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当尼采的“上帝死了”的箴言被一些学者重复的时候多半是不理解上帝观念的意义，上帝是人类“发现”的，但上帝的思想——外在于我们人类的世界之内部逻辑，是有限的人类永远也不能完全读懂的。我们对于世界的知识好比我们围绕自身画的圆圈，所画的圆圈越大就会发现圆圈外面的区域越大，圆圈内部永远是有限，而圆圈外面永远是无限。人类的知识增长越多就发现自己未知的领域越广泛。人和上帝的关系是有限和无限之间的关系，具体的人会死亡，但我们没有能力判断无限的上帝会不会死亡，因为我们并不理解上帝“活着”的状态和“死亡”状态的差别。以功利主义态度来判断，只要太阳不熄灭，地球不崩塌，说明上帝对人类没有失望，因为阳光雨露是上帝“活着”的证据。其实宣扬太阳中心说的布鲁诺并不讳言上帝，只是他理解的上帝比当时教会理解的上帝更具有进步意义。再说太阳也不是宇宙的中心，宇宙究竟有没有中心以及如果有究竟在哪里，人类至今并不知道。哥白尼和布鲁诺所理解的上帝显然比当时教会人士的理解前进了一步，但宣称代表上帝的教会并不代表上帝，因为上帝永远不会选定愚蠢的人作自己的代表。人类的每一次科学发现都朝上帝的思路接近了一步，但我们永远不能穷尽上帝的思路。上帝是什么？上帝就是包含人类在内的整个宇宙的创造者，只要你认为我们这个世界的产生是有原因的，你就是相信上帝的存在，因为最终原因=上帝。“上帝的思路”近似黑格尔所谓的“绝对精神”，或我们中国人所谓的“天道”。“绝对精神”、“天道”、“上帝的思路”可以被语言学家说成是没有意义的概念，但人类的日常语言离开这些概念似乎就无法准确、清晰地表达思想。语言学家无法实现使人类用“科学语言”表达思想，因为直至目前为止，没有任何一种为躲避形而上学语句而人工发明的“科学语言”是成功的。“上帝”等形而上学词句不仅不是冗余，而且是科学家思考世界的不可少的工具。不仅“上帝”，就是像“原子”、“生命”、“物质”等语词也不是可以完全明确定义的“严格科学”概念，其中的“形而上学性”是无法剔除的。一般说来，一个总体论的名词总是包含着人类并没有完全理解的东西在内，我们更不能因为人类为概括对自身和世界的领悟而历史形成的名词概念包含着未知的东西而不使用它，而如此总体论的名词概念是不可能不包含形而上学性的，对诸如此类“形而上学性”语词理解的不断完善的过程正是人类知识增长的过程。或者可以说，起码在欧洲，现代科学的发展历程就是对上帝概念观念理解的完善过程。
正像耶稣理解的上帝和他同时代的文士理解的上帝有差别一样，人与人之间、时代与时代之间，对上帝的理解都是有差别的。我们必须认识到，上帝是一个不断演化和发展中的概念，上帝观念的发展过程正是人类心智乃至人类文明的完善过程。
二、上帝“杀人”还是“道法自然”
《圣经》记录的是人类（当然只是人类中的一部分）关于上帝观念的早期演化历程。当然《圣经》也可以作历史文本阅读，因为它所记录的许多事件已经被考古挖掘的材料所证明，例如希伯来人从埃及的统治下逃离的经历。但《圣经》记录的历史毕竟不同于中国两司马的信史，具体的细节也不能作教条主义的理解。例如，红海海水出现一个走廊，让希伯来人经过，等到埃及士兵过来时海水合拢，埃及人却被淹死了。这些故事或者是无中生有的捏造，或者是某种比喻的巧合，也可能是希伯来人过海时风平浪静，而埃及士兵过海时忽起风暴，于是《圣经》早期编纂者就“创作”了这样的奇迹。但海底出现走廊的奇迹是不可能发生的，因为物理学定律在几千年前和今天并没有任何的不同。又如说亚当、挪亚活了九百多岁，亚伯拉罕九十多岁还能使妻子受孕等，这些都是不可信的。这说明人类早期上帝观念的幼稚，以为上帝为了一个民族的生存可以如此偏袒他们，随意改变作为液体水的性质和人的寿数。当然我们不能以今天的标准怪罪他们无知，因为人类的“成熟”正是从早期的幼稚发展而来的。耶和华在当时也只不过是偏僻地域的一个弱小民族的小神，后来经过奥古斯丁和托马斯·阿奎那从人类的理性精神出发才逐渐地使其上帝的观念完满起来，而现代自然科学则又在扬弃有关上帝的诸多怪力乱神的粗糙观念之后才使之扩展成与宇宙法理同一的境界。
在上帝观念完满的过程中，上帝永远是人类理解的上帝，人类借助上帝的观念也理解自身和自身的行为原则。上帝是无为的——在创造了天地人之后就放手不管了，还是无所不为的——在每一件人事和物事中上帝始终是否为参与者都依然取决于人类的理解。除自然界的风雨雷电、四季变化等外，社会历史都是人自身的行动，上帝的在场和不在场完全是人类理解的所以然问题。你可以让上帝名义上“负责”，也可以不让上帝“负责”。上帝的名义可以是正义，也可以是貌似的正义而实质是非正义，利用上帝名义对邪恶的惩罚本身也可能因为行为方式的过激或激端而表现为邪恶。因为对上帝理解的歧义，使不同人群对上帝正义性与非正义性的理解也必然有所不同。例如作为战争的双方都可能祈求上帝或其他神明保佑，但谁是胜利者则似乎与双方理解的上帝或神明并没有必然性的因果关系，主要的还是取决于民心士气、力量对比、用兵的智谋乃至运气等诸多因素。所以有学者统计上帝究竟“杀”死了多少人，以此指责上帝的残暴或信仰上帝的有害实在是对上帝观念的误解。何止是《圣经》记录的杀人数目呢，你可以说上帝“杀”死了所有的人，因为古往今来的所有人都已死和必死，如果你理解的上帝司管人类生死，难道所有的人不都是上帝所“杀”吗？如果他使人长生不死难道不是更好吗？问题是你这样理解上帝时你还得感谢上帝，因为人是上帝所造的——哪怕是达尔文意义的“造”——千百万年的进化。没有生又如何谈得上死呢？
如果拘泥《圣经》记录的上帝“杀”人数目作为指责上帝残暴的理由，以此逻辑，那么在非耶和华信仰的民族，不信上帝的野蛮人应该是没有任何野蛮杀戮才对，而实际上许多没有开化的野蛮人中有食同类的习惯，这种食人习惯甚至在十九世纪初期美洲的一些岛屿上依然存在。
而中华民族历史上的春秋战国时期，秦国坑杀赵国四十万降卒又指责谁呢？只能是中华民族崇拜的——天了？这个转换看似肯定却成就了否定。因为“天”的自然意义是超越正义和非正义的，太极图标示的阴阳互补的“自然”是“天”无为而无不为的外化，即不是善也不是恶，而是二者对立的统一，因此也是对二者的超越。怨天，依然发生，但不会像约伯那样具体。即使赵国的妇孺们呼唤“老天爷”，“天”也总是无动于衷。因为坑杀四十万降卒的悲剧并不能说明“天”和秦国人站在一起，正像荆轲刺秦、张良博浪沙击始皇车、楚霸王火烧阿房宫之发生并不说明“天”把原六国遗民当作自己庇护的子民一样。善恶因果关系的完成只不过是“天网恢恢，疏而不漏”之“天”的一个“无为而为”，而不是人力强为的历史自然环节。因此，“天”不是一个可以被指责的对象。而中国的“天”道观早在春秋战国时期就已经超越了任何站在具体的民族与国家立场上的善恶价值观，地域的辽阔博大和文明的一脉相沿正与这种天道观念相联系。中国的“天”更具现代意义的是，远离人格神而与自然本身的进化同一（“道法自然”），已经接近现代人对上帝的理解。这是中华民族另一个“早熟”的例子。
与这种自然主义的世界观相一致的历史观认为，人类的历史是一个从野蛮到逐渐文明的“自然”过程，所以我们似乎不能埋怨祖先作为野蛮人的残忍，正像我们不能埋怨某些食肉动物的残忍一样。但我们时常检讨人类野蛮历史的意义尽管对历史已经无补但却对现实有益，因为我们——地球上惟一知善恶的生物，不能放弃对于野蛮历史的沉思乃至谴责。而检讨与谴责必须明确，人类野蛮历史的最直接责任者只能是历史中的人类本身而不是神，即使“自然”也只不过是我们今天总结历史的一个方便使用的概念，抽象地说“自然”命定了野蛮到文明的历史过程，有上帝观念产生的地方和没有上帝观念的地方都不能逃避这个历史过程。在此过程中，战争的意义曾等同于野蛮征服和无节制的杀戮。而在战争中尽力避免对平民的杀戮和伤害是历史晚近时期才逐渐形成的观念（又是一个经常被无意或故意违反的观念）。也就是说即使上帝不在场，《圣经》记录的上帝名义下的罪恶依然要发生，可能换了别的名义。因此，超越形而上学的历史观而以人类法律约定的文本来观照具体的事件，结论必然是——杀人的过程和结果只与杀人者有关而必须由杀人者负责，任何罪恶与上帝和神明肯定无关，尽管杀人者总是借助上帝和神明的名义，但根据“名义”不能判定杀人者是正义还是非正义。何况正义和非正义是一个历史的概念，而善与恶的历史作用自从黑格尔辩证法肯定恶的历史作用以来一直为哲学家和历史学家争论不休。当然，即使恶真的有“进步”的历史作用，但以此为借口鼓动新的恶则是更大的罪恶，例如上世纪德国希特勒、日本军国主义者以及东方集权主义和专制极权者的灭绝人性的罪恶则是必须打入地狱底层的万劫不复的“根本恶”（“根本恶”是康德使用的词汇）。《圣经》记录的历史是人的历史而不是神的历史，而人的历史总是和关于神的观念相联系的，所以人的历史中包含着人的关于神的观念的历史。而人性之恶染在神性上是不能使人逃避其历史存在的责任的。按照海德格尔的思路，此在的人在天地人神中居于优先地位，人在四者中是被造者，但同时又是创造者，是人的目光照亮了世界和人类自身的历史，自觉其存在的历史中的人是惟一可以反省自身和世界存在意义的存在者。人作为世界上惟一自觉其历史性存在的存在者使其精神的发展不再完全受纯粹自然法则的支配，人对历史的反思使“根本恶”的发生并一定成为“必然”，这是自由的人类对未来（将发生的历史）应抱有的信念。
正因为如此，从《旧约》的“以命偿命，以眼还眼”到《新约》耶稣的打右脸给左脸的教训是上帝观念演变的证明，神性从暴戾变得宽容正折射了人性的同一过程。这个过程不仅并不难于理解，而且正好符合人类理性精神对自身成长历程的期待。
三、中世纪——人类精神成熟的重要环节
历史是不可重复的一次性过程，因此我们无法设想，如果希腊不被征服，人类的知识是否能沿着亚里士多德开创的思想方法长足地进步；我们也无法假设，罗马帝国如果不灭亡或者基督教不在欧洲传播该是如何的情景，是否人类文明能平坦地发展而没有中世纪的长达四百年的黑暗时期？在人类文明史中，古希腊的思想家与中国的先秦思想家基本处于同一历史时期，似乎呈现出相似的情况，即在生机勃勃的思想发展和百家争鸣之后忽然被道德律令束缚了创造能力，在中国是汉代以后的儒家思想，在欧洲是基督教思想。基督教提供了人类沉思上帝的契机，也限制了对上帝沉思的广阔空间。无神论并不一定能导致科学，例如中国的玄学基本是无神论的，但没有产生现代意义的自然科学。产生于印度的佛教一般也被认为是无神论的宗教，但其中注重思辨的唯识论也没有演绎出任何严格意义的科学思想。我们不能武断地说，是基督教催生了欧洲科学的诞生，但在有神论基督教的欧洲大陆产生了演绎逻辑和归纳逻辑的自然科学是毫无疑问的。冯友兰先生认为：“按照大部分的经院哲学家来看（罗吉尔·培根包括在内），哲学与科学的作用是解释《圣经》的内容。现代欧洲继承了这种对外界知识的检验精神，在中世纪的欧洲与现代的欧洲之间没有清楚的分界限……现代科学的基本精神与西欧中世纪对外在世界的兴趣和中世纪的学术方法是一贯的。”这种转换正像但丁《神曲》的上帝观念对教会上帝观念的转换一样，不仅没有否定上帝的存在而且歌颂了上帝的光辉，且对用上帝的名义愚弄民众的狭隘宗教势力进行了惩罚——把教会中罪恶的神职人员如教皇放在了地狱的地层。
一般说来，各种宗教的共同特征是禁欲主义（中国的道教非禁欲的自然主义或者是少数的例外之一），即使不是宗教但有宗教作用的儒家思想也主张克制欲望。或者可以说，人类在其文明发展史中，总要经历一段宗教禁欲时期，用以内省人类自身人之为人的根据，然后才有可能对外在世界作进一步的深入沉思。作为地球上的高级动物，人类保留着一般动物的属性，满足自身欲望是自然赋予其本性，但人类的可贵之处是，认识到一般动物意义的满足欲望对整个的人类发