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不变的心的本性，就是如来藏自性清净心。一切诸法都是因为众生的虚妄心念而形成千差万别的相状，其本质虚幻不实。若离绝妄念，就没有一切境界之相。因此一切法从本体来说，远离言说、名字、思虑，平等无二，永恒不变。语言是思维的外化，因而《起信论》注重破除语言与思维的意义：
以一切言说，假名无实。但随妄念，不可得故。言真如者，亦无有相。谓言说之极，因言遣言。……当知一切法不可说不可念，故名为真如。
言说只是方便，是建立在对待分别的基础上的，因此不能指称超越二元对待的实体，故《起信论》云：“是故一切法从本已来，非色非心，非智非识，非有非无，毕竟不可说相。而有言说者，当知如来善巧方便，假以言说引导众生。其旨趣者，皆为离念归于真如。”《起信论》还进一步指出，连“真如”也只是为了使人体证佛教真理而权且设立的名目，在第一义上，对“真如”的名相也不可执着。因为“真如”本无名字，说个“真如”早非“真如”了。
《起信论》的“心真如”观念强调真心自体的超越性，“如来藏”观念强调 “一切众生皆有佛性”，即人人皆有永恒清净的本心本性。禅宗思想深受《起信论》本心论的影响，表现在以下几个方面。
１．真心本体，超越一切
依《起信论》的观点，万法都是虚妄心念的显现，“若离妄念，则无一切境界之相，惟一真心矣”《人天眼目》卷５， “真心本体，超出因果，通贯古今，不立凡圣，无诸对待，如太虚空，遍一切处，妙体凝寂，绝诸戏论，不生不灭，非有非无，不动不摇，湛然常住。”《真心直说》宗密还指出《起信论》“一切诸法，唯依妄念而有差别”与《金刚经》的“凡所有相，皆是虚妄” 的息息相通之处。《原人论》：“《起信论》云：‘一切诸法唯依妄念而有差别，若离心念即无一切境界之相。’《经》云：‘凡所有相，皆是虚妄；离一切相，即名诸佛。’” 延寿则指出，妄念若消，万法本闲，法眼清明，见闻不昧。《宗镜录》卷４４：“如《起信论》云：‘一切诸法，皆由妄念而有差别。若离妄念，则无境界差别之相。’故知妄念空而根境谢，识想消而尘垢沉，则法眼应时清明，常光了然顿现。见闻本性既尔，诸根所现亦然。” 宗杲则继承《起信论》心性离相特别是离绝语言相的观念，将之运用于禅法实践之中：“佛法要妙，离言说相，离文字相，离心缘相。不可以有心求，不可以无心得，不可以语言造，不可以寂默通！”《大慧录》卷５。同书卷１９：“唯亲证亲悟底人，不假言词，自然与之默默相契矣。……到这个田地，方可说离言说相，离文字相，离心缘相。”同书卷２８：“诸佛诸祖，并无一法与人，只要当人自信自肯自见自悟耳。若只取他人口头说底，恐误人。此事决定离言说相，离心缘相，离文字相。” 通过离言绝虑，参禅者走向了内证之路：《宗镜录》卷６： “离言说相，岂可以言谈？离心缘相，岂可以心度？实谓心言路绝，唯证相应耳。”
言之者失其真，离名字相。知之者返其愚，离心缘相。有之者乖其性，离影像相。无之者伤其躯，离寂灭相。恁么说话，大似泥中洗土块。《宏智广录》卷４
境缘无好丑，好丑起于心。心若不强名，妄情从何起？妄情既不起，真心任偏知。《传灯》卷４《法融》
禅师首先强调要离文字、名字、心缘、影像、寂灭诸相，因为言说丧失本真、知之即有不知、执实乖离本性、断灭堕于顽空。接着又运用金刚般若随说随扫，提醒学人不可胶着于自己的开示，而要会取言外言，意外意。法融禅偈则指出，好丑等一切对立分别都根源于妄心妄情的分别计度。只要遣除了妄心妄名，真心就会无所不在无所不知。
２．自性清净，远离垢染
《起信论》主张人人皆有不增不减“清凉不变”的“真如自体”，即自性清净心。这也是禅宗本心论的基本观念。所谓自性清净心，“亦云清净本觉。以无起无生自体不动，不为生死所染，不为涅槃所净，目为清净”《宗镜录》卷３。慧能开示学人时曾引《菩萨戒经》“我本元自性清净”、《维摩经》“即时豁然，还见本心”，以说明“若识自心见性，皆成佛道”、“万法尽在自心，何不从自心中顿见真如本性”的禅理。《菩萨戒经》的“本元自性清净”、《维摩经》的 “本心”，即是《起信论》所说的“自性清净心”。宗密指出，禅宗初祖达摩所传授的，正是这个自性清净心。《禅源诸诠集都序》卷２：“此教说一切众生皆有空寂真心，无始本来性自清净。明明不昧，了了常知。尽未来际，常住不灭，名为佛性，亦名如来藏，亦名心地。” 自性清净又分为两种，一是本来清净，一是离垢清净。众生真如之心体，本来清净无染，称为本来清净；这个清净的心体，远离一切烦恼垢染，称为离垢清净《华严经随疏演义钞》卷６：
既云本净，不待断障，即知群生本来皆有，但以惑翳而不自悟。故佛开示，皆令悟入，即《法华》中开示悟入佛之知见。如上所引，佛本出世只为此事也。彼云：使得清净者，即《宝性》中离垢清净也。此心虽自性清净，终须悟修，方得性相圆净。《禅源诸诠集都序》卷２
佛教的重要经论，阐说的都是这二种清净。明白了这二种清净，就可以避免两种错误倾向，一是只知离垢清净而诋毁禅门即心即佛，无法获得顿悟成佛的体验；一是只知自性清净而轻视持戒、坐禅调伏诸行，从而堕入狂禅的窟宅。自性清净与离垢清净这二种清净，在《起信论》中兼而有之。这两个看似矛盾的观点，在《起信论》的一心二门中得到了较好的调和，从真如门看，自性本来无染；从生灭门看，自性随缘起染，唯有除妄离垢才能复归于清净。《宗镜录》卷６： “清净真如理，不守自性故。而能受染熏，名染净真如。”《禅源诸诠集都序》卷３：“六道凡夫，三乘贤圣，根本悉是灵明清净一法界心，性觉宝光，各各圆满。本不名诸佛，亦不名众生，但以此心灵妙自在，不守自性，故随迷悟之缘，造业受报，遂名众生。修道证真，遂名诸佛。”《圆悟录》卷１５：“祖师直指人心，俾见性成佛。然此心虽人人具足，从无始来清净无染。初不取著，寂照凝然。了无能所，十成圆陀陀地。只缘不守自性，妄动一念，遂起无边知见，漂流诸有。脚跟下恒常佩此本光，未常霭昧，而于根尘枉受缠缚。若能蕴宿根本，从诸佛祖师直截指示处，便到底脱却炙脂衲袄，赤条条净裸裸，直下承当。不从外来，不从内出。当下廓然，明证此性。” 禅宗所要体证显现的“含生同一真性”，亦不外乎是《起信论》所言的人性本具之真如心。
二、《起信论》与禅宗的迷失论
佛教迷失论探讨的是人们为什么会迷失澄明自性而流转于生死这一问题。对这一问题，在大乘佛学的不同思想流派中，有不同的看法。有的学者认为，大乘佛教思想有三大学派，即中观、瑜伽和真常。中观思想建立在“缘起性空”上，所依的经论包括《大般若经》、《中论》、《百论》、《十二门论》等；瑜伽系强调“境空心有”的唯识思想，经论有《解深密经》、《瑜伽师地论》、《摄大乘论》、《成唯识论》等；真常系思想则高扬“如来藏自性清净心”旗帜，宣扬人性中本有佛性的存在，经典有《如来藏经》、《胜鬘夫人经》、《大般涅槃经》、《楞伽经》等。后期的如来藏思想，与阿赖耶思想完全会通。如《楞伽经》说如来藏藏识是“善不善因”，就是结合了如来藏和阿赖耶。而《起信论》更是瑜伽和真常二学派对人性本质探讨的大融合，在这里，生灭的阿赖耶和清净的如来藏已是和合非一非异的密切关系了。释恒清《大乘起信论的心性论》，台大《哲学论评》第１２期。
《起信论》从本体上强调自性清净，同时从相用上又指出心性随缘起染，生灭流转，这就是一心二门的心生灭门。《起信论》用阿梨耶识即阿赖耶识来表示这种生灭：“心生灭者，依‘如来藏’故有生灭心。所谓不生不灭与生灭和合，非一非异，名为阿梨耶识。此识有二种义，能摄一切法，生一切法。”“生灭心”是有生灭的染心。依止“如来藏”自性清净心，才有生灭之染心。犹如水与风的关系，“如来藏”一似不动的水，被“无明”之风所吹拂，遂成为生灭心的动水。不生不灭的“如来藏”自性清净心，与生灭不停的七识染心相和合。两者既不是一个东西，又没有本质的差异，这才是阿赖耶识，它能含摄、生起一切染净诸法。对心体的生灭，《起信论》有非常形象的譬喻：
无明之相，不离觉性。……如大海水，因风波动，水相风相不相舍离。而水非动性，若风止灭，动相则灭，湿性不坏故。如是众生自性清净心，因无明风动，心与无明，俱无形相，不相舍离。而心非动性，若无明灭，相续则灭，智性不坏故。
无明之相离不开本觉的体性。水相不能离开风相，因为依靠风才能起波浪之相。风相离不开水相，因为依靠水才能显现出动相。同样，自性清净心随无明而起识浪，因此没有心的形相；识浪依自性清净心而起，无明之体本空，因此也没有无明的形相。清净心与无明都无形相，像水和风不可分离。清净心湛然常寂，无明灭除了，生灭心也就灭除了。《宗镜录》卷８５：“无明之相不离觉性，非可坏非不可坏，犹如大海风相水相不相舍离者。大海喻阿赖耶识，水喻本觉心，风喻根本无明。不觉能起动转虑知之识如彼风故。波动者喻诸戏论识迁流无常。水相风相不相舍离者，喻真妄相资俱行合转。”
生灭门中要阐释的一个非常重要的问题是无明的根源和作用。《起信论》： “是心从本以来，自性清净，而有无明，为无明所染，有其染心。虽有染心，而常恒不变。是故此义唯佛能知。所谓心性常无念故，名为不变。以不达一法界故，心不相应，忽然念起，名为无明。”清净的真如如何会生起妄染的无明？自性何以不染而染、染而不染？经文将人的善恶本性根源，归于“唯佛能知”，认为不是一般世间逻辑理论和思辩所能圆满解答。释恒清指出，如来藏为生死和涅槃依的说法，源自《胜鬘经》“世尊，有如来藏故，说生死”，以及《楞伽经》“如来之藏，是善不善因”。但生灭心如何依如来藏而有？《宝性论》谓依如来藏而有生灭流转之存在，犹如依虚空而有地，水，风，虽为地，水，风所依，而虚空如净，常住不变，如来藏亦复如是。因此如来藏是染法的“依止因”，而非“造作因”。染法对如来藏而言，不过是客尘烦恼。就如依明镜而有灰尘，但绝非明镜能生灰尘。以上的说明固然可以消解清净不生杂染的难题，却没有解决杂染从何而生的难题《哲学论评》第１２期。 《起信论》谓众生心性虽然本自清净，但从无始以来心与法界不能相应，结果就“忽然”而有妄“念起”。至于为什么会“忽然念起”，《起信论》用“无始无明”来加以解释：“以从本来念念相续，未曾离念，故说无始无明。”一切众生从本以来，都是一念接着一念，相续不断，从来未曾离念。由于未曾离念，所以是没有开端的无明。这种没有开端的无明，是不知不觉间产生的：“不觉心起而有其念，念无自相，不离本觉。” 于不知不觉中忽然生起无明妄念，且这种妄念没有自相，不能离开本觉而存在。
《起信论》将阿赖耶识分为“觉”与“不觉”二义，“不觉”又可分为“根本不觉”、“枝末不觉”二种。前者为迷真之无明，全然无知于真如之法的平等一味；后者则为执妄之无明，由根本不觉所生起，继而产生业相、转相等三细、六粗之相，受生死流转之苦：
一者无明业相。以依不觉故心动，说名为业，觉则不动，动则有苦，果不离因故。二者能见相。以依动故能见，不动则无见。三者境界相。以依能见故境界妄现，离见则无境界。
以有境界缘故复生六种相。云何为六？一者智相，依于境界，心起分别，爱与不爱故。二者相续相，依于智故，生其苦乐，觉心起念，相应不断故。三者执取相，依于相续，缘念境界，住持苦乐，心起著故。四者计名字相，依于妄执，分别假名言相故。五者起业相，依于名字，寻名取著，造种种业故。六者业系苦相，以依业受果，不自在故。当知无明能生一切染法，以一切染法皆是不觉相故。
依止不觉，故生起三种细相，与“不觉”相互依存、互不分离。这三种细相，一为根本无明造业之相即“无明业相”，由不觉而起心动念，就是造业。心念既动，就会招致无边生死之苦，生死之苦果离不开动念的业因。二为能见之相，即 “转相”。由于前业相的动念而生起能见。如果没有了动念，就不会有能见之相。三为境界之相，即“现相”。由于能见的转相，转现出虚妄境界。远离一切转相妄见就没有虚妄境界可现。由三细所现的境界为缘，又生起六粗。一为“智相”，依三细相所现境界，心生虚妄分别之念，计度境界的好坏，生起爱与不爱之心。二为“相续相”，依智相，生起苦受与乐受，并由此二觉生起种种心念，与爱不爱境相互依存，永不断绝。三为“执取相”，依相续相，攀缘、思念苦受乐受的境界，生起执着之心。四为“计名字相”，依前执取相，妄起执着，分别假立名字言说之相。五为“起业相”，依计名字相，求取执着，造成种种善业恶业。六为“业系苦相”，依起业相而受种种果报，不得自在。无明能生起一切染污之法，一切染污之法都是不觉之相。
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