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在这场战斗争当中，鳌拜身为镶黄旗贵族、皇帝的护军头目，是坚决地鼓励皇太极的儿子继承皇位的。皇太极在位时便对鳌拜非常的信任，有人曾对鳌拜比较专横提出意见，但皇太极却偏袒鳌拜。鳌拜则更是对皇太极忠心耿耿。崇德二年岳托曾派人于夜晚向皇太极进献马匹，鳌拜以“此暮夜就寝时，非献马时”为理由，说：“上已安寝，欲令惊动，秉烛观马耶？”加以挡驾。事后皇太极听说此事，颇为高兴，将献马一事作为“违法妄行”，“命法司分别议罪。”鳌拜对皇太极非常的忠心，自然希望由自己的儿子即位，而两黄旗仍是“天子自将之旗”，地位较高，利益非常的大。这也是鳌拜等竭力支持豪格继位的原因之一。所以在这个关键时刻，鳌拜曾与图赖、索尼等六人“共立盟誓，愿生死一处。”在诸王大臣于崇政殿商议册立时，“两黄旗大臣盟于大清门，命两旗巴牙喇兵张弓挟矢，环立宫殿”，对会议施加武力威胁，而“索尼及巴图鲁鄂拜首言立皇子”。朝鲜国王的世子也记载：“帝之手下将领之辈，佩剑而前曰：‘吾等属食于帝，衣于帝，养育之恩，与天同大，若不立帝之子’，则宁死从帝于地下而已。”当时的形势的确有剑拔弩张、一触即发之势。
多尔衮是一位素有大志并且文武双全的人，在这样的关键时刻，自己绝不是像在日后向群臣所表白的那样，在“诸王、贝勒、大臣率属意于予，跪请予即尊位”的情况下，从内心深处“誓死不从”，这从在皇太极时期的地位以及在自己摄政时期的许多作为中可以看得清清楚楚。之所以退而充当辅政王，扶持皇太极的幼子福临登基，则在于以鳌拜为骨干的两黄旗势力的激烈反对，害怕两者相争，削弱整个清朝国家的力量，影响入统中原的基业。1644年清兵入关，打败了李自成永昌政权，占据了北京，从而统一全国，正是由于在多尔衮缓和内部矛盾、互相团结一心的基础上完成的。
但是，以济尔哈朗、多尔衮为辅政王，福临继位为帝的暂时妥协，而不能彻底的消除八旗内部敌对势力的矛盾。豪格对这样一种妥协就很不满，在顺治元年四月曾说：“和硕睿亲王非有福人，乃有疾人也，其寿几何，而能终其事？设不竟终事，尔时以异姓之人主国政，可乎？”清朝迁都北京后，鳌拜与谭泰、图赖、锡翰、巩阿岱、索尼等两黄旗贵族依然在暗地里与多尔衮等作对，而多尔衮也一再打击和压制。顺治五年三月，“睿亲王多尔衮与豪格有缝隙系豪格于狱”，最后豪格死于狱中。多尔衮又以吞齐等人的“讦告”，将济尔哈朗降为郡王，罚银五千两。鳌拜也以同盟拥立豪格，与郑王同谋，以及为豪格鸣冤叫屈等四大罪，落得个“免死赎身”的下常顺治七年（1650）七月，多尔衮生病在家，对前来探病的锡翰等人抱怨顺治帝不前来看望自己，又不准锡翰去奏报顺治帝。结果锡翰等还是请来了顺治帝，多尔衮十分生气，要杀锡翰，而鳌拜则因为“目睹锡翰等罪状，不即执鞫”，从一等精奇尼哈番降为一等阿思哈尼哈番。鳌拜遭到打击，许多黄旗大臣人人自危，有的向两边讨好，以图自保。巩阿岱、锡翰并逼鳌拜、索尼等“悔弃前誓”，但鳌拜家族仍不向多尔衮屈服，多尔衮恨恨地说，“若以我为君，以今上居储位，怎会有此病症？今索尼、鳌拜辈意向参差，难以容留。”便“将索尼遣发，鳌拜问罪”，并拆毁了图赖死后的享堂。锡翰等还建议说：“鳌拜、巴哈不可以留上左右，当俱逐退，勿令近御”。
顺治七年十二月，皇父摄政王多尔衮因病而去逝，顺治皇帝亲政。不久以后，多尔衮的封谥被追夺，阿济格被赐死，两白旗群龙无首，一蹶不振。曾遭到压制的两黄旗贵族及以济尔哈朗为代表的蓝旗势力又重掌要职。顺治八年正月，以“鳌拜巴图鲁、巴哈为议政大臣”；闰二月，“以军功升三等侯鳌拜巴图鲁为一等侯”；八月，鳌拜以谭泰“营私及党附睿亲王”，提出控告，杀掉谭泰。顺治九年二月，鳌拜认为自己军功甚多，但前些年对自己待遇不公，因而向顺治帝提出申诉。顺治帝特意批复吏部：“这建议是，鳌拜高升为一等侯兼一拖沙喇哈番为二等公。”三月，顺治帝颁布谕旨，命诸王大臣会审旧附多尔衮、陷害鳌拜等人的巩阿岱、锡翰、冷僧机、席讷布库等，并将全部处死，“家产籍没。”这一升一黜，表明了顺治八年以后清朝初期政局的重大改变，标志着八旗内部、特别是上三旗与下五旗之间实力对比的转折，但是这其中的矛盾与斗争却还没有结束。
从此之后，鳌拜作为内大臣之一，常在顺治帝左右，直接参与掌管国家各类事务，如商讨本章批复程序、联络蒙古科尔沁部，将太后旨意传达给皇帝、祭奠故世王公妃嫔，并且倡议“大阅以讲武”，自教武进士骑射，协助会审案狱等等，显然成了一位能文能武的大臣！而正是由于自己始终不渝地效命于福临，顺治帝对其也非常的信任。顺治十三年鳌拜旧伤复发，卧床不起，“上亲临视之。”而皇太后有病，鳌拜则“昼夜勤劳，食息不暇。”顺治帝也因此而感到“深可嘉悦”，将鳌拜等“俱加太傅兼太子太傅”。
就在鳌拜日益得到皇帝的信任、地位也在不断的上升之时，顺治十八年正月丁巳夜子刻，福临病去逝于养心殿。从此，无论是清皇朝，还是处于末世的中国封建社会便都开始了一个新的历史时期，鳌拜自己的历史也进入了一个全新的阶段。
为朝廷孝命的辅政大臣
福临死之后，其子玄烨继位，开始了在中国历史以及世界历史上非常享有盛名的康熙帝统治时期。但是，玄烨登基之时只不过是个年仅七岁的幼童，还没有控制大局的能力，管理国家的重担便落到顺治帝遗诏指定、孝庄太后博尔济吉特氏背后赞助的四位辅臣的肩上。
顺治帝遗诏云：“特意命令内大臣索尼，苏克萨哈、遏必垄鳌拜为辅臣。伊等皆勋旧重臣，朕以腹心寄托，其免矢忠荩，保翊冲主，管理政务。”尽管鳌拜在四辅臣中名列最后，但史学家们却往往称此时期为“鳌拜辅政时期”，究其原因，实与鳌拜个人的独掌辅政大权有关。在四位辅臣中间，索尼能文能武，顺洽年间总管内务府，是四朝元老，地位非常的高；苏克萨哈和遏必隆在皇太极晚年才崭露头角，能力有限。鳌拜虽然名列最末，但实际地位却与索尼不相上下。辅政初期，“索尼老病，鳌拜多专政，与苏克萨哈不相能，遏必隆不能自异”。在这种情况下，鳌拜的作用绝不像其它的辅臣次序一样是非常微小的，恰恰相反，而是日益增大。从另一个角度来讲，这四位辅臣都是上三旗的大臣，除了旗与旗之间的内部争斗之外，在辅政期间实行的政策大概是一致的，也就是说，鳌拜的主张基本上也同样代表着其他辅政大臣的意见。这样，从顺治十八年到康熙八年五月的辅政期间的历史，实事上也就是鳌拜辅政的历史。
尽管福临接受了乃父的教训，在临死前把身后的一切安排妥当，但是留给皇位继承者和国位辅臣的并不是万事如意的太平盛世，而是一个问题丛生、矛盾非常复杂的艰难局面。一方面，西南的南明永历政权和大西军余部，东南沿海的郑氏政权以及夔东十三家军等抗清力量依旧存在，部分汉族地主仍然怀念故国，不愿与清政府合作；另一方面，连年战乱，使社会经济严重凋敝，人民的生活非常的困苦，财政状况相当的窘迫。这样，如何保证财政收入、恢复生产，同时又要继续进行征服和统一战争，就成为当时统治者面临的重大课题。此外，“大兵入关时，明臣迎降，睿忠王权宜任之，故胜国弊政，未尽厘正”。顺治一朝，党争不断，明代重用阉宦的恶习也继承下来，中央地方各级官吏不尽心任职，反而贪污受贿，行私中饱，吏治非常的败坏。再者，顺治年间实行的一些恶政，如圈地、逃人、迁海等等，依旧给农民带来了很大的苦痛，引起农民的不满。这些问题如果再得不到解决，势必会造成新建立的清朝统治的不稳甚至有被颠覆的危险。
在这样的局势下，辅政伊始，辅政大臣们便宣称要“率循祖制，咸复旧章，以副朱帝遗命”。经过篡改的顺治遗诏以“渐习汉俗”、对满臣“不能信任”等十四罪自责。这些已表现出辅政时期的基本方针政策。但是，这些方针政策不是“违背当时历史发展趋势”的“复旧政策”。
鳌拜等辅政大臣非常的重视正确处理满汉关系问题。清朝统治者在各个方面“首崇满洲”，是其既定国策，无论是在皇太极、多尔衮和顺治帝执政时期，还是在康熙八年（1669）五月玄烨亲政以后，这一国策基本不变。不管对汉族地主表示出多么的友善，但一旦触及满族统治者切身利益，危及满洲贵族统治地位，“重满轻汉”的根本原则就充分反映出来了。鳌拜辅政时期，自然也不例外，鳌拜等在强调满族统治地位，清除明末弊政残余的同时，在顺治朝满汉关系的格局上并没有做出相当多的改变。
顺治十八年三月，鳌拜等下诏命令将制度上“满汉分别、参差不一者，或前后更易、难为定例者”，根据“太祖、太宗成宪斟酌更定”。但对“有今昔异宜、时势必须变通，有满汉悬殊、定例难于归以者，亦须斟酌至当，详明具奏”。这说明他们并不完全是恪守陈规，也讲究“变通”。如康熙元年谕都察院：“巡视茶马以差，近经部议，满汉兼差，已经奉旨准行。今思巡视茶马差原系汉御史，从无差满官之例，以后著仿照旧例，止差汉官，不必兼差满官。”表明其因事任人的原则。理藩院“专管外藩事务”，鳌拜等认为其“责任重大，今作礼部所属，于旧制未合”，抬高其地位，尚书“入议政列”，并由满蒙人专任。这个改变并不能算作重满之举。众所周知，清朝对少数民族的政策非常的成功，这与理藩院的作用是分不开的。因此，鳌拜等认识到，“理藩院职司外藩王、贝勒、公主等事务，及礼仪、刑名各项，责任重大，非明朝可比”，从而加强对少数民族的控制和管理，实际上是有积极意义的。至于康熙亲政后沿用此制，雍正时还以王公、大学士兼理院事，正是鳌拜时期这一政策的持续发展。
顺治十五年，福临曾经将皇太极时建立的内三院名号取消，仿明制将大学士改为殿阁大学士，满、汉“仍俱正五品”，比顺治初年俱正二品有所降低，但是没有差别。顺治十八年，鳌拜等以不合旧制恢复内三院名色，“设满、汉大学士等，照尚书、侍郎品级”，即大学士为正二品，恢复的乃是顺治初的定制。同年亦定内三院满、汉大学士各一员，满学土二员，汉军学士和汉学士各一员，满、汉比例大致相等。六部在清初统治者眼里一直是要比内三院更重要的，所以鳌拜等在康熙六年曾定满尚书为一品，汉尚书为二品，略有差别。但实事上任事的满、汉尚书、侍郎人数是非常多的，均为满、汉各一人。
对于地方行政机构而言，顺治、康熙、雍正时期“八旗人员之任督抚者，汉军十居其七，满洲十居其三，蒙古仅二人”。而顺治年间与鳌拜辅政时期，任督抚者似乎没有满、蒙人，汉军旗人在总督中约占十分之八，一般汉官占十分之二；在巡抚中汉军旗人与一般汉官平分秋色，前者略多，只是到辅政末期，才有极少几个满、蒙人任督抚，还不如康熙帝亲政以后的多。至于府州县各级官吏，几乎是清一色的汉官。这种中央机构满人占居优势，地方军政大员中汉军与汉人各据其半，低级官吏差不多全为汉人把持的情况，在整个清朝前期变化都是不大的。因此，尽管鳌拜等非常强调“首崇满洲”，但由于这样一种满、汉地主阶级联合统治的基本格局不能变更，满、汉关系也没有发生较大的变化，汉化的趋势没有被遏止。
鳌拜辅政期间，对汉族地主阶级分子的打击，是以顺治十八年‘江南奏销案’为代表。如前所述，顺治年间清统治者与江南地主阶级之间的矛盾较深，这一方面是因为民族矛盾激化所导致的汉族士绅的反抗及不合作态度遭到清统治者的仇恨；另一方面是因为清统治者在南北党争中支持北人，排挤南方官绅，引起后者的不满；此外，江南士绅“仍明花分诡寄之弊”，规避赋役的情况又十分严重，所以清政府不仅通过“科场案”、“通海案”等从政治上打击江南士绅，还下令清查江南无锡等县“乡绅举贡之豪强者包揽钱粮，隐混抗官，多占地亩，不纳租税，反行挟制有司”的问题，从经济上与豪强地主争夺赋税，以供军需。“奏销案”就是在这样的情况下发生的。顺治十八年三月，鳌拜等谕尸部：“近观直隶各省钱粮逋欠甚多，征比难完，率由绅衿藐法，抗粮不纳，地方官瞻徇情面，不尽法追比。如仍前抗粮，从重治罪，地方官不行察报，该督抚严察，一并题参重处。”在苏、松、常、镇四府及溧阳一县，“不问大僚，不分多寡，在籍绅衿按名黜革�