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马英九当选国民党主席后，陈水扁虽然送去了祝贺花篮，但内心很不是滋味。于是，民进党一方面鼓动王金平另立山头，另一方面阻挠马英九访问大陆。民进党“立委”林进兴称，象征外省族群的马英九当选国民党主席，象征着大多数国民党党员对本土领导人的排斥与担忧。未来，台湾政治将进一步陷入“外省”与“本土”的族群斗争中，本土派要想在国民党内成为核心更是难上加难。林进兴建议王金平带领 30％的本土派党员出走，另组“台湾国民党”，或许还可以闯出一片天地，否则“包括王金平在内的国民党本土派人士继续留在党内只有两条路，其一就是永远当轿夫，其二就是只能充当被酬庸的样板。如果要在国民党内仅当‘义工’，实在太委屈王‘院长’了”。
对于马英九，林进兴直言不讳地提出，民进党应该把他作为 2008 年“大选”的“假想敌”。由于马英九表示当选后愿意访问大陆， 18 日，“陆委会主委”吴钊燮强调，马英九具有“直辖市市长”的身份，依据规定必须是参加国际性会议，并经当局相关主管机关审查才可离岛。也就是说，在台当局现行法令规定下，马英九无法比照连战的模式受邀访问大陆。
分化国民党一直是民进党的目标，在马英九当选党主席后尤其明显。台湾“中央研究院”研究员瞿海源在台湾媒体撰文指出，就个人声望而言，陈水扁从来就不是马英九的对手，历来民调都显示他输给马英九很多。从政党支持率的消长情况来看，今年 2月，民进党和国民党的支持率都有所上升，国民党止住了 2004年“大选”后的颓势，仅比民进党低 3个百分点。这是一个重要的转折点。接下来，民进党渐渐输给国民党。4 月连战访问大陆，岛内形势大变，民进党的支持率下降到 18％，是两年来的最低点，国民党则升至 24％。 到了 5月，民进党的支持率虽然回升到 23％，但国民党此时已大幅上升到 31％。 这在 2000 年民进党执政后极少见到，甚至可以说是第一次。从中可以发现，国民党进行改革就会使民进党的支持率下降，所以国民党选出新的党主席并不是一党之事，民进党也将越来越受到它的影响。这也不是马英九和陈水扁之间声望的消长，而是政党政治竞争的结果。
追随连战任党永远的义工8 月 1日，王金平在北加州达摩镇万佛圣城参访时，拈香祝祷很长时间。王金平说，他借这个机会为台湾祈福，祈求台湾能够安全、安定，两岸问题能够和平解决。他表示，祈求台湾能够安全、安定，两岸问题能够和平解决，而在与马英九的关系上，王金平表示他会尽力支持协助马英九，并会在年底的县市长选举中协助辅选。很多国民党员担心王金平如果不协助新当选的国民党主席马英九，国民党的党务工作以及选举辅选都将很困难，王金平表示，没有这样的问题，他会从旁支持协助马英九。
8 月 11 日下午，王金平赴国民党中央，与党主席连战恳谈一个多小时，确定维持不续任第一副主席的决定。王金平说他已获得连战的谅解，追随连战任党永远的义工；但党以后有任何需要，或新任主席有任何指示，他一定会全力以赴为党奉献服务。
王金平返台时，马英九亲自去接机，王马两人气氛缓和不少，王金平是否续任国民党第一副主席，备受关注。下午约三时许王金平抵达党中央，与连战恳谈一个多小时，会后王金平说，连战对他的想法表示“尊重与理解”，但是希望他能慎重考虑。他自己决定不续任副主席。王金平说，他感谢连战 4年前提名，经过 16 全代会任命他为副主席，新任的党主席接任后，他将随同连战提出辞呈，跟连战同进退。
王金平表示，连战已聘请他担任国民党中评会主席团主席，他说今后将以中评会主席团主席身分全心全力为党奉献与服务。王金平表示，马英九办公室已经联系要和他见面，他预估会面时间应该在国民党 17 全会之前。他强调，他非常乐意和马英九见面交换意见，谈党未来的问题，这是党员职责所在，但他希望马英九不要保留副主席位置给他。
8 月 15 日，王金平在接受台湾电台专访时，首次透露了他与连战 11 日会谈时的内容，并再度明确表示，基于为国民党着想、考虑，他认为不接国民党副主席比较好。王金平说，他和国民党主席连战 11 日见面时曾向连战说明了自己的看法。他认为，担任副主席不见得对党奉献比较大，某些时候反而会碍手碍脚；过去他担任副主席，最主要的贡献在于“立法院长”身份，而不是国民党副主席有什么能耐奉献给党。况且现在局势和过去不同，单纯担任“国会议长”合乎台湾体制，所以他决定不当副主席，而是以党员、义工的身份为党努力、奉献，让马英九依照原有理想尽情挥洒，创造国民党最美好的前途。连战最后决定尊重他的想法。虽然决定不再续任国民党副主席，但王金平表示他愿意接受连战聘任，担任国民党中评委主席团主席。
可以预见，在未来的两年多中，泛蓝人士对于马英九会更加苛责，而王金平，一定会在新的权力妥协中找到自己的地位，继续控制国民党党务和“立法院”泛蓝党团。因为只有这样，国民党才能获得 2008 年盼望已久的胜利。因此可以说，马英九当选国民党主席，其政治生涯从此步入前所未有的巅峰，与此同时，他也步入了前所未有的雷区。他当选的消息刚刚传出，媒体纷纷载文，称他未来面临几大挑战：首先，国民党的党内团结是他所面临的最大挑战。显然，因为这次选举，他和王金平之间，已经出现了一次“决斗”，虽然此前分析人士认为国民党有可能因此而分裂的可能大大减小，但双方较上了劲却是事实，选前国民党大佬包括马英九的父亲在内所担心的国民党分裂，仍然未能完全消除。国民党高层是支持王金平的，连战的选票投给了王金平，不仅如此，连战的女儿连惠心也将选票投给了王金平。据说国民党高层目前仍然掌握相当权力的一些人，都是支持王金平的，这对于马英九未来执掌国民党是不利的，甚至有可能成为障碍。今后，马英九和王金平阵营的合作，将会异常困难。
马英九上任后，泛蓝整合，是他的一个艰巨任务。泛蓝阵营的重要力量是国民党和亲民党，从某种意义上说，泛蓝整合，也就是国民党主席和亲民党主席之间的整合，然而，宋楚瑜和马英九之间，整合的可能性有多大？
当初，宋楚瑜和马英九之间，确实是有矛盾的。2000年，宋楚瑜要参加竞选，但李登辉坚决阻止，马英九支持连战，站在了李登辉的立场上，宋楚瑜是否会有点恼火？谁也不清楚。2002年，马英九竞选连任，宋楚瑜主动向马英九表示好感，要站出来为他助选，但被马英九拒绝。即使如此，宋楚瑜还是自己站了出来，甚至公开下跪为马英九拉票，舆论称宋楚瑜打悲情牌。但到了 2004 年，枪击案发生后，宋楚瑜是泛蓝阵营的斗士，所有的拼真相活动，均为宋楚瑜组织指挥，但最终却遭到了马英九的狙击，马英九派出警察拿着高压水枪驱散示威人群。宋楚瑜因此对马英九大为恼怒，直到 2005 年马英九参加党主席竞选时，宋楚瑜提起此事，仍然显得有点咬牙切齿。
马英九也知道这件事伤了很多国民党人以及亲民党人的感情，所以，2005年的纪念“319 ”一周年大游行，他也参加了，多少挽回了一点票源。此次国民党选举，宋楚瑜身在美国，但他行前用录像带的方式表示了支持王金平，而亲民党内不少人也持同样的态度。
现在的事实是，马英九当选了，这便给 2008 年国亲联盟提出了一个严峻的议题。如果仍然像 2004 年一样，两党共同推出候选人的话，那么，国民党推出马英九，亲民党推出宋楚瑜，两人将怎样搭配？无论是在台湾政坛还是在原国民党内，宋楚瑜的资格比马英九都要老得多，让宋楚瑜来担任马英九的竞选副手？虽然这样的组合，可能成为泛蓝阵营取胜的保障，问题在于，宋楚瑜是否甘居马英九之下？
台湾人对马英九的期望值民进党可以说是一个竞选党，他们是从国民党的高压下冒出来的，所以，斗性十足，竞选战经验丰富。马英九是谦谦君子，只会一味地提倡“文明选举”，却没有太多明争暗斗的方法。宋楚瑜倒是一个好的斗牛士，可惜，他恐怕不会和马英九配对。记得有人谈到连战竞选时的一个细节，说是他的助选班子要他扮演航天员，给他弄了一套太空服穿着。他做秀之后，脱下太空服，说的第一句话便是：“若是家父还活着，看到我这样，一定会罚我的跪。”
此人同时说，马英九和连战是同一类人，他们那种绅士风度，一旦站上竞选台，既缺乏煽动力，更缺乏杀伤力。相反，台湾这些年被陈水扁、宋楚瑜、李敖、陈文茜这些人训练出来了，需要的是出口伤人的功力，这恰恰是马英九所缺乏的。
何况，有人认为，马英九比王金平容易对付，也并非完全没有道理。这些年，陈水扁等人将族群对立已经搞到了无以复加的程度，马英九的省籍，可能会成为他最大的障碍。尤其重要的是，马英九现在就冒出头来了，民进党有整整 3年的功夫整倒他，这个时间，实在是有些可怕。所以马英九未来几年面对的最大的问题是民进党，是怎样应对未来 3年中民进党的“逢马必反”。
此外，马英九上任后面临的第一件事，便是年底的县市长选举，如果在这次选举中，国民党落败，那么，马英九未来的路将更加的艰难。
实际上，以上这几大难题，仅仅只是大陆学者隔岸观火的分析，还远远没有触及马英九更为核心的危机。据台湾的有关人士分析，马英九的危机，第一在于他在台北“市长”任上，市政上的表现并不如前几任，行政能力是不如宋楚瑜的。而一旦当上国民党主席，那么，就要看他的党政能力了。此前，他一直没有直接处理过党务，这方面是否有能力，一些人持保留看法。他们担心，一旦马英九在这方面表现不佳，那么，未来的 3年，便会成为他生命的滑铁卢。
有关台湾方面对马英九的分析，我们不妨部分引用一下陈文茜所做的一个节目的内容。
陈文茜最初是民进党的坚定支持者，但民进党上台后，她立即发现，陈水扁者之流，和她最初所认识的那个人完全不同了，变得异常的面目可憎。她对于陈水扁以及民进党极为失望，因而退出变成了一个无党派人士，后来又倾向国民党。她的这一改变，使得她在台湾的处境出现了微妙变化，她在台湾的电视节目，受到了民进党的围剿，多次被以各种理由封杀。在此情况下，她便来到香港，和凤凰卫视合办了一个节目。
马英九当选国民党主席之后，陈文茜的节目专门邀约一批台湾人专题讨论了马英九其人。
在节目的开场白中，她说：“马英九和宋楚瑜都是外省人。李敖觉得马英九没有宋楚瑜能干，所以他不认为有任何一个外省人有能力赶越宋楚瑜当省长时候的声望。”陈文茜说，她不这样认为。她说，“我不同意李敖的看法，你只要看看李敖太太的眼睛看马英九在电视上时候的神采，你就知道马英九的票仓在哪里。连日本女人都会风靡一个韩剧的裴勇俊，如果这个事情可以成立的话，我认为马英九是台湾第一个外省人真正可以不像宋楚瑜跑遍 309个乡镇，他只要维持他那个样子，完全可以征服大多数女性和年轻人。”
在节目中，陈文茜分析说，目前台湾的蓝绿阵营，几乎是五比五。虽然很多民意调查显示蓝军比较大，但实际上，很多蓝军人士更看好中国大陆，他们回到大陆之后便不想再回台湾投票了。如果他们回台投票的话，恐怕还是势均力敌。但如果马英九党内再出问题，那大概就没救了。所以，陈文茜问台湾名记董智森：“马英九自己阵营里面一定有很多评估，他们最喜欢民进党的对手是谁？”
董智森说，他们最希望的对手是吕秀莲，不希望是苏贞昌。他说：“台湾的选举很奇怪，有时候能力也不是那么重要，陈水扁也没有什么能力。台湾的选举是四年一次，有很多人看这个人是明星。现在台湾最主要的明星是马英九，他大概是一个半，陈水扁是一个，还有半个是苏贞昌。马英九碰到苏贞昌，苏会比较自卑因为他老。但是苏贞昌知道自己嘲笑自己的丑，变成很可爱。我没有头发，但是我很亮。他会用这种方式去自我解嘲，因此可以获得很多选票。”
陈文茜自己是传媒人，同时，她也是政治人，既是传媒明星，也是政治明星。因为她一直做政论性节目，所以，很多人都希望听一听她对台湾政治或者政治人物的看法。马英九当选，立即有很多媒体采访她，问她对马英九的看法，或者是对 2008 年的看法。面对这类问题，她便说：“不用看那么远，下个月他有党工的薪水 2个亿，他有对台湾银行的负债 5个亿，他当选已经负债 12 个亿。他如果做不到，国民党只有变成天天三点半在跑支票。国民党就成一个跳票的党，他党主席也就完了，他的党也完了，根本跑不到 2008 年。”
台湾著名传媒人的张启楷接过这一问题说，国民党现在的问题很多，这所有问题，全都压在了马英九一个人的身上。第一个问题，便是党产和薪水问题。第二个是人事安排问题。正因为如此，所以连他的爸爸都不支持他，希望他不要去抢这个党主席，应该让连战留下来，好好把整个党带好，他自己要专心处理好 2008年。当然，张启楷也承认，如果马英九能够在这 3年间将党务处理好，那他在 2008年的机会是很大的。
在台湾，陈凤馨是马英九非常信任的“闻