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继由班钦·索南扎巴任哲蚌寺法座。之后是佛王第三世索南嘉措，生于东隆孜康（藏文），是玛仁钦却的后裔南加扎巴之子。年四岁时，在哲蚌寺从索南扎巴受居士戒，七岁时又从索南扎巴受沙弥戒。十一岁任哲蚌寺法台，十六岁任色拉寺法台。赴俄（藏文）、达、涅等地宣讲佛法。依止亲教师、桑浦朗堆巴、夏孜·列顿巴、帕德译师、俄然巴·格扎等人聆听佛法。二十二岁时，从噶丹寺离任法台德瓦坚受比丘戒。土龙年建彭德勒显林（藏文），并于此观修尊胜佛母陀罗尼。后因在此寺中进行索南嘉措和阿勒坦汗的长寿仪轨被称为南加林（藏文）。从前，忽必烈给八思巴大献供养，最后一次献黑缎七匹和白缎一匹，时八思预言道：“自今过七代后，我名为“水”，你名为‘黄金’时，我们将会相见。”＇7＇按此授记般，索南嘉措年三十五岁的火牛年受到蒙古土默特阿勒坦汗的迎请。索南嘉措受邀前往青海时，官扎西热丹等欢送至热振，上师官员二人（藏文）互道佛法吉祥上师足莲永住等祝福之语。索南嘉措经上下霍尔区、年措（藏文）、阿揉（（藏文）指黄河阿柔滩）等地前往，汗王派遣三批使团前去迎接。虎年五月行至青海湖西南地方（霍洛奇亦来拜见），在黄河之滨的恰卜恰与阿勒坦汗相会。阿勒坦汗给索南嘉措上尊号云：“达赖喇嘛瓦齐尔达喇”（藏文），并于该地建大乘佛法轮寺（现已不存）。继索南嘉措赴康区昌都等地广宣佛法。之后，又经理塘、安多宗喀巴塔尔寺（水羊年）、夏琼寺、丹斗寺、佐摩喀、炳灵寺到达内蒙呼和浩特，于边鄙地区普降法雨，亦受到汉皇（万里）等的无比尊崇。因蒙古汗王献银帐之缘，于土鼠年角宿月二十六日去世，时年四十六岁。
继由第四世达赖安乐法王永丹嘉措任哲蚌寺法座。永丹嘉措土牛年生于蒙古地方，属转威武圣轮的成吉思汗家族，族氏似同大地，是父系为白天神后裔及母系血统亦十分高贵的苏密太吉之子。从三岁起就在蒙古地方广行利乐佛法众生的事业。十五岁时，被迎至西藏卫地，从卸任噶丹法台桑杰仁钦、噶丹法台格敦坚赞出家为僧，继任色拉、哲蚌寺法台。依止班禅·洛桑曲坚、噶丹法台、卸任法台、斯康岗活佛等学习显密纯净教法。赴俄、达等地和后藏地区弘法，复返卫地。二十二岁时，后藏军队攻入卫地，永丹嘉措以驱魔食子法平息战争，故被称为“威力海”（藏文）。二十六岁从班禅受比丘戒，广宣佛法，利乐有情。火龙年十二月五日去世，时年二十八岁。永丹嘉措之后，由班禅·洛桑曲杰坚赞贝桑波从火蛇年至金鸡年间任色拉、哲蚌寺法台。
继为第五世达赖洛桑嘉措。五世达赖是雅隆琼结人，据传是萨贺尔王（属索霍尔（藏文））的后裔，父名董度热丹。年六岁时，入哲蚌寺，向班禅活佛献出发新，登色拉、哲蚌寺法座。八岁从班禅受沙弥戒，二十二时，按“下律传承”受比丘戒，成为教法之王。依赤·官却曲培学习五部大论，从昌仓哇受听《甘珠尔》、医疗教决。虽身为全藏区的大教主（藏文），但无门派之见，在帕邦卡依见觉伦珠受听了许多新旧密法，尤其是索尔法界、自我解脱、后续（藏文）等法。从伏藏主林巴受听修法八部、“玉妥精义甘露瓶”等的灌顶教决、及新旧伏藏法，从门卓·才旺顿珠师徒学习嵌字诗、音韵、元音术数、文法、尺度研究等，从董波·顿珠旺加学习浦派历算，从而成为通达新旧显密及十明学的大学者。三十五岁时，受汉地文殊皇帝顺治的迎请赴内地，行广利教众的事业。返回西藏后，从佛法和财物两方面大行善业。五世达赖对一切新旧密的修持均达究竟，六十一岁复受班钦·释迦室所传律仪，并将此传承授予章嘉活佛等人。另其他史书中言五世达赖“通达新旧密法，尤其对宁玛派教法的修持，已达究竟，六十岁复受上部律传的沙弥、比丘戒”。五世达赖生平著述无量，外部类有诗歌、历算、寺规、史书、祈愿、赞颂、许多人物传记、中观、般若、俱舍、戒律、道次第类及红阎罗、枳布五尊的修坛、不动佛修法、厌胜咒力（藏文）等宁玛派的众法及护摩仪轨、本尊、护法的修法：秘密类有与三根本神真实相会及“妙音女二十四尊钥匙“等二函。弟子有班禅·洛桑 益西和章嘉活佛阿旺曲丹、嘉木样协贝多杰等众人。五世达赖终年六十一岁。
之后，由第六世达赖仓央嘉措任哲蚌寺法座，其为宁仁伏藏师班玛林巴的后裔。从班禅大师受沙弥戒，莅临法座。因整个藏区的福份衰败，仓央嘉措至大寺札什伦布寺复将所受戒律退还给班禅大师。仓央嘉措主政时，因拉藏汗与等斯阿卫（藏文）间意愿相违故，拉藏汗于是杀死了第巴的一些随从，如同上述第巴放逐了拉藏汗，从而引起战争，第斯被杀。后仓央嘉措被迎往汉地时，途中于青海湖旁去世。
继由持白莲者阿旺益西嘉措任法座，是坝尔康绒卡盖（藏文）地方人，往于拉萨药王山，为持律大德，戒香飘溢四方。如前文所述，不久左旗觉若特皇太吉（藏文）派策凌敦多布、斗盖扎萨克等五名军官率准噶尔军队进入卫藏，准噶尔军队返回后 ，第七世达赖格桑嘉措进入西藏，时班盖增巴（藏文）被迎往内地＇6＇后来去世。其转世生于康区，亦赴内地，但因出痘去世。、班盖增巴之后，由第七世达赖格桑嘉措莅临哲蚌寺法座。格桑嘉措是康区贡巴·索南达杰之子，索南达杰原为却甲寺僧（藏文），后至康区居住。格桑嘉措首先到安多宗喀塔尔寺，几年间做为当地人众的顶饰居住于塔尔寺，从笔者的亲教师，曾任塔尔寺、佑宁寺、赞寺三寺住持的却藏活佛洛桑丹贝坚赞学习佛法。格桑嘉措年二十岁时，在持金刚土观活佛曲嘉措座前受听佛法。后由清朝军队和青海的军队送至卫地，等色拉、哲蚌二寺的法座，广行利益卫藏教众的事业，同时从吾师堪仁宝且·洛桑益西受比丘戒。从笔者的上师具三恩的金刚大阿阇梨赤钦·阿旺却丹圆满学习了显密经论，并参加哲蚌寺林色辩经。期间第斯康济？遇害，多杰加波和颇罗？间爆发了所谓的“藏卫战争“，结果颇罗？获胜并执政。格桑嘉措年二十一岁时前往康区，于故里广宣法音。时由笔者的根本经师加色活佛洛桑阿旺久美继任法座，加色活佛生于沃扎西德堪谷（藏文），入阿里札仓、哲蚌寺郭莽札仓闻习经论，均达究竟。从班禅活佛受比丘戒。加色活佛共在位八年，并在大祈愿法会上任首座。七世达赖年二十八岁时，从康区返回西藏，复任法座。成为班禅活佛洛桑贝丹、章嘉活佛及当时的三大寺所有大活佛学者、成就师的根本经师，著作《灌顶大疏》等众论而恒降法雨。格桑嘉措每当领悟到宗喀巴大师著作内的精义时，会不有自主地心生欢喜。他是全藏区的救主圣士，现主要以格鲁派教主的身份，正在为安置一切众生于圆劫新宴而精进不懈。诸喇嘛仁波且的前生为观世音、松赞干布、仲敦巴、尊者格敦珠等＇9＇。
哲蚌寺七札仓的历任上师（藏文）：
学者源地吉祥郭莽札仓的住持依次为仲·扎巴仁钦、噶来、楼来、贡汝·慈成桑波、钦波贝谢、洛琼·贡加、堪钦·旺贝＇10＇，继贝洛和谢洛二人同时并任、绛巴热绛巴·益扎和十难论师贝沃官桑二人同时并任，继由贡汝·曲吉迥乃、嘉木样协巴多杰（新建散洛密殿中的镀金大弥勒铜像）等担任。
讲话经教的洛色林札仓（藏文）的住持依次为堪钦·勒丹、玉索巴、贝丹洛追等，第六任是嘉央噶洛、第九任由乌玛仁达和桑勒同时并任，此后由永丹沃一人主持，继为班钦索南扎巴等人。
德央札仓（藏文）又称塞阳齐哇（藏文），由久巴·绛贝·曲贝、札琼·永丹嘉措、策玛·旺加等人依次为住持。
杜哇札仓（藏文），由那塘巴·热却多杰坚赞、年琼等人任住持。
霞果札仓（藏文），由那塘巴·热却多杰坚赞、年琼等人任住持。
加哇妥散林（藏文），由贡桑仁钦、年波·释迦仁钦、仲·加桑等任住持。
密宗札仓由坚赞慈成、敬却、仲·仁钦却等担任住持。
另索南嘉措时期，在 哲蚌寺建勾雪札仓（藏文），又称曲科林，讲习显宗；密宗方面建念诵尊胜咒的南加札仓。命丹琼热绛巴任曲科林住持，以顿珠贡保为讲授显宗的教师，但索南嘉措赴蒙古后，该札仓未能持久而解散。后永丹嘉措重新组建曲科林札仓，任命贡如·仲钦巴为住持。贡如热绛巴·桑杰扎西任住持时，后藏军队侵入色拉、哲蚌寺，曲科林又一次被解散。后来，再度重建。阿旺洛桑嘉措时期，由喇嘛热绛岗波任住持，时因曲科林札仓的僧人多次谩骂洛色林、郭莽札仓等而被取缔。南加札仓前文已有叙述，且下文叙述梅朵塘寺时已有提及。
哲蚌寺内供奉的佛像等：
大经堂后面的妙音法王修房内有“文殊降言像“。大经堂的净殿中供三世佛金像及八大弟子，佛像里面的装藏有名”七马头“（藏文）的七颗佛舍利、金寂佛牙、宗喀巴大师的牙齿、洛扎巴恰那多杰的头发、右旋海螺、能仁像、文殊金刚像、一？长的菩提树＇12＇。旧弥勒殿内供弥勒八岁身量的报身像，以一大升佛舍利、无著的头发、法衣、宗喀巴的头发、全套袈裟、护螺龙王献给宗喀巴的右旋海螺三联（藏文）、宣奴顿珠的头饰、空行母切本（藏文）的发丝所编成的黑帽、菩提树的芒波底（藏文）、那若巴的伞柄、多闻子的长矛等为内藏。释迦牟尼殿中供释迦牟尼金像，称”斯希吉教玛“（藏文），内装藏有金寂佛的舍利、舍利子的头发、目犍连的祖衣、班钦·释迦室利的法衣、恰那多杰的金刚铃等。十地殿中供菩提树所造能仁师徒三众，有传自汉地的十六罗汉像，据说罗汉像由十六罗汉亲为开光，后被八思巴迎请到西藏，最后供奉于此殿，以为内供。新弥勒殿内供奉以佛舍利和头发等具加持物为内藏的弥勒十二岁等身像，及妙音法王银灵塔。善劫殿内有青铜所制千佛像。甘珠尔殿中有金汁书写的《甘珠尔》，誉称“？部洲之最”（藏文）；另有“自鸣白海螺”（藏文），原是玛卓龙王献给佛世尊的，后伏藏而被宗喀巴大师掘出。密宗学院经堂里面的密殿中，有以众多舍利及热译师体舍利（藏文）为内藏的胜魔怖畏金刚像，据说造像时，宗喀巴师徒等每制一泥丸就念诵根本咒，且吐唾沫而完成，此像庄严如同自然显现般。胜魔怖畏金刚像右面是宗喀巴像，左面是命运主宰阎罗王，当后藏军队入侵时，此像震动，转向一边，口中流出鲜血。另内供奉的六臂尊和格达巴拉像据传是喇嘛乌玛巴所造，密殿上方有怖畏金刚立体坛城和化身工匠乃乌琼哇所建怖畏金刚像。
色拉特钦林色（（藏文），3000人）。由大慈王释迦益西创建于土猪年。大慈法王生于蔡公塘（藏文），依止宗喀巴大师等众多圣者广习经论成为善巧，并获得能忆念前世的神通等。宗喀巴师徒往色拉寺孜（藏文）时，乃乌巴常大做供养，时释迦益西正善好侍奉宗喀巴大师，大师见《般若经》字似黄金书写，遂向其授记说：“可于此处建造寺院。”后释迦西作做为宗喀巴的代表前往内地，降下瑞雪，并治愈皇帝的疾病，因而大明皇帝于慈氏殿（藏文）封其为“大慈法王”。释迦益西在御花园侧建花园寺（藏文），弘扬宗喀巴政教。后带着《甘珠尔》印本等返藏，丰盛供养宗喀巴大师，并建色拉特钦林寺，从此似莲花吸引蜜蜂，众善巧从四方云集色拉。大慈法王的弟子有阿莫噶、帝师索南谢热等。之后，任命十难论师达杰桑波为色拉寺住持，而大慈法王自己再次前往内地，前皇之子宣德亦对法王甚为礼敬，据传大慈法王在五台山建造过一些寺院。大慈法王返回西藏途中圆寂，其遗体及三佛田等供奉于安多佐摩喀。
色拉寺的法座从达杰桑波依次为贡如堆巴·坚赞僧格、夏鲁热绛巴·扎西嘉措、拉堆巴·洛追仁钦桑波又称贡欠木正巴、乃丹巴、拉浦法王、年师贝觉伦珠、多闻贝丹洛追、娘堆哇·嘉央敦岳贝丹、尊者格敦嘉措、大学者藏巴色拉至尊曲吉坚赞、班钦·索南扎巴、赤·曲扎桑波、至尊索南嘉措、东科尔·永丹嘉措、至尊永丹嘉措、班禅·洛桑曲间、阿旺洛桑嘉措等。
色拉寺中原有五个札仓，后来其中的甲札仓（藏文）和仲登（藏文）札仓合并到色拉堆札仓（藏文），由钦波谢热嘉措、贡如曲洛、释迦桑波等任住持。色拉麦札仓（藏文）即闻思宝洲（藏文），由钦波·绛曲本又称绛曲沃色、雍巴尊桑、释迦扎西等任住持。色拉杰巴克忙札仓（藏文），由木真巴·洛追仁钦僧格、年师·贝觉伦珠、贝丹洛追、顿岳贝丹、至尊曲吉坚赞等担任住持。色拉密宗札仓原是拉藏汗做福寿法事的勾仁札仓，夏住北方，东居拉萨，后拉藏汗出资修建色拉新经堂，而原来的旧经堂成为勾仁札仓的固定活动处，以后为色拉寺的密宗札仓，住持依次为桑杰丹增、曲多杰、曲觉嘉措等。
色拉寺供奉的佛像等物，旧大经堂最里面有伏藏能仁像，及从内地迎请的？檀像为内藏，由乃乌琼哇塑造的十六罗汉降言像。护法殿内有夏鲁·列巴坚赞手制的胜魔怖畏金刚，及六臂怙主、法王、宝帐怙主、四壁怙主、天女像等，壁画中有曾向后藏军队示威的红？怙主像、鸦首怙主像，西侧内有上师像等。大经堂楼上的西侧佛殿内有以许多佛舍利为装藏的无量佛像、坚赞桑布的灵塔。大经堂的其麦贝大殿（藏文）上方有比