面对挑战。马英九说，当选党主席高兴一个晚上就可以了。7 月 22 日一大早。马英九在晨曦中第一次以中国国民党主席当选人身份。前往桃园县大溪慈湖、头寮蒋介石及蒋经国两位前主席的陵寝献花致敬。他在陵寝前说，国民党创党百余年，他在继承国民党薪火的同时，也感受到千斤重担；他将抱着戒慎恐惧、临深履薄的心情，学习前人如何在惊涛骇浪中前进。
铭刻老父遗愿从简办丧事05年 11 月 1日晚 7时许，马英九的父亲马鹤凌因心脏病突发抢救无效，在台北病逝，享年 86 岁。11月 2日，中国国务院台湾事务办公室发言人对马鹤凌先生的逝世表示深切的哀悼，并向中国国民党主席马英九先生及马鹤凌先生的其它亲属表示了诚挚慰问。马鹤凌是在 10 月 30 日下午15时左右突发心脏病被送往医院的，住院以来一直深陷昏迷，直到 11 月 1日清晨多重器官出现衰竭，才在其家人的同意下，被拔掉氧气管结束生命。
马英九陪父亲走完最后一程。从父亲被送往医院的那一刻起，马英九始终眉头紧锁、忧心忡忡，但他始终牢记父亲的训戒，没有请假，而是照常坚持上班，只是在医院和市府之间来回奔波。两天来，他从没有在媒体面前掉过一滴眼泪。
马鹤凌逝世的当晚，马英九和母亲、姐姐等人都在他身边，陪着马老走完了人生最后一段路。据该医院医生表示，在宣布马鹤凌逝世的那一刻，马英九表现得极为悲痛，但他还是很有礼貌地向医护人员对父亲住院期间的救治表示了感谢。马英九说，将依父亲生前遗愿，对父亲后事一切从简，不设治丧委员会，不设公祭，婉拒各界花篮与祭奠，并以火葬方式处理，最后将骨灰移往灵骨塔。
11月 5日，马英九的父亲马鹤凌的遗体在台北市火化。简短的家祭仪式，节俭的丧事，使两岸的亲朋好友在悼念马鹤凌的同时，也为马家不铺张浪费的作风而感动掉泪。遵照马鹤凌生前遗嘱，马鹤凌丧事从简，不举行公祭。5 日的家祭仪式，除了马家 26 位至亲到场外，还有一小部分亲朋老友参加，其中包括国民党荣誉主席连战的夫人连方瑀。 早上 7点 20 分左右，马鹤凌的灵柩缓缓从入殓房推出，马英九捧着父亲的遗像与家人一起跟随在后，肃穆的脸上难掩悲伤。
火化前，马家举行了简短的家祭仪式，由马鹤凌的长女马以南诵读马英九撰写的祭文。期间，马英九频频拭泪。“父亲走了，永远走了，不会再回来了。泪眼中遥望西天，爸爸您好走，只盼来生再续缘！”祭文到此结束，现场回荡着一片低声的啜泣。
而后，国民党中评委主席团主席秦孝仪宣读“党旗覆棺证书”，后交给马英九。骨灰坛正面刻着马鹤凌生前写下的两行诗句：“化独渐统，全面振兴中国；协强扶弱，一起迈向大同。”坛盖上则刻有国民党党徽。随后，马鹤凌遗体送入火化房火化。1 个半小时后，马英九手捧马鹤凌的骨灰盒，马英九大女儿马唯中捧着爷爷的遗照，马家一行人从殡仪馆走出，前往富德公墓，进行骨灰下葬等仪式。
马英九遵照父亲遗嘱丧事从简，整个丧事仅花费不到 8万元新台币（约合 2万元人民币）。据给马家办理丧事的殡葬公司介绍，这个价钱只是一般行情的一半，创下了台湾几十年来政坛要员家属办理丧事的最低纪录。事实上，这个费用也和大陆普通民众办丧事的费用差不多，甚至比大陆一些普通官员办丧事的费用要低得多。
说到这里，如果我们再对照一下一年前台湾霖园集团创办人蔡万霖的丧事。便更能体验到马鹤凌丧事“间”到何种程度。04年 9月 28 日，蔡万霖病逝于台北国泰医院。他的灵堂设置两个月，摆放在灵堂的上万朵白色香水百合，要每五天更换一次，两个月内约需换上 12 次。光是购买鲜花，就高达 240万元新台币（约 60 万元人民币）。在治丧期间，国寿每天动员的员工就超过三百人，单是这些接待、服务人员的薪资就要耗掉上千万元。此外，蔡万霖遗体“住”进慈恩园总统套房，慈恩园封闭中栋五楼，整层楼每天的收费为三万五千元，蔡万霖遗体暂厝慈恩园达二个月之久，光是暂厝费就要二百多万。从中可知，马鹤凌丧事的费用还不到蔡万霖丧事的 1％。为了不给其它丧家带来麻烦，马鹤凌火化当天，马英九谢绝各界的吊唁。只是在其官方网站上开通了电子公祭，供网友凭吊。据统计，网络开通以来，时常出现线路拥堵，网民们以每小时 1000 次的点击量，在网上表达着对马老的祭悼。
4 日下午，为了表达对马英九及家属的慰问之情，台北市“议会”各党团 26位“议员”，前往市府向马英九慰问致意，其中还包括民进党 3位“议员”。
从父亲病危到骤然而逝到出殡前夕的短短六天里，马英九在媒体镜头前始终强压情绪不曾落泪，悲伤之情却溢于言表。据马家的亲朋戚友透露，马英九夜里独自处理父亲遗物时几度跪地痛哭失声，在镜头外情绪彻底崩溃。办理后事过程中，最让马英九痛心遗憾的，恐怕是无法遵照马鹤凌遗嘱，将父亲葬在祖母身旁。由于台北“市政府”在马英九任内下令禁止私人土地土葬，让马英九为自己立的法而陷入情理交战的困境，终为坚持他一贯的“守法”原则，不得不忍痛违背亡父最后遗愿。
马鹤凌和马英九父子感情深厚，马英九曾形容父亲是他心目中的“狮子”，对他的一生影响至深至远；而对马鹤凌来说，栽培出马英九这个“零缺点”的独子，是他一生最大的骄傲。在家中昵称为“弟弟”的马英九，从小受父亲细心栽培，背诵诗词古文、熟读《左传》《论语》、勤练毛笔字。马英九小学二年级迷上武侠小说，马鹤凌曾向媒体叙述，“弟弟”翻书后还会对邻居“讲武侠故事”，让他为儿子的表达能力和记忆力深感骄傲。
在人格教育方面，马鹤凌让子女自小培养强烈的国家观念，灌输“理正气和、义正词缓”，“有原则不乱、有计划不忙、有预算不穷”等生活原则，对马英九人格素养起着重大影响。
马英九踏入政坛后，父亲更在几个关键转折期充当导航灯。他担任“法务部长”时因查贿扫黑而饱受黑道威胁，大家都劝他放弃，唯有父亲力挺到底，对他说：“文天祥和郑成功都只活了 39 岁，你已多活了五年。”1998年台北“市长”选举，原本坚持不选的马英九，因父亲一句“国家社会的需要，是无法推卸的责任”，给他临门一脚送进台北市府。
马家父子相貌如出一辙、性格却南辕北辙；马鹤凌直率急切、马英九却显得优柔寡断。马鹤凌曾形容儿子“零缺点”，唯一让他担心的就是儿子太追求完美，给自己过多压力，且“脸皮太薄”，过于在乎别人看法。却也正因两人性格的互补，使父亲成了儿子背后的重要冲力。马鹤凌晚年见证儿子稳健跨步前进，说：“我对他寄以如此厚望，原是人生绝望中安慰自己的梦想，没想到五十多年来，他居然一步一步踏实地走向这条艰巨的路，我内心的快慰难以言喻。”
马鹤凌曾以四句话概括此生最大的心愿：“救台、兴中、平世乱、策进大同”。他说，“我只希望多活几年，亲自见到这理想一步步实现。”此番愿景他终究来不及见到，却已稳妥交至儿子手中，正“一步步实现”父亲要他“活在大家的心中、活在历史上”的期许；终其一生，马老先生也已了无遗憾。
马鹤凌如传统文人，诗词书画都有研究，他曾说，他为唱戏会着迷不在话下，做过一千多首诗，作梦也不断对词；打球花时间，下棋要练习，学生自治会运作起来更是光阴飞逝，这些事情让他“五马分尸”，所以再三告诫五个子女千万不能学，他曾说过，唯一教导儿子的，就是忠孝及民族大义。
而相对于马鹤凌的潇洒直率，马英九则从小便维持脸皮薄的乖小孩形象，从小被“强迫”读唐诗三百首、古文观止、左传、论语、孟子，每晚 10 时熄灯，早上 6时起床念书，还要练毛笔。马鹤凌曾说，记得马英九在读小学二年级那年，他闲来无事看武侠小说，儿子也跟着翻，结果在看过后对邻居讲武侠故事，他为儿子的表达能力、记忆力感到高兴，也立即停看武侠小说，以身作则，言行不敢稍有脱轨。
马鹤凌延续了父亲言教身教并重的观念。尽管家庭食指浩繁，马家的四女一子都受到高等教育，马鹤凌除从小要求子女熟读四书五经，也灌输子女应有一些观念，如“理正气和，义正词缓”、“有原则不乱、有计划不忙，有预算不穷”等人格生活教育，更是马鹤凌对儿女的谆谆教诲，马英九因此曾言，如果他此生能有一点点成就，父亲功不可没。
05年 5、6 月间，国民党为党主席王马之争相持不下时，马鹤凌虽说“切腹自杀”表明力挺连战留任，但连战确定无意续任后，马鹤凌即支持儿子的选战到底；对父亲的疼爱之情，马英九也感念在心，因此即使马鹤凌近年来的快人快语，屡屡为马英九带来困扰，马英九从不正面反驳，甚至为还有八旬老爸能耳提面命感到欣慰。
马鹤凌曾预立遗嘱，遗嘱中直言：“我有急性心肌梗塞，自知朝不保夕，特立遗嘱，寄望我儿英九继志述事，适时全力以赴，主张两岸政要，我对英九最大的愿望是，要活在大家心里，要活在历史上。”在马鹤凌心中，自己永远是中国人。为了让马英九意识到自己是中国人，马鹤凌就在马英九很小的时候，开始对他进行中国传统文化的教育了。在马英九 7岁时，马鹤凌把家训传承给了他：“黄金非宝书为宝，万事皆空善不空”。如今，马英九把家训悬挂在自己在台北办公室内醒目位置，时刻鞭策自己。
生前，马鹤凌最大的心愿就是，希望能够在马英九卸任台北“市长”后，父子俩能一起回大陆探亲祭祖，还希望有生之年看到马英九当上台湾领导人，带领台湾人民走向一个更加稳定的局面，实现两岸和平友好共处。虽然马老没能实现这个愿望，但他对马英九的能力有绝对的信心，对于台湾当前混乱的局势，他相信“马英九绝对可以力挽狂澜”！
马英九对父亲的怀念外表温文儒雅的马英九，感情丰富、学识过人，做事很有原则，这和他从小的家庭教育关连甚深。父亲马鹤凌既是马英九的启蒙者，也是仕途上的一面镜子。马英九形容父子关系“亦师亦友”，曾私下说，今天如有少许成就，都是父亲言传身教的结果。
马英九少儿时代，马鹤凌就要求儿子熟读唐诗三百首、古文观止、左传、论语等经史百家，并写得一手不输给名家的漂亮毛笔字。他眼中的父亲，举手投足尽是儒生风范，恪守中国传统道德，却非食古不化，对新思想、新事物仍是宽宏大度地接纳。当连战还有能力和意愿担任国民党主席时，父亲基于心里那份传统礼教思想，出来浇儿子一盆冷水，也就不足为怪。马英九对此了然于胸，一句怨言也没有。
马英九不近黑金、不贪女色、不沾“台独”，人称“不沾锅”，在台湾政坛树立起自身清廉的形象。马鹤凌不止一次说，从儿子身上看到自己年轻时未能看到的希望，也深深期许儿子能完成自己未能完成的心愿，做大事、报效党国，而马英九的杰出表现，让他既欣慰，也感到骄傲。
2005年 11 月 1日，马英九在台湾《联合报》发表深切怀念父亲的题为《我父亲不是高官》的悼文。从此文中，我们可以进一步感受到中华传统文化和马英九的父亲对马英九的深远影响，也可以从中看出马英九成长所经历的曲折道路和他的理想愿望。
马英九在悼文中说：“民国”九十四年（2005年）11月１日晚上，台北国泰医院七楼加护病房中，两天前因心肌梗塞入院急救的父亲仍在作最后的奋斗。７时０５分，仪器上的心跳指数陡降为零，他终于在妈妈、大姐、三姐、内子美青与我的陪伴下，退出了８５年精彩的一生。我站在床边，紧握他余温犹存的右手，噙泪默念‘父子结缘５５年，只盼来生再续缘’。我的祖父、父亲都在幼年丧父，祖父立安公是９岁，父亲则是７岁。我能在父亲的呵护下结缘５５年，实在是情缘深厚，分外幸运。“
马英九回忆了父亲在自己幼年时期所扮演的“严父良师”角色：“父亲自幼失怙，深怕我们缺少父爱，因此把严父良师的角色扮演得淋漓尽致。他本人多才多艺，文武双全。年轻时作诗填词、撰联作对、弈棋票戏，样样精通，而长、短跑，篮、排球及游泳，亦达当时省级选手水准，而在高中与大学更担任学生自治会会长，展现优异的领导能力，可说是从小就是才子型的领袖人物。
“成家后成为８口之家的家长，家中大小工程修缮，也能一手打理。小时候我们住在台北万华广州街一幢拼凑的公房中，我们住２楼最后一家。一户６０多人共用一个水龙头、一间公厕，因此家家要自备水缸与马桶，２楼还要装压水机。初期家中桌子、柜子都是父亲用肥皂箱改装的，输水管也是他设计的。台风天屋顶漏雨，要用饼干盒去接水；停水时，我们小孩则用奶粉罐去对面的龙山国校提水。在这样窳陋的环境中，他对子女的期待却丝毫不打折扣，我们对他当然是又敬又畏。当同龄的孩子还在玩泥巴的时候，我们就被要求背唐诗、读古文、练书法、做家事、早起早睡。有时由父亲督导，有时由母亲面授。另外，他们并从微薄的薪水中，挤出购买伟人传记与世界名著的费用，让我们在艰困中仍能享受阅读的乐趣。父亲的口头禅：”培养读书的兴趣，养成读书的习惯‘，让我们子女终身受用不尽。
“记得有一次在台北市议会答询时，我提到‘多行不义必自毙’的古训，有议员突然质询：此句语出何典？我立即回答‘左传郑伯克段于鄢，是郑庄公预言他同父异母弟弟共叔段未来下场的话’，当时举座皆惊。其实倒不是我国学底子好�