持和认同，许多人担心，未来的“总统”将很难推行任何重大改革计画。有人认为，无论陈水扁的中枪是真是假，全台湾已经有一半的人对此表示怀疑，即使 319枪击事件是真的暗杀企图，那么多人的质疑也表明，“总统”的诚信已经荡然无存。
唯一可以确定的是，台湾的民众经过这次的大选，已经发生严重分裂。有一些人强烈支持陈水扁和台独主张，另一些却强烈地反对陈水扁，而台湾民主的体制也已经面对了新一轮的危机。
包括泛绿阵营的人在内，都承认“319 ”的两颗子弹，彻底改变了选举的结果。而这两颗子弹究竟是谁发出的，似乎成了永久的历史之谜。国亲联盟为此组织了声势浩大的游行抗争，自 3月 20 日开始，天天游行不断，最多的一天，竟然有 100万人上街抗争。
这些抗争发起之时，马英九的态度和国民党高层出现了很大的分歧，他支持通过法律途径解决，虽然国亲联盟高层告诉他，这件事整个就是一个阴谋，既然是阴谋，根本就不可能通过法律方式解决。马英九本人也认同这一点，但他仍然不同意以非法律的方式抗争，因此，当李昌钰博士做出某种勘测结论，而法院又受理了国亲联盟的诉讼之后，马英九的态度非常明确，游行应该终止，人民应该重新回到安定的生活轨道上来。
为了使社会尽快恢复稳定，4 月 10 日，马英九不得不向台北警察下令，对不愿意离开的示威者，以高压水枪强行驱散，双方因此发生冲突，警民双方受伤者近百人。接下来，国亲联盟向当局提出申请，每个周六均举行集会，要求“拼真相”，一直到 5月 20 日止。但这些申请，均被马英九打了板子，没有批准。如果是陈水扁的“政府”没有批准，事情可能是另一种结果。恰恰是马英九所领导的台北市“政府”没有批准这些“拼真相”的活动，国民党高层和亲民党因此对马英九大为恼火。
对此，马英九的态度十分明确，他也认为，枪击案的原因值得玩味，当局应该成立更高级别的调查机构对此案进行调查。6 月 24 日，马英九说，枪击案案发现场没有管制，检警人员到达时，现场已经被破坏，能够取得的物证有限，等于是一个“残缺不全”的案子。现在最重要的是找出作案动机，既然此案不是政治谋杀，也不可能是意外或打错人，其中原因“非常值得玩味”。他表示，以目前的调查团队而言，案情要向上发展，非常困难，他认为应提高调查层次，让“监察院”等更高层级的单位介入，成立枪击事件“真相调查委员会”，才可能查出真相。
针对吕秀莲提出的如果“百日”到后，台“检警”不能提出合理交代，不排除行政处分的话。马英九表示惩处检警人员并不公平，陈水扁喊出的“百日破案”也没有意义，因为枪击案现场早因“延迟封锁五小时”被破坏，目前已经无法突破真相，只有尽速成立“枪击案真相调查委员会”和由“监察院”介入调查，才能真相大白。
马英九说，“枪击案的真相”要问枪击的“动机”何在？马英九表示目前民进党对“立法院”成立“真相调查委员会”的过程百般阻挠。国民党成立“真相调查小组”企图调阅相关文件时，也都被“国安”单位拒绝。
7 月 9日，台“监察院”发现台“总统府”侍卫长陈再福在“3 、19枪击案”发生前 15 分钟手机内有查不出联系对象的通话纪录。国民党方面的“真相调查小组”召集人马英九表示，这只是检警没有触及的“冰山一角”。马英九再次呼吁，由于台“监察院”没有调查权，只有“立法”成立“真相调查委员会”，才能还人民真相。马英九强调，调查结果不见得会对哪一方有利，“立法成立真相调查委员会”也不是为哪一方的利益，而是要让人民知道真相。
同时，他也表示，他是国民党的副主席，同时更是台北市“市长”。作为国民党副主席甚至只是一名普通国民党党员，他能够理解大家的愤怒，甚至支持抗争行动。但作为“市长”，他必须将事件牢牢地控制在法律的范围之内，他不能容忍任何超越法律的行为。
有一种分析认为，2004年，连宋之所以败选，除了陈水扁那两颗子弹瞬间改变了结果，还有一个非常潜在的原因，那就是马英九。在选举之前，无论是国民党还是亲民党内部，都曾有人无数次试探连战和宋楚瑜：如果你们当选，是否仅仅只任一届？
如果当选，他们自然不会只任一届。换个新人上来竞选，把握性要小得多，说不准又输给民进党了。所以，这一问题，一直没有得到肯定答复。于是，分析者认为，那些提这一问题的人，其实是在考虑一件事，他们希望马英九在 2008年站出来竞选，担心连宋这一届当选后，到了 2008 不肯给马英九让路，所以，有许多准备在 2008 年投给马英九的选票，不是投给了陈水扁，就是投了弃权票或者废票。
仅以台北市为例，2000年，连战和宋楚瑜分别竞选，两人总计得到 1264528票，可这次他们在台北只得到 897870 票，流失了 366658 票。这些流失的票中，大多便有一个“马英九情结”。如果从这种分析上说，因为“马英九情结”而导致连宋败选，似乎不是完全没有道理。但究竟是真是假，谁都无法确定。
“大选”结束后，国民党党主席的竞选又将拉开帷幕。这次传出了令人振奋的消息，马英九将竞选国民党党主席。
最早透出马英九将参加党主席竞选消息是在 2004 年 8月。当时，马英九的父亲马鹤凌作为台湾马氏宗亲会理事长，率领 20 人的代表团参加马来西亚的第三届世界马氏宗亲恳亲大会。与会期间，他接受了《南洋商报》记者的采访。随后，该报发表了一篇专访文章，借马父之口说，马英九自从出生时起，父亲为他确立的人生目标便是将来当“总统”。同时，他又非常担心儿子面对许多来自党内外的阻力，“各方面对他都不友善，连宋不想放手。”
这席话出来，矛头直接指向了连战和宋楚瑜，一时间，舆论大哗，无论是台湾、香港还是大陆，各大媒体均转载了这篇文章。
这件事闹得沸沸扬扬时，马英九正在美国旧金山为台北市招商，记者们自然不肯放过他，或者打电话，或者通过美国的华文媒体采访他。马英九没料到会闹出这么大一件事来，尤其是枪击案余波未尽，国民党内部许多人对马英九误会甚深，此时又冒出这么件新闻，尤其是文中指责连战宋楚瑜恋栈不肯放手的话，会令很多人反感。
得知此讯后，他立即透过自己在台北的新闻发言人，向社会公开了一份新闻发言稿，表示目前最重要的工作便是将“市政”做好，别的暂时不会考虑。美国的媒体自然不肯放过当面采访他的机会，面对这一问题时，他仍然肯定地说，因为父亲不在台湾，而他又在美国，父子间还未能联系上，具体情况，他不十分清楚。至于他个人的态度，在新闻稿中已经言明，暂时没有这样的考虑。
至于选举方面，他表示最重要的是年底的“立法委员”选战，这关系到泛蓝阵营是否能继续扮演忠诚的反对力量，充分发挥制衡效果，否则台湾的民主将成为“跛脚民主”，这对台湾的前途比个人的进退问题更为重要。因此，他会在这方面有所侧重。
马英九的此次美国之行，主要是吸引美商来台北投资，他马不停蹄地走了很多地方，比如前往好莱坞的派拉蒙电影公司邀请他们访问台湾洽谈双方在电影、媒体等产业合作的可能性等。
8 月 10 日，也就是马英九在美国接受记者采访的同一天，马鹤凌从马来西亚返回台湾刚下飞机，就被早已经等候在此的记者围住了。采访的焦点，自然是他那次和记者的谈话，关键点，一是“希望儿子选‘总统’”以及“连宋不肯放手”。
马鹤凌在机场向记者表示，这完全是一场误会，除非他自己糊涂到“莫名其妙”、“狂妄无知”才会说出那种话。其实，他是说过与连宋放手有关的话题，但意思与报纸刊登的完全不同，他说：“连宋不能放手”，因为此时还在打选举官司，如果这场官司打赢了，连宋还必须参加重选，根本不存在愿不愿放手的问题，而是能不能放手的问题。可是，报纸出来的时候，却变成了“连宋不愿放手”，一字之差，意思全变了。由于这一失误，他当时便致电《南洋商报》，要求他们立即调出当时的采访录音核对，但对方说，录音已经毁了。当他准备登机返回台湾时，报社的总编辑带着那位记者，专程赶来向他道歉。
即使如此，事情仍然没有过去，媒体还在大肆炒作此事，民进党团也趁机打击马英九，大做文章。在此情况下，马鹤凌不得不再一次站出来，就此进行“澄清”。他表示，他去参加马来西亚的这次马氏宗亲会活动之前，和儿子有过一番谈话，马英九很清楚，这几年，各地媒体都十分关心他是否竞选“总统”一事，他和父亲说好，如果有人问起此事，一律不谈。
到了马来西亚，有一位《南洋商报》的记者采访他，这位记者也是政大毕业的，和他算是校友，而且，看上去很亲善，彼此谈得很轻松恳切。马鹤凌一时放松了警惕，便和他开诚布公地交谈起来，有些相对敏感一些的问题，他也作了回应。
这位记者自然不放过有关竞选“总统”一事，马鹤凌只是回答了四个字“乐观其成”，但从未说过所谓“从马英九出生那一刻起，就已定下要儿子当总统的终极目标”等内容。他强调“自己过去从来没有讲过，以后也不会讲。”他说，连蒋中正“总统”栽培经国先生、老布什栽培小布什，李光耀栽培李显龙都不敢说“一定要我的儿子当总统”，他又怎么会如此表示，除非他是“糊涂、狂妄、无知”的人。其次，所谓“从小便定下当总统的目标”与事实也相差太远。
事情发生后，家人希望他在国外多玩一段时日，以免回到台湾受媒体围攻，马老先生当即向家人表示：“你是对我没信心？”“你的父亲不会说这种话”，他说，他一生坦坦荡荡，无不可对人言，这次他没说错话，何必躲躲藏藏授人以柄？所以，他按照原定行程，准时返回台北，并且直接面对记者的采访。
马英九的发言人也立即就此表态，在马英九出生的年代，根本就没有所谓选“总统”的事。言下之意，当时是蒋介石掌权，“总统”一职，他抓得牢牢的，别人岂能问津？在那种形势下，其父又怎么可能以此督促教育儿子？由此可见，所谓“从马英九出生那一刻起，就已定下要儿子当总统的终极目标”等语，绝对不可能是马鹤凌所说。
此事涉及到连战和宋楚瑜，有关媒体，自然会要求他们表态，连战的表态十分有趣，他仅仅只是给了媒体四个字：“风平浪静”，既公开了国民党内部对此事的态度，同时也暗示，他本人以及国亲联盟高层，根本就不相信这一切是真的。
第八章：开启“马英九时代”
参选国民党党主席马英九本人第一次公开表示有意参选国民党主席，是在 2005年的情人节这一天。
经历了台北“市长”任上 6年多的摔打，马英九政治上确实成熟了很多。这年春节前，有记者多次向马英九求证参选国民党主席事宜，马英九并没有表示明确的态度，只是说将会在节后适当时候宣布。显然，此时的马英九已经有了较为全面的打算。
2 月 14 日，当记者再一次向他提出这一问题时，他公开表示：“为了国民党改革、未来，为了国亲合作，为了泛蓝的整合，我愿意一试。”虽然没有明确表示：“我肯定参选”，但“愿意一试”已经明确了马英九的态度。
在台湾政坛素以“温、良、恭、俭、让”着称的台北“市长”马英九，突然宣布径行参选国民党党主席。马英九的动作着实让国民党内部议论纷纷，不敢相信这是过去给人温文儒雅印象的马英九“应做之事”。同时怀疑马英九的“当仁不让”，是否得到连战支持，抑或是得到国民党员的支持，使他自信满满毫无顾忌？
马英九宣布参选引发议论，主要与马英九从政性格有关。马英九以 31 岁之龄参与机要，从事公职 25 年，一直是当局给他官做，自己从不强求，如果长官关爱眼神没有投向他，马英九也从不主动争取。具体事例如马英九辞官回校园，国民党为光复台北市击败陈水扁，不惜派员与马英九沟通、劝进，恳求马英九，结果遭到马英九的拒绝，直到马英九的长官出面说，“难道要全党同志跪求你，你才要下海参选吗？”
由于“跪求”效果，马英九勉为其难地接受参选。接着马英九还提出一个条件说，基于辞官回校园不参政的考虑，他要求国民党为他“诚信”原则解套，导致单纯的参选之举连忙二三个月才解决。若非台北“市长”一役马英九获胜选，马英九的政治生涯很有可能就此终结。
从这则真实事例不难发现，马英九对官位的汲求显然是被动的，不会主动争取。再者如马英九位居国民党副秘书长，内阁改组降格以求地出任研考会主委；再由研考会主委降调陆委会副主委，由正转副，与副秘书长层级相比更是连降三级，换了别人已经是干不下去，马英九居然能够忍受降调屈辱甘之如饴地接受长官派任，看得出马英九不是热衷权势之人。
也正因马英九的从政性格是接受、不拒绝，所以当马英九主动出击表态参选国民党党主席之位时，震撼了国民党。国民党内部臆测马英九参选意图有四：一、拥马英九派人士认为，马英九基于使命感有意藉参选改造国民党，以延续国民党命脉。何况国民党自失去执政优势沦为在野党之后，国民党有求于马英九，远超过马英九有求于国民党，在时异势转情势下，马英九为反哺国民党的栽培，径行宣布参选的用意除使命感外想不出其它理由。
二、拥连派人士认为，在连战未宣布未来动向时，马英九依