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“奏销案”对江南汉族地主的打击非常的大，但纵观其来龙去脉，与其说这是出自清统治者狭隘的民族观念，不如说是当时政治、经济形势的需要，是顺治朝打击南方官绅政策的继续，非常的难把这算做鳌拜时期“重满轻汉”的表现。尽管‘奏销案’牵连过多，打击很重，但毕竟在一定程度上弥补了明末农民起义较少触动江浙地主而造成的明末积弊犹存的缺陷，有利于巩固清政府刚开始建立的统治秩序。
鳌拜非常的注重吏治整顿问题。针对晚明遗留下来的弊政，鳌拜等进行了一些整顿和改革，来提高行政效率和官员的办事能力，清除官场恶习。顺治十八年二月，借口“凡事必须遵照太祖、太宗时定制行”，革除内官十三衙门，“内官俱永不用”，为有清一代避免宦官干政肃清了道路。
辅政半月之后，鳌拜等以皇帝名义诏集各官：“朕以冲龄践阼，所赖尔大小臣工，齐心协力，矢效赞襄”。次日，兵部尚书兼都察院左都御史阿思哈就提出对巡按的十项要求，对能够“恪遵上谕，洁己爱民，奖廉去贫，兴利除害……又能大破情面，纠察地方恶宦劣衿者”分别升迁；能“谨慎奉法，察吏安民者仍留原任”；“行事碌碌，无实政及民者”降调外用；而“徇情贪贿”者要革职治罪。上奏以后，御批：“这所议各款，务须格尊力行，不得视为虚文，著通行严历。”
为了提高行政效率，顺治十八年三月，鳌拜等要求“进奉本章，关于政务，应切实际陈奏事情正理，明白敷陈，不得用泛义文词”，并规定本章“不得超过三百字”。数月后，又因各部门回复奏章时往往拖延，而“各部事务虽巨细不同，于国政民情均有关系，理直速结”，规定了完结事务的时限，“如仍前含糊迟缓，任意迁延，治罪不贷。”对各督抚奉命查处事件也按地方距京师的远近不同分为四类，制定限期，“违限者按年月处分。”后来曾多次重审，“部院官员办理之事，皆关国政，如仍前因循草率，以至壅积者治罪”。
鳌拜等一些大臣们意识到，“民生之安危，由于吏治之清浊。吏治之清浊，全在督抚。”因此对各地督抚是否清正称职非常的注意。康熙四年（1665）三月，曾谕有关各部门严查督抚在地方的劣政，诸如私征强派，威逼驿站官役多派乘马支应，携带家人至任所“入兵丁数内食粮”，纵容奸徒恶棍扰乱正常贸易等，并下令对此严行禁止。同年十二月，鳌拜等又指斥督抚公然受贿，下令“从重治罪。”康熙五年，“四大臣欲每省差大臣二员，设立衙门于督抚之旁，以廉督抚。”虽然因为方法不妥当而未行，但却能反映出鳌拜等整肃地方吏治的决心。
由于经济问题是当时政府面临的大问题，因此鳌拜等命“今后经管钱粮各官，无论大小，凡有拖欠参罚，俱一体停其升转，必待钱粮完解无欠，方许题请开复升转。”并“定直隶各省巡抚以下、州县以上征催钱粮未完分数处分例。”康熙二年，又由“户部题定征收地丁钱粮总作十分考成则例。”此外，鳌拜等仍以劝垦荒地之多寡对地方官员加以奖惩，如河南总督刘清泰、巡抚张自德、偏源巡抚周召南、湖广巡抚刘兆麒等，先后以劝垦荒地功被加尚书、侍郎衔。对“垦地后复荒者”、“荒地捏报垦熟者”、“督抚降级罚俸、道府降级调用，州县等官革职”，以解除垦荒当中出现的一些弊玻在此基础之上，鳌拜等下令各部院长官“俱著自行陈奏”功过，又下令对现任督抚加以甄别，最后康熙元年有十一位督抚留任，一人解任，一人休致，一人以原官致仕，一人著降一级调用。为减少行政开支，康熙四年及五年把六科满汉给事中由十二员减少到四员；康熙六年将各省布政使二人裁撤一人；同年十一月考察军政后，将贪酷、不谨、罢软、年老、有疾、才力不及、浮躁等官共五百六十三人“处分如例”；康熙七年（1668）四月，“裁直隶各省大小衙门吏攒承差等役三千八百四十九名”；七月，“甄别才力不及满汉官二十七员”，分别降革。而另一方面，鳌拜等对地方官吏“无论满洲、汉军、汉人，应拣选贤能推用”，“遇有紧要员缺，著不论资俸，将才能之员选择补用”，并以此熟悉民间疾苦，“才能夙著”的地方官擢为科道言官，令其“据实指陈，有裨政治。”这种裁撤冗吏、罢免其职、不拘资历、任人以才的做法，显然有利于吏治的整顿。康熙元年，为简化官吏考核制度，鳌拜等曾停止京察大汁，“俱著三年考满”，并定出考满规则。康熙四年，又停止考满，恢复京察，定每六年考察官员一次。这样的来回变化，为的就是说明辅政大臣对吏治的重视。
当然，在封建社会，特别是在其末世，政府机器中的很多弊病已积久准除，统治者的良好愿望也并不一定能得到什么好的客观效果，鳌拜辅政时期也不例外。因此，康熙六年熊赐履对当时弊病的指摘也定有事实根据。但并不能因此而否定鳌拜在整顿吏治方面的努力，特别是康熙、雍正时继续执行了这些措施。为“康乾之治”创造了有利条件，就更不能掩没鳌拜辅政时期在这方面的贡献了。
鳌拜在辅政期间，采取一系列措施，努力恢复经济。在鼓励垦荒方面，除了前述以垦荒对官吏实行考成外，政府也鼓励百姓承种荒地。顺治十八年六月，针对顺治朝以来所以无人承种荒地是因为“耕熟后往往有人认业，兴起讼端”的情况，鳌拜等听从河南御史刘源浚的建议，“先给帖文，以杜争端”，并“除三年起科之外，如河工、供兵等项差役，给复十年，以示宽大之政。”在国家财政拮据的情况下，政府还发给湖广等地困苦农民及河南等数省投诚官兵牛种银两，给予垦种田地创造条件，务农谋生，这在以前是很少有的。清初四川经济残破，鳌拜等亦接受官员建议，准许各地册籍有名无业或无名无业之人，由宫府措处盘费，“差官接来安插”，并提出“无论本盛外省文武官员，有能招民三十家入川、安插成都各州县者，量与纪录一次；有能招民六十家者，量与纪录二次；或至百家者，不论俸满，即准升转。”这对于恢复四川农业的经济意义非常大。
为了确保经济恢复，鳌拜等实行了“轻摇薄赋”政策，除了开垦荒地，三年起科之外，还非常的注意罢免。康熙三年山西太原府属十二州县旱灾严重，地方官至次年才行申报，并征收了当年的赋税。“上以地方官察报迟延，有失抚恤之道，下旨切责”，并准蠲免次年钱粮和发仓赈济。按清初例，灾十分者只蠲额赋十之三，但康熙四年山东济南等六府旱灾严重，政府就将全部钱粮豁免。数日后，鳌拜等又下令户部注意防止地方官乘蠲免之机“侵扣肥己”，“使小民不沾实惠”，并提出对犯有此罪的大小官员从重治罪，决不宽耍此外还规定地方官在察看灾情时，“随带人役，务极减少，一切执事，尽行撤去”，切实保证蠲政的实效。辅政八年中，除康熙三年六月下令将顺治十五年以前各项钱粮悉予蠲免这一次大规模蠲免外，政府进行了包括灾蠲、欠蠲在内的各类蠲免共一百七十四次，涉及十六个省的七八百个府州县卫。除频行蠲政之外，鳌拜等也主张严禁加派。顺治十八年七月，朝廷因用兵等以至入不敷出，下令加派练饷，直到钱粮充足之日为止。但由于地方调敝，人民困苦，鳌拜等只得于当年十二月下令“急停，以舒民困”，“除顺治十八年已派外，康熙元年通行停止”。加派练饷无疑是一大恶政，但看到有损于经济的恢复、人民的休息，便在数月之后停止，这种及时纠正的作法，比起明末统治者来明显要高明一些。
鳌拜辅政期间经济上的一个德政，就是实行“更名田。”康熙七年十月，“命查故明废藩田房，悉行变价，照民地征粮。”
由于这些土地的一部分已在明末农民起义中为农民所占有，清政府此举实事上就是向这些农民反攻倒算，也就必然会遭到后者的激烈反对因而无法实行。康熙八年三月，政府下令“著免其变价，撤回所差部员，将见在未变价田地，交与该督抚，给与原种之人，令其耕种，照常征粮。”并“将无人承种余田，招民开垦”，这就正式承认农民在明末起义当中获得的一些成果。
到顺治末年，统一全国和巩固统治的战争虽然已经接近尾声了，但军事行动毕竟还一直存在，对经济恢复也有一定影响，由于鳌拜等努力实行促进经济恢复的措施，这段时间的农业生产不但没有停滞倒退，而且还有所恢复和发展。从顺治十八年到康熙七年，人丁共增加228575；土地共增加140322顷；征银共增加114838两，平均人丁年增长率为千分之一点七；平均上地年增长率为千分之三点六；平均税银年增长率为千分之零点六二。可见土地年增长率超过了税收银年增长率四倍之多，这肯定有利于人民的休养生息，有利于经济的恢复。
鳌拜虽然是在追随皇太极之下很快得天下的重要军事将领，其他三位辅臣也曾多次披甲从征，武功赫赫，有较长的军事生涯，但是，除了继续顺治朝以来的统一战争之外，鳌拜辅政期间并没有做出咄咄逼人的军事行动，与在政治、经济诸方面的作为相比，在军事方面的政策和行动却是非常有节制的。
辅政开始以后不久，南明最后一个政权永历小朝廷以及支持者李定国部为清军所消灭了，康熙二年到三年，鳌拜的弟弟穆里玛等又率军镇压了大顺农民军的余部夔东十三家军。尽管只是继续完成顺治时期的军事行动，但这些行动的后果已足以使鳌拜等采取相对保守的军事政策。夔东十三家军的英勇抗击，一直使统治者心有余悸，“京师中谚语有其事险难者，则曰：“又上茅麓山耶？”但最重要的是由于财政方面的困难；军事开支的浩大，不仅使鳌拜等难以继续进行大规模的军事行动，而且使人民负担极重，不得休息，有可能因此而使辅臣们恢复经济的努力付之东流。于是在灭亡了永历政权之后，就急不可待地宣布：“从此大兵得以休息，粮饷不致糜费。宣诏中外，咸使闻知。”基于此，辅政大臣们在对东南沿海的郑氏政权的行动中，就奉行了一条以防为主，以攻为辅，以抚为主，以剿为辅的方针。
康熙元年，郑成功因病而死，其子郑经继位，在台湾以及金厦一带与清皇朝抗衡。由于郑成功死后因继位问题而发生内江，郑氏政权内部矛盾异常激化，许多文官武将都对郑经表示不满。鳌拜等借此机会，对郑氏人员诱以高官厚禄，招抚郑氏降清。
如康熙元年十一月，杨学皋来归，授其左都督，加太子太保，“仍给三等阿思哈尼哈番”；康熙二年，郑成功之族兄郑鸣骏被授遵义侯，族侄郑缵绪为慕恩伯，如此等等，举不胜举。除封赐爵职之外，鳌拜等还重用这些人来打击郑氏政权，以此表示信任，如康熙三年命征台湾，统率水师的施琅、周全斌、杨富、林顺、何义等，无一不是郑氏故将。在清朝政权的“感召”之下，“自顺治十八年九月起，至康熙元年七月止，持续招抚伪将军、都督、总兵，并副、参、游、守、千、把总等官共二百九十员，兵共四千三百三十四名，总共有四百六十七名。”从康熙元年十月以后到康熙三年十月，较大规模的投降者有十六、七批，其中包括被称作郑经“腹心”、“左右臂指得力之人”的大量官员将领，还包括郑缵绪、郑世袭、郑芝豹生母黄氏、以及郑氏的“子侄眷属”，与此同来降清的官员不下千余，军队百姓共有十数万，还有大量船只、盔甲器械等物。这样就很大地削弱了郑氏政权的力量。
鳌拜等乘郑氏政权的内讧，又辅之以攻，派兵相继攻克金、厦、铜山等地。郑经退守台湾。康熙四年，“廷议罢兵”，并派慕天颜赴台谕降，力图和平收复台湾。但郑经却企图裂土割据，“请称臣入贡如朝鲜”，遭到辅臣的拒绝。康熙六年，施琅再次攻打台湾，因“朝议循于招抚”而没有结果。因此双方对峙，直到十四年之后。
鳌拜辅政时期采取的“以抚为主”的统一方针，应该说对恢复经济、与民休息、缓和财政危机较为有好处，直到康熙二十一年，大臣冯溥为了“清心省事，与民休息”，还请玄烨“勿轻剿台湾”，持续着鳌拜时期的政策。鳌拜等人的上述行动，也取得了积极的效果，为康熙二十二年统一台湾创造了良好的条件。
关于清朝初期几项弊政的处理问题。顺治初年给广大农民的生命财产带来非常大危害的劣政，诸如逃人法、圈地与投充、迁海等等，在鳌拜辅政时期虽仍存在，但逐渐有所缓和。由于迁海政策使沿海居民流离失所，顺治十八年八月，辅臣曾下令对迁海居民“速给田地房屋……使小民尽沾实惠。”康熙四年，山东青、登、莱等处沿海居民“因海禁多有失业”，鳌拜等遂允许“令其捕鱼，以资民生。”康熙七年，两广总督周有德报告当地“沿海迁民，久失生业”，建议于海口“一面设兵防守，一面安插迁民。”此建议得到鳌拜等批准。康熙八年正月，“奉旨尽弛海禁”，这对沿海居民是非常有好处的。
顺治年间，由于圈地和投充等弊政，迫使许多不甘沦为农奴和包衣的人四处逃亡，顺治十一年“逃人几至三万，缉获者不及十分之一。”朝廷便制订了最为严酷的逃人法，除捉拿逃人之外，还严惩窝主，牵连四邻，许多恶棍无赖又趁火打劫，使许多人身