不能反击，我们一反击，就中了阿扁的计了。”
大家不明白马英九的意思，马以南倒是最先反应过来了。她说：“我们如果反击的话，那就只有把责任往别人身上推，廖正豪和城仲模这两任‘法务部长’就不可避免的成了靶子。这两个人之所以能够当‘法务部长’，他们背后，有很多人在支持。这些支持他们的人是谁？是国民党的资源。也正是我们的票源，我们反击陈水扁事小，结果却可能误伤了这两任‘法务部长’，从而失掉我们的一部分基本票源。”她这样一解释，大家才意识到，陈水扁这几招，果然是阴毒之至，暗藏乾坤。
可是，这几招够狠的，纯粹是无中生有，颠倒黑白，如果不反击，会不会非常麻烦？果然，民意调查结果出来了，马英九的支持率，一下子掉了好几个百分点。马英九的竞选指挥部里，有点傻了，不知道该怎么办。
对此，马英九却显得毫不在意，他一眼就看穿了陈水扁的鬼蜮伎俩，他说，陈水扁的竞选策略就是死缠烂打，他就是不断想办法和我们斗，引着我们和他斗下去，跟在他屁股后跑，越斗就越出乱子。大家想想看，跟着他的节奏跑，难免会出错。他是当律师出身，打官司，就是这样个搞法，先从鸡蛋里挑出骨头来，然后攻其一点不及其余，想办法打乱对方的节奏和阵脚，让对方按照自己的指挥棒走。这样下去，我们还能不被动吗？我们如果和他傻缠下去，就上了他的当了。就好比打仗，如果追着敌人打，不仅会把自己跑得筋疲力尽，还容易钻进敌人的伏击圈。聪明的打法就是我们自己掌握主动权，不理他，让他自己去跑，适当的时候，我们再选择时机打个漂亮的伏击战。
这么一说，大家恍然大悟，从心底佩服马英九考虑周到。马英九确定的竞选原则是，他玩他的，我玩我的。不对对手进行任何攻击，只是打出自己的旗帜，公布如果当选，在任内要干哪些实事。
马英九这个方法提出来，立即遭到了大多数人的反对。大家认为，既然是竞选，自然会提出竞选政纲，如果要列出任内所做的事，那就等于是宣传政纲，这件事，谁都会做，陈水扁也要做这件事的。可他做的时候，肯定是在马英九他们丝毫没有防备的时候。如果不对陈水扁目前的攻击予以还击，就等于承认或者默认了陈水扁的指责，那么，一开始自己就已经输了一招。
马英九却认为，目前台湾的选举，已经陷入了一个怪圈，相互谩骂和揭短，成了一种常态，这是一种极不正常的行为。他既然要参加竞争，那么，就要进行一场文明竞选、公平竞选、清洁竞选，绝对不搞人身攻击和有损人格的那一套。马英九这样坚持，其它人也无可奈何，只好按照他的意思办。当他们将自己的这一套搞出来时，并没有预期的效果，支持率调查，似乎没有太大的变化。这表明，马英九的这一招，太过文人气，对于陈水扁这种人，似乎根本不起作用。
但马英九仍然认为，陈水扁是律师出身，他身边的那帮人，一个个都是“大状”，最善于抓住某一点枝节进行纠缠。这一点，大家一定要高度重视，第一是要注意检点自己，说话做事，要先想好，否则，就会被阿扁阵营抓住纠缠。第二，大家都要有一种思想准备，千万别和对方纠缠细节，以免落入他们的节奏。
从理论上说，马英九的竞选观点，大家都能接受，现实的问题是，陈水扁一次又一次攻击，全都奏效，第一轮中，马英九已经输了，现在第二轮，如果再不还击，选民会认为马英九没有手段，自然会对他失去信任。如果第二轮再输，以后就很难扭转这种局面了。
马英九说，反击也要有自己的坚持，要有策略，不能跟着他们走。第一轮，陈水扁不是拿治安做题目吗？现在，我们就来反击他的治安。但我们不搞他泛泛攻击、遍地开花那一套，我们集中火力。这次就拿禁娼扫黄这件事做文章，但不要攻击阿扁，我们只是提出我们的禁娼决心和扫黄计划，不要涉及其它。此话一出，大家眼前一亮。
1994年，陈水扁出任台北“市长”后，曾推动“禁娼扫黄”运动， 1997 年9 月更下令台北市全面废除“公娼”，但这一举动遭到公娼们的强烈抵制，她们纷纷走上街头抗议。娼妓们竟然公开在社会上亮相，走上街头游行示威，打出标语惊世骇俗。这样的事，全世界媒体，没有一家不喜欢，所以，采访此事的记者比游行的妓女还多，不仅在台北闹得沸沸扬扬，而且，全台湾舆论喧腾，甚至成为国际上多个国家和地区争相报道的焦点。陈水扁一见形势不妙，立即决定暂缓废“公娼”。
公娼制度在台湾实行了几十年，一直都是社会毒瘤，正义人士一直对此强烈不满，尤其是社会中的女性阶层，她们是这种制度的最大受害者。当初陈水扁宣布废娼的时候，她们均积极支持，岂知陈水扁后来改变了立场，她们自然大为失望，却又不便和那些娼妓公然对抗，所以，娼妓游行，一时无人阻止。马英九如果旗帜鲜明地提出禁娼，既可广泛地争取这些女选民，同时，对陈水扁维护社会治安的能力是一种打击，还对陈水扁的个人诚信进行了回击。既拉了选票，又还击了陈水扁的两次进攻，同时，整个文案中，只谈计划，看不出半点攻击对手的痕迹，岂不是高招？
除了推出这个文案，在适当的机会，对于陈水扁的两次攻击予以说明，比如第一次陈水扁文案中提到的白晓燕案，马英九阵营便巧妙地做了一篇文章。某家极其支持马英九的报纸派记者采访马英九，有意指出，白晓燕案发生时，马英九已经是“政务委员”而不是“法务部长”，案件原本与他无关。可是，他竟然为此提出辞职。相反，案件发生在台北市，却没有人为此负责，反而认定是一大功劳。这是在暗指，作为当时的台北“市长”，真正应该对此案负主要责任的恰恰是陈水扁，结果反倒是马英九代其受过。
马英九一付宽宏大度的样子说，别人应该负什么责任，那是别人的事，他们心里是怎么想的，他不清楚。或许他们内心也正在为此感到内疚。他只能谈一谈自己当时的心情。这件案子发生时，他心里非常难受，本能地觉得自己应该负一份责任，应该为这件案子为社会做点什么。可当时他确实不可能做别的任何事，惟一能做的，就是辞职以表示自己对此的态度。所以，他不顾上司的一再挽留，毅然辞职了。
马英九有如四两拨千斤的高明拳师，轻轻几招，便将对此案丝毫不“感到内疚”的陈水扁的攻击化于无形，并将矛头暗中指向了陈水扁自己。陈水扁等于是搬起石头砸自己的脚，马英九的支持率，却迅速上升。
马英九竞选班子，大多数人都是自愿的而且是无偿的，竞选的时间很长，有些人虽然热情高，毕竟还要回去工作，所以，帮了马英九一段时间之后，便有可能离开，然后由新人进来。就在这样换人的时候，出了一个麻烦。马英九竞选班子，换了一个竞选副总干事，此人名叫单小琳。消息已经宣布出去，但她还没有正式来竞选总部上班。此前的一天早晨，她应邀出席飞碟早餐节目，由于对某种现状的不满，她在节目中指责陈水扁阵营：“市府员工贪赃枉法的事实俱在，只是‘检调单位’办不办的问题。”
单小姐这番话，并非无的放矢，她确实是有所指的。陈水扁的背后，有一大帮“高人”，台南的某位黑道大佬，台中的某位财经巨子。这些人与各界都有牵连，呼风唤雨，谁见了都得绕着道走。这事在台湾，是公开的秘密。但另一方面，单小姐这番话，又确实是犯忌。如果法律没认定某人有罪，你便无权指责别人有罪，这种言语让自己站在了被动地位。单小姐还没有正式加入马英九团体，对马英九的搞法不十分了解，她以为这样是在帮马英九，岂知却让马英九陷入了被动。果然，正需要找这类突破口的陈水扁，抓住这点大做文章。他们正找不到马英九的麻烦，在睁大眼睛，要在马团队中找攻击点呢。
在那以后的几天时间里，陈水扁的办公室又是公开声明，又是谴责，又是质问。他们说：“令人不解，陈水扁上任台北市长以来，检调单位有两年半时间，都是在马英九先生法务部长及政务委员任内的管辖之下，检调单位不办市府官员，难道是马英九先生在包庇陈水扁市长？所以单小琳的说法并不负责，也相当矛盾。”
这么一来，马英九竞选班子就显得异常被动。他们不得不站出来解释，表示虽有聘请单小姐担任副总干事一议，但此事尚在讨论之中，单小姐目前并未参加马英九竞选总部的任何活动，亦即尚未到任。在其到任之前所说任何话，并不能代表马英九竞选团队的观点。但陈水扁却不放过这一难得的机会，指挥他的宣传机构穷追猛打，一再敦促马英九和单小琳小姐公开向市政府员工及社会大众公开道歉。还派出市政府的法律顾问林永颂律师前往台北地方法院，按铃控告单小琳，要求还市府团队一个公道。
这其实只是陈水扁的一种做法，他们也都知道，这样的官司，地方法院根本就不会受理，即使受理，也不知要等到何时审理。但陈水扁要的是效果，就是要让大家都知道，马英九团队的人说话是不算数不负责任的，如果选马英九那就是选错了。陈水扁由此发现，马英九这个团队具有很脆弱的地方，如果攻击得当，说不准，这个团队会因此散掉。如果马英九的团队都散了，这场仗，自然没法往下打了。所以，他后来在很长一段时间里，攻击马英九的同时，一直都在轰击马英九身边的团队。其中比较大的一次战役，是集中对付马英九的竞选总部主任委员陈健治。
陈健治原是台北市“议会”的议长，“台北市政府”的许多施政方案、政策等，都需要通过他领导下的“议会”批准。所以说，对于当时的“台北市”，陈健治是一个很有实权的人物。这样一个人，担任马英九竞选班底的要员，对于马英九自然是有帮助的。陈水扁班子推出一份文案，指责陈健治担任“议长”期间，曾经两次为人“说情”。陈水扁之所以利用这些事，目的只有一点，就是将马英九的班子搞乱。而普通民众，他们很难判断这之中的真伪，而马英九一是不屑纠缠这一类事件，二是这类事确实是非常难缠，即使大费笔墨，也难以在短时间内说清，何况，如果真的为这样的小事斗起来，选民只会认为马英九没有雅量。遇到这样的事，马英九往往只能是哑巴吃黄连，硬吞。
就在这项攻击案发出后，陈水扁却后园起火，自己内部出了问题。有媒体挖出陈水扁和几年前的周伯伦受贿案有关。周伯伦是陈水扁最好的政治盟友，当时和陈水扁一样，都是“议员”，两人在议会上狼狈为奸，呼风唤雨。期间，台北荣星公司向当局申请开发荣星花园，并且游说某些实权人物，周伯伦等多名议员受贿，周伯伦被指受贿 1600 万元新台币，于 1989 年被捕。这起案件经历了一场马拉松式的诉讼，长达 16 年之久，直到 2003 年才最终裁定周伯伦罪名成立，入狱 6年。陈水扁竞选连任台北“市长”时，周伯伦被捕已经接近 8年，只是有关诉讼仍然没有结果。令人费解的是，在此期间，周伯伦还一再竞选获胜，连任多届“立委”。媒体此次揭出的事件，显示陈水扁利用台北“市长”的职权，对周伯伦多方庇护，陈水扁的秘书马永成，打着陈水扁市长的旗号，为周伯伦做了很多事情。
揭发此次事件，与马英九竞选班底没有丝毫关系，只是媒体的一次监督行为。但是，马英九在事情被揭发后，利用这一事件，谈了自己的看法。马永成因为难逃干系，只好辞去陈水扁的特别助理之职。
最终，马英九因为坚持自己的竞选原则，始终以清廉为标榜，取得了台北市民的认同。他虽然是第一次参加竞选，经验不足，又遇到一个像陈水扁这种很善于打纠缠战的对手，露出过手忙脚乱、极端被动的时候，加上资金上的弱势，实在是困难重重。当马英九胜出后，他清理了一下自己的经济账，结果发现，国民党所拨的 2。5亿元，他只用了 1。1亿，剩下的，他全部交还国民党中央党部。而他所募集到的竞选资金，也剩下一大笔，他全部捐给了吴伯雄基金会。所用的竞选资金，不足陈水扁的十分之一。
按照台湾某种规定，竞选是有补偿的，每获得一票，补助 30 元。此次选举，马英九共获得 70 多万票，补助款多达 2000 多万。别的候选人，会将这笔钱坦然地放进自己的口袋，别人也无权说他们什么。但马英九没有要这笔钱，而是拿出来成立了两个基金会，一个是专门救济弱小族群的“台湾人基金会”，另一个是专门救济老人的“敦安基金会”。敦取自马英九祖母的名字，安则取自其祖父的名字。
此次台北市“市长”竞选，马英九成功地打败了陈水扁，从此在台湾有了“打扁明星”之称。台湾媒体，则将他称为惟一打败过陈水扁的国民党人。
雄心勃勃的台北市长马英九一直觉得，台湾的选举之所以越来越庸俗化，与台湾的庸俗文化发展有很大关系。所以，他当上台北“市长”以后所要做的第一件事，便是发展民族文化的精髓，除了完善和发展民间文化体系，更为重要的是，要建立一个官方的文化指导机构。
马英九上任的时候，列出了 500多件必须要完成的工作，建立文化局，是他要完成的第一批工作之一。
马英九上台伊始，国民党还是“执政党”。由于有国民党方面的配合，前任“市长”陈水扁努力了几年都没能干成的事，马英九上任后几个月便建立了。虽然不能说他的文化局的建立从根本上扭转了台湾文化庸俗化倾向，但毕竟还是起了很大的作用，在文化研究、文化保护、文化交流、文化推广以及其它方面，均起了一些积极的作用。
台北市先后聘请了一些世界知名的华裔