届‘立委’选举，马部长共起诉了 5098 人，判决确立的竟然不过 59 人！这又叫什么人权正义？马部长乱查贿选，堪称史无前例！！”
正确解读一下这番话，我们发现一个事实，马英九 3年任内，仅查贿选一项，便起诉了 7530 人。而这些人中，涉及“第三届立委”选举的，便多达 5098 人。台湾多大个地方？不过 2300 多万人口而已，比陕西省的人口还少，仅贿选，便涉及如此之多的人。这个数字表明，三年内，每 2700 人中，便有一人涉及贿选，而 2700 人中，大约有一半的人没有选举权或者是不会参加投票。数字何其触目惊心。从而也可以看出，马英九查贿选，决心和力度有多大。
据 1994 年 7月 18 日台湾《自由时报》报道，在 1994 年基层村里长及乡镇市民代表选举中，据保守估计，有黑道背景的当选者至少有 150人，而各县市情况有所不同，台中县各乡镇市民代及村里长的选举中，有 20 多位黑道人士参选并当选，当选率达 100％。
彰化县乡镇市民代选举中，有 50 人当选。嘉义县乡镇市民代选举中，黑道兄弟多以高票当选。高雄县乡镇市与村里长选举，与黑道关系密切的当选者有 40多位。台湾不少乡镇市民代，实际成为黑道势力的地盘，黑道治乡的名称，也由此产生。
台湾不仅地方民意机构日益黑化，就连“中央级”民意机构——“立法院”和“国民代表大会”这种最权威的地方，也成为黑道角逐的目标。“黑道老大虽不如地方民意机构那样多，但也有数位，而且，都是位高权重，实力非一般人可比。据台湾媒体报道，全面直选后的各届”立法院“，一般均有 10 位左右的黑道”立法委员“，其中更有几位黑道”立法委员“连选连任。尽管有不少”立法委员“本身不是黑道出身，但与黑道关系密切。黑道大佬办红白喜事，往往会有许多”立法委员“公开现身，并且毫不遮掩自己同黑道的关系。
为什么会出现这种情况？看一看李登辉以及他宠信的几位政坛大佬的说法，便可知一二。
李登辉曾说：“黑道势力中外都有，不独台湾才有，社会自由化了，各种力量都可以出来。”按他的说法，黑道的出现，是社会自由化的表征，黑道越猖獗，越表明这个社会自由化程度越高，越民主。而李登辉的信徒则说得更为清楚明白：“当政者应容忍某种程度的金权黑权存在……金权黑权是巨大的社会力，对政权的取得与维持有帮助。”
此人还振振有词地说，“站在民主政治立场，黑社会分子为中华民国国民，享有宪法所赋予的一切基本人权，包括选举与被选举权，及参加政党从事政治活动之权利。既是如此，黑社会分子只要没有被法律制裁剥夺公权，而同时又拥有足够的民众基础，则其被提名或被选为各级民意代表，乃是民主政治之当然现象。”另一位李登辉的要员则说：“黑道也是选民，为什么不能有民意代表？”“黑道都是爱国的，没有黑道就没有中华民国。”
马英九不会持有这样的观点，在他看来，黑道就是犯罪，如果明知这些人是黑帮分子，并且仍然在从事一系列犯罪活动，却不能惩治他们，甚至让他们以非法手段进入各级民意机构，那不仅是对法治的践踏，而且是对人民的犯罪。
刚刚当上“法务部长”时，他看到台湾刑事警察局呈报上来的一份资料，台湾各县市 1994 年新当选的议员中，有帮派、管训记录及刑事前科者共 300人，超过总数的三分之一，在台湾 21 个县市议会中，这次当选的大部分议会正、副议长有种种不同的犯罪记录和前科，甚至有犯有杀人罪的前罪犯。这份资料令马英九触目惊心，他当即决定开展以贿选为目标的扫黑行动。
他决定采取这项行动的时候，“法务部”的一些公职人员以不同的方式劝他不要太冒尖，这件事肯定吃力不讨好。这类案件因为背景极为复杂，又是有组织犯罪，查起来非常之难，取证的可能更是微乎其微。将涉案者逼急了，万一不能过关，他们也往往是出钱拉上一两个替罪羊了事。结果很可能是打虎不成，自己反被咬上一口。马英九要办这件事，首先便有可能得罪这些情治部门。此外，所有的黑道势力，都有特殊的背景，他们甚至在高层都说得上话，一旦把他们逼急了，自己的乌纱帽便有可能不保。正因为如此，历任“法务部长”都只是当太平官，对于诸多涉及黑道的各类案件，全都睁一只眼闭一只眼。
马英九偏偏不信邪，迅速开始了声势浩大的扫黑行动。他的扫黑行动，主要集中在三大方面，一是肃贪，这是针对官员的；二是查贿，同样针对的是官员；三是扫黑和反毒，这是为了还台湾一个纯净的天空，挽救更多的青少年。更为关键一点，他要做出一种姿态，对黑道势力起到一种威慑作用，从而打开扫黑的局面。
他这边行动一开始，将他的家人吓坏了。家人朋友纷纷劝他，这事别那么张扬，那些黑道人物是不好惹的。黑道也放出风声，叫他别赶尽杀绝，否则先考虑一下自己的归宿。面对重重压力的时候，是他的父亲站出来支持了他。他的父亲对媒体公开说：“文天祥和郑成功只活了 39 岁，英九已经比他们多活了 5年了。诸葛亮死时 54 岁，英九也只差 10 岁。”
任职三年间，马英九雷厉风行，肃贪、查贿、扫黑、反毒，共起诉 7500 多人，其中有将近 400人具有“民意代表”身份。因查贿得罪了太多权贵，三年后，他被调任位高权虚的“政务委员”。
1996年，李登辉终于如愿以偿，当选为第一任“民选总统”，此时，他第一个要对付的人，不再是那些国民党的元老级人物，而是那些令他极为不放心的中生代。连战、宋楚瑜、马英九这些崭露头角的人物一个个上了他的黑名单，成为他要对付的第一批。
首先是连战，他从政，深得其父真传。据说，他的父亲连震东曾向他面授机宜，告诉他，当官就像骑自行车，要不断地点头，又不断地用力蹬。所以，连战当官，禀承的恰恰是这两个要点。但是，并不等于说他就因此只是言听计从，他当过“外交部长”，又当过一任“台湾省主席”，现在让他当“行政院长”，却又不让他组阁，他自然不乐意，对于李登辉交给他的那一长串名单，他并没有照单全收。例如和李登辉关系极为密切的原“台北市长”黄大洲，竞选连任时输给了陈水扁，便有意要去“行政院”弄一个“部长”当当。李登辉也默许这件事，连战却说：“黄大洲和我是亲戚，现在用他不大好。”挡了驾。同时，他又在“行政院”内安插了几个自己的人。对此，李登辉心中，已经对他产生了不满。
再就是宋楚瑜，李登辉替他安排了一个好职位，让他去当“国防部长”，可是，宋楚瑜志不在此，他知道，一旦涉足军队，想出来不那么容易，而以后自己想在政界更上一层楼的时候，又会有军人不能干政的麻烦。他已经看中了“台湾省主席”这个位置。这件事，让李登辉对宋楚瑜的忠诚起了疑心。宋楚瑜虽然善于嘴巴冲锋陷阵，同时，也是个实干家，而且能力在所有中生代中，绝对属于第一。他当上“台湾省主席”之后，便一头扎进了基层，全省 309个乡镇，他一个不漏地走了一遍，有些乡镇，他甚至去过好几遍。一年多时间，他竟然干了这样一件事，马不停蹄地在乡下奔走，差不多每天就是一个乡镇。他一再宣称，“省主席”的办公室是在台湾省的每个角落。为了这次大巡回，他订了一辆 9人座位的福特旅行车，车上备有书报袋、传真机和电话，他在车内就可以随时与台湾当局、省府及地方人士联络。因为宋楚瑜在车上办公，全省范围内，任何一地出现紧急情况，他总是能够第一时间亲临现场指挥，一时间，到处可以见到宋楚瑜的身影，媒体每天都是他的消息，出镜率远远超过了当“总统”的李登辉。
宋楚瑜的影响力迅速扩大，直逼“总统”的李登辉。1994年 12 月首届“台湾省长”选举，他以 473万票当选。这个得票数，令李登辉大吃一惊，他突然想到，如果宋楚瑜竞选“总统”并且同样得到这么多票，那么，他的好日子便到头了。此时，他才真正意识到宋楚瑜想去当“台湾省主席”的真实意图所在。他被这件事吓了一大跳，开始考虑怎样制裁宋楚瑜了。
对付宋楚瑜，并不是太容易，毕竟，宋楚瑜是通过民选的“省长”，任期还没有到，不能轻易调任。结果，他想出一个绝妙的主意：“冻省”。台湾政权管辖仅仅一个省，还需要设立省一级政权吗？这明明就是机构重迭，对于这一问题，实际上，早几年就已经提出来了，只是由于种种原因，一直不曾提上议事日程，现在，他要扳倒宋楚瑜，这是最好的借口。
还是像从前一样，李登辉暗中指示手下人，先让媒体大造一番舆论，然后他又假惺惺地拿到“立法院”讨论。结果自然是很快通过了。于是，他立即宣布停止“省政府”以及“议会”等相应机构的运作。宋楚瑜这个当初捧李登辉上台的“英雄”，就这么轻而易举被干掉了。
对付马英九就更容易了。马英九扫黑，触动了很多人的利益，各种压力随即而来。对于马英九扫黑，李登辉是最恼火的人之一，他让马英九去当“法务部长”，原本是想让他去当“不管部长”的，没料到他生出如此之多的事来，那些有实力的黑道人士，人人自危，自然要向李登辉施加压力。李登辉是台湾黑金政治的总头子，他下面，徒子徒孙不知有多少，这些人利益一旦受到威胁，自然会找李登辉。何况，他早已不喜欢马英九了，现在见马英九成了整个“行政院”最受民众欢迎的一个官员，成了一个政治明星，他深感不安。 1995 年底，为了打击马英九，李登辉开始行动。李登辉要除掉某个人，最惯常的做法，就是釜底抽薪，让你当光杆司令，没有任何实权。李登辉越过马英九召集“高层治安会议”，这个会议开完之后，马英九才知道消息。在这次会议上，李登辉开始重用他自己的亲信廖正豪进入“法务部”分掌权利。
李登辉希望的结果是马英九像郝柏村一样，自动提出辞职。可马英九性子好，他明知道李登辉已经对自己极度不满，将自己的权夺走了，但既不吵，也不辞职，只要有机会就施展自己的权力和本事，让李登辉一时间也拿他无可奈何。李登辉没办法了，便一边抱怨他是窝囊废，一边考虑怎样搬走他。
时机终于让李登辉等来了。1996年，治安形势开始迅速恶化。新年钟声刚刚敲响两小时，一声枪响，屏东县“议员”林明顺差点命丧黄泉。接下来的一个月时间里，又发生了几起大案，民进党籍的“立法委员”萧瑞征在自家大楼遭人开枪打死，国民党籍“立法委员”陈涌源在竞选连任时被人开枪打成重伤，高雄“地检署检察官”张金涂遭枪击成重伤。这些大案，无一不与黑道有关，例如萧瑞征曾是“十信案”的风云人物，他将多位大员拉下马，自然有人会仇恨他。而张金涂则是马英九扫黑行动的锋头人物。
两个月后，民进党籍“立法委员”彭绍瑾又在家门口被人砍成重伤。岛内普遍认为，彭绍瑾是因为积极介入反黑金政治而遭报复。因为彭不仅自己介入以及支持马英九行动，而且，多次在“立法会”为马英九张目，公开支持马英九扫黑。这一连串案件的发生，马英九受到了朝野的责难。但实际上，此时的马英九，对于“法务部”已经失去了控制权。李登辉需要的正是这种效果，他当即以社会治安恶化为由，于 1996 年 6月调马英九任无职无权的“政务委员”，由廖正豪接任“法务部长”。廖正豪上任后，治安情况持续恶化。
有人怀疑 1996 年社会治安恶化是有“高人”在背后指点，此说只是一种怀疑，如果这种怀疑属实，不知是否与李登辉有关。现实是一连串的治安案件，使得连战“内阁”饱受非议，人们并不说这一切都是因为国民党腐败的结果或者是李登辉执行黑金政治的必然结局，而是归罪于连战，说是他领导无方，要求“内阁”集体辞职。恰在此时，发生了白晓燕案。
台湾著名电视节目主持人白冰冰的女儿白晓燕，上学途中遭人绑架勒索，白冰冰虽然准备了赎金，但最终还是遭撕票。此案引起台湾社会极大的轰动，各大媒体，每天都有大量篇幅报道此案的消息。此案发生后，民间对于“政府”的不满达到前所未有的程度，民众纷纷表示，现在“政府”连一个几岁的孩子都保护不了，这样的政府能相信吗？
对于这起案件，马英九内心深处的伤痛，似乎不比白冰冰弱，也不弱于社会上其它任何人，他甚至觉得，白晓燕之死，自己负有不可推卸的责任。当初，他担任“法务部长”原是想在社会治安方面有一番作为，他也确实在朝着这个方向努力。他甚至公开表态，除非自己被黑社会的子弹打倒，否则，他扫黑的决心不变。可他没有想到的是，自己没有被黑社会的枪子打倒，倒是被自己阵营内部的权力斗争打倒了。这件事，让他对当时的李登辉政府彻底失望。在他看来，如果仍然留在“法务部长”任上，如果扫黑行动没有“政府”方面的阻力，一直持续到现在，白晓燕案，很可能便不会发生。他觉得，白晓燕并不是黑道分子杀的，而是被这个无道的“政府”杀的。
因为对李登辉执政的极度失望，虽然白晓燕案与马英九已经没有丝毫关系，他还是毅然写了辞职信，是“行政院”中第一个为此提出辞职的官员。他在辞职信中说：“‘国内’接续发生重大事件，社会为之震惊，民怨为之沸腾，英九忝为内阁之一员，对此发展深感痛心、无力，为表负责，乃决定辞去现职。”这句话，真实体现了马英九当时的心情，他是因为感到无力，然后痛心，所以才决定以辞职的方式表达自己的不满，他才会觉得“改革�