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这次孙恩事件给了朝廷很大的打击。其间都督军事的谢氏家族成员谢琰因骄傲大意而兵败被杀，从此门阀士族彻底退出重要的军事职位，给刘牢之、刘裕等次等士族出身的将领提供了机会。动乱之后，地方上的百姓都盼着官军早点过来收复失地，但没想到刘牢之的军队来了以后和孙恩一样大肆抢掠，百姓们失望至极，纷纷躲藏在外，各地郡县城中都见不到人影，过了一个多月才渐渐有人回来。一片兵荒马乱中，只有刘裕的部队军纪严明，秋毫无犯，一路上都受到百姓的欢迎。如今的刘裕战功和名望都蒸蒸日上，成了孙恩事件中最大的受益者。
桓玄：门阀势力的回光返照
孙恩事件冲击了东晋的根基，但这个日薄西山的朝廷并没有彻底倒下，还要等桓玄再来一次篡位，才会让它变得更加残破。桓玄是东晋名臣桓温的儿子，桓温晚年的时候野心勃勃，颇有代晋自立的野心，虽然至死也未能实现心愿，但桓玄后来却因此受到朝廷的猜疑，一直郁郁不得志。许多宗亲朝臣经常有意无意地对他提起桓温当年的野心，其中琅琊王司马道子的讽刺尤其让桓玄感到惶恐。后来司马道子成了控制朝政的权臣，桓玄也在荆州培植起了自己的势力，由于对朝廷多年来的排挤和闲置感到不满，也为了满足父亲当年未竟的愿望，桓玄制造了一场叛乱，攻入京城建康，诛杀司马元显和司马道子，自己掌握了朝政大权。
笑祖俭德宋史纪：宋主骏大修宫室，土木披锦绣。坏高祖所居阴室，起玉烛殿，与群臣观之：床头有土障，壁上挂葛灯笼，麻蝇拂。袁以盛称高祖俭德。宋主曰：田舍翁得此，已为过矣。
桓玄之所以能够顺利进军，刘牢之的投降起到了很大作用。虽然他是北府兵的将领，但毕竟不是世家大族出身，因此许多年来经历了不少冷落与嘲讽。他手握重兵，却又无所适从，不知道怎样才能建立起自己的势力，一心只想着依附一个能够重视他的强大后台，才能巩固自己的地位。在这种想法的左右下，他先是被司马元显收买，倒戈攻打与自己共事的王恭，后来又背叛司马元显，转而投降桓玄。但桓玄进了建康以后，刘牢之却发现他想要夺自己的兵权，又打算起兵反对。可是为时已晚，这种朝秦暮楚的行为已经彻底毁了刘牢之的前程，他得不到将士们的支持，没多久就在败逃的路上自杀身亡。
桓玄的目标并不仅限于掌握朝政，他更大的愿望是代晋自立。为了这个目标，他需要更多的人才为自己所用，于是战功赫赫的刘裕就进入了他的视线。刘裕比刘牢之清醒得多，他早就提醒过刘牢之不要频繁改换门庭，但后者却没有听从，直到即将身败名裂时，才后悔当初没有听从劝告。而对于刘裕来说，刘牢之的教训也给了他警示，让他必须更小心地对待每一个人生选择。
桓玄的从兄桓谦曾经私下里向刘裕打听他对桓玄代晋的态度，这时的刘裕已经看出桓玄没有前途，正打算找一个时机起兵。但为了避免打草惊蛇，他还是故意把桓玄大大夸赞了一番，说他代晋自立是天意所归，民意所向，让桓谦听了非常满意。到了十二月间，已经登上帝位的桓玄见到刘裕，对他大加优宠，常召他一同出游集会，但这些只是增加了刘裕对他的反感。虽然桓玄身边有人觉得刘裕恐怕不会久居人下，劝桓玄尽早除掉他，但桓玄对自己的军事才能很没有信心，还想要让刘裕帮他平定了关陇地区以后再作打算，只能继续拉拢刘裕。
桓玄所缺乏的不仅仅是军事才能，他的政治才能和治国经验也很一般。刚到建康的时候，他罢黜奸佞之臣，提拔有才能的贤人，还曾让厌倦了战乱的东晋士民们为之振奋，但没多久他就显露出志大才疏的真面目来，频繁游猎，大兴土木，朝令夕改，以致政治混乱，结党营私者层出不穷。再加上他有意冷落朝廷，有意降低皇室待遇，甚至让皇帝挨饿受冻，更让人们大失所望。这时又恰好赶上三吴地区爆发饥荒，许多地方人烟绝迹，朝廷内外人心惶惶，怨声载道，一片末世来临的惨淡景象。
公元404年二月，刘裕觉得时机到了，就与刘牢之的外甥何无忌等人共同起兵反对桓玄。自从刘牢之死后，许多人都把刘裕当成了最有希望的政治新星，他因此受到了广泛的支持。现在刘裕又拿出和孙恩作战时的劲头，每次都披甲执兵冲在最前面，一路冲锋陷阵，战无不胜，桓玄的军队在他的冲击下土崩瓦解，桓玄也于当年五月间在逃亡的路上被杀。
建立权威
赶走了桓玄之后，刘裕的威望越来越高。东晋朝廷也当他是救世主，尚书王嘏带领百官奉迎他的车驾，当年曾经替他还过赌债的司徒王谧等人推举他领扬州，他却觉得权力还不够大，假意推辞，于是这职位就节节上升，一直到了“使持节、都督扬、徐、兗、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、领军将军、徐州刺史”才接受。但没过多久他又做出谦让姿态，执意说官职太高了不敢担当，最后连皇帝都亲自到他家里做工作，他才领下一大堆头衔。
刘裕发达了，关于他的一些龙蛇附翼的传说也渐渐多起来。最有名的一个故事，是说他小时候在外面砍柴，射伤了一条几丈长的大蛇。第二天再去老地方，却看到几个青衣童子在那里捣药。问起原因时，那几个小孩子回答说自己的大王被刘寄奴射伤了，又说刘寄奴是真命天子，他们的大王也不能报复他。寄奴正是刘裕的小名，有意思的是，这些传说的情节和风格与刘邦当年斩白蛇的传说很相似。在刘裕的面前，通往帝位的路也越来越短了。
经过一番动荡后，东晋朝廷名存实亡，作乱的桓氏家族已经覆灭，王、谢等家族元气大伤，门阀世家的时代实际上已经结束。但想要趁乱世捞一把好处的并不只有刘裕，孙恩的妹夫卢循也是一个。卢循和孙恩一样，也是次等士族家的子弟，他容貌清秀，气雅神闲，颇有名士之风。但在小时候，曾经有个名叫惠远的僧人却对他说：
“你虽然长相文静，但心里却藏着不轨之志，对不对？”
惠远看得果然没错。卢循确实不是个甘于寂寞的人，孙恩死后，余下的几千部众共推他为主，他也就趁着这个机会和姐夫徐道覆共同起兵。本来他也算赶上了好时机，朝廷内部因为桓玄的事情正乱成一锅粥，徐道覆也很有远见谋略，只可惜他们遇上了刘裕，几次都被打得大败。后来卢循感到不忿，给刘裕送去了“益智粽”，不怀好意地讽刺他心志愚笨，刘裕也针锋相对，回赠给他“续命汤”，算是一个警告。
在刘裕面前，卢循占不到上风。更糟糕的是他缺乏雄心壮志，贪图享乐，只想割据一方。在刘裕离开京城北伐后燕的情况下，他本有机会攻打建康，夺取政权，但不论徐道覆怎么劝他，他却总是迟疑不决，错过良机。徐道覆看到自己的建议不能被采纳，也非常痛苦，仰天长叹说：
“遇上卢循这样的人，我是成不了大事了。如果能够和英雄合作，夺取天下还不简单！”
就这样，在浪费了许多机会之后，卢循和徐道覆的势力终于被刘裕消灭。但仅有平定国内叛乱的功劳还不够，刘裕想到了北伐，如果能在和其他国家作战的过程中再立下大功，自己当皇帝就更有说服力了。
刘裕北伐
在东晋的历史上，曾经有许多人率军北伐，但并非人人都像他们声称的那样要收复失地，光复中原。除了在长江中流击水，毫无私心的祖逖之外，像桓温、刘裕等人实际上都是把北伐当成了扩大自己势力、趁机获取政治资本的途径。早在公元409年二月，南燕军队侵扰淮北，就正好给了刘裕一个机会。他上书皇帝，要求北伐，获得朝廷批准后，他迅速出兵，五月就到了下邳。
南燕是慕容垂的弟弟慕容德建立的国家。他的才能比慕容垂的儿子们强得多，但自己后继乏人，最后把王位传给了侄子慕容超。慕容超是个昏君，虽然人很聪明，但脑筋都用在了游猎征税上，根本不知道怎样跟东晋打仗。大臣公孙五楼向他提出了对付刘裕的上中下三策，上策是避开锋芒拖延时间，派小股精骑兵截断晋军的粮道，然后腹背夹击；中策是坚壁清野，让刘裕的军队不战而溃；下策是无所作为，只等着刘裕来攻城的时候出城迎战。结果慕容超信心十足地选了一个下策，刚一交锋就被刘裕打得一败涂地，此后他连战连败。第二年南燕灭亡，慕容超也被送到建康斩首。
当刘裕的大军攻来时，南燕也曾经与后秦的姚兴联络寻求帮助，但姚兴一时派不出兵来，就派使者送信去威胁刘裕，说如果晋军不退，就要发骑兵十万来攻打他。刘裕明白这只是虚张声势，就很不客气地回口信说等着他们过来。别人都担心姚兴一怒之下真会发兵，但刘裕却说如果姚兴真要动手，就会以迅雷不及掩耳之势出奇兵攻击，现在却故意把计划透露出来，显然只是在吓唬他们。
刘裕看得没错，后秦果然是在虚张声势。这个国家很不幸，遇上正打算建功立业的刘裕，很快就成了他称帝的牺牲品。公元416年，刘裕再一次率军北伐，此时姚兴已经病逝，太子姚泓刚即位，政权还处于不稳定期。刘裕出征很顺利，第二年八月就攻进长安，姚泓投降，和慕容超一样被送到建康处斩，百余名归降的宗室成员也都被刘裕杀掉。九月，刘裕进入长安，很是志得意满，他在长安拜谒汉高祖刘邦的陵墓，又在未央殿召见文武大臣，一时间风光无限。
自从匈奴刘曜占领长安，到现在已经有一个世纪了。长安的百姓们又一次看到晋军，都非常激动，欣喜不已。他们希望刘裕能长驻下来，更希望他能乘胜前进，收复北方的广大领土。但就在这时，刘裕却惦记起皇帝的宝座，打算结束北伐，离开长安回建康了。
刘裕回建康的原因，是他留在朝中的盟友刘穆之去世了。而刘穆之去世的原因，正是由于刘裕的急于称帝。当晋军攻下洛阳的时候，刘裕觉得自己居功至伟，有了更多和朝廷讨价还价的筹码，就派人回到建康向皇帝索要九锡。九锡包括车马、衣物、卫兵等，由皇帝奖赏给功臣，是一道权臣篡位前的必经程序，比如司马昭和桓温打算篡位时都曾经向皇帝索要过九锡。
刘穆之没有想到刘裕这么明目张胆地藐视朝廷，羞愤之下竟然病发去世了。这一下刘裕觉得在朝中失去了心腹和根基，顿时担心起自己的地位来。他留下十二岁的儿子刘义真做安西将军，让他镇守长安，自己连忙赶回建康。当他离开的时候，满怀希望的长安百姓都无比痛心失望，纷纷来到刘裕门前请愿。但在刘裕看来，这些当然远没有他当皇帝重要，他不顾百姓们的挽留，终于还是离开了。后来夏国王赫连勃勃进攻关中，刘义真撤回江南，本来很有希望的北伐事业就这样功亏一篑了。
代晋自立
回到建康以后的刘裕权倾朝野，他已经清除了妨碍自己的刘毅、诸葛长民、司马休之等势力，再没有人能阻挡他夺权了。当时有一种传说，说晋朝的气数还有两个皇帝就要结束，刘裕急着篡位，干脆让人把晋安帝害死，改立琅琊王司马德文，即为晋恭帝。此后的刘裕更加趾高气扬，上朝的时候不脱鞋、不解佩剑，对皇帝毫无礼节，他一步步把军政大权全都握在自己手里，万事俱备，只待篡位了。 公元420年初，刘裕想要让晋恭帝禅位给他，自己又不好开口，就在宴会上假意对大臣们感叹，先夸耀了一番自己的功绩，最后说自己年事已高，荣华富贵都到了顶点，应该辞官告老回乡了。许多在座的人不明白他的意思，还有一些人装作不明白，只是不住地歌功颂德。只有中书令傅亮在宴后和他密谈了一番，定下了代晋建国的具体步骤。
当年六月，刘裕做好了最后的所有准备，来到建康准备接掌政权。傅亮拟好了禅位诏书，劝晋恭帝让位给刘裕。恭帝也明白这一天迟早会来临，如今觉得如释重负，毫不犹豫地挥笔下诏，还对旁边的人说：“早在桓玄叛乱时，晋朝的天下就亡了。多亏刘公帮我们延续了二十年国运，今天的事情本来也是理所当然。”这番话究竟是真心还是讽刺，也许只有他自己明白。
公元420年，刘裕代晋自立为帝，建国号为宋，改元永初。这个曾经被世家大族觊觎过的皇位，终于落到了出身贫寒的刘裕手里。这时他突然想起了一个人，那就是谢氏家族中的代表人物、晋孝武帝的女婿谢混。谢混是谢安的孙子，仪容俊美，风华冠于江左，后来因牵涉进刘毅势力而被刘裕杀死。但如今刘裕却感到有些后悔，他遗憾地想到，如果谢混能来为他捧场，自己的登基仪式该会多么风光！东晋世家的门第风度在中国历史上空前绝后，刘裕也总在有意识地向他们靠近，在他看来，那就是身份与地位的象征。
禅位后的晋恭帝被封为零陵王，刚开始时还很受优待，但刘裕总觉得自己的根基不稳，到了第二年七月，他就打算动手除掉零陵王。他给了前琅邪郎中令张伟一壶毒酒，但张伟觉得害死皇帝是极端不道德的行为，干脆自己把毒酒喝了。
于是刘裕又想到了太常褚秀之和侍中褚淡之。这两个人都是恭帝褚妃的哥哥，以前每当恭帝生了儿子，刘裕就让这兄弟俩找机会把孩子杀死。零陵王自从逊位以后，总担心自己会被暗害，就和褚妃住在同一个房间里，每天自己做饭，所以刘裕派来的人一直没找到下手的机会。到了九月，褚淡之去探望褚妃，趁着褚妃在别的房间与哥哥说话的机会，士兵们翻墙进来，把零陵王害死了。
当年晋朝建立的时候，东汉宗室和魏、蜀、吴三家的宗亲都受到了司马氏的优待，但如今司马氏的后人却落到如此地步，许多人都觉得伤心。不过后来在南朝政权的频繁更替中，刘裕的子孙离散凋零，大