起草委员会的讨论是从1月17日开始，刘少奇在介绍了毛泽东对修改报告的意见后说，现在我们首先要讨论的问题就是第一个本子是基本上可以还是不可以？反分散主义是不是主要问题？国内形势要不要重新估计？任务要不要重新提？也就是基本上推翻不推翻的问题。
参加会议的各位领导，都亲身经历了“大跃进”，对现实的问题认识得也比较清楚，因此绝大多数人觉得文件写得合乎情况，表示赞成，不应该推翻。对于大会集中讨论的“反对分散主义”问题，起草委员会内部虽有争论，但多数同志仍认为这是当前的主要矛盾，报告所阐明的观点是正确的。连一向不轻易表达自己意见的陈云也态度鲜明地说，这个报告对成绩和缺点讲得是适当的，抓分散主义抓在了点子上，符合毛主席定的“要开一个鼓劲的大会”的调子，也符合当前人们的思想状况，是鼓得起劲的。他还说，现在确实存在着严重的分散主义，上下都有，如果不反，当前的许多问题无法解决……最后刘少奇在作总结时说，马克思主义讲时间、地点、条件，不同的情况有不同的主要矛盾。在中央已经提出一系列调整方针、政策之后，关键就在于各级党委贯彻执行，不容许各行其是。目前贯彻全面调整方针的最大障碍是分散主义，必须要反对分散主义，加强集中统一。
对报告基本精神的几乎一致的肯定，表明了当时人们从上到下的一种共识——统一思想，集中力量搞好调整工作，渡过难关。但接下来的讨论就不那么轻松了。
在谈到指标问题时，起草委员会内部出现了争论。按理说，经过几年的片面追求高指标教训，大家应有较深刻的认识，但华东局及上海市主要负责人柯庆施在讨论时却说，《农业发展纲要四十条》还要不要？15年赶上英国还要不要？指标还要不要？干劲还要不要？用什么方法鼓干劲？粮食总产量定为6000亿斤不行，5000亿斤总还是可以的，否则就越看越没有劲。对此刘少奇毫不客气地批评有人以为指标高就有干劲，这种干劲靠不住。现在的许多积极性是通过解散公共食堂、实行农业六十条、基本核算单位下放调动起来的，不是高指标调动起来的。陈云也中肯地说，我们要和帝、修、反争气，但争的方法不在数字，而是在按比例、配套，踏踏实实前进，只追求数字靠不住。
经过讨论，对原报告提出的一些指标进行了修改，去掉了15年赶英国的提法及不切实际的粮食亩产指标，粮食、棉花、钢铁、煤炭四大总产指标在原基础上调低了5％左右。
在讨论这几年缺点错误的责任时，起草委员会内也出现了一场小小的风波。
起因是1月18日，彭真在发言时称我们的错误首先是中央书记处负责，包括不包括主席、少奇和中央常委的同志？三五年过渡问题和办食堂都是毛主席批的。这时邓小平插言引用了毛主席的这样一段话，即毛主席所说：你们的报告把我写成圣人，圣人是没有的，缺点错误都有，只是占多少的问题。不怕讲我的缺点，革命不是陈独秀、王明搞的，是我和大家一起搞的。彭真又接着说，我们对毛主席不是花岗岩也是水成岩，毛主席的威信不是珠穆朗玛峰，也是泰山，拿走几吨土，还是那么高。现在党内有一种倾向，不敢提意见，不敢检讨错误，一检讨就垮台。如果毛主席的百分之一、千分之一的错误不检讨，将给我们党留下负面影响。省市要不要把责任都担起来？担起来对下面没有好处，得不到教训。各有各的账，从毛主席直到支部书记。
而1月19日会议一开始，陈伯达就抢着发言，称彭真关于毛主席的话值得研究，我们做了许多乱七八糟的事情，是不是要毛主席负责？是不是要检查毛主席的工作？在这种情况下，彭真不得不解释自己的意思是不要给人一个印象：别人都可以批评，就是毛主席不能批评，这不好。
很显然，彭真的意见是对的。后来，毛泽东、刘少奇、周恩来和邓小平等中央领导都在这次大会上作了自我批评，充分体现了党的领袖的广阔胸怀。受其影响，在会议的第二阶段，各省委、中央部门和国家机关的领导也都作了认真的自我批评，这对于统一思想产生了重要的积极作用。
修改后的报告表示，这几年来工作中的缺点和错误“首先要负责的是中央”，“当然也包括中央各部门和国务院及其所属各部门”；“其次要负责的是省一级领导机关”。在讲到缺点和错误产生的原因时报告指出：一方面，是由于我们在建设工作中的经验还很不够；另一方面，是由于几年来党内不少领导同志不够谦虚谨慎，违反了党的实事求是和群众路线的传统作风，在不同程度上削弱了党内生活、国家生活和群众组织生活中的民主集中制。
对于非常敏感的“三面红旗”，起草委员会也进行了认真的讨论。刘少奇一开始就称，比较难说的是“三面红旗”，但难说也要说。陈云指出，有些问题只能原则上肯定，有些人认为不具体，还有怀疑，我说公开讲，过几年再说，如人民公社，有怀疑的人允许他怀疑几年。邓小平表态，人民公社如果经过试点会更好，既然早产了就应当好好地爱护它，对“早产的孩子”有四种态度：一是不要，这是右派；二是对对付付，不认真；三是拔苗助长，多给猪肉吃，多运动。这三种态度都不对。主席的态度是重视爱护它，想办法解决问题。四种态度跟哪一种走？当然是跟主席走，一定有希望。刘少奇基本上也持这种观点，认为人民公社还是有一点儿“一大二公”，当时不办也许可能好一点儿。问题是已经办起来了，还是应该逐步把它办好了。周恩来则建议报告要多说几句有关人民公社的优越性。
对于“大跃进”，会上人们提出的疑问最多。邓小平认为大家的想法都有道理，可是不提跃进，“三面红旗”就少了一面。刘少奇接着说，“三面红旗”少了一面不好，还是要提跃进。产量下来了，品种齐全了，质量提高了，还是跃进。今后几年内我们要在品种、质量、技术方面来个跃进。
起草委员会经过讨论，并参照了大会代表的部分意见，最后将“书面报告”中“三面红旗”是“站得住的”，改为是“正确的”，基本肯定了“三面红旗”。
此外，起草委员会还对犯错误的原因、庐山会议的影响进行了讨论。
按照计划。起草委员会讨论应在21日结束，但由于涉及的问题很多，一直延续到24日才拿出修改稿来。修改稿保持了原报告的框架，三个部分没有变，但做了较大幅度的调整。第一部分“目前形势和任务”修改后，突出地讲了“大跃进”以来的成绩，总结的成绩是十二条，缺点错误四条，并增加了基本经验教训十六条。教训的重点讲了进行社会主义建设应该注意的问题，同时加写了“最困难的时期已经过去”这一关键句子。第二部分，根据大会的反映和30日下午毛泽东关于加强民主集中制的讲话精神，修改报告在反对分散主义前面加写了加强民主集中制的内容，将第二个问题“关于集中统一”，改题为“加强民主集中制，加强集中统一”。报告将发扬民主与反对分散主义统一起来，在各级干部中收到了比较好的效果。
在整个讨论过程中，虽然出现了一些争论，但由于起草委员会领导们的大局观和战略眼光，问题基本得到了较为圆满的解决，在当时“身在庐山中”的情况下，这些认识应该说是达到了相当高的理论水平。另外从一定意义上说，修改后的报告也更符合毛泽东的意图。因此24日毛泽东看过报告后，立即找到刘少奇、邓小平谈话，表示“赞成这个方向”。
25日，在中南海怀仁堂召开由刘少奇主持的中央政治局扩大会议，讨论通过了修改后的报告。
【刘少奇实事求是，提出两个“三七开”】
尽管修改后的报告稿对几年来的经验教训作了深入的分析，但中央认为仍有必要对报告作进一步的说明。所以在1月27日大会全体会议上，刘少奇并没有宣读这个报告，而是把它作为“书面报告”提交大会讨论，他只在全体大会上作了口头报告。
这个口头报告是根据毛泽东的提议，1月26日晚，刘少奇花了一个通宵草拟了提纲，并在大会开始前经过毛泽东和其他常委传阅同意的。讲话长达两个多小时（毛泽东在其中做了若干插话），刘少奇从实际出发，顺应民意，提出了一些重要观点和看法。其主要内容有：
一、对当前经济困难进行了更切合实际的估计。讲话指出，我们在经济方面是有相当大的困难的，表现在人民的吃穿用都不足。为什么不足？这是因为1959、1960、1961年这三年，我们的农业减产了，减产数量相当大；工业生产在1961年也减产了，据统计减少了40％，或者还多一点，1962年也难于上升……这种形势，对于许多同志来说是出乎意料的。两三年前，我们原以为在农业和工业方面这几年都会有大跃进……可是现在不仅没有进，反而退了许多，出现了一个大的马鞍形。我想要实事求是承认事实就是这样……很显然，刘少奇的这种估计，对于大家认清形势是有极大帮助的。
二、指出困难形势产生的原因。刘少奇在讲话中分析：一条是天灾，连续三年的自然灾害，使我们的农业和工业减产；还有一条，就是从1958年以来我们工作中的缺点和错误。这两个原因，哪一个是主要的呢？各个地方的情况不一样，应该根据各个地方的具体情况，实事求是地向群众加以说明。我到湖南的一个地方，农民说是三分天灾，七分人祸，你不承认，人家就不服。全国有一部分地区可以说缺点和错误是主要的，成绩不是主要的……这里，刘少奇再次肯定了湖南农民的说法，认为造成困难的原因主要是我们工作中的缺点错误。这对打消广大干部的思想顾虑，认真总结经验是极为有利的。
三、全面分析近几年来的成绩和缺点。刘少奇在讲话中说，总的讲，是不是可以三七开，七分成绩，三分缺点和错误。过去我们经常把缺点、错误和成绩，比之于一个指头和九个指头的关系，现在恐怕不能到处这样套，有些地区还可以这样讲（在此处，毛泽东插话，这种地区也不少），在那些地区虽然缺点和错误可能只是一个指头，而成绩是九个指头。可是全国总起来讲，缺点和成绩就不能说是一个指头和九个指头的关系，恐怕是三个指头和七个指头的关系。还有些地区，缺点和错误不只是三个指头……这种分析在当时来说是能够令大多数代表所接受的。因为当时经济形势很严峻，若再套九个指头和一个指头的关系很难说得过去。无疑，这对于广大干部冷静地思考这几年工作中的经验教训是大有益处的。
四、对“三面红旗”提出总的看法。刘少奇说，“三面红旗”是一次试验，是否正确要经过实践的检验。“三面红旗”，我们现在都不取消，都继续保持，继续为“三面红旗”而奋斗。现在有些问题看得不那么清楚，但是经过五年、十年后，我们再来总结经验，那时候就可以进一步作出结论……很明显，这一观点比“书面报告”和刘少奇在起草委员会上的讲话都进了一步，在当时的情况下，能作出如此透彻的分析，不仅表现出巨大的勇气，也透射出高超的智慧，给人以震聋发聩的感觉。
与“书面报告”相比，刘少奇的口头报告从实际出发，把许多问题讲得更清楚了，解开了人们思想的很多疙瘩，使大家感到心情舒畅，在绝大多数与会者心中引起共鸣。其中大家印象最深的，是口头报告中关于经济形势及错误产生原因的两个“三七开”。然而正是这些话，正是这个口头报告，使刘少奇和毛泽东之间产生了真正的分歧。
上面这些话，今天看起来是很平常，即使从当时来看，也没有超出刘少奇在1961年5月中央工作会议上讲话的范围，更没有超出按照毛泽东指示起草和修改的“书面报告”的范围。那些最刺耳的“天灾”、“人祸”的话毛泽东也曾说过，只不过毛泽东认为“人祸”更多地是由于没有经验造成的罢了。
对于“三面红旗”的解释，刘少奇更是煞费苦心。在当时的情况下，与会代表对“三面红旗”有疑问，不解释不行，但不能也无法作更清楚的解释，因此刘少奇称对“三面红旗”要不断地进行总结，甚至要总结十年。这充分体现了刘少奇的良苦用心，也反映了他的一种深深的矛盾心情。
我们如回溯一下经济困难时期以来刘少奇的讲话，对他的这种苦心和矛盾心情就体会更深了。
从1959年庐山会议时起，人们对“三面红旗”的正确与否，就怀疑颇多。刘少奇从会前、会中到会后，一而再、再而三地对毛泽东和党中央领导的正确进行了解说。
1959年8月24日，刘少奇在第17次最高国务会议上说，正确的领导跟实际都是有出入的。不过那个出入总是离这个线上下不远，有时搞得高一点，有时搞得低一点。这个应该是常事。我们的错误同路线错误不同。方针错了，那是偏，偏，偏……一直偏下去，那就叫路线错误，是不容易纠正的。
1959年9月9日，刘少奇在军委扩大会议上说，有右倾思想的人认为，中央领导不正确或不完全正确，表现一“左”一“右”，不“左”即“右”，或者说太偏了，因此他们要求中央不“左”不“右”，绝对正确。世界上到底有没有这样的领导呢？是没有的。不发生一点偏差的群众运动，也是没有的。假如马克思、列宁生在中国，我想他们领导中国革命也不过如此。因为没有见过他们，所以就神化了。从毛泽东同志领导以来，我们党中央的领导是不是最正确的领导、最好的领导呢？我想是的。对于这样的领导，应该是满足了，不要再有要求了。有一个时期“左”一下，有一个时期“右”一下，是必要的。毛主席说过，矫枉过正，不偏就纠正不过来。有