陈潜夫对她的叙述深信不疑，不敢怠慢，备了皇后仪仗，并迅速通知朝廷，说皇妃还活着，并且吹吹打打地将童氏从河南先送到湖北汉口，再有镇守荆楚的左良玉护送。一路旌旗飞扬，冕旒秀发，牙樯锦缆，直到金陵水门停泊。所过州县，早有地方官员争先以皇室之礼迎候。
据计六奇的《明季南略》记载：童氏也觉得自己就要成为皇后了，便趾高气扬起来。如果饭菜不够好的话，她就会大发雷霆，有时还会掀翻桌子。人就是这样，得意时往往忘形，而很少想起先前的艰难。所有人无不认为童妃就是当今圣上的妃子，巴结还来不及呢，也便没人计较，也便理所当然地认为，这大概就是皇后脾气吧！
文武官员们如此热烈隆重的礼遇，不料弘光却无动于衷，态度与冰霜一样，甚至听了怒不可遏，弄得这些文臣武将们一个个丈二和尚，摸不着头脑，不知如何进退了。
当时弘光皇帝安于江南一隅，整日纵情淫乐。他招了不少秦淮歌妓，从晨至夕，唱着缠绵悱恻的江南小曲，在靡靡之音中挨过时光。大臣们终于觑着机会，撺掇越其杰上前呈报：“陛下，童妃已经到了南京，可否安排相见？”
弘光皇帝眯着那双酒意正酣的双眼，不耐烦地道：“何来妖妇？我不认识她，交锦衣卫处理就是了。”
朱由崧拒不召见，并要把童妃交付锦衣卫审理，这大出大臣们的意料，一个个狐疑满腹，也不敢再问。只可怜了童妃孤身一人，几经辗转，受尽了战乱之苦，千里跑来投亲，满以为从此便可以跟随皇帝享皇妃之福，重温昔日夫妻恩爱的旧梦，哪知竟被押到锦衣卫监狱来了。
自从童妃到南京后，虽然弘光表面上不承认，可内心里还是焦躁不安。他知道，自己作福王世子时曾娶黄氏为妃，黄氏不久去世。后又娶李氏为妃，李自成兵陷洛阳，李妃不知去向。就在他继承福王王位时，又封了一位童妃，曾生一子，但没养活，在逃难战乱中又与童妃失散多时，现在哪还把童妃放在心上了。
越其杰将童妃交给锦衣卫指挥都督冯可宗审理。毕竟是皇妃，冯可宗一点也不敢马虎。他将童妃安排在监狱里最好的房间，送最好的食品。这童氏虽然玉颜憔悴，云髻欹斜，但童妃与生俱来的体貌与大家举止，自非平常凡俗女子可拟，首先生了怜悯之情。
他试探着问了一句：“你说你是皇妃，有何物证？”
童妃委屈而凛然地说：“没有什么物证，只有患难的夫妻之情。见了皇上，他自然知道我是不是童妃了？”童妃心生悲哀，说完忍不住伤心的大哭起来：“我与他乱世相逢，患难与共，他竟然忘得干干净净，我来投奔他连面都不见。早知道一到南京就被送进监狱，还不如在河南被叛军抢去或杀了。做一个妇人，嫁着了皇帝还是这样结果，那平民百姓不知要怎样受尽凌辱呢！”
冯可宗听罢哭诉，很是同情，极力安慰，表示要尽力向皇上如实禀报。因为童妃识文断字，冯可宗便拿来了纸笔。童妃就将自己和弘光皇帝之间的往事，包括相逢的时间和恩爱的细节，他们流散的过程，天气的冷暖变化，都一一写得详细。冯可宗仔细地看了一遍，感觉非身临其境者，是不能为之的。况且童妃字迹隽秀，文采斐然，是确然受过良好教育的女子，冯可宗更加相信了童妃所言非妄。
当冯可宗拿着童妃的书信，呈给弘光时，弘光脸色陡变，看都不看就丢到地上：“朕不识之，速加严讯！”
冯可宗看皇帝不耐烦还斗胆多了一句嘴，问了一句，您不看她的书信，能否召童妃进宫，确认一下真假？皇帝先是沉默了一会儿，突然非常气恼地说：“这个人自称是童妃，真是妖妇，她全是一派胡言乱语，若明天来一个张妃，后天来一个李妃，朕是不是都要相认？”
很明显，皇帝是铁了心的不认童妃了，可冯可宗还这样不识时务，自然没有他的好果子吃。弘光正式下令，撤销冯可宗的审讯官之职，查他的背景，改由太监屈尚忠审理。
冯可宗只得委婉地托监牢的看守转告童妃，皇帝不认识她了。听到这不幸的消息，童妃终日在狱中哭骂，绝食抗议。本来长期的颠沛流离童妃的身体已经染病在身，加上在南京的精神打击，几天功夫，绝望的童妃看上去都脱了人形，像骷髅一般的难看。太监见皇帝不认她，也索性施加凌辱。
见此情景，刘良佐等朝臣，上疏力争：“童氏必定不是假冒。”极言皇上为群臣所欺，将使天伦灭绝。
连马士英也认为：“如果不是关系真情，谁敢自称是陛下的王妃？”
但弘光始终既不见面也不回应。
弘光为堵住悠悠之口，便下一道手谕：
朕元妃黄氏，先朝册封，不幸夭逝。继妃李氏，又已殉难。登极之初，即追封后号，诏示海内。卿为大臣，岂不闻知？童氏不知何处妖妇，诈冒朕妃。朕初为郡王，有何东西二宫？据供是邵陵王宫人，尚未悉真伪。若果真实，朕于夫妻之间，岂无天性？况宫媵相从患难者颇多，夫妻之情，又岂群臣所能欺蔽？宫闱攸关风化，岂容妖妇阑入？国有大纲，法有常刑，卿不得妄听妖讹，猥生疑议。
屈尚忠可不像冯可宗那么有耐心去辨明真伪，见皇上不认，就动用大刑，严加拷讯。童氏始终矢口不移，坚称自己就是童妃。最后实在被折磨得不行了，只好改口说，自己是假冒的。满希望以自己的妥协换取一条生路，谁知屈尚忠在得到了供词后，便于1644年7月1日的深夜，密令狱卒将她勒死在狱里，此案算是了结了。
也有记载说，她是在备受酷刑、精神失常之后，被带回扔进地牢，三天以后就死在那里了。
也有记载说，她是绝食而死的，还在监禁中流产了一个胎儿（温睿临的《南疆遗史》）。
总之，这桩案件，使得一时之间“中外哗然”。
信任危机
明清以来，几乎所有的史书都断言，童氏如她自己所说是真正的妃子。既然童妃是真正的妃子，那么，这就出现了另外一个问题，人们对于弘光皇帝来历的怀疑了，从而引发了南明王朝最严重的一场。
人们不禁要问，弘光皇帝为什么那么坚决地拒绝承认童妃的身份呢？是不是他有难言之隐？或是怕她看出什么破绽？南明王朝，从官到民，从朝到野，不少人心里都画了一个大大的问号，人们把当初迎立福王时的种种蹊跷联系起来了。据当时最广泛的说法，是凤阳总督马士英急于拥立新君，曾与幕僚密谋，拥立藩王，抢得头功，这样以后朝廷的事情才可以朝着有利于自己的方向发展。挟其私心，马士英便派其私人顾问杨文聪，“持空头笺，命其不问何王，遇先至者，即填写迎之。文聪至淮上，有破舟河下，中不数人，或曰：福王也”。就这样，福王被马士英接在营中，能证明福王身份的，也仅仅是一个王侯的印玺。
人们普遍推测，其实真正的福王已经死了。因为福王从许州出奔之后，有好几个月时间，他的履历行状记载不详。自然也不排除有不逞之徒，杀死福王夺得印玺，从而冒名顶替福王，承继大统。因为皇位这个东西，金光灿灿，十分诱人。古往今来不知有多少豪杰枭雄，拼却了性命都不可得，而仅凭一个王侯的印玺，就可轻而易举唾手得到，天下没有比这种风险更值得一冒，更有价值的了。这样一个冒名顶替者，自然难以逃过曾经是他亲密爱人的妻子的法眼。
当时的东林复社党人鼓动最力，他们得知童妃下狱后，如获至宝，大造舆论。他们质疑弘光皇帝的合法性，闹得朝野一片喧哗。在他们看来，福藩继统，就等于承认自万历以来，他们在残酷的党争中是最后的失败者。东林复社党人自然不承认这种失败，正像童妃案给阉党一派提供机会一样，也给东林复社党人提供了一次难得的机会。他们抓住童妃事件大做文章，必欲推倒福藩另立新君才肯罢休。弘光朝廷越描越黑，朝野上下，都认为童妃是真的。这事一直折腾到南明小朝廷覆亡，才算罢休。
也许有人要问，为什么邹太后不出来证明一下真伪呢？在此引用二则古人的记述，就非常能说明问题了。一则是黄宗羲的记载：“甲申七月壬辰，皇太后至自民间。弘光趋迎，屏人密语者久之，遂为母子”。与此大同小异的，是林时对在《南都三大疑案》的记载：“（弘光）登极后，太后亦自河北至。帝不出迎，群臣奉凤舆至内殿下舆，帝掖后至殿隅，密语移时，群臣拱立以俟，秘弗闻。半晌始下拜恸哭，人皆疑揣。乔大理圣任先生在班行目击者，曾面语余。或云：帝实非真世子，福藩有一审理貌类，因冒认。语时戒勿，同享富贵。”
有以上史料可知，太后明知是假，但为了富贵和性命，只得保守秘密。那么人们又要问了，为什么不如法炮制，反正真正的福王已经死了，完全可以做童妃的工作，也让她守口如瓶，不去戳破，从而拥有皇后之名，岂不两便？这你就不清楚后宫斗争的血腥了。况且弘光是一个苟且偷安、追求享乐的人，而后宫佳丽历来善妒，认下童妃，就等于自己成了童妃手中的人质，还能为所欲为？而最干净彻底的解决办法就是杀了童妃，如此方可永绝后患。
总之，童妃事件给南京政权带来了重大的信任危机。
一方面东林党人言之凿凿，断定弘光帝是一个异姓子弟的冒牌货。而马士英等“奸雄”为了攫取定策之功，放着潞王朱常 这样的正宗“贤王”不立，却拉来一个身份不明的人拥上皇帝宝座，居心叵测，是古来大奸。弘光皇帝和马士英一派自然不会善罢甘休，展开反击。于是，朝中党争前所未有的激烈起来。风雨飘摇的小朝廷就在这种内耗中，亡国无日了。
党祸之争
当初，马士英以定策元勋自居，独揽朝中大权，也不把精力放在抗击闯军和清军之上，而是用在排挤异己上。他首先打击史可法，史可法只得离开南京督师扬州。而后又把兵部侍郎吕大器、大学士高弘图、姜曰广、吏部尚书张慎言等人相继排挤出朝。与此同时，他起用魏阉党羽阮大铖为兵部尚书兼右副都御史等职。马士英的倒行逆施之举，遭到了朝中大臣特别是东林党人以及复社人士的强烈反对。
据李清著《南渡记》载：“大铖自受事以来，凡察处降补各员，贿足则用。”阮大铖唯利是图的德行可见一斑，当时的民谣唱道：“职方贱如狗，都督满街走”。
阮大铖机敏狡猾，自然也忘不了要报复那些反对他的东林党和复社名士们，他对马士英说：“孔门弟子三千，而复社聚徒至今，不反何待？”
首先，阮大铖把从北京南下的东林党人说成是叛徒，并且鼓动江南士民对他们的激愤，还禁止他们进入南京。史可法在扬州得知情况后十分震惊，立即致疏朝廷，表示不赞成拒绝北方官员南下的做法。他建议：“诸臣原籍北土者，宜令投呈吏、兵二部，注名录用，否则绝其南归之心。”
但在马士英和阮大铖的怂恿下，南明政府颁布了杨汝成、项煜、陈名夏、徐 等“北都从贼诸臣罪状”，南下干部受到怀疑并被严惩。这种状况使得这些老干部又纷纷逃回北方，加入了满清政府，加速了南明政权的覆亡。
其次，阮大铖还为魏阉翻案，重颁《三朝要典》，兴起大狱，罗织清流。由于弘光帝在其内部的党争中偏向马士英、阮大铖等佞臣宦官，使东林党人受到了严重的打击。但东林党人在道义上获得了民间的支持，对阉党的威胁继续存在。
正在这时，又发生了童妃案，马士英认为是天赐良机，就想借此机会再一次搬倒政敌。所以一改起初对童妃的支持态度，把她变为打击对手的利器。他令司法部门深挖此案背后的主使人及附和者，意欲再兴冤狱。
这样，陈潜夫就以参与了童妃的“阴谋”而首当其冲了。因为陈潜夫与东林党人关系很好，而东林复社人士依附镇守重镇武昌的军阀左良玉，而左良玉早年是东林党人侯恂一手提拔起来的，跟东林党人向来来往密切，与马、阮等阉党和弘光帝相互猜疑，他们互为声气，文攻武卫，这就更增加了弘光君臣的不安全感。
小小的童妃案为阉党和东林党人同时提供了一个借口，童妃的真伪与否，成了左右朝廷的关键。
陈潜夫一直努力把许多河南豪杰的营寨联结成为勤王力量的防线，这样，就与极力想把河南置于自己控制之下的马士英产生了摩擦。马士英起初想任命阮大铖为河南巡抚，没有得逞，他又设法使其妹夫越其杰担任了这个职务。这个来自贵州的越其杰，曾是同知，因为贪污而被流放。回到南京后，他娶了马士英的妹妹。起初，越其杰得到河南最有势力、控制南阳地区的豪强萧应训的支持。在镇压大顺农民起义军余部的战斗中，萧应训收复了南阳全境。当萧应训之子萧三杰向越其杰报捷时，越其杰反指责他们父子是土匪。因此，当越其杰通过南阳时，萧应训及其部下向越其杰关闭城门以示抵制。另一方面，当陈潜夫经过南阳时，却受到了每个寨主和豪杰的欢迎。出于嫉妒和利益的再分配，越其杰向马士英诋毁陈潜夫。此时童妃案发，童妃案就成了马士英搞掉陈潜夫的棋子，童妃的真假此时就变得不重要了，所以童妃必死。而作为童妃发现者号的南明官吏，陈潜夫受到了牵连，他以同谋叛逆罪被投进了监狱。
与此同时，马士英、阮大铖为防左良玉，调江北四镇兵力西守。而使北方空虚，直接把河南、安徽暴露在清兵的兵锋之下。弘光元年即1645年初，宁南伯左良玉以清君侧为名浮江东下，同东林、复社党人遥相呼应，进军南京，讨伐马士英，马士英派黄得功抵御。清军趁着南明朝廷内乱，于1645年旧历四月，直扑江北，进抵淮河一线。此时的弘光帝与马士英等人，却命令江北防线的明军回师攻打左良玉，以致江北防线大开，不战自�