思路作自然、合理推演的结果，至少，后者是前者的构成因素之一。尽管实际的结论迥异，但致思的逻辑却并无二致。
当1928年的文学论争一度造成五四文学和知识谱系的断裂时，周作人一方面通过“闭户读书”，另一方面通过重新设定新文学的历史根柢，以克服这层断裂带来的焦虑。“闭户读书”所读的主要是明清非正统文人撰述的笔记、日记、尺牍、野史，是以广博的杂学功底，独到的文化眼光，对异端思想的敏锐接纳，意在用异端传统支援、调整自己的思想。1932年2月至4月，周作人在辅仁大学先后作了八次讲演，由邓广铭记录整理为《中国新文学的源流》一书。此书指认反感宋儒理学、非理非法、隐逸闲适及具有随意恣放的思想个性的晚明文学为五四新文学的源头，此举显然包含有替自己及30年代盛行于世的小品文写作建立一种合法的知识谱系依据，以与28年建立起来的左翼文学知识谱系抗衡的意图。立论的依据和得出的结论虽大可商榷，但值此新文学倡导者忙于清理新文学最初十年的实绩（其成果即汇为泱泱十大卷的《新文学大系》〔31〕）之际，他的眼光并未停留于此，而是对新文学生成的思想资源作更具历史感的上溯，注重寻求现在与过去之间的联系，却显得别具心眼。周作人表彰晚明，立意主要还不在求助于传统资源的发掘，以便为新文学汲取得进一步发展的动力，他的着眼点似乎更倾注在将五四肇始的新文学看作中国文学自身发展过程中的一环，即从中国文学史自身内部来考察五四新文学的生成原因和动力来源。这一点周作人在《关于近代散文》中说得更加清楚：“新文学在中国的土里原有他的根，只要着力培养，自然会长出新芽来。”其思路，对于熟知章太炎的人说来，应该是不陌生的。从历史的眼光看，《源流》的溯求往古显然做得还不够，周作人随后对六朝散文表现得颇为倾心，并在北大开设“六朝散文”讲座，似有推进一步替新文学返本讨源、勘定出处的打算。但此举终因抗战骤起时局速变，未能取得实质性的进展。然周作人终未明确说出的意见，后来却由俞平伯替他说了出来。对师友间不断有人将自己的散文与晚明小品相提并论予以揄扬时，俞氏反觉于心未洽的委屈，直到晚年仍忍不住自我声明，自己并不看重晚明小品，宗尚心仪的其实是六朝散文〔30〕。俞、周之间，俞自认大致属平辈，故对当年俞与周作人一起在燕大教过的沈启无，只认周为师而对俞只是自处于师友之间，俞是不满的，并在晚年的通信里仍有所流露〔33〕。俞早年的新文学作品，几乎都由周作序跋（计有《杂拌儿》初编题记，《杂拌儿》二集序，《古槐梦遇》序，小引则出自废名之手）；1945年12月28日，俞驰书胡适，一方面对胡当年致诗知堂嘱其南行感铭不已，同时对自己“同在一城，不能出切直之谏言”“深愧友直，心疚如何”，并希望一言九鼎的胡适能念旧情，从惜才计，说动当局“薄其罪责，使就炳烛之余光，遂其未竟之著译”；均足以表明俞、周之间的情谊非寻常〔34〕。平心而论，30年代的学术文章，在俞，服膺周的成分更多些，俞直溯六朝文章为自己散文的本家，与周氏应该不无关系，而与太炎先生的学重根柢，溯求往古的复古主义学术思路，则属同一谱系。
三
如前所述，太炎先生对中国思想学术史上的诸多人物和流派，评价前后大有出入，惟独对庄子，未见先抑后扬或先扬后抑，始终是情有独钟，无论早期还是晚年，评价一直在孔儒和老子之上。传统学术史向以老庄合论，章氏则力辨其异，区而别之。1906年撰《诸子学略说》称老子仍有用世之心，而庄子偏重哲理，高言玄远，与用世无涉：
庄子晚出，其气独高，不惮评弹前贤，愤奔走游说之风，故作《让王》以正之；恶智力取攻之事，故作《紸箧》以绝之。其术似与老子相同，其说乃与老子绝异，故《天下》篇历叙诸家，已与关尹、老聃裂分为二。……其裂分为二者，不欲以老子之权术自污也。
撰述缘起于1908年，次年在《国粹学报》连载刊完的《庄子解诂》，则视庄子为完美的古代思想学术宝库：
若夫九流繁会，各于其党，命世哲人，莫若庄氏；《逍遥》任万物之多适，《齐物》得彼是之环枢，以视孔墨，犹尘垢也。
后来鲁迅的《汉文学史纲要》，对哲学史家惯于并举合称的老庄同样持不同之意见：
老子尚欲言有无，别修短，知黑白，而措意于天下；（庄）周则欲并有无、短修、白黑而一之，以大归于“混沌”，其“不谴是非”、“外死生”、“无终始”，胥此意也。
并将《齐物论》置于庄子思想最突出的位置，可以说在在见出章太炎影响的痕迹。
章氏对自己释读庄子的功力，素有睥睨前贤、目无余子的气概和自信。《检论·通程》篇对二程之学不乏好感，力辟传统论者指斥二程之学中掺杂释、老，引“野狐禅”入儒学之陋见，为之争辩，“虽杂释、老，何害？”认为问题不在二程从释、老多有取获，而在于二程对释、老“实未深知”、“非能尽之”。太炎先生在这段评述的夹注中，特拈出二程对庄子《齐物论》实未真知却持轻慢的做法加以批评：“如其（指二程）议庄生《齐物论》，以为物本自齐，安用齐之？不悟庄生正以不齐为齐，未尝欲强齐之也。”章氏对戴震一直很推重，《訄书》初刻本附《学隐》篇，专为戴震诸氏的乾嘉之学辩护，抨击“学以致用”的魏源媚清；重订本增入《清儒》一篇，同样对戴氏大加揄扬；《检论》卷四对此复有补论。《太炎文录初编》卷一别有《释戴》一篇，对戴氏《原善》《孟子字义疏证》诸书多有称赏赞同之余，又对即便渊博精湛如戴氏者，犹在梳理佛学经论和庄子旨义上显得力有未逮而深以为憾，并且不留情面，直言其失：“（戴）震书多姗议老庄，不得要领，而以浮辞相难，弥以自陷，其失也。”夹注中更是流露出援释解庄，自己当仁不让的自负：“老庄书本非易理，戴君虽明六艺儒术，宁能解《齐物论》耶？又释氏经论，盖戴君所未睹，徒刺取禅人常语，而加驳难，尤多纰缪。”〔35〕
如果说章氏《庄子解诂》属朴学，其《齐物论释》则属义理之学，是把庄子真正作为哲人来加以诠释和发挥的。《齐物论释》七章，援佛学证释庄子，其中也糅合以西方哲思，如柏拉图、康德等，但“齐物大旨，多契佛经”，更主要是援佛释庄，显得别开新境。章氏超越有清一代王念孙、俞樾、郭庆藩、王先谦等庄学考释大家，同时也高出他同辈诸子学研究诸贤一筹的地方，实多有赖于此著。
与经学上力主“六经皆史”、平视九流之学的立场一样，章氏对待佛学，也有别于取顶礼膜拜立场的信徒，而是将之当作一种思想资源，“断之鄙心”，旨在建构自己的思想知识体系。他的《齐物论释》，包括同期的“俱分进化”说、“五无论”和“四惑论”，对佛学的征用和阐说，都有以己意进退佛说，有意改造和发挥的一面，揆之佛理，也许不乏有乖本义、难以为凭之处〔36〕，但这并不妨碍他以法相唯识的思想资源建构自己的思想体系。
大乘佛教诸行无宰缘起性空之说，否定有主宰万有的本体，但实际上又肯定有一个真实恒存贯穿于十二因缘迁流变化的全部过程中。法相宗提出万物顺识所变现，识有境无，意在解决此一悖反性理论困难。所谓“唯识无境”，其实就是赋予“识”本体的意义，从而弥合思维与境界、主体与客体间的裂隙。章氏《建立宗教论》以法相宗的名相分析对六性、四分、八识作了详审细密乃至繁琐的论证，旨在证得“以唯识为宗”，即“万物唯识”的世界观和方法论。章氏认识论的起点是自身的“识”，其归宿仍不离“识”所变现的色心诸法，整个认识过程只是“识”的往复循环，无论真实还是虚妄，均由阿赖耶识所衍生，一体之多面，所谓“真妄同源”，“舍妄无真”。结论是，“立教惟以自识为宗”。此一反求自证的我向思维所表明的强烈的主体和个体意识，为其提倡“依自不依他”，用佛教发起信心的道德践履作了铺垫，而一体多面、真妄同源，则是“齐物”和“俱分进化”等论说的内在理据。〔37〕
“齐物”的概念来自庄子，读解和思辩方式则借法相唯识。法相宗所立四智（大圆镜、平等性、妙观察和成所作智）中，即包含了专门论述“观自他一切平等”的平等智，章氏以之印证、诠释和汇通庄子的“齐物论”。章氏在《齐物论释》释题篇中开宗明义：
齐物者，一往平等之谈，详其实义，非独等视有情，无所优劣，盖离言说相，离名字相，离心缘相，毕竟平等，乃合齐物之义。……若其情存彼此，智有是非，虽复泛爱兼利，人我毕足，封畛已分，乃奚齐之有哉。……齐其不齐，下士之鄙执；不齐而齐，上哲之玄谈。自非涤除名相，其孰能与于此。……夫能上悟唯识，广利有情，域中故籍，莫善于《齐物论》……
“齐物”不是世俗下士为鄙见所执的“齐其不齐”，即以某一模式或标准强行规范和取代万物的差异性，也不是仅仅对有情众生一视同仁的慈悲心肠，而是从根本上明了万物在唯识性上本无差别可言，皆“平等而咸适”。一切众生皆有佛性。所谓“各物有识”，只是由于第七识污染，遂生我见，差别因之而起，不平等也即随之而来，故而只要意识到遍计所执之妄，断除我见，打破名相封执，便可消除差别相，复归平等。此即所谓转识得智。“不齐为齐”，即以不齐为齐，充分正视万物差异性存在的正当合法性，并意识到这种差异本身就蕴含在惟一的本体之中，即依圆实性同一于阿赖耶识之中，根本上是同一的，是“齐”的。
“万法唯识”的关键是“万法唯心”。所谓心外无物，理在心中，这在哲学上自然是唯心之见，但却有可能导向社会文化历史观层面上的多元论，从而对进化论和历史目的论构成质疑和解构的力量。此点容后再述。
在另一处撰述中，章氏特意将自己按法相唯识论加以诠释的庄子齐物论与黑格尔理念说作了区别，认定二者相去甚远：
庄子所谓齐物者，非所谓正处、正味、正色之定程，而使万物各从所好。其度越公理之说，诚非巧历所能计也。若夫庄生之言曰：“无物不然，无物不可”，与黑格尔所谓“事事皆合理，物物皆美善”者，词义相同。然一以为人心不同，难为齐概，然一以为终局目的，借此以为经历之途，则根柢又绝远矣。（《四惑论》）
单纯从思辩逻辑言，章氏基于万物唯识的齐物观，与黑格尔现实是理念的外化的说法并无本质的不同，归根到底，都指认差异存在的现象世界为一种片面的不完满的存在，是本体“识”或“理念”变现和演进过程中有缺陷的、尚须有待克服的一种异化状态或阶段，二者的致思逻辑并无本质不同。一个信持唯识论的人，照理不该指责黑格尔，因为指责黑格尔无疑意味着指责自己。而章氏于二者间却着意作出区分并有所褒贬，对黑格尔表示自己的不满，对此举惟一可能作出的解释只能是，章氏的援佛释庄，对法相唯识论的坚持本是不彻底的，认同是有保留的。他有自己的坚持，并非完全为唯识论所框住。事实也确实如此。在《齐物论释》七章里边，与其说章氏看重的是与黑格尔逻各斯同一性逻辑同构的唯识论式的视千差万别的万物存在在本体阿赖耶识意义上的同一、“齐”，毋宁说他看重的是万物差异性存在本身的意义。章氏实际更偏倾于事物的差异一面，即庄子所说的“吹万不同”的天籁境界。此一偏倾，从逻各斯同一性上来说，是致思的不彻底和有所放弃，是矛盾和裂隙。但正是从这一有选择的放弃，从矛盾和裂隙中，章太炎展示出了他思想中意味深长的一面。万物的自由和自然状态即来自其存在的差异性，因而平等是对万物差异性的正视和平视，将差异有意编排为某种等级性的秩序排列，或一味以某一模式或标准来规范万物的差异性存在形态，则是囿于主观片面的立场强加给万物的一种下士之鄙执，是为“名相”“封执”所蔽，而非世界万物本身应然之理，以之取代万物间的差异性，更是从根本上取消了万物间真正意义上的平等基础。在经由自己作了特殊理解、未必完全符合原义的唯识论所证释发挥的“齐物论”与始终立足于逻各斯同一性的黑格尔之间，章氏最终褒扬和选择了前者，贬责和放弃后者，实际上是为万物差异性存在的合法性作了哲学上的辩护。强使差异就范于某种单一的规范和尺度，将单一的标准强加给本该充满差异性的世界，结果将严重凿伤世界本有的自然真实性质，而这一“齐而不齐”的下士之鄙执，实质上也即是一切强权和政治、文化、思想专制的思想心理渊薮。
《齐物论释》七章，以第三章“尧伐三子”的释义最为切近现实。庄子原文如下：
昔者尧问于舜曰：“我欲伐宗脍胥赘，南面而不释然，其何故也？”舜曰：“夫三子者，犹存乎蓬艾之间，若不释然，何哉？昔日十日并出，草木皆照，而况德之进乎日者乎！”
若嫌《齐物论释》行文古奥读来费解的话，不妨引述太炎先生同期一次讲演的白话记录稿本：
物之所安，没有陋与不陋的分别。现在想夺蓬艾的愿，伐之使从己，于道就不弘了。庄子只一篇话，眼光注射，直看见万世的人情。大概善恶是非的见，还容易消去了；文明野蛮的见，最不容易消去。无论进化政治家的话，都钻在这个洞窟子里，就是现在一派无政府党，还看得物质文明是一件重要的事，何况世界许多野心家。所以一般舆论，不论东洋西洋，没有一个不把文明野蛮的见横在心里。学者著书，还要增长这种意见，