周美青除了选举时期帮他拉票，一直都谨守分际，闭口不谈马英九工作上的是与非。她很珍惜自己在财经专业的成就，不让自己的专业形象减分。周美青是位标准的职业女性。她白天上班，晚上回家做饭做菜，帮女儿温习功课。做事干练、快人快语的她强调不愿做“政治花瓶”，不愿像附属品一样跟着丈夫到处拜访或参加社交活动。
周美青平时行事极为低调，所以在马英九参选台北市长前，知道她名字的人不多。1998年 7月，周美青第一次公开露面，就给媒体留下了深刻印象。她说话简洁、率真，毫不客套修饰，甚至冲着马英九频频开炮，与一般官夫人以夫为尊的态度截然不同。对于妻子犀利甚至略带调侃的言辞，马英九偶显尴尬，但始终微笑以对。
作为台北市长夫人，周美青也有自己的事业。她现任台湾“中国商银法务室”主任。平日里，周美青行事低调，做事谦和，她从不以市长夫人自居。05年 4月18日，她以“中国商银法务室”主任身份出席台湾“立法院”的一个质询会。会上，民进党“立委”故意点名她上台答询。由于一度紧张，首次登台的周美青错把“委员”说成“董事长”。不过，在随后的答询中，周美青表现得相当稳健。事后，她对民进党“立委”的“故意”行为并不在意，说：“也许正因为我是市长夫人，他们才特意让我答询。”说话率真，毫不客套修饰，是周美青留给记者最深的印象。
在多次民意调查中，马英九都当选台湾最有魅力政治明星的第一名，很多记者问周美青是否担心丈夫有外遇，对此，她回答说：“我对他有信心，对自己也有信心，为什么大家好像对我们没什么信心？”对马英九而言，也许正是这种信任才是对他工作最大的支持。
马英九和他的一对女儿感情很好。在担任“法务部长”期间，马雷厉风行查察贿选，虽然大快人心，也得罪权势之人。尽管民调施政满意度高达八成八，但仍被调离“法务部”，转任“行政院”政务委员，令他感慨万千。这时，大女儿马唯中安慰他：“爸，想开点，其实你已很幸运了，在古代可能会被杀头的。”大女儿马唯中中学毕业，选择赴父亲的母校哈佛大学深造，给了马英九很大的安慰。小女儿马元中赴美读书，他因忙于市政而无暇送行，内心不安、深深自责。他曾惭愧地说，在女儿身上下的工夫，远不如父亲当年在自己身上下的工夫。
有一次马英九赴美访问，在哈佛演讲后，他便急着去与思念已久的女儿马唯中见面，幕僚称赞他演讲很棒，他心不在焉地笑着说：“演讲不重要，女儿最重要！”爱女心切，溢于言表。
马英九的大女儿马唯中，除了有大大的眼睛、高挑的身材，长得非常漂亮外，还继承了父亲的语言才华。在她还很小的时候，就会完整背出《老残游记》，着实让大家惊喜了一番。此外，马唯中的英文十分优秀，每次参加英文即席演讲，都获得第一名。
1998年，学习优秀的马唯中高中毕业后原本被推荐到台大生物系念大学，但因为媒体传言说她进入台大是因为父亲的缘故，因此生性正直的她毅然选择去了父亲的母校美国哈佛大学。由于马英九当时有公务在身，无暇送行，对此，马唯中最能理解父亲，她一点也未怪马英九。
在爷爷马鹤凌眼中，她的两个孙女，一个“正”、一个“奇”。马唯中的“正”，是指她很有正义感、正直；而“奇”，是说小孙女马元中个性稀奇古怪，老爱说令人捧腹的话。马元中在家里年龄最小，自然受到父母更多的宠爱，于是养成了特立独行的“娇娇女”的性格。有一次，马元中陪父亲亮相记者招待会，当马英九做出要亲她的动作时，竟然被她拒绝。她还故作恶心地说：“爸爸的脸太油，我拒绝你亲我。”把在场的记者逗得哈哈大笑。还有一次，当马元中被问到如何看待很多女性把马英九当作偶像时，她装作一脸疑惑地说：“爸爸比我胖这么多，怎么会是偶像呢？”
台湾《联合晚报》曾经报道，马氏两姐妹都是才貌双全。马元中的英文也不逊色于姐姐，她也曾获得台北市中学英语演讲比赛第二名的好成绩。现在她在父亲的支持下，也已经远赴美国著名的布朗大学就读艺术系。当记者向马英九问起他的小女儿在美留学的具体情况时，马英九笑着说：“我可不敢透露太多，否则小女儿该打我了！”
2005年 11 月，大女儿马唯中因祖父病逝回台赴丧。马英九的家人向来低调，女儿马唯中难得回台，让外界惊艳。不过她并没有闪避媒体镜头，反是留下落落大方的倩影。几年不见，马唯中虽仍维持俏丽短发，但加上白皙的肌肤，以及修长的身材，怎么看都是女大十八变，增添更多成熟女人味。人们说，爸爸马英九帅，果然女儿也很美。有人说，马唯中和韩国女星李英爱很像，也有人说比较像日本的广末凉子，还有人说其实最像刘若英。马英九相当保护家人，向来不多谈女儿。据了解，今年 25 岁的马唯中已经在美国工作，从事展览筹备方面的职业，因此浑身散发艺术的气质。有台湾媒体曾经这样形容马英九一家四口：小马哥长得帅，马嫂个性生得酷，两个女儿长得俏。正是这温馨的一家，让马英九事业颇有成就。
马英九当选台北“市长”之后，记者问周美青是否支持丈夫参选，岂知她说她并不支持，只是丈夫选择了这条人生之路，作为妻子，她只好尊重。她说，自从得知丈夫当选，她便知道这个先生出门等于丢掉，回家就如同捡到一样。她说：“自从马英九当选台北‘市长’后，我们家就少了一个人，但多了一条狗。”当时台北市的流浪狗太多，成了一大社会问题，身为“市长”的马英九，不得不站出来号召市民领养流浪狗，他自己也以身作则，领养了一只，并且取名为“马小九”。这就是周美青说她家少了一个人多了一条狗的出处。
“马小九”从 2。4公斤被养成了马英九所形容的“高大英挺、气宇轩昂、一表狗才”，每天凌晨五点，它就会过来舔醒马英九，像个不需要电池的小闹钟。虽然都是家中稀有品种的男性，但马小九所享受的待遇却要比马英九高得多，马英九的早餐必须自理，马小九却由女主人周美青亲自喂食一日两餐，还常常开车载马小九出去散步。
将运动变成令观众尖叫每天清晨五点，马英九会穿着条超短小内裤，迈着双长腿，在台北的街道上健步如飞。看惯了办公室里一群挺着啤酒肚的男人，任何女人都会相信，眼前这幅画面实在很美好。
马英九是位运动不懈的男人，而且将运动变成了一件令观众尖叫的美事。他跑步，会穿紧身短裤；他游泳，会暴露两点，而且他以运动来锻炼自己的意志，“许多人在养成跑步习惯时，会发现自己很难克服想要偷懒的惰性，我的理论是：勉强成习惯，习惯成自然。方法是为自己营造一个情境，让所有偷懒的因素通通消失，或是减少到最低，让运动像吃饭、睡觉一样，成为每天生活的一部分。”
马英九的跑步哲学有“三不原则”：不半途退出，不半途休息，成绩不退步。但马英九也承认，这三不原则也正是慢跑的“三难”。
马英九形容跑步是“无产阶级”最“便宜”的运动，既不分阶级也不花钱，可以在运动场上跑，也可以在马路上跑。马英九在“法务部长”任内，还有百姓趁着跟他跑步的机会申冤告状，陈情检举，拉近了他和百姓之间的距离。参加社会公益活动的经历中，马英九陪残疾人跑过步，参加过单位举办的慢跑活动，也边跑边为“马迷”签过字。马英九成为名副其实的“慢跑明星”。
马英九跑步最快的记录是：3 公里/11 分 46 秒。他每天睡前要做 200个仰卧起坐，俯卧撑最高记录是连续做 120个。４０多岁的马英九，在民间举办的摩天楼爬楼梯登高比赛中，其拼劲不输２０多岁的年轻人，至今，已过天命之年的马英九，依然眼未茫、发未苍，许多熟人都说他跟当蒋经国的秘书时一个样，医生甚至说他的“内脏年龄”只有３０岁出头。这都是锻炼的结果。
很少有人知道，马英九跑步首先是为了健康，1974年，小马哥打排球扭伤了右膝盖，半月板出现裂伤，直到后来在美国纽约大学求学时旧伤复发，才动手术切除了受伤的软骨，医生便要求他以跑步来帮助复元。马英九做任何事都讲求一以贯之，这一跑，就跑出了心得，为了增强理论知识，他甚至还购买国外的专业跑步月刊来研究学习，最终将长跑运动坚持了下来。此外，他也发现长跑可以帮助他提高生活质量，“在我的家族中，祖父得年六十，最后因为中风而过世，我父亲也有高血压的毛病，所以我必须长期运动，维护我心脏、血管等方面的健康。”
马英九每年出境数次，在国外紧张到连观光的时间都没有，只好利用早上的晨跑来探索当地的美景。“我可以很自豪地说，全球许多城市，我几乎都知道哪里可以找到最适合跑步的地点。”在美国密西根湖附近，他在零下三十度的天气出去晨跑，跑了 15 分钟呼吸困难才打道回府；在新加坡，当地政府派出警官保护他，才跑不到一分钟就跟不上了，后来只好找来长跑选手跟着他；在德国波恩，他每次都跟莱因河畔的驳船赛跑；在瑞士的苏黎世，沿途如画的湖光山色，让他难以忘怀。小马哥亲近了全世界许多城市最清新宜人的时刻。
自从马英九掀起了跑步热潮后，许多人才第一次了解原来跑步运动没那么简单，而且跑步这种事情也可以上升到哲学高度。马英九最喜欢的演讲主题就是他的“跑步人生观”… 第一，凡事都要有准备；第二，人天生不平等；第三，不要怕输在起跑点。
由于膝盖的宿疾，医生也建议他勤游泳。每个礼拜至少有四个早上，马英九会在市议会的游泳池练习泳技。游起泳来，他一样是勇往直前，永不放弃，有时他忽然想起了某个技术上的环节不甚理解，就会立刻请教旁人。金溥聪就曾在夜宿的房间里，和同事分别抓着马英九的脚，教他怎么蹬腿。“Nothing is beyondthe training”，这是教育学家杜威的信念，而练习、练习、再练习，正是马英九的运动不二法门。其实马英九是在童年期差点惨遭溺毙之后，才发誓一定要把游泳学好。当年他在退潮时刻的金山海水浴场和家人戏水，却发现自己离岸边愈来愈远，情急之下，用尽全身的力气沉到水里，然后跳出海面大喊救命，这才被岸上的救生员发现而成功营救。
就像跑步带动了风潮一样，马英九穿着泳裤裸露两点的画面频频出现后，果然民众也跟着热衷起了游泳。不过游泳不比跑步般无场地条件限制，台湾的平价游泳池并不多，马英九也因此开始推动起学校的游泳池建设计划，并把原有的室外冷水池改成室内温水池，希望在一年四季，年轻学子都能藉由游泳而锻炼出坚强的体魄，也可以开放给一般民众来平价使用。
马英九十分欣赏“文明人的头脑，野蛮人的身体”这句话。有一本书对他影响最深，那就是罗家伦的《新人生观》 。罗家伦认为：“一个现代的青年要有文明人的头脑，野蛮人的身体，和不可屈服的意志。”马英九为它下的诠释是：“文明人的头脑指的是格局和器宇、真诚与智能。历史的潮流急遽推移，身为一个跨世纪的青年，面临时代的风云际会，想要引领风骚，必须具备优美的品性，轩昂的器宇，加上真诚的心地、清纯的智虑，才是世纪青年的典范，才是真正的e 世代。野蛮人的身体指的是体力和健康。我不喜欢有些人喊‘苍白的一代’、‘失落的一代’，苍白是一种病态，失落是一种颓废，愿大家在身体上一起加入野蛮族。不可屈服的意志绝非时下的‘只要我喜欢，有什么不可以’。我非常佩服屈原，他为了不向昏君屈服，宁可一死以明志，心自强，志不遥，定心广志，如此何所惧。这就是不可屈服的真谛。”
经历过的“性骚扰”
有人曾经对马英九提出过这一问题：“你心目中最美的女人是谁？”他毫不犹豫地说：“王清峰，因为她认真做事。无私的女人最美。”
王清峰是马英九太太周美青的同班同学，当年，王清峰当选台湾十大杰出女青年，就是马英九推荐的。台湾的色情业非常发达，日本男人成群结队来台湾访春买春，造就了这个行业的畸形繁荣。为了迎合日本买春客的变态心理，台湾黑道想尽办法营造市场，一时间，许多未成年少女被迫进入这个行业，雏妓问题，成为台湾的一大社会问题。
为了拯救这些雏妓，王清峰竟然勇敢地站出来，成立台北妇女援救会，出任第一任理事长，和那些背景复杂、实力强大的黑社会集团斗争，不惜以个人的生命相搏，真正是孤胆英雄。这种认真无私，感动了马英九。所以他又加了一句：“我台大法律系学妹沈美珍接棒，出任妇女救援会第二任理事长，投入拯救雏妓行列，也很美！”
至于明星方面，马英九也曾喜欢过几个人，但不是那种追星一族。比如初中时喜欢凌波，后来又喜欢过林青霞。至于他青年时代的影视明星，实在说不出几个。当然，现在又不同了，现在他也成了明星，常常都有和明星同台的机会，于是有了一大批明星朋友，像王菲、李玟、孙燕姿等，那是一种纯粹艺术角度的欣赏，而不是追星。
谁都不相信马英九是这样的人，常在河边走，哪有不湿鞋的？既然他身边有那么多美女，又是风情万种，哪个男人能够抗拒那种魅力？总有一天，他会湿了自己的鞋吧？台湾政坛，不知有多少人在盯着马英九的鞋，希望有朝一日看到湿迹。但马英九说：“君子慎独。”他说，他不是坐怀不乱的柳下惠，但他有一种办法保护自己的羽毛，那就是不给美女坐怀的机会。他说：“我每天戒急用忍，跑步、游泳、洗冷水澡，不会出事。”这话似乎�