。
在短短的几天时间里，检察方面向法庭提交了150份证据文件，揭露日本在开战前从事的外交阴谋活动。检察方面对日美开战前的日本决策动向做了严密立证，并请出了包括美国国务院事务顾问巴兰坦在内的一批美国高级军政人员出庭作证。
1947年12月26日，远东国际军事法庭开始对东条英机进行审理。世界各主要媒体的文字记者和摄影记者早早就守候在法庭上严阵以待。远东国际军事法庭的贵宾席、旁听席都坐满了人。麦克阿瑟的夫人和女儿、庭长卫勃的夫人也前往法庭旁听，东条英机的夫人和他的两个女儿也出现在旁听席上。
整个法庭被紧张的气氛所笼罩。东条英机自己也知道，这是他最后的机会。
1947年12月26日下午，东条英机的辩护人清濑一郎穿着高腰军靴开始陈述。他声明，除了东条英机自己作证外，辩护方面不打算请任何其他证人出庭作证，也不打算提出任何证据。
清濑一郎在陈述中概括了东条英机口供书的要点，完全否定了大东亚战争的侵略性质。清濑进一步强调说，不要忽视了口供书中所主张的，即二战中的日本政策不是侵略，而是为了各民族的独立，为了使各民族从殖民地中解放出来。
清濑一郎的气焰十分嚣张，此人原本是为日本侵略出谋划策的“国策研究会”成员，战前还是议员。公然搬出诸如“中国排日”、“为了防共”、“建设大东亚共荣圈”等谎言，为罪犯粉饰。他钻英美法律的空子，胡搅蛮缠。更有甚者，他居然在这份冗长的口供书封面上，偷偷摸摸地擅自加上了“此乃一历史文件也”的字样。
法庭发现了清濑一郎的手脚，卫勃当庭严厉斥责他说：“1941年10月，东条英机才受命组阁，何以见得这是一篇历史文件？就这样一篇东西，还配称作历史文件吗？！”
但是，尽管如此，法庭为了维持公平审判的原则，并没有做过多干涉。接着，法庭传唤被告东条英机。
在例行公事的宣誓后，东条英机开始朗读自己的口供书。这份口供书长达220页，四易其稿，弥漫着一股日本记者形容的“东条腔调”。口供书朗读了3天，除了开头部分是他自己朗读之外，其他部分由美国辩护律师布鲁韦特代为宣读。
口供书主要内容是东条英机为自己和日本军国主义辩护。东条英机的口供书立刻遭到国内外的批判、攻击。美国的《纽约时报》斥责东条的自卫战争论是强盗理论。
东条英机的供词洋洋五万余言，叙述了他当首相的四年中有关国家决策及军事决策等问题，他想方设法回避自己是主要决策者的事实，千方百计推脱责任，否认侵略性质，把侵略行动硬说成是自卫。
◆ 盘问
1947年12月30日，引人注目的首席检察官季南反驳盘问开始了。季南通过盘问，使侵略者的荒唐逻辑暴露无遗。
季南：“被告东条！我对你不叫大将，这你也知道，因为日本已经没有陆军了。”季南的问话咄咄逼人，震动了法庭。东条的辩护律师立刻向法庭提出抗议，认为季南的话不合时宜。法庭驳回了辩护律师的抗议。
季南：“你是否承认犯有侵略战争罪？”
东条狡辩地说：“‘大东亚共荣圈’不是侵略，日本对外战争是‘自卫自存’，是为了‘解放东亚民族’。”
“战争在中国进行，那还有什么自卫可言？杀戮200万以上的中国人，都是出于自卫的考虑吗？”季南质问道。
东条无言以对。
季南：“日本为何肆意破坏华盛顿关于限制海军军备的九国公约？”
东条：“先打个比方，给10岁的孩子一套合身的衣服，可当他满18岁的时候，衣服绽开了。”
季南：“但有可能将那件衣服缝缝补补使它合身———难道你不认为可以这样吗？”
9．大 戏（2）
东条：“但个子长得太快，孩子的双亲来不及缝补。”
季南：“1942年的‘巴塔丹死亡行军’，强迫战俘在酷热的气候中长途跋涉，大批被弄得筋疲力尽的俘虏在‘行军’中遭到毒打、刺杀和枪杀。对此你负有什么责任？”
东条：“按照日本的习惯，执行特定任务的司令官不受东京具体命令的约束，享有相当大的自主性。”
季南：“据我们所知，经日本最高当局批准，强迫战俘在恶劣的条件下用双手修建泰缅铁路，路基两旁遗下成千上万战俘的白骨，是这样的吗？”
东条：“我们没料到会做出这样的事来。按日本人的性格，我们相信无论天上还是地下都不能容忍犯下这种罪行。”
东条英机在法庭上坚持军国主义极端立场的顽固形象，激怒了众法官。受刺激最深的，恐怕要算傲慢的美国人。同时被所有的法官视为不共戴天的仇敌的，在甲级战犯中几乎只有东条英机一个。
接着，季南开始太平洋战争阶段的盘问。检察官塔培纳指控包括东条英机在内的19名被告对德、意、日三国结盟和发动太平洋战争负有责任。东条英机试图推卸自己在战争中的责任，但季南就是抓住不放，而且他的提问也越来越尖锐，终于把盘问的重点引向日本和美国在开战前的谈判上。
日本在对美国开战前的两个月里，频频召开高层会议，阴谋策划发动太平洋战争。为了和美国人周旋，他们制定了两套最后的谈判方案：甲案和乙案。
季南就甲案和乙案盘问东条英机。
季南：“东条先生，第二天（1941年11月5日）东乡外相没有向野村大使发下面的电报吗？（电报说）‘上述方案不可能达成妥协时，作为最后的对策，准备出示乙案，因此希望火速通报美国方面对甲案的态度。提出乙案时须预先请示。’这个电报是东乡外务大臣根据你的训令发出的吗？”
东条英机：“不是我的命令，传达的是政府的意思。”
在法庭上，东条英机极力想摆脱他下令发动太平洋战争的责任，所以他才诡辩说这是政府的意思。而季南之所以抓住东乡茂德11月5日发出的电报不放，就是因为，正是在那一天，东条英机已经明确无误地确定了内阁总方针：如果这最后两个方案都谈不拢，日本就要和美国开战。
季南通过盘问，达到了他的目的，那就是，日本军国主义政府在东条英机主持下，已经决意要阴谋发动太平洋战争了，而甲案和乙案的谈判，完全是个幌子。东条英机正是发动太平洋战争的罪魁祸首。
于是，在法庭上，检察方面和辩护方面围绕着一个焦点展开激烈争论。
检察官席根斯指控日本违反国际法，不宣而战，实施了对珍珠港美国海军的偷袭。
席根斯辛辣地说，日本非常狡猾，一面和美国进行谈判，一面进行战争准备，已经决心开战，却又装模作样地维持太平洋的和平。席根斯还引用了日本内阁的大量文件证明，日本是蓄意进行对美国的偷袭。
这时候，日本辩护团突然组织了一次凌厉的反击，使出杀手锏，让远东国际军事法庭的检察官们大吃一惊：为日本人作证的，竟是美国陆军部作战局军事谍报部远东科科长，布拉顿上校。
1941年，日本与美国开战时布拉顿上校正在华盛顿，他的任务是负责截收、解读、破译日本外交电报。
布拉顿上校作证说，1941年12月6日，也就是日本偷袭珍珠港的前一天，日本在向其驻美国大使馆拍发那份宣战电报的时候，美国陆军部作战局军事谍报部远东科把电报从头至尾都截获了。那个电报很长，一共有14个部分，特别是最重要的第14部分，也就是向美国政府宣布终止谈判的最后通牒，远东科截获的时间，要比日本大使递交给美国国务卿赫尔的时间明显早得多。
布拉顿上校作证起初使检察官们变得鸦雀无声，没有人进行反驳。
但是，检察官们很快就找到了反击的目标：无论如何，日本驻美国大使馆递交那份电报的时间是在日军偷袭珍珠港1个小时20分钟以后。这是铁一般的事实，没人可以否认。
而且，在日本联合舰队偷袭珍珠港4个小时以后，日本大本营才通过电台宣布：“帝国陆海军于今天凌晨于西太平洋与英美军进入战争状态”。华盛顿时间晚上9点40分，日本电台播发了日本天皇裕仁的宣战诏书。
采取偷袭的手段进行战争，则是日本军国主义在对外侵略扩张的时候素来喜欢使用的手法，在“甲午海战”、“九一八事变”、“七七事变”中莫不是如此，这早就被历史所证明。
◆ 东条英机袒护天皇裕仁
季南在法庭上继续盘问东条英机。他突然就日本舰队准备攻击珍珠港，天皇是否知道对东条英机进行质问。这时候，法庭的气氛突然紧张起来，日本天皇是否应当承担战争责任的问题突然间公开在众目睽睽的法庭上。
在远东国际军事法庭的审理中，人们一直感到疑惑的是，难道一个东条英机就能发动对盟国的庞大战争吗？他背后的支持者又是谁？
1948年1月7日上午，卫勃开始代表法官亲自讯问作为证人的东条英机。卫勃突然问道：“是谁最后就开战问题向天皇进言的？除了你之外，还有谁向天皇建议对英美开战？”
9．大 戏（3）
东条紧张地歪了歪脑袋：“我和日军参谋总长杉山元和军令部总长永野修身最后决定去见天皇。我和两总长说，为了保证日本生存，简单地说，除了战争之外，没有别的活路。于是天皇接受了建议。”
但是，东条英机所说的杉山元已经自杀了，永野修身1947年1月病死在巢鸭监狱了。惟一知道真相的，只有东条英机。但他说的就是事情本来的真相吗？
这成为远东国际军事法庭中一个非常引人注目的话题。于是，世界各地的舆论纷纷做出猜测，认为盟军政策将要出现重大变化，日本天皇有可能受到审判。
在远东国际军事法庭审理过程中，日本天皇裕仁的确是一个法庭无法绕开的焦点人物。梅汝璈在日记中曾两次提到天皇的战争责任问题。1946年4月8日，他在日记中写道：“明思（向哲浚）告诉我，说某国检察官主张把日本天皇列入战犯起诉，在今天检察官会议中引起了激辩，结果是这问题暂时搁置，未付表决。我说，这是个政治问题，就纯法律观点来说，我实在看不出天皇对于日本侵略战争何以会没有责任。这个问题在法官们私人谈话间屡次讨论过，大多数人与我持同样的看法。”5月7日，他在日记中写道：“各国舆论对于我们远东国际法庭这几天受理起诉和开审情形之反响和批评，归纳言之，日本报纸是表示满意，因为他们要把战争的责任往这班元凶巨寇身上推。美国方面，赞否不一。有一部分人士认为被控的人数太少，许多罪魁都漏网了，有一家报纸（似乎是华盛顿太阳报）简直说日皇是天字第一号的战犯，不应让他逍遥法外。英国自治领的报纸也有这种说法。苏联对法庭开审之事论之甚少，但有一家报纸很激昂地主张应置天皇于法。我想：天皇这次因为政治原因虽幸而未被起诉，但这事难免不有‘旧话重提’的一天，至少他难免有被传唤出庭作证的可能。———这只是我个人的一种感受，一个猜想。”
但是，就在卫勃直接讯问东条英机的第二天，远东国际军事法庭一开庭，卫勃庭长就正式宣布，远东国际军事法庭不起诉日本裕仁天皇。至于上一晚发生了什么，迄今仍是个谜。
季南检察长曾解释说：“日本天皇之所以未列入起诉之战犯名单中，完全系由联合国各国政治之观点所决定，此项决定苏联斯大林委员长亦已同意，因为此项决定是政治的决定，故本首席检察官不考虑将日皇列入战犯之问题。另一理由即为占领执之便利。”实际上，将裕仁排除在起诉对象之外，主要是麦克阿瑟的主张。这一主张代表了美国政府的意图。鉴于国际形势的变化，根据全球战略的需要，美国对日本不但不会把事情做绝，而且还要大力扶持！裕仁本人也曾通过季南检察长向杜鲁门总统转呈亲笔信一封，对美国占领军的“宽大”表示感谢，并声称将以立宪君主之地位，竭尽所能，发展美国式民主。
有研究日本史的学者推测，季南和卫勃是故意在审判进行到最关键的时刻，把矛盾引向日本天皇，但他们也知道，如果继续下去，将得不到美国政府的任何支持，所以也就及时收场了。
从开始到结束，东条英机一直不惜一切代价掩护天皇。这也是战后日本政府和日本战犯以及战犯辩护团从一开始就确定的最高辩护方针。
在对东条英机的审判过程中，还出现了一个美国最不愿看到的小插曲，美国检察官J。W。费利在被告认罪传讯阶段就毒气战、细菌战的问题讯问了东条英机。
问：“在日中战争期间，（日军）是否对杀伤性气体和刺激性气体加以区别？”
答：“我想后者———促使咳嗽和流泪的气体在某种程度上使用过。”
问：“难道使用这种‘刺激性气体’不是国际法所禁止的吗？”
答：“催泪气体以及促使打喷嚏的气体，世界上所有警察都在使用，您的国家也在使用。”
问：“使用这种刺激性气体，在国际法上没有被禁止吗？”
答：“实际上全世界的警察都在使用，原子弹怎么样？”
东条英机拒不承认日军实施毒气战的罪行，不但如此，还借美国使用原子弹一事来反唇相讥，意思是说，原子弹比起毒气弹来如何，美国不是使用了吗？你怎么不去追究美国的责任？
事实上，正是由于美国的操纵，在东京审判中，日军进行毒气战、细菌战犯下的罪行责任被完全免予追究。检察官一提到这个问题，庭长卫勃就要打断他的话：“这件事对我们审判官来说可是闻所未闻的新鲜事，这个问题就说到这里好吗？”
虽然国际检察局在开庭前就这个问题做过调查，但在起诉书中却将这部分内容删除了。法庭在毒气战、细菌战问