并不是说真如性自身就是涅槃。但显然，涅槃与真如二者具有相即的关系。
三、转识成智证涅槃
唯识宗根据对真如本体的证得与否，将人的现实生命分成两个意义不同的层次。一是识变的生命世界，一个是智现的生命世界。识变的生命世界，是由阿赖耶识所摄藏的名言熏习种所生，以虚妄分别为性，是八识所对境、有分别的表象世界，（《摄论释》认为表象世界“唯意言性”），是杂染的生死世界，而不是宇宙、人生的真相，不是生命世界的本真存在。智现的世界，则是五分别智所显现的清净的生命世界，是以无分别智契人宇宙实相、与本体合一的生命存在，是宇宙人生的真相、生命的本真存在。众生由杂染的生命现实向清净的生命境界的超升，就体现为由识变世界向智现世界的超升，这可称作转识成智说。
唯识宗认为，识变世界与智现世界产生的根源都在于第八阿赖耶识。《摄大乘论》就明确地说：“无始时来界，一切法等依。由此有诸趣，及涅槃证得。”“界”即因义，也即阿赖耶识，它是一切生死杂染品法生成的根源，也是清净品法生成的依因。“诸趣”是指杂染的世间法，“涅槃证得”则是指清净的出世间法。阿赖耶识之所以能成为生死流转与涅槃出世法的根源，就在于它摄藏有漏种与无漏种。前者的现行变现杂染生死法，后者的现行变现清净出世法。所以转识成智的关键就在于转舍阿赖耶识中的有漏种，转现阿赖耶识中的无漏种。若阿赖耶识未转，则以无明为性，摄持杂染漏种，故成生死的杂染世间，若转舍阿赖耶识有漏种，则摄藏在阿赖耶识中的无漏种得以现行，呈现清净的涅槃世界。可见，生死世间与涅槃境界，或者说杂染的生命世界与清净的生命世界的展现，只取决于主体的识智之间的转化。转化的结果就是：去有漏种而显现无漏种，转八种识而成四种智。八识，谓第八阿赖耶识、第七末那、第六意识与前五种眼耳鼻舌身识。这些识以分别为性，故待转舍。四智，即大圆镜智、平等性智、妙观察智与成所作智。智以清净为性，故待转现。由转识成智，众生得以从无明的杂染状态超升成清净明朗的生命存在。
识变的世界与智现的世界，其实都是主体所显现的表相世界，也是真如本体不同的表现形式。识变世界以无明为性，故是本体遮蔽的迷染世界；智现的世界则以清净五分别为性，是圣者以神秘的智慧证本体，使本体显现的悟净世界。正因为染、净都具有本体真性，都依于真如，所以唯识宗也称识变的世界为迷真如依，称智现的世界为悟真如依。所谓转识成智，也就体现为于真如本体上的转迷为悟。转识成智侧重于从持种识上作舍染得净的功夫；转迷为悟侧重于从本体上作舍染得净的功夫。这两种功夫实际上具有同时展开的共在性，是对舍染得净这同一的修证过程作不同角度的诠释。
然则，众生实现转识成智，是否先断舍杂染的生死世间再转现清净的出世间呢？按照唯识宗的理论，转识成智的关键在于转舍阿赖耶识中有漏种，转现阿赖耶识中无漏种，这似乎是主张先断舍生死世间，再转现涅槃出世间。然而，这又违背了大乘佛教的生死与涅槃不二的宗旨。实际上，唯识宗转识成智的解脱过程，意在转变生命世界存在的意义与价值，使生命世界的存在性质发生转化，并不是断生死而得涅槃。这得从识变说的本来含义来理解转识成智说的真实意义。我们知道，唯识宗是不主张外境实有的，认为一切法唯识所现