皇太极亲率的一军，于七日派豪格往上方堡毁边墙，谭泰等前往设伏，他们都遵旨照办了，皇太极如期入尚方堡，直取宣府。明宣府守兵发炮还击，后金兵被迫转向应州，包围并攻取该城。中路军阿济格、多尔衮、多铎自龙门口入边，击败明参将马步兵。进攻龙门，未下，率两黄旗每牛录兵五名，往略保安州一带（今河北涿鹿县），攻克其城，杀其守备，略取沿途村堡，会皇太极于应州城。
西路军代善父子等入边后，攻克得胜堡，尽歼明兵。明城守参将李全缢死，镇场堡民弃城而逃。于是代善、萨哈廉进兵大同，攻怀仁县没攻下。硕托及镶红旗固山额真昂邦章京叶臣等，击败了朔州骑兵二百，一直追至城下才收兵。此路军转而围攻井坪城（今山西平鲁县南井坪镇），也没攻克。皇太极指示代善、萨哈廉率兵可攻取马邑县《清太宗实录》，卷19。。
二十五日，前锋将领图鲁什等至归化城，遇察哈尔阿牙克喀塔喜木里克喇嘛寨桑、古木德寨臣寨桑等同察哈尔汗妻高尔土门福晋，率一千二百户来降。山西大同监生张文衡看到明王朝“文武官员，卖官鬻爵，专意罔上，严刑厚敛，民不堪命”，“贼半天下，兵亦半天下”的形势，知改朝换代已不可避免，因此只身徒步从大同跑到宣府，投靠后金，表示“欲献策相助”《清太宗实录》，卷19。《清史稿张文衡传》，卷237。。
东路军德格类兵，入独石口，沿途攻略，镶蓝旗宗室艾度礼、固山额真宗室篇古攻取长安岭，杀其城守备，转攻赤诚未拔。德格类兵及吴讷格兵陆续到达此地，三旗兵合力攻之，亦未攻克，乃奔保安州，“知州阎生斗集吏民拒守，城陷被执，死之”。夏燮：《明通鉴》，卷84。破保安后，奔应州见皇太极。
四路大军于应州汇合，攻克了代州，然后分道出击：东路军至繁峙（今山西繁峙县），中路至八角，西路至三岔谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷6。。八月十三日，皇太极离开应州赴大同，攻城五天。明崇祯帝一看宣、大之兵不顶用，后金兵如入无人之境，急令宁远总兵吴襄、山海关总兵尤世威率军二万分道驰援大同。同时，宣布京师戒严。吴襄兵败，尤世威部将祖宽以七百骑战大同，斩三十余级，稍得利。后金兵未攻下大同，转攻西安堡。左营游击荣继雄拒却之。后金兵乃奔阳和。阿济格、阿巴泰、扬古利率两黄旗、两白旗兵攻灵丘县（山西灵丘），从城垣倾圮处奋击。正黄旗先登，攻克其城。知县蒋秉采募兵坚守，城破时，他上吊自杀，全家殉死夏燮：《明通鉴》，卷84。《明季北略》，卷10，《清兵入塞》。。后金礼部承政巴都礼在攻灵丘县王家庄时，中箭而死。萨哈廉出略至崞县（今山西崞阳县），于城圮处攻入，知县黎壮图投降。后金兵将城中财物捆载三百辆车而去。后金军继而又攻忻州（今山西忻县），明知州王凝力守不下，转攻保定竹帛口，千总张脩身兵败身死谷应泰《明史纪事本末补遗》，卷6。。
皇太极到大同时，曾致书大同总兵曹文绍、阳和总督张宗衡，提出议和建设。他们同代王的母亲杨氏一度也请求议和，但很快变卦，将崇祯帝致后金的公开信张贴在北楼口，策动后金内部汉人、蒙古人“造反”。信上说：
满洲原系我属国，今既叛犯我边境，当此炎天深入，必有大祸。今四下聚兵，令首尾不能相救，我国人有得罪逃去，及阵中被擒欲来投归者，不拘汉人、满洲、蒙古，一体恩养。有汉人来归者照黑云龙养之，有满洲、蒙古来归者，照桑噶尔寨养之。若不来归，非死于吾之刀枪，则死于吾之炮下，又不然，亦被彼诬而杀之矣。《清太宗实录》，卷19。
第四部分宣府、大同运动战（3）
皇太极到了阳和，写了回信给张宗衡，轻蔑地指斥明朝的文臣武将虚诳无能，说：我入境以来，近两个月了，蹂躏禾稼，攻克城池，曾无一人出而对垒敢发一矢《东华录》天聪八年八月。！皇太极向曹、张二人叫战，请他们集各路兵出城会战，以决胜负，甚至让他们一步，说“若尔出兵一万，予止以千人应之；尔出兵一千，予止以百人应之”。《清太宗实录》，卷19。明将不敢作答。
八月二十七日，皇太极率军离开阳和，攻万全左卫（宣化西），八旗合力修整武器进攻，穴隳其城。正红旗护军竖梯，亲军褚库、布丹先登城，四面守兵皆溃，斩明守备常汝忠。后金兵入城，搜剿明兵近千人。至此，皇太极乃率大军回返，从尚方堡出塞，直至九月十九日，才班师回到沈阳。
皇太极第二次入塞远征明朝，为时三个月，徧历明边，蹂躏宣府、大同达五十天。并攻克多处城镇，而遭攻围的大小城镇台堡凡五十余个。被掠去的百姓、牲畜不计其数《清太宗实录》，卷19。。后金往略范围，以宣、大为中心，即今河北西北部及山西北部，纵深几达山西中部。此次用兵，不在得城池、土地，而“在各村堡抢掠”中国历史第一档案馆藏《明档》201号卷，第11号。，以消耗明朝经济与军事实力。大军所到之处，“禾稼尽蹂躏，庐舍尽焚毁，台堡之人俘斩甚众”。明官军无能为力，“明之边吏震恐，未尝敢以大兵撄我锋者”《清太宗实录》，卷20。。更有甚者，明军纪律败坏，往援大同的明兵及辽兵“刈禾牧马，民甚苦之”谈迁：《国榷》，卷93。。皇太极此次绕开山海关防线，长途跋涉数千里，在明朝的府州台堡之间往来穿梭，任意出入，显示了八旗将士能征惯战的威力，给宣、大地区造成了严重破坏，从而沉重地打击了明朝。明兵部尚书张凤翼向崇祯帝的奏报中就发出感叹：“任（后金）游骑之抄掠，无能设伏歼除，所谓训练者安在？无事则若称缺饷，有警又自处无兵，练无闻，祇动呼吁，所谓精锋者又安在？”中国第一历史档案馆藏《明档》201号卷，第8号。明朝的边吏认为，清军只在掠夺，所以他们任其自便，阁臣王应熊对崇祯说：“山西崞敌（后金）止二千骑，掠子女千余人。过代州，望城上戚属相向悲啼，城上不发一矢，任其飏去。”崇祯听后，为之顿足叹息谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷6。。明守土的地方官和带兵的将官怯于同后金对阵，或弃城逃跑，或紧闭城门，发射空炮而已。“燕京暨各城，俱塞门避匿，不顾亿兆之生全，不惜疆土之蹂躏。”《清太宗实录》，卷20。明朝统治集团及军队内部的种种腐败，不一而足，它遇到后金这个强大的对手怎能不一败涂地！
第五部分明在辽东沿海的防御（1）
在明与后金的战争中，辽东半岛及其周围岛屿长期处于远离战场的后方。辽阳的南大门——海州以远，尚有盖州（盖县）、复州（复县）、金州（金县）、旅顺等重镇，直至沿海岛屿，“不被兵戈之忧”《明熹宗实录》，卷3。。明朝的战略家们对这一地区的防御基本不予重视，他们认为，“即有兵亦不能守”，实际上是有意放弃必要的防御。因此，明与后金的战幕已经拉开，“金、复、海、盖原无重兵”防守王在晋：《三朝辽事实录》，卷4。，明朝的防御中心转移到辽西以后，这里才成为双方争夺的又一个主要战场。
沈阳失守后，所有“南卫兵马尽数调援辽阳”，四卫顿时变成不设防的城市。当地士民惊慌，纷纷出逃王在晋：《三朝辽事实录》，卷5。。当军事重镇辽阳一失守，“数日间，金、复、海、盖州卫悉传檄而陷”王在晋：《三朝辽事实录》，卷4。。努尔哈赤仅派出第十子德格类和侄儿债桑弧率八将、兵一千，南下“安抚人民”，刚到海州，明留守南卫各地的部分官兵向后金投降，大部分“武弁青衿各携家航海，流寓山东，不能渡者，栖各岛间”《明熹宗实录》，卷3，此处记“酋之第三子循海州”，但《清太祖武皇帝实录》，卷3，14页却载“皇子得格垒、侄债桑弧”率兵进海州。德格类排行十，非第三子。。如原任辽东赞画刘国缙、监军道牛维曜、海盖道康应乾等各航海至登州《明熹宗实录》，卷3。。据山东登州海防道按察使陶朗先开报，辽阳失陷一个多月后，他负责接待渡海来投的辽东难民，其中原任监司府佐将领胡嘉栋等官员共五百九十四人，援辽的登州、旅顺营三千八百余名，仅金、复、海、盖卫所官员和百姓共三万四千二百余人《明熹宗实录》，卷5。。辽南各地，连海边小岛居民“俱已逃空”，房屋焚毁殆尽王在晋：《三朝辽事实录》，卷5。参见谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷4。。明朝在辽东半岛的防御荡然无存。后金兵随之南进没遇到明兵的抵抗，就占领各城镇，包括旅顺口外的一些岛屿，如广鹿岛、给店岛、石城岛等，都派兵驻守谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷4。。广布在渤海与黄海中上百个岛屿也都纳入后金的实际控制之下。仅仅数月，“河东十四卫生灵尽为奴属”。《明熹宗实录》，卷9，6页。十四卫是：定辽中卫、左卫、右卫、前卫、后卫、东宁卫、海州卫、盖州卫、复州卫、金州卫、沈阳中卫、铁岭卫、三万卫、辽海卫。据《全辽志》，卷1，《图考》。
后金占领辽东半岛及其沿海岛屿，对明朝构成了新的严重威胁。辽东半岛如一个楔子插入渤海与黄海之间。它的最南端，与山东登莱隔海相望，其西北可直通天津。天津近京师，实为一咽喉，而“旅顺实登津之咽喉，南卫之门户”。谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷4。旅顺口外，岛峙蜿蜒，星罗棋布，成为沟通登莱、天津与旅顺、盖州的天然交通站。明朝历来向辽东运兵转饷主要有两条路线：一是出山海关，经辽西进入辽东；一是经登、莱或天津从海上达于盖州、金州或旅顺口上岸。比较而言，海运比陆运要省便得多，既免去百姓转输之苦，亦节省大量经费。凡山东乃至江浙诸省，其与辽东往来，多借助海运之便。后金占领辽东半岛，迫使明朝罢海运，于沿海设兵防后金。明朝感到恐慌的是，后金如果从海上进军，给它造成的危险局势可能比进攻山海关要大得多。从盖州至登州，三日可到；从旅顺到登州，仅半日之程。王在晋指出：“南卫未失之先，海我之海也。金、复、海、盖陷，而大海之险我与贼共之。贼常觇我之往，我不能禁贼之来。”又说：“彼如乘风破浪，直捣津门……是为引寇入而天津危；天津危而登莱，而江、淮、浙、直俱危。河西乏食，可以立蔽，山海无粮，何能久守？而京师亦危。”王在晋：《三朝辽事实录》，卷5。山东巡抚赵彦批评重山海关而轻登莱的错误观点。他说：
登莱两千里海口与酋共之，谁为防守？今庙堂之上，止知辽左，不守蓟门。天津逼近奴酋，有剥肤之患，不知登莱盈盈一水，我可以运粮，酋即可以窥犯，既无重关之险，又无大兵之防，其关系国家安危不在山海（关）下也。登莱危急不啻然（同燃）眉。王在晋：《三朝辽事实录》，卷4。
后金占领辽东半岛及其沿海岛屿给明朝造成的危险使有识之士深感忧虑，多方谋划防海之事，纷纷提出各项紧急建议和措施。兵部尚书崔景荣指出：“贼得海、盖，则天津、登莱俱当提防，山东抚道诸臣所当时时预备。”《明熹宗实录》，卷4。湖广道御史方震孺“陈备御急著”，有谓：“登莱宜急设重臣，多募水兵，时时入海窥奴，时时放炮惊奴。”《明熹宗实录》，卷4。御史贾毓祥认为“登莱惟北岸旅顺口实咽喉总区，诚宜得一大将，量提水陆兵驻扎，以消窥视，内固藩篱，其余水兵散冲要各岛，陆兵散沿海各卫所州县操练足矣。”《明熹宗实录》，卷12。也有的主张将避难海岛的辽民“编为一营”，给他们月粮，加以训练，当明兵发动进攻时，“密令刻期航海，直薄海盖”，《明熹宗实录》，卷4。如此等等。处于惊恐之中的明熹宗对诸臣所请，无不立时准议实行。首先考虑到天津的重要，提升太仆寺少卿毕自严为都察院右佥都御史，“驻扎天津，备兵防海”。《明熹宗实录》，卷4。
第五部分明在辽东沿海的防御（2）
正当朝野为失陷辽阳而议论纷纷的时候，熊廷弼出任辽东经略，他从全局出发，提出了“三方布置策”。他从陆海三个方面加以部署，陆上以山海关为大本营，“以广宁迎击为正兵”，海上“以登莱渡海为奇兵”。《明季辽事丛刊》，《陶中丞遗集》，卷下，附录，《陶中丞传》，5页。三方实以广宁为重点，正面迎击后金军，登莱为侧翼，从后面牵制后金向辽西的全面进攻。并伺机由登莱、天津出发，经“海上督舟师乘虚入南卫，以风声下之而动其人心，奴必反顾而亟返巢穴，则辽阳可复”。《明熹宗实录》，卷6。熊廷弼的战略意图是，如果后金向辽西发动大规模进攻，他就挥军从海上到辽东半岛登陆，乘其后方空虚，进入金、复、海、盖四卫，必然吸引当地辽民的密切配合，共同抗击后金。
为贯彻海上的战略部署，熊廷弼采取如下实际步骤：
第一，他建议在山东登莱地区与天津各设巡抚，派驻重兵，多置舟师，以备渡海。经他推荐，朝廷任命陶朗先为登莱巡抚，驻登州（是时天津已设巡抚）。陶朗先，万历三十五年进士，颇有才干。他受命后，“锐意规划”，仅三个月，组成水陆师三万，集马万匹、甲杖火器二百余万、战船二千余艘，“冀与熊公戮力策应”《明史》不为陶朗先立传，此据《陶中丞遗集》。。朝廷陆续增派人马，已达五万《明熹宗实录》，卷11。。接着，熊廷弼推荐原任兵部主事刘国缙升任山东按察司副使，驻登莱，“招集归附之众，拣团练，以图进取”；提升夔州府同知佟卜年为山东按察司佥事。登莱监临洮推官洪敷教升为兵部职方司，“军前赞画”《明熹宗实录》，卷7。。
第二，召集逃亡辽人为兵